Главной цепи атомы водородные связи

Белковая цепь приобретает чрезвычайную устойчивость, сворачиваясь в правостороннюю а-спираль (рис. 21-17). В такой структуре аминокислотные остатки направлены наружу от оси спирали, а группы С=0 одного витка спирали связаны с группами Н—N следующего витка водородными связями. Водородные связи образуются между сильно электроотрицательными атомами, например Р или О, и атомами водорода с небольшим локальным избытком положительного заряда. Такие связи имеют главным образом электростатическое происхождение и зависят от способности двух атомов к тесному сближению. Атомы О и Р, имеющие небольшие размеры, способны давать такие связи более крупные атомы О обычно не могут образовать водородных связей. В белках водородные связи играют очень важную роль они возникают между кислородным атомом карбонильной группы и атомом водорода аминогруппы, принадлежащими полипептидной цепи. Как видно из рис. 21-13, частично двоесвязный характер пептидной связи С—N не только обеспечивает плоскостность пептидного звена, но также делает атом кислорода несколько отрицательным, а атом азота с присоединенным к нему атомом водорода несколько положительными. Это и создает благоприятные условия для образования водородных связей. [c.316]

Естественно рассматривать именно эти линейные цепочки пептидно-водородных связей как каналы, по которым возможно перемещение заряда, так как они являются периодическими структ -рами. При движении заряда по каким-либо другим направлениям или другим структурам в молекуле, например, вдоль цепи главных валентностей, или через боковые группы он будет претерпевать значительно большее рассеяние, так как боковые группировки аминокислотных остатков белка, присоединенные к а-атому углерода цепи, весьма разнообразны и, как правило, нет никакой регулярности в их чередовании. Они направлены наружу от оси а-спирали, образуя подобие аморфной цилиндрической оболочки последней с неровной поверхностью. [c.291]

Число центров ненасыщенности у таких соединений подсчитывают с помощью родственных насыщенных веществ с открытой главной цепью, содержащих галоген, азот, кислород или серу. Если это атом галогена, тов родоначалънож алифатическом соединении будет на один атом водорода меньше, чем в насыщенном алифатическом углеводороде с равным содержанием углерода. Если это азот, то на один атом водорода больше на каждый атом азота). Если это одно из соединений, содержащих кислород или серу, то же самое число водородных атомов, что и в насыщенных алканах с равным содер-жанипж углерода. Каждая из углерод-кислородных, углерод-азотных и азот-кислородных двойных связей представляет собой один центр ненасыщенности, углерод-азотная тройная связь образует два центра ненасыщенности. Это рассуждение не распространяется на металлические и четвертичные соли аммония. [c.65]

Легко понять, что в этом случае обе полинуклеотидные цепи в комплексе параллельны, а не антипараллельпы, как в ДНК. Полицитидиловая кислота дает сама на себя биспиральные комплексы только в кислой среде, когда аминогруппы заряжены. По-видимому, в стабилизации этих комплексов участвуют также и ионные силы. Особый случай имеет место. при комплексообразо-вании двух цепей полп-А друг с другом. Подобные двойные спирали несколько большего диаметра, чем обычные спирали Крика—Уотсона, образуются в кислой среде начиная с pH 5. В нейтральной среде эти спирали расплавлены. Было показано, что начиная с pH 5 происходит присоединение протона к 1-му атому азота в пуриновом ядре. При этом в двойной спирали возникают гетерополярные связи между каждым анионом фосфатной группы одной цени и противолежащим катионом, локализованньш при Nl-пypинoвoгo ядра второй цепи. Это явление может быть названо внутренним солеобразованием. Оно приводит к чрезвычайной стабильности комплекса (поли-А) 3. Прп pH 4,25 его точка плавления близка к 90°. Далее структура этого комплекса своеобразна. Она была выяснена путем рентгеноструктурного анализа (Рич, Дэвис, Крик, Уотсон). Комплексообразованне основано на водородных связях, причем в этом случае водородные связи образуют также фосфатные группы в цепи главных валентностей с аминогруппами аденина [c.229]

В реальных полимерных молекулах, разумеется, атом G4 не может занимать совершенно произвольного положения на поверхности конуса вращения, поскольку вероятность реализации поворота на тот или иной угол Ф определяется условиями взаимной корреляции в пространстве ориентаций структурных элементов цепи. Стерические препятствия, обусловленные взаимодействием между боковыми заместителями цепи, являю гся важнейшим фактором, влияющим на ограничение внутреннего вращения. На рис. III.3 показаны проекции двух низкоэнергетических положений участка простейшей полимерной цепочки (полиметилена) на плоскость, пернен- дикулярную направлению связи С—С. На этом рисунке пунктирож показаны атомы, соединенные с атомами углерода главной цени ранс-ноложение Т) на рисунке соответствует минимуму энергии стерического взаимодействия. Если же метиленовые группы, расположенные под или над центральным атомом углерода на рис. III.3, повернуть на 60°, то в результате сближения водородных атомов стерические препятствия становятся максимальными и соответственно-максимального значения достигает потенциальная энергия фрагмента цепи. При вращении дополнительно еще на 60° (т. е. в целом на угол 120°) вправо или влево возникают так называемые гош-коя-формации (соответственно G и ( ), в которых потенциальная энергия также проходит через минимум, хотя и не такой глубокий, как в транс-положеиш. [c.157]

Тем не менее предложенное отнесение объясняет некоторые опытные данные, например изменение спектров при кристаллизации и др. Сдвиг частоты и увеличение интеисивиости полосы 837 см в случае гевеи объясняются как колебание атома водорода, присоединенного к ненасыщенному углеродному атому, и обусловлены изменением сил, которые определяют колебагше, В аморфном состоянии молекулярные цепи имеют, очевидно, большую тепловую подвижность, чем в упорядоченном кристаллическом состоянии кроме того, в аморфном состоянии слабее проявляется влияние силового поля ближайших соседей и обигего силового поля. Оба эти эффекта ведут к тому, что в спектре аморфного вещества, по сравнению со спектром кристаллического, полосы становятся более широкими и плоскими. Сказанное справедливо для многих других полос. Спектроскопические различия между а- и (- -модификациями гуттаперчи должны вызываться различиями молекулярных структур внутри кристаллита. На перв],ш взгляд можно было бы предположить, что различия в спектрах могут быть объяснены различными структурами метиленовой цепи. Колебания метиленовой цепи лежат в области от 1100 до 1350 сл . Однако именно в этой области нельзя констатировать каких-либо заметных различий в спектрах а- и р-гуттаперчи. Это может быть вызвано тем, что рассматриваемые здесь колебания метиленовой группы состоят главным образом из движений водородных атомов, которые в основном не зависят от конфигурации углеводородной цепи. Экспериментально наблюдаемое различие в спектрах касается валентных колебаний СС-связи. Деформационные колебания СС-связи лежат при меньших волновых числах, чем те, для которых имеются экспериментальные данные. При дальнейших иссле-.гювапиях ниже 650 см должна появиться заметная разница в спектрах а- и р-гуттаперчи, которая позволит делать дальнейшие выводы [c.541]