Линкерная последовательность

Один из вариантов линкерных последовательностей, так называемые адапторы , час- [c.85]

Для получения линкеров синтезируют олигомеры, которые представляют собой палиндромные одноцепочечные нуклеотидные последовательности, спаривающиеся (гибридизующиеся) между собой. Линкеры содержат сайты узнавания для рестрицирующих эндонуклеаз, что позволяет осуществлять с их помощью клонирование фрагментов ДНК (рис. 5.8, А и Б). Короткий дуплекс длиной 6-12 пар нуклеотидов лигируют по тупым концам с ДНК-мишенью (обычно кДНК). Разрезают новую молекулу нужной рестрицирующей эндонуклеазой и получают фрагменты с выступающими одноцепочечными концами (липкими концами), с помощью которых встраивают ДНК-мишень в соответствующий вектор. Прежде чем проводить встраивание, рестрицированную смесь фракционируют для отделения ДНК с липкими концами от лишних линкерных молекул. Вектор тоже обрабатывают рестриктазой, отжигают его с фрагментами ДНК с липкими концами и сшивают с помощью ДНК-лигазы фага Т4. ДНК-мишень не должна содержать сайтов рестрикции, присутствующих в линкерной последовательности, в противном случае она также будет расщепляться ферментом. [c.85]

Анализ пиков функции г позволяет в ряде случаев попытаться уточнить современные представления о модульной структуре фага лямбда. Так, например, в настоящее время неизвестно точное положение границы модуля структурных генов до или после гена lom. Положение пика 3 (справа от lom) позволяет высказать предположение о том, что модуль структурных генов включает lom.Положение пика 5 (левая граница гена int) позволяет предположить,что линкерная последовательность между Ь-областью и генами сайт-специфической рекомбинации, локализована ближе к левой границе гена int. [c.67]

Предположим, что определенная последовательность ДНК организована в нуклеосомы только одной конфигурации так, что каждый участок в ДНК локализован в нуклеосоме всегда в одном и том же положении. Это называют фазированием нуклеосом. В серии фазированных нуклеосом линкерные области ДНК заключают в себе уникальные сайты. [c.376]

Что происходит в том случае, если нуклеосома не занимает одно-единственное положение Эта возможность рассматривается на рис. 30.2, где показано пять возможных способов локализации нуклеосомы на одной последовательности ДНК. Но в действительности их может быть столько, сколько пар оснований находится в повторяющейся единице. В этом случае в каждой копии генома линкерная ДНК состоит из разных последовательностей ДНК. Сайты рестрикции каждый раз лежат в разном положении. В действительности они могут находиться во [c.377]

Фазирование нуклеосом может осуществляться одним из двух способов. Один из них заключается в том, что каждая нуклеосома располагается специфически на определенной последовательности ДНК. Это несколько противоречит представлению о том, что нуклеосомная субъединица может образоваться в результате соединения любой последовательности ДНК с гистоновым октамером. Второй возможный способ связан с существованием некой специфической последовательности, которая предпочтительно участвует в образовании первой нуклеосомы на данном участке, а затем начинается последующее образование нуклеосом с определенным размером нуклеосомного повтора. (Если в конструкции нуклеосом существует некоторое разнообразие-например, если длина линкерного участка может варьировать, скажем, на 10 п. н.,-место специфической локализации будет постоянно смещаться по мере удаления от первой фиксированной нуклеосомы.) Стартовую точку образования нуклеосом можно определить путем связывания негистоновых белков со специфическим сайтом ДНК. [c.378]

Р. Неправильно. В коротких линкерных участках ДНК между нуклеосомами не обнаружено сайтов, сверхчувствительных к нуклеазе. Такие сайты чаще встречаются в длинных последовательностях ДНК, лишенных нуклеосом. [c.384]

Рис. 14-26. Схема соединения гликозаминогликановой цепи с серином сердцевинного белка в молекуле протеогликана. К серину [который часто находится внутри последовательности Asp (или 01и)-А8р-(или Glu)-X-Ser-Gly-X-Giy, где X -любая аминокислота] присоединен специфический линкерный трисахарид . Остальная часть цепи гликозаминогликана, построенная в основном из повторяющихся дисахаридных единиц (состояш сх в свою очередь из двух моносахаридов А и В, приведенных в табл. 14-2), синтезируется позднее путем последовательного

В интактном хроматине ДНК тянется в виде непрерывной нити от нуклеосомы к нуклеосоме. Каждая нуклеосомная бусина отделена от следующей линкериой последовательностью, длина которой варьирует от О до 80 нуклеотидных пар. В среднем нуклеосомные частицы (нуклеосом-ный кор плюс линкерная последовательность) повторяются через каждые 200 нуклеотидов (см. рис. 9-23). Таким образом, эукариотический ген, состоящий из 10000 нуклеотидных пар, связан с 50 нуклеосомами, а в каждой клетке человека, ДНК которой насчитывает в х 10 нуклеотидных пар, содержится 3x10 нуклеосом. [c.112]

