Радиусы атомные внутримолекулярные

Первая попытка воспроизвести свертывание белковой цепи с помощью упрощенной модели аминокислотной последовательности была предпринята в 1975 г. М. Левиттом и А. Уоршелом [29, 30]. Авторы представили белковую цепь в виде последовательности, в которой каждый остаток аппроксимирован двумя центрами атомом С и боковой цепью в виде сферы с радиусом, равным среднему радиусу вращения соответствующей атомной группы. Предполагалось, что взаимодействия возможны только между сферами боковых цепей, а атомы С определяют лишь контур пептидного остова. В такой бусиничной с шаровыми подвесками модели остаток имеет только одну степень свободы - торсионный угол вращения относительно виртуальной связи, соединяющей два соседних атома С (а ). Со столь упрощенным описанием геометрии белковой цепи соизмерим и учет внутримолекулярных невалентных взаимодействий. При расчете энергии предполагалось, что белковая цепь состоит не из 20 различных аминокислотных остатков, а всего только из трех Ala, Gly и Pro. Потенциалы вращения вокруг виртуальных связей С -С были получены путем усреднения энергии по всем конфигурациям дипептидов Ala-Ala, Ala-Gly, Ala-Pro. Gly-Gly, Gly-Ala и Pro-Ala, предполагая их зависимость исключительно от природы второй аминокислоты. Для остатков Asp и Asn использован потенциал, найденный для Gly, а для других остатков, кроме Pro, - потенциал Ala. Выбор одинаковых потенциалов для Asp, Asn и Gly обоснован тем обстоятельством, что эти остатки часто встречаются в (3-изгибах основной цепи. Таков же уровень обоснования других приближений. [c.484]

Из всех имеющих распространение типов таких моделей отметим только два. С помощью моделей Драйдинга (рис. 1.3.1) можно построить любую возможную геометрию нужного соединения. В этом типе моделей строго соблюдаются внутримолекулярные расстояния (0,1 нм соответствует 2,5 см), однако не учитываются относительные размеры отдельных атомов. Этот недостаток устранен в полусферических моделях Стюарта — Бриглеба (рис. 1.3.2), в которых атомы изображаются в виде полушарий с сохранением атомных радиусов (в масштабе 0,1 нм соответствует 1,5 см), что позволяет отразить на модели не только расстояния между атомами, но и эффективные радиусы. [c.83]

Каждый атом или атомная группа (аапример, метальная или метиленовая группа) обладают легко находимой по справочным данным атомной рефракцией. Однако атомы и атом-вые группы экранируются внутри молекулы ближайшими частицами (рис. 1) ван-дер-ваальсовы радиусы атомов гораздо больше ковалентных. Вследствие такого внутримолекулярного экранирования лишь часть поверхности атомной группы взаимодействует с окружающей средой эта часть определяется из рис. 1, что дает возможность рассчитать для каждой атомной группы коэффициент внутримолекулярного экранирования в зависимости от размеров ближайших частиц (табл. 1.3). [c.15]

Несмотря на грубость изложенных выше расчетов, можно констатировать, что полуэмпирические потенциалы взаимодействия атомов С и Н, полученные из данных по межмолекулярному взаимодействию простых углеводородов, в комбинации с потенциалом, приближенно учитывающим эффект ориентации связей, удовлетворительно описывают внутримолекулярные взаимодействия в соответствующих мо-лекз лах, позволяя предсказать наиболее вероятные конформации этих молекул и даже оценивать разность энергий между ними. Как уже отмечалось выше, наиболее вероятные конформации большинства молекул могут быть качественно предсказаны и более простым путем — это должны быть такие конформации, при которых ни одна пара валентно не связанных атомов или атомных групп не сближается на расстояние, существенно меньшее суммы их ван-дер-ваальсовых радиусов. [c.67]

Половинные значения внутримолекулярных расстояний между атомными ядрами обозначаются как ковалентные атомные радиусы , половинные значения этих минимальных расстоЛий в разных молекулах — как ван-дер-ваальсовские атомные радиусы , причем само собой понятно, что в том и в другом случае речь идет не о константах. На первые влияют КЧ, КС, схема связи или род связи (однократная, двойная и т. д.), на вторые — КЧ, КС высшего [c.201]

Простейшие модели, вроде изображенных на рис. 15, показывают порядок связи атомов в молекуле и величину валентного угла, но не дают верного представления о размере атомов и о заполнении пространства внутри молекулы. В действительности никаких пустых промежутков в молекулах нет. Правильное представление о строении молекулы и о заполнении внутримолекулярного пространства можно получить при помощи полусферических моделей, называемых также моделями Стюарта-Бриг-леба. При изготовлении моделей учитывают, что каждый атом характеризуется двумя радиусами межмолекулярным или ван-дер-ваальсовым радиусом а и атомным или ковалентным радиусом г. Ван-дер-ваальсов радиус характеризует размеры несвязанного (свободного) атома. Размер ковалентного радиуса зависит от природы элемента, его валентного состояния и кратности связи. Ковалентный радиус равен половине расстояния между двумя одинаковыми атомами, связанными ковалентной связью. [c.46]

Кристаллохимия таких органических соединений, разработанная А. И. Китайгородским [ ], исходит из принципа наиболее плотной упаковки малых молекул, размеры которых в трех измерениях могут быть вычислены из значений пан-дер-Ваальсовых атомных радиусов. Принцип действия внутримолекулярного фактора в случае полимерного кристалла иротивоноложен указанному реализуется тот поворотный изомер, при которолг внутримолекулярная упаковка является наиболее рыхлой. Иными словами, для наиболее устойчивого поворотного изомера характерны наибольшие возможные расстояния между химически не связанными атомами. Имеющиеся в нашем распоряжении данные [c.223]

Как уже отмечалось ранее (И1 8 доп, 1), каждая молекулярная решетка может быть расчленена на составляющие ее решетки отдельных атомов, что позволяет устанавливать простраяственное расположение атомных ядер и определять расстояния между ними. Если эти внутримолекулярные расстояния d и вытекающие из них ковалентные радиусы атомов (III 6) имеют основное значение для структурной характеристики самих молекул, то с точки зрения структуры кристалла более важны расстояния между молекулами, которые могут быть расчленены на характерные для отдельных атомов радиусы межмолекулярного контакта. Значения последних (в ангстремах) для некоторых элементов сопоставлены ниже [c.297]