Робсон

Неизменные потенциалы и варьируемые пороги. Для предсказания а-, 3- и г/-конформаций Робсон и сотр. [345—352] использовали синглеты совместно с 16 дублетами, образованными анализируемым остатком и остатками, находящимися в положениях 1 -f- г 8. Склонности синглетов и дублетов были определены по соответствующим частотам встречаемости в базовом наборе, а затем преобразованы в а-, 3- и г/-потенциалы для данного положения остатка с помощью стандартных методов теории информации. Эти потенциалы сопоставлялись с тремя различными порогами, по одному на каждый тип вторичной структуры. Была проведена также раздельная коррекция всех трех порогов по лучшему соответствию между предсказываемой и наблюдаемой в базовом наборе вторичной структурой. Предсказания а-, 3- н г/-структур проводились независимо одно от другого. [c.134]

Рис. 11-8. Установка для определения влажности по Робсону [150]

Робсон [150] модифицировал метод Винсента и Симеона применительно к определению воды в биологических и фармацевтических препаратах, подвергнутых лиофильной сушке, и в некоторых пластмассах. В установке (рис. 11-8) создают вакуум до 0,02 мм рт. ст., что позволяет анализировать образцы массой менее 0,1 г с содержанием влаги 0,5% и меньше. Ампулу с образцом вскрывают под вакуумом с помощью петли из нагретой нихромовой проволоки, отрезанный кончик отодвигается сердечником, управляемым наружным магнитом. Образец нагревают до температуры не выше 60 °С, и содержащаяся в нем влага испаряется в ловушку через кран А. Затем кран А закрывают и конденсат испаряют вновь, измеряя манометром давление паров воды. (Нестойкие вещества могут разрушаться при температуре выше 60 °С.) Процедуру повторяют до тех пор, пока не будет определено суммарное содержание воды. Время, необходимое для полного удаления влаги, сильно зависит от температуры например, для лиофилизованной плазмы крови нужно 50 ч при 23 °С [c.555]

Подобные же исследования над температурами вспышек смесей керосина с газолином произвели Робсон и Уитроу (526). [c.195]

Робсон м., Уллах Ф. Практическое руководство по реинжинирингу бизнес-процессов.— М. Аудит, ЮНИТИ, 1997.— С. 36-69. [c.279]

Проанализировав существовавшие к тому времени алгоритмы предсказания (Е. Каба и Т. Ву [133-135], Б. Робсона и Р. Пейна [136, 137], П. Чоу и Г. Фасмана [138, 139], Г. Шераги и соавт. [39]), А. Бэржес и Г. Шерага констатировали, что ни один из них не может быть использован для достижения поставленной цели. Затем они переводят свою задачу в гипотетическую область и ведут поиск решения с идеальным алгоритмом предсказания. На основе известной кристаллической структуры БПТИ, а не эмпирических корреляций, авторы относят 58 аминокислотных остатков белка к 5 конформационным состояниям (а , а , е, ), отвечающим экспериментальным данным и низкоэнергетическим областям потенциальной поверхности конформационной карты p-V /. Каждому состоянию они приписывают усредненные по известным кристаллическим структурам восьми белков соответствующие значения углов ф, j/. Двугранные углы боковых цепей (%) были взяты с округлением до 5° из рентгеноструктурных данных для молекулы БПТИ. Вопреки ожиданиям оказалось, что построенная таким образом трехмерная структура даже отдаленно не напоминает конформацию белка. Ситуация не улучшилась и при минимизации энергии с учетом невалентных взаимодействий. Сравнение контурных карт расстояний между атомами С модельной и опытной конформаций показывает, что в собранной с помощью идеального алгоритма экспериментальной геометрии боковых цепей и проминимизированной трехмерной структуре отсутствуют все характерные особенности нативной конформации удалены друг от друга цистеиновые остатки, образующие между собой дисульфидные связи, практически нет намека на вторичные структуры и не воспроизводится глобулярная форма молекулы трипсинового ингибитора. Для исправления положения были введены дополнительные ограничительные условия, облегчающие приближение модельной структуры к нативной конформации. Однако ни учет реализуемой в белке системы дисульфидных