Филогенетическая классификация

Цитохромы типа с могут способствовать выявлению эволюции метаболических путей. Цитохромы с вводят нас в обширную область прокариотов. В принципе структуры этих белков можно использовать для установления определенного порядка среди бактерий таким же образом, как митохондриальные цитохромы с были применены в таксономических целях к эукариотическим организмам. Первые попытки такой классификации бактерий уже сделаны [509, 571]. Однако, поскольку в бактериях может осуществляться переход межродового гена [507, 508], построение филогенетического дерева затрудняется генами, которые переходят из одной ветви в другую. [c.227]

В основу классификации дрожжеподобных грибков положены главным образом морфологические отличия и в настоящее время нет систематики, которая учитывала бы комплекс всех биологических и филогенетических свойств, признаков и приспособлений этих организмов. [c.567]

Следует различать два вида классификаций филогенетические, или естественные , с одной стороны, и искусственные-с другой. Построение естественной классификации - конечная цель таксономии бактерий, которая состоит в том, чтобы объединить родственные формы, связанные общностью происхождения, и на этой основе создать филогенетическое древо бактерий. Несомненно, когда-нибудь это удастся сделать, исходя из химических признаков-таких, как последовательность аминокислот в функционально сходных ферментных белках или последовательность нуклеотидов в консервативных нуклеиновых кислотах, например в рибосомных РНК. [c.86]

Несмотря на многие обнадеживающие начинания, исследования фенольных веществ мало влияли на классическую таксономию, и, возможно, еще пройдет много лет, прежде чем это произойдет, т. е. прежде чем данные химического анализа действительно помогут систематику-практику в его решениях. В филогенетических исследованиях, однако, положение представляется более обнадеживающим перейдем теперь к его рассмотрению. Как описано выше, обычно считают, что коррелированное наличие у различных таксономических единиц ряда независимых признаков указывает на общее происхождение, т. е. на филогенетическую связь между таксонами, имеющими общие признаки. Говорят, что такие таксономические единицы — естественные и такое утверждение всегда влечет за собой филогенетические выводы. Конечно, на всех уровнях таксономии существуют все степени естественности — от таксонов, для которых не может быть проведена естественная группировка (и с которыми соответственно очень трудно работать), до таких, в которых естественная классификация напрашивается даже при поверхностном ознакомлении. Химические признаки были (и, по-видимому, должны быть) наиболее полезными на промежуточных уровнях, т. е. на тех уровнях, где на основании обычных процедур систематики можно было предположить наличие филогенетических связей, но которые нельзя было считать окончательными из-за ненадежных корреляций или отсутствия дифференциальных признаков. В систематике встречается очень много случаев, когда целесообразность разделения одной таксономической единицы на две или слияния двух в одну вызывает споры у исследователей, по-разному интерпретирующих существующие данные. Привлечение нового признака может иногда помочь в решении подобной проблемы именно в этом случае очень полезными могут оказаться химические признаки. Необходимо отметить, каким может быть логический ход этой процедуры. В приведенных ниже примерах, взятых из литературы, авторы пытались найти корреляции между химическими признаками и группами ранее установленных морфологических признаков ход рассуждений был в сущности филогенетический, хотя результаты могут касаться систематики, [c.99]

В настоящее время основным является филогенетический подход к систематике микроорганизмов, который учитывает родственные связи и пути эволюции организмов. В такой классификации иерархия таксонов отражает генеалогическое древо. Однако при отсутствии в большинстве случаев ископаемых остатков микроор- [c.12]

Выражение достаточно сходными из приведенного выше определения бактериального вида является источником большинства затруднений в классификации бактерий, так как то, что один человек считает достаточно сходным, не обязательно представляется таковым для другого. Однако совершенно очевидно чем больше известно о какой-то группе бактерий, тем более вероятно, что различные исследователи смогут прийти к одной приемлемой схеме классификации. Исторически сложившийся способ характеристики бактерий заключается в качественном описании как можно большего числа фенотипических признаков, основанных на морфологии, структуре, культивировании, питании, биохимии, метаболизме, патогенных и антигенных свойствах и экологии. Рутинные и специальные тесты для выявления многих из этих признаков описаны в гл. 20. Методы нумерической таксономии, приведенные в гл. 21, полезны для количественного определения сходства на основе фенотипических признаков они могут помочь в достижении объективности, которая иногда отсутствует в тех случаях, когда бактерии классифицируют по интуиции. Фенотипическое сходство не обязательно означает филогенетическую связь или родственность (обш-ность происхождения), однако в последние годы появились методы, основанные на гомологии нуклеиновых кислот, позволяющие группировать бактерии по степени их родства. Эти методы, описанные в гл. 22, позволяют сравнивать бактерии по нуклеотидным последовательностям их ДНК или РНК. [c.6]

В эволюционной систематике классификация основана на сочетании генеалогии и степени общего сходства и различия, о.т-ражающего уровень дивергенции. Никаких объективных правил для этого не существует, и принятие того или иного решения в значительной мере зависит от опыта систематиков в оценке относительной значимости различных критериев. Полученные результаты представляют в виде филогенетических древес (рис. 5.1,Б), [c.108]

ИСКУССТВЕННЫЕ, ЕСТЕСТВЕННЫЕ И ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКИЕ СИСТЕМЫ КЛАССИФИКАЦИИ [c.466]

На основании исследований профессора Иллинойского университета К. Вёза (С.Шоезе) сделана попытка перехода к филогенетической классификации микроорганизмов. При этом сравнивают нуклеотидные последовательности 168 рРНК, состоящей из [c.13]

Естественная классификация — это попытка использовать естественные взаимосвязи между организмами. В этом случае учитывается больше данных, чем в искусственной классификации, при этом принимаются во внимание не только внешние, но и внутренние признаки. Учитываются сходство в эмбриогенезе, морфологии, анатомии, физиологии, биохимии, клеточном строении и поведении. В наши дни чаще пользуются естественной и филогенетической классификациями. Филогенетическая классификация основана на эволюционных взаимосвязях. В этой системе, согласно существующим представлени- [c.16]

В конечном итоге должны доминировать те критерии, которые позволяют ближе всего подойти к естественной (филогенетической, т. е. эволюционной) классификации организмов, в противоположность фенетической классификации, основанной только на признаках существующих ныне организмов. Цель построения полностью филогенетической классификации, конечно, так далека, что до сих пор нет единого мнения, стоит ли вообще к ней стремиться. Различные взгляды на этот вопрос можно найти в сравнительно недавних работах [216, 330, 467, 835, 837, 1754]. [c.34]

В этом же руководстве предложена схема деления царства Prokaryotae на высшие таксоны (отделы, классы). В основу деления на отделы положено строение клеточной стенки. Название и краткая характеристика отделов и классов представлены в табл. 13. Представленная в Определителе бактерий Берги система классификации является строго идентификационной и не решает задачи выявления эволюционных связей между прокариотами. В то же время конечной целью является построение такой системы, в основе которой лежали бы родственные связи между прокариотными организмами. Первая попытка в этом направлении принадлежит С.Орла-Йенсену, предложившему филогенетическую систему бактерий, основанную на физиологических признаках. [c.158]

Существует два вида классификации естественные, или филогенетические, и искусственные. Естественную систематику спорообразующих дрожжей, основанную на генеалогии и филогенетическом сродстве, разработал и предложил известный советский микробиолог В. И. Кудрявцев [155]. Филогенетическую систематику истинных бактерий и актиномицетов разрабатывал крупнейший советский микробиолог-флорист Н. А. Красильников [143, 144]. Свой определитель бактерий и актиномицетов [145] он также строил на принципах филогении, однако во многих таксонах для этого было недостаточно материала. Номенклатура, принятая в определителе Н. А. Красильникова, тоже отличалась от номенклатуры других опре.аелителей, издававшихся в последние 30—40 лет как в СССР, так и за рубежом. Наша отечественная школа микробиологов широко пользовалась и систематикой, и номенклатурой Красильникова, считая, например, актиномицеты близкой к бактериям, но самостоятельной прокариотической группой микроорганизмов. Это нашло свое отражение не только в определителях и монографиях самого Красильникова, но также во многих отечественных руководствах по микробиологии и в специальной периодической печати. Не имея возможности анализировать [c.51]

Таков очень краткий обзор таксономических принципов. Подводя итог, мы можем сказать, что задача таксономии состоит в том, чтобы построить рабочую систему классификации на основе иерархии категорий, дающей упорядоченный ряд уровней морфологического сходства. Эта задача в корне отличается от филогенетических гипотез, совершенно законных в своей области (этот аспект особенно подчеркнут Гилмуром [110]). [c.95]

Метод ПЦР позволяет идентифицировать неизвестные микроорганизмы, находящиеся в природной пробе, без выделения чистых культур. Разработаны универсальные праймеры на бактерии, археи и эукариоты, которые дают возможность специфически амплифицировать последовательности этих трех групп микроорганизмов, разделить их с помощью ТССЕ/ООСЕ-методов и затем, после вторичной амплификации отдельных полос, получить почти полный профиль микробного сообщества с идентификацией отдельных филогенетических линий и классификацией микроорганизмов на основе последовательностей 168 рРНК. [c.256]

На примере строения филума Proteoba teria видно, что выделенные на основании молекулярно-генетического подхода большие группы получаются сборными с точки зрения морфологофизиологической классификации бактерий. Стремление ввести филогенетические критерии вызвало передвижку многих таксонов в другие группы, разделение и переопределение таксонов. [c.325]

В классификации Пантеля [1527] тахины, которые откладывают мнкротипные яйца, отнесены к группе II. Эта группа, включает различные роды, не обязательно филогенетически близкие в системе классификации, основанной на признаках взрослых мух. Томпсон [2035] описал многих личинок этой группы и составил ключи для определения первичных личинок. [c.172]

В соответствии с усилиями, предпринятыми за последние годы в области классификации и наименования вирусов, делались также попытки [28, 166, 979, 1166, 1515, 1928, 1931, 2163, 2256, 2354] разработать систематику вирусов насекомых, классифицируя их филогенетически, причем был достигнут значительный успех в размещении вирусов насекомых в довольно четкие и удобные для использования группы. Поскольку систематика вирусов едва только начала развиваться, можно ожидать еще многих замечаний и поправок. Благодаря деятельности подкомитета по вирусам Международного номенклатурного комитета были достигнуты некоторые успехи в международном понимании соответствующих проблем, предлагаемых критериев, а также в согласовании форм родовой номенклатуры. Этот комитет, согласившись с предложением заканчивать все родовые названия суффиксом вирус , принял следующие родовые названия [c.408]

Наряду с уже рассмотренными классификациями существует также иотипическая классификация. Такая классификация представляет собой попытку избежать проблемы установления эволюционного родства, которое подчас оказывается очень трудным и очень противоречивым, особенно в тех случаях, когда необходимые ископаемые остатки слишком малочисленны или вовсе отсутствуют. Слово фенотипический происходит от греч. рЬашотепоп, т. е. то, что мы видим . Эта классификация основана исключительно на внешних, т. е. видимых, признаках (фенотипическое сходство), причем все учи-тьшаемые признаки считаются одинаково важными. Учитываться могут самые разнообразные признаки организма по принципу чем больше, тем лучше. И совсем необязательно, чтобы они отражали эволюционные связи. Когда накапливается определенное число данных, на их основе рассчитывается степень сходства между различными организмами обычно это делается с помощью компьютера, поскольку расчеты крайне сложны. Использование компьютеров в этих целях получило название численной таксономии. Фенотипические классификации часто напоминают филогенетические, хотя при их создании такая цель не преследуется. [c.16]

Определительные (диагностические) таблицы, значительно облегчают биологу идентификацию организмов. Для этого прежде всего составляют перечень признаков данного организма и затем сопоставляют их с диагностическими признаками отдельных таксономических групп. Для определения, как правило, используются легко различимые признаки, такие как форма, окрас, число конечностей, сегментов и т. д. Следовательно, определение является искусственньш или фенотипическим, поскольку при этом полагаются исключительно на внешний вид (фенотип) организма. Несмотря на это, почти все диагностические таблицы позволяют определить принадлежность организма к определенному таксону, который является частью естественной филогенетической иерархической классификации. [c.16]

Современная форма фенетической классификации — ну-мерическая таксономия [1756, 1757], в которой подсчитываются признаки и затем подсчетами определяется степень родства организмов. Взвешивания признаков не производится, хотя никто не оспаривает огромного внутреннего интереса филогенетических взаимоотношений, а для их определения, видимо, требуется взвешивание. Таким образом, задача этого подхода состоит в том, чтобы классифицировать по критериям, которые считаются объективными полагают, что любой хорошо информированный наблюдатель в конце концов придет к тем же выводам. Однако, как отмечают некоторые исследователи, уже в выборе признаков, которые будут использоваться, неизбежно проявляется субъективность суждения (см., например, [732]). [c.34]

МИ И Предлагает филогенетическое древо, в котором все эукариотические водоросли производятся от хозяина цианелл путем изменения пигментов и других признаков. Ли полагает, что не слишком трудно представить себе этапы подобных перемен. Таким образом. Ли поддерживает мнение о симбиотическом происхождении, но в противоположность Саган не поддерживает множественности подобного происхождения. Следовательно, можно вернуться к классификации водорослей по пигментам. Более подробно взгляды Равена и Ли обсуждаются в работе Тейлора [1848]. [c.197]

Филогенетическое дерево прокариот, построенное по этому единственному гену, относящемуся к внутренней сфере организма, не дает представления о его функции в биосферно-геосферной системе. Считается, что точка ветвления указывает на последовательность возникновения. Вместе с тем неясно, идет ли молекулярный хронометр мутаций с одинаковой скоростью во всех условиях. Есть сравнительно немного корреляций крупных физиологических групп микроорганизмов с филогенетической системой. Для малочисленных групп говорить о корреляции физиологии и филогении не следует. Одну ветвь составляют оксигенные фототрофы - цианобактерии и с ними прохлорофиты. Целостную ветвь составляют мицели- альные прокариоты актиномицеты. В одной ветви сосредоточены спирохеты. Не продолжая этого перечисления, следует заметить, что в любой биологической классификации, как правило, складывается такая ситуация, в которой некоторые группы невысокого таксономического ранга очень многочисленны, в то время как другие, резкое отличие которых заставляет придать им значение таксона высокого ранга, представлены немногими видами. Далее, современная система бактерий, основанная на выделенных в чистую культуру и сохраняемых в коллекциях видах, заведомо отличается от того, что есть в природе. Филогенетическая система в принципе ориентирована на выяснение генеалогии отдельного вида на основе сходства генома. [c.332]

Надо также сказать несколько предостерегающих слов о смысле палеоботанической классификации водорослей. В противоположность классификации высших растений и животных, основанной на филогенетических соображениях, система водорослей, особенно в палеоботанике, это всего лишь так называемая морфологическая группа, отражающая внешнее сходство между разными видами, родами и высшими таксономическими единицами. Для нашей проблемы такая искусственная система не имет никакой ценности. [c.285]

Не сразу после сформулирования и принятия теории естественного отбора проявилось ее влияние на систему классификации. Главная причина этого состояла в великолепной работе систематиков того времени, которые в поисках естественных родственных связей открывали эволюционное родство. Сам Дарвин признает влияние своего четырехтомного труда по классификации морских желудей на создание теории эволюции. Таксономисты последар-виновского периода сменили выражение естественное родство на филогенетическое родство, но в течение некоторого времени никаких резких изменений в манере их работы не происходило. [c.468]

Рис. 18.5. Соотношение между фенетическим и филогенетическим сходством. Числа соответствуют видам согласно кладистической системе классификации. Между прерывистыми линиями заключены единицы, которые могли бы считаться видами согласно фенеггической системе классификации.

Сейчас в классификации прокариот просматриваются два основных направления. В основе первого лежит идея создания филогенетической системы прокариот, т. е. построения единой системы, объективно отражающей родственные отношения между разными группами прокариот и историю их эволюционного развития. Другое направление преследует в первую очередь практические цели, заключающиеся в том, чтобы классификация прокариот служила наилучшим образом целям их быстрой идентификации, т. е. установлению принадлежности организма к определенному таксону. Наиболее четко эта тенденция получила свое выражение в Определителях бактерий Берги, выпускаемых периодически Обществом американских бактериологов с привлечением крупных специалистов в области изучения тех или иных групп бактерий. Первое издание Определителя было выпущено в 1923 г. группой американских бактериологов под руководством Д. X. Берги (D. Н. Bergey, 1860—1937) восьмое издание вышло в 1974 г. [c.136]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология