Фасма

Вероятностный характер метода предсказания Чоу и Фасмана учет кооперативности. Метод предсказания Чоу и Фасмана [201, [c.140]

Структурный коэффициент Чоу-Фасмана. ...........................(241 [c.177]

В работах К. Чотиа [150-152], М. Левитта [153-155], Ф. Коэна [156-158], К. Коэна и Д. Парри [159], Г. Фасмана [160], М. Стернберга и Дж. Торнтона [161-166] и их соавторов, а также других исследователей разрабатываются эмпирические правила упаковки вторичных структур, нахождения областей инициации свертывания, отнесения белков к одной из групп супервторичных структур и т.д. Главным направлением работ 1980-х годов становится сборка преформированных вторичных структур в супервторичные и третичные. Одним из первых исследований такого [c.507]

Заключения Фасмана близки по своей сути и отличаются лишь смещением акцента с вторичных структур на супервторичные и домены как их комбинации. Существенно, однако, то обстоятельство, что изучение более высоких уровней структурной организации белков стало проводиться не после решения задач о формировании регулярных и нерегулярных структурных элементов на локальных участках последовательности, выяснения причин образования а-спиралей и р-структур и выработки надежных правил их идентификации. Эти задачи так и остались нерешенными, как сохранился и чисто эмпирический подход к поиску их решения. В итоге, на мой взгляд, был сделан шаг не вперед, в направлении более глубокого осмысления структурной организации белковых молекул и механизма их сборки, а в сторону от проблемы. [c.507]

Исследования Д. В. Сокольского и А. Б. Фасмана [Л. 27], Р. X. Бурштейн с сотрудниками [Л. 28], а также Г. Рихтера [Л. 29] (фирма Сименс, ФРГ) показали, что высокой каталитической активностью и стабильностью обладает скелетный никель с добавками молибдена и титана. [c.78]

Проанализировав существовавшие к тому времени алгоритмы предсказания (Е. Каба и Т. Ву [133-135], Б. Робсона и Р. Пейна [136, 137], П. Чоу и Г. Фасмана [138, 139], Г. Шераги и соавт. [39]), А. Бэржес и Г. Шерага констатировали, что ни один из них не может быть использован для достижения поставленной цели. Затем они переводят свою задачу в гипотетическую область и ведут поиск решения с идеальным алгоритмом предсказания. На основе известной кристаллической структуры БПТИ, а не эмпирических корреляций, авторы относят 58 аминокислотных остатков белка к 5 конформационным состояниям (а , а , е, ), отвечающим экспериментальным данным и низкоэнергетическим областям потенциальной поверхности конформационной карты p-V /. Каждому состоянию они приписывают усредненные по известным кристаллическим структурам восьми белков соответствующие значения углов ф, j/. Двугранные углы боковых цепей (%) были взяты с округлением до 5° из рентгеноструктурных данных для молекулы БПТИ. Вопреки ожиданиям оказалось, что построенная таким образом трехмерная структура даже отдаленно не напоминает конформацию белка. Ситуация не улучшилась и при минимизации энергии с учетом невалентных взаимодействий. Сравнение контурных карт расстояний между атомами С модельной и опытной конформаций показывает, что в собранной с помощью идеального алгоритма экспериментальной геометрии боковых цепей и проминимизированной трехмерной структуре отсутствуют все характерные особенности нативной конформации удалены друг от друга цистеиновые остатки, образующие между собой дисульфидные связи, практически нет намека на вторичные структуры и не воспроизводится глобулярная форма молекулы трипсинового ингибитора. Для исправления положения были введены дополнительные ограничительные условия, облегчающие приближение модельной структуры к нативной конформации. Однако ни учет реализуемой в белке системы дисульфидных связей (5-55, 14-38, 30-51), ни введение сближения соответствующих остатков ys, ни включение в расчет специальной функции, имитирующей стремление неполярных остатков оказаться внутри глобулы, а полярных выйти наружу, ничто не помогло получить пространственную форму белка, близкую к нативной. Конечно, можно было бы еще более ужесточить условия и добиться совпадения. Но это не имело бы значения, поскольку не повлияло бы на окончательный вывод о невозможности даже в случае 100%-ного правильного предсказания конформационных состояний остатков получить структуру, отдаленно напоминающую реальный белок. [c.502]

Обстоятельный анализ предсказательных возможностей корреляционного подхода был проведен К. Нишикавой [185], который также в качестве примеров рассмотрел три уже упоминавшихся алгоритма Чоу и Фасмана, Робсона и Лима. При идентификации трех состояний (а-спираль, -структура, клубок) точность определялась по показателю качества Q3, Дающего наиболее оптимистические оценки (см. ниже), а при идентификации четырех состояний (а-спираль, -структура, -изгиб, клубок) использовался показатель Q4, занижающий вклад отрицательных предсказаний и более реально отражающий действительные возможности методов [184]. Рассчитанные Нишикавой показатели качества Q3 попали в интервал 50-53%, а Q4 - 40-42%. [c.511]

Простые методы предсказания наиболее популярны. Предсказательные методы обычно требуют громоздких расчетов с использованием больших таблиц (например, метод Нагано [353]), так что для их воспроизведения необходимо получить от авторов программу для ЭВМ, таблицы и параметры, выведенные из базового набора. Некоторые методы можно применять, не прибегая к вычислительной технике, но они настолько сложны, что требуют огромных затрат времени (например, метод Лима [380]. Обычно авторы не пользуются приближениями, которые могли бы упростить применение предсказательного метода. Однако существует несколько простых и в связи с этим наиболее популярных методов. Из них чаще всего, по-видимому, применяется метод Чоу и Фасмана [340]. В качестве простого примера рассмотрим предсказания этого метода для первых 24 остатков аденилаткиназы. [c.143]

Первым этапом метода Чоу и Фасмана является обнаружение мест инициации спирали и слоя. Предсказания спирали и р-струк-туры проводятся независимо и выполняются в связи с этим одновременно. Аминокислотр[ая последовательность, величины, характеризующие склонности остатков к спирали и -структуре (табл. 6 1 и 6.2), а также обозначения Н, И, I, Ь, В даны на рис. 6.2. [c.143]

Среднее из предсказаний Нагано [ЗоЗ] и Чоу и Фасмана [340]. [c.152]

Адсорбция окиси углерода на электродах исследовалась галь-ваностатическим [81—87] и нотенциостатическим [88—92] методами. По данным Сокольского, Фасмана и сотр. [82, 85—87], процессы, протекающие в присутствии окиси углерода, сильно зависят от температуры и природы катализатора (Р1, Р(1 и Ки). Наиболее прочное хемосорбционное взаимодействие СО с поверхностью металла наблюдается на Рс1-электроде. Данные анализа газовой [c.283]

В последнее время Блаутом и Фасма-ном показано, что полипептид поли- [c.70]

Кратко рассмотрим серию работ Сокольского, Фасмана и сотр. [99—109], посвященных исследованию каталитической активности скелетного никеля, промотированного различными металлами. Металлы Т1, Сг, V, Мп, Не, Мо, 2г, КЬ, Та, Р1, Р(1, РЬ вводили в исходные сплавы, выщелачиванием которых получали промотированные скелетные никелевые катализаторы. При малых концентрациях вводимых в сплав добавок они часто образуют твердые растворы, а при больших — интерметаллические соединения, причем в ряде случаев изменяется соотношение между фазами Ы1А1з и Ы12Л1з. Выщелачивание сплавов приводит к высокодисперсной системе, содержащей кристаллы N1 порядка 50 А. Данные [99—109] о зависимости каталитической активности при гидрогенизации различных соединений от типа и количества введенной добавки достаточно сложны и не поддаются однозначной трактовке. В одних случаях промотирующий эффект объясняется изменением прочности связи сорбированного катализатором водорода, в других — промотирующим влиянием образующихся при выщелачивании окислОв (ТЮг, АЬОз). Такая неоднозначность [c.38]

В конце 1970-х годов было проведено много исследований, посвященных различным аспектам корреляционного подхода к предсказанию вторичной структуры по аминокислотной последовательности. Однако они не внесли принципиально нового в решение обсуждаемой проблемы. Не претерпела серьезных изменений и надежность предсказательных алгоритмов, как предложенных вновь, так и сделанных ранее, модифицированных и опирающихся на значительно больший экспериментальный материал [140—157]. В этой связи интересны данные сопоставления конформационных параметров П. Чоу и Г. Фасмана [99] с параметрами, полученными таким же образом М. Левиттом из анализа приблизительно вдвое большего количества белков [153]. Исследователи обнаружили значительное различие в распределении остатков в двух наборах по их способностям образовывать и разрушать вторичные структуры. С помощью парамет- [c.266]

Обстоятельный анализ предсказательных возможностей корреляционного подхода был проведен К. Нишикавой [165], который в качестве примера также рассмотрел уже упоминавшиеся три алгоритма. Оценка методов Чоу и Фасмана и Робсона проведена по 9, а метода Лима — по 11 белкам, не входившим в состав базовых наборов. При идентификации трех состояний (а-спираль, -структура, клубок) точность определялась по показателю качества Q3, дающего как отмечалось, сильно завышенные значения, а при идентификации четырех состояний (а-спираль, -структура, -изгиб, клубок) использовался показатель Q4, занижающий вклад отрицательного предсказания и более реально отражающий действительные возможности методов. При переводе эмпирических правил на язык ЭВМ, т.е. при компьютеризации методов предсказания, Нишикава столкнулся с большими трудностями. Так, в случае метода Чоу и Фасмана были обнаружены неопределенности при индивидуальном предсказании вторичных структур, несогласованность предсказаний -изгибов с предсказаниями а-спиралей и -структур, отсутствие эффективного критерия для разделения перекрываний предсказанных а-спиральных и -структурных областей. Помимо этого, оказалось невозможным воспроизвести на ЭВМ результаты, полученные первоначально Чоу и Фасманом для 25 базовых белков. Преодолев эти трудности, Нишикава показал, что предсказательные возможности трех проанализированных им методов находятся на почти одном и том же, довольно низком уровне рассчитанные Нишикавой показатели качества Q3 попали в интервал 50—53%, а Q4 [c.272]

Шаг сделан не в сторону осмысления явления или получения новых фактов произошло лишь смещение акцентов с вторичных структур на супервторичные структуры и домены как их комбинации. Это был логически неоправданный шаг в сторону от решения проблемы, не являющийся естественным переходом от понятого простого к познанию на такой основе более сложного. Чрезмерное увлечение в последние годы только высшими и еще реже встречающимися уровнями регулярных структур белковых молекул, по существу, есть отказ от решения частных задач и попытка решить теми же средствами более сложные и еще более частные. В работах С. Чотиа [255—257], М. Левитта [258—260], Ф. Коэна [261—263], С. Коэна [264], Г. Фасмана [265], М. Стернберга [140—145] и их соавторов, а также ряда других исследователей разрабатываются эмпирические правила упаковки вторичных структур, нахождения областей инициации свертывания, отнесения белков к одной из групп Левитта и Чотиа, выяснения топологии цепи и т.д. Главными направлениями, рассматриваемыми ниже, становятся сборка преформированных вторичных структур в супервторичные и третичные и классификация белков на группы (а), ( ), (a+ ) и (a/ ). [c.317]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология