Неспаренные основания

РНК исследовались методом рентгеноструктурного анализа с целью установления того, имеют ли их полинуклеотидные цепи спиралевидную форму, аналогичную ДНК, но до настоящего времени определенных выводов сделать не удалось из-за отсутствия однородных образцов кристаллической РНК. Однако дрожжевую транспортную РНК удалось очистить и получить в кристаллическом состоянии. Получены хорошие рентгенограммы этого вещества, и они оказались чрезвычайно сходными с теми, которые дает ДНК таким образом, эти две структуры должны быть близкими. В соответствии с этим вероятное строение дрожжевой транспортной РНК должно быть таким, при котором каждая полинуклеотидная цепочка сложена вдвое по всей длине и скручена таким образом, что образует двойную спираль. Две половины цепи РНК соответствуют, следовательно, комплементарным цепям ДНК. Не вызывает сомнения, что спиральная структура поддерживается за счет водородных связей между парами оснований аденин — урацил и гуанин — цитозин (партнеры, образующие такую пару, находятся в разных половинах цепи). В месте перегиба цепи имеется несколько неспаренных оснований, и небольшой хвост неспаренных оснований имеется на одном из концов цепи. В этом состоит главное отличие спиральной конфигурации дрожжевой транспортной РНК от спиральной конфигурации ДНК. Дифракционная картина, полученная при рентгеноструктурном исследовании РНК из других источников, сходна с дифракционной картиной, полученной при исследовании дрожжевой транспортной РНК следовательно, спиральная конфигурация присуща, по-видимому, многим формам РНК. [c.142]

Разделение молекул, ДНК, отличающихся друг от друга небольшим числом неспаренных оснований. [c.175]

Пары ио также стабилизируют двойные спирали РНК, хотя и весьма незначительно. Присутствие же неспаренных оснований оказывает дестабилизирующий эффект. Наиболее прочные щпильки содержат до [c.137]

Вводя добавки положительной энергии на существование неспаренных оснований в петлях и где-либо еще, можно составить программу для расчета на ЭВМ относительной стабильности возможных вторичных структур однонитевых молекул РНК с известной последовательностью оснований [66]. Теперь полагают, что такие молекулы со случайно выбранной последовательностью оснований могут упорядочиваться во вторичную структуру, в которой около половины всех оснований спарены в спиральных областях, и что такие структуры должны быть термодинамически стабильны [67]. [c.61]

Очевидно, что в двойной спирали структура комплементарной пары оснований не может определяться исключительно ее свойствами в изолированном состоянии. Наряду с горизонтальными взаимодействиями в паре существуют и вертикальные взаимодействия соседних неспаренных оснований (см. далее). Стабилизуется структура, оптимальная для двойной спирали как целостной системы. Вместе с тем возможность образования водородных связей между различными атомами, по-видимому, существенна для мутагенеза (см. 9.9). [c.503]

Рассматривая далее роль РНК в синтезе белка, полезно вернуться к описанной выше структуре дрожжевой транспортной РНК. Ее наиболее интересной особенностью является наличие неспаренных оснований в месте перегиба полинуклеотидной цепи. Для того чтобы было возможно образование спиральной структуры, в этом месте должны разместиться минимум три нуклеотида, у которых основания не связаны водородными связями. Эти три (или большее число) нуклеотида могут, весьма вероятно, играть решающую роль при включении той или иной конкретной аминокислоты в аминокислотную последовательность синтезируемого белка. Можно, например, представить себе, что код аминокислотной последовательности передается от информационной РНК к транспортной РНК путем образования водородных связей между указанными неспаренными основаниями и соответствующими основаниями информационной РНК. Если остальная часть молекулы транспортной РНК способна соединиться с определенной аминокислотой, предварительно активированной ферментом, то в результате данная аминокислота будет перенесена к определенному месту РНК-матрицы. [c.144]

Таким образом, данная вторичная структура РНК определяется последовательностью нуклеотидов, которая в свою очередь обусловливает третичную структуру петель, состоящих из неспаренных оснований, и открытых участков цепи, которые по отнощению друг к другу удерживаются в каком-то фиксированном состоянии. Такие оголенные участки являются потенциальными точками , с помощью которых РНК может специфически взаимодействовать с другими нуклеиновыми кислотами (например, взаимодействие рибосомальной или информационной РНК с транспортными РНК), и в них заключены новые возможности для кодирования или переноса информации, которые не свойственны деструктурированным одноцепочечным тяжам или идеальным двойным спиралям. То, что устойчивость многих спиральных участков в этой модели находится на пределе при температуре клетки, позволяет отдельным участкам нуклеотидной последовательности мгновенно освобождаться при тепловых (или энергетических) флуктуациях, что может иметь особое биологическое значение [359]. [c.628]

ГЕННАЯ КОНВЕРСИЯ, Изменение одной из цепей гетеродуплексной ДНК, приводящее к комплементарности с другой цепью в тех положениях, где есть неспаренные основания, ГЕНОМНЫЕ (ХРОМОСОМНЫЕ) КЛОНЫ ДНК. Последовательности геномной ДНК, клонированные в составе вектора. ГЕНОТИП. Совокупность генов организма. ГЕТЕРОГАМЕТНЫЙ ПОЛ. Характеризуется хромосомным набором 2А + XY. [c.520]

TY петля, содержащая 7 неспаренных оснований [c.40]

Антикодоновая петля, содержащая 7 неспаренных оснований [c.40]

Анализ меченых фрагментов РНК при помощи денатурирующего гель-электрофореза с последующей радиоавтографией. В этом случае эффективное расщепление по неспаренным основаниям приводит к появлению на радиоавтографах двух [c.124]

Рассмотрим вначале вопросы статистической термодинамики образования двойной спирали. Природные ДНК и РНК и даже гомогенные по последовательности синтетические полинуклеотиды столь сложны, что попытки разграничить типы термодинамических взаимодействий, ответственных за образование упорядоченных структур, оказываются безуспешными. Прекрасной моделью для исследования таких взаимодействий являются олигонуклеотиды, поскольку их длина может изменяться в любых пределах. Рис. 23.1. иллюстрирует конкретные вопросы, которые можно исследовать, используя олигонуклеотиды. Как велико влияние последовательности на стабильность двойной спирали Как сказывается на стабильности наличие одноцепочечных концов, одноцепочечных петель, разрывов в одной или обеих цепях Как влияет на стабильность структур со шпильками размер петли в шпильке В принципе следовало бы проверить влияние последовательности оснований (или по крайней мере нуклеотидного состава) на все эти эффекты. Хотелось бы также найти значения свободной энергии для каждого из десяти специфических взаимодействий между соседними парами в двойной спирали и выяснить влияние на эти параметры различных конфигураций неспаренных оснований. [c.308]

Неспаренные основания на концах комплексов предположительно участвуют в стэкинг-взаимодействии с двойной спиралью (см. рис. 23.3). [c.312]

Неспаренные основания, по-видимому, образуют петлю в центре комплексов (см. рис. 23.3). [c.312]

РИС. 23.3. Структура комплексов, приведенных в табл. 23.2, которые содержат неспаренные основания. [c.313]

Структура петли (/V — число неспаренных оснований) [c.327]

Как уже говорилось, цепи ДНК в гетеродуплексе могут быть не полностью комплементарны друг другу. Судьба гетеродуплексных районов, образовавшихся в результате рекомбинации, может быть двоякой если неспаренные основания гетеродуплекса не репари-руются, то после репликации каждая цепь ДНК даст дуплекс с такой же последовательностью, как у молекулы ДНК, из которой она произошла (в случае рекомбинации в мейозе это приведет к пост-мейотической сегрегации) если же произойдет репарация неспаренных оснований, то инфор.мация, заключавшаяся в одной из цепей гетеродуплекса, исчезнет и заменится на информацию другой цепи. В отличие от других случаев рекомбинации в этом последнем случае один из двух возможных рекомбинантных продуктов исчезает и превращается (англ. onvert) в другой, поэтому этот вариант рекомбинации называют генной конверсией (рис. 57). [c.88]

Рнбозо-фосфатный остов показан сплошной линией, пары оснований в спиральных областях представлены длинными тонкими линиями, неспаренные основания ]]30бражеиы более короткими тонкими линиями. Дополнительные пары оснований, образующиеся помимо 21 пары, присутствующей в модели клеверного листа, обозначены точечными линиями [76]. [c.65]

РНК ТОЛЬКО С помощью молекулы-переносчика. Для этого служат транспортные РНК, которые находятся в рибосомах и имеют относительную молекулярную массу порядка 25 ООО. Молекулы транспортной РНК вследствие внутримолекулярного спаривания оснований имеют форму клеверного листа (рис. 3.4.2). На З -конце такого листа находятся неспаренные основания — последовательность цитозин-цитозин-аденин, на 5 -конце одно неспаренное основание, в основном гуанин. Связывание а-аминокислоты с транспортной РНК осуществляется на З -конце за счет карбоксильной группы аминокислоты. Три другие йеспаренные специфические основания транспортной РНК образуют триплет (антикодон), комплементарный кодону матричной РНК. После прикрепления транспортной РНК к информационной РНК (за счет взаимодействия кодон-антикодон) протекает перенос а-аминокислоты, связанной с транспорт ной РНК на растущую нолипептидную цепь. Эта цепь связана через транспортную РНК с рибосомой и остается там, пока соответствующий [c.667]

Первый шаг на этом пути состоит в вьщелении и очистке 2,5-DKG-peдyктaзы oryneba terium sp. и определении последовательности ее первых 40 N-концевых аминокислот. Исходя из этих данных были синтезированы два 43-нуклеотидных гибридизационных зонда, соответствовавших разным частям белковой молекулы. Поскольку 71% нуклеотидов ДНК oryneba terium sp. представляют собой либо G, либо С, зонды синтезировали таким образом, чтобы в третьем положении кодонов по возможности находились именно они. Это позволяло минимизировать число неспаренных оснований между зондами и искомой ДНК. [c.250]

Общие структурные особенности всех молекул тРНК (см. рис. 11.5) можно описать следующим образом. Четыре двухцепочечных участка (вероятно, весьма жестких) расходятся подобно четырем ветвям от образованной неспаренными основаниями центральной части (по-видимому, достаточно гибкой), образуя крестообразную структуру. Эти ветви для удобства были обозначены латинскими буквами в алфавитном порядке, при этом буквой а обозначена ветвь, несущая 3 - и 5 -концы полинуклеотидной цепи, буквой Ь — ветвь, следующая далее-против часовой стрелки и т. д. (см. структуры, изображенные-на рисунке). Ветвь а почти всегда образована семью парами оснований и, по-видимому, не содержит ни одного из необычных (минорных) нуклеотидов нуклеотидная носледователь- [c.29]

Одно неспаренное основание образует дефект в структуре с А С = +З.Чем больше меспа-рениых оснований, тем выше значение А О [c.35]

Внутренняя петля имеет значение Д( =+2 для 2—6 неспаренных оснований для 7—20оснований АС = +3 [c.35]

Молекулы всех видов тРНК имеют четыре основных плеча. Акцепторное плечо состоит из стебля спаренных нуклеотидов и заканчивается последовательностью ССА (5 3 ). Именно через У-гидроксильную группу аденозильного остатка происходит связывание с карбоксильной группой аминокислоты. Остальные плечи тоже состоят из стеблей , образованных комплементарными парами оснований, и петель из неспаренных оснований (рис. [c.62]

Поскольку, согласно положению Дж. Уотсона и Ф. Крика, му-тащ1и — это изменения чередования нуклеотидов в ДНК, аллели одного гена, в частности В/Ь, различаются по составу нуклео и-дов (как минимум по одной паре оснований). Тогда в участке гетеродуплекса должна образоваться зона локального неспарива-ния оснований. Эти участки узнают специальные ферменты репарации (см. гл. 6), обеспечивающие структурную стабильность ДНК. Они устраняют то или другое неспаренное основание и заменяют его на комплементарное. В таком процессе коррекции с равной вероятностью матрицей служит та или другая нить гетеродуплекса (рис. 7.11, Г. и Г ). Однако в каждом конкретном случае коррекция распространяется вдоль хроматиды и в качестве матрицы используется одна и та же одиночная нить гетеродуплекса ДНК. Если в зону гетеродуплекса попадает несколько маркеров, то это должно привести к коконверсии. [c.162]

Рис. 5.10 Возможные варианта коррекции несг.аренчых оснований при рекомбинации не полностью гомологичных ДНК- а — последовательная репарщия, 6 - одновременная репарация. Неспаренность оснований обозначена расхождением нитей ДНК

Справочник химика 21

Химия и химическая технология