Работа по созданию таких клонотек начинается с объединения двух генов в виде димера голова к хвосту , между которыми находится короткая линкерная последовательность, содержащая нужные сайты рестрикции (рис. 44, стадия 1). Димеры фрагментируют случайным образом, инкубируя их с ДНКазой I, образовавшиеся концы молекул затупляют нуклеазой S1, а сами фрагменты ДНК фракционируют по размерам, отбирая молекулы, длина которых соответствует размерам одного из исходных генов (стадия 2). Далее осуществляют внутримолекулярное лигирование этих фрагментов по тупым концам (стадия 3), что сопровождается образованием кольцевых молекул ДНК, которые далее линеаризуют с помощью рестриктаз по последовательности линкера (стадия 4). Итоговые гибридные молекулы ДНК кодируют N-концевую часть белка 2 и С-концевую часть белка 1, которые могут быть синтезированы в виде единой полипептидной цепи в результате экспрессии рекомбинантных генов после их клонирования в составе экспрессирующего плазмидного вектора. При этом, соотношение последовательностей двух объединяемых белков в составе гибридных молекул варьирует в широких пределах. [c.332]

П1СТ0НЫ — это белки небольщого размера (мол. масса около 20 ООО) с очень высоким содержанием положительно заряженных аминокислот (лизина и аргинина). Хроматин содержит 5 типов гистонов Н2А, Н2В, НЗ, Н4 (нуклеосомные гистоны) и Н1. Суммарный положительный заряд позволяет им прочно связываться С ДНК (рис. 3.2). Фрагмент ДНК (146 пар нуклеотидов) взаимодействует с комплексом гистонов (нуклеосомный кор), образуя нуклеосомы. Гистоны Н1 связываются с ДНК в межнуклеосомных участках (линкерных последовательностях) и защищают эти участки от действия нуклеаз. [c.61]

Н1, Н2, НЗ, Н4, Н5), различающихся по содержанию (%) основных аминокислот, обусловливающему их физико-химические свойства (электрофоретическую подвижность, ИЭТ и др.). Гистоны являются эволюционно консервативными белками. Степень гомологии аминокислотных последовательностей гистонов Н2, НЗ, Н4, Н5 у разных видов животных, растений и грибов достаточно высока. Эти гистоны попарно образуют октамеры (белковые коры дисковидной формы, которые оплетаются молекулой ДНК). Участок ДНК, спирально оплетающий октаметр, содержит в среднем 145—150 нуклеотидных пар и формирует примерно 1,75 витка левой спирали. Свободные от контакта с белковыми корами участки ДНК называют линкерными (или связующими). Их длина варьирует в за- [c.182]

Трудности, связанные с использованием простого делеционного анализа для уяснения влияния данной последовательности ДНК на экспрессию прилегающего к ней гена, заключаются в том, что удаление определенной последовательности фактически приводит к ее замещению на другую, граничащую с ней последовательность. Эта последняя сама по себе может содержать участки, способные оказывать определенное влияние на экспрессию искомого гена. Ввиду этого интерпретация истинной роли делетироваиной последовательности может оказаться весьма неоднозначной. Метод линкерного сканирования не полностью свободен от вышеупомянутого ограничения. В то же время для уяснения функциональной роли замещаемой последовательности этот метод следует признать более адекватным, поскольку он основан на замене природных последовательностей на стандартный фрагмент ДНК того же размера. [c.289]

По такой схеме могут быть ковалентно соединены in vitro два и более любых фрагмента, полученных при гидролизе молекул ДНК одной и той же рестриктазой. Однако с помощью рестриктаз (особенно одного фермента) в каждом конкретном случае можно получить лишь специфический, строго определенный набор фрагментов изучаемой ДНК. Первоначально это в некоторой степени ограничивало применение рестриктазно-лигазного метода. Но затем получила распространение новая его модификация, основанная на использовании линкерных молекул — синтетических сегментов ДНК, содержащих в своем составе последовательности, узнаваемые рестриктазами. Метод предложили Р, Шеллер с сотрудниками в 1977 г Он позволяет достаточно просто рекомбинировать in vitro практически любые фрагменты ДНК. [c.30]

Как уже упоминалось, гистон Н1 не всегда нрисутствует в нуклеосоме. Последовательность аминокислот в гистоне Н1 наиболее вариабельна из всех пяти гистонов. К тому же гистон Н1 отличается от других гистонов но стехиометрии на нуклеосому приходится одна молекула гистона Н1. Кроме того, гистон Н1 легко отделяется от нуклеосом, что указывает на его периферическую локализацию, т.е. он не является частью гистоновой сердцевины. Нуклеосомы теряют гистон Н1, когда ДНК в их составе укорачивается со 160 до 140 нар оснований. Таким образом, гистон Н1 почти наверняка расположен вне нуклеосомы, ближе к линкерной ДНК. Гистон Н1 может служить мостиком между различными нуклеосомами и способствовать таким образом повышению компактности хроматина. [c.133]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология