Интеркалирующие красители

Для постановки ПЦР используют супернатант. ДНК, очищенная с помощью СЬе-1ех 100, является одноцепочечной, поэтому оценить количество и качество выделенной ДНК при помощи методов, где используются интеркалирующие красители, например, бромистый этидий нельзя. [c.164]

РНК. Исследование содержания РНК в клетке может быть проведенб с помощью акридинового оранжевого (АО) после селективной денатурации двуспиральной РНК. Используются несколько способов соответствующей цитохимической обработки клеток [4, 5]. При этом на однонитчатой денатурированной РНК АО образует димеры, которые в отличие от мономерной формы красителя флюоресцируют в красной области спектра. Мономеры АО интеркалируют в неповрежденную биспиральную ДНК, и по интенсивности их зеленой флюоресценции можно оценивать содержание ДНК. Таким образом, это по существу метод двойного окрашивания и измерения содержания РНК—ДНК по красно-зеленой флюоресценции АО. Применяется также способ определения содержания РНК с помощью пиронина V [6, 7]. [c.140]

Фотографирование оранжевых полос ассо-циатов ДНК с интеркалирующим красителем — бромистым этидием производится только с помощью желтых, оранжевых или красных светофильтров (табл. 8). [c.202]

Присутствие ДНК микоплазмы в цитоплазме клеток может быть выявлено с помощью флуоресцирующего красителя Хехст 33258 (приложение 3). Этот интеркалирующий краситель флуоресцирует при возбуждении ультрафиолетовым светом, что и лежит в основе очень быстрого и чувствительного теста на микоплазму. [c.119]

Некоторые красители акридинового ряда могут эффективно уменьшать выход УФ-индуцированных димеров в ДНК. Защитное свойство акридинов основано на их способности интеркалировать между парами оснований в молекуле ДНК. Характерная черта взаимодействия акридинов (например, акридиновый оранжевый) с ДНК заключается в том, что при образовании комплекса резко увеличивается интенсивность флуоресценции красителя в максимуме спектра при 530 нм. По мнению некоторых авторов, это может быть обусловлено синглет-синглетной миграцией энергии возбуждения с оснований ДНК на краситель. Расчеты показывают, что максимальный квантовый выход такой миграции энергии достигается при соотношении 1 молекула красителя/ 5 оснований, и составляет 32%. [c.438]

Пример 15-С. Определение ориентации ДНК в хромосомах с помощью поляризации внесенной флуоресценции. В примере 15-П было показано, что флуоресцирующий хромофор акридиновый оранжевый интеркалирует между парами оснований ДНК и что его плоскость перпендикулярна оси спирали. Этот краситель также связывается внутри клеток с хромосомами эукариотов, С помощью флуоресцентного поляризационного микроскопа была измерена поляризация флуоресценции акридинового оранжевого относительно оси вытянутых хромосом, и эти данные были [c.443]

На примере 1-5 установлено, что нуклеотидный состав влияет на интенсивность флуоресценции интеркалирующего красителя этидийбромида. Так, при равных величинах оптической плотности растворов бедные 1 уанином олигонуклеотиды окрашиваются этидийбромидом намного хуже. По-видимому, наличие гуанина влияет на интеркалирующую способность красителя. Все синтезированные олигонуклеотиды использовались для амплификации соответствующих участков ДНК-матриц. [c.47]

Изучение третичной структуры циклических ДНК с помощью интеркалирующих красителей. Как известно фенантридиновый краситель этидийбромид [c.259]

Напротив, экстракция с использованием анионообменной смолы helex 100 (Bio Rad, США) не требует большого времени и выполняется в одной пробирке, что существенно снижает риск загрязнения препаратов ДНК. Однако ДНК, очищенная с помощью helex 100, является одноцепочечной, и поэтому оценить ее количество при помощи методов, где используются интеркалирующие красители, например, бромистый этидий, трудно. Кроме того, helex 100 практически не может использоваться для экстракции ДНК из древних костных останков. [c.73]

Описанные выше варианты направленной стратегии секвенирования протяженных фрагментов ДНК основаны на особенностях действия используемых ферментов. Так, ДНКаза I в присутствии ионов марганца производит разрыв обеих цепей ДНК с образованием или тупых концов, или с небольшим количеством выступающих нуклеотидов, легко поддающихся репарации. Этот же фермент в присутствии интеркалирующего красителя бромистого этидия делает так называемые ники в виде одиночных разрывов одной цепи ДНК. Специфичная к однонитевой ДНК S1 нуклеаза применяется для разрыва второй цепи ДНК в месте образовавшегося ника или целого участка одноцепочечной ДНК, сформировавшегося после расширения ника с помощью экзонуклеазы III. Для этой же цели используют и другую нуклеазу Ва131, обладающую относительно слабой эндонуклеазной активностью, специфичной для однонитевой ДНК. (Более сильная экзонуклеазная активность этого фермента позволяет деградировать двуцепочечные участки ДНК). Еще один фермент - экзонуклеаза III, используемый вместе с другими ферментами (нуклеазами) в некоторых из упомянутых выше способах для удаления одной цепи ДНК, начиная с ника увеличивает в направлении 3 5 участок одноцепочечной ДНК. [c.256]

В число примеров препаратов ненуклеозидной природы, ингибирующих синтез ДНК путем связывания с двойной спиралью, входят акридины (например, профлавин) и различные антибиотики (например, митоцнн С, адриамицин, дау-номицин). Способность акридинов связываться с ДНК и РНК вызвало их использование в биологии в качестве биологических красителей этих молекул. Связывание осуществляется путем интеркаляции плоская кольцевая система про-флавина, например, интеркалирует (протискивается) между парами оснований двойной спирали, образующих стопочную структуру. Можно ожидать, что такой бутерброд из ДНК и связанных с ней молекул красителя изменит свою геометрическую структуру (удлинит двойную спираль), что и наблюдается в действительности. [c.152]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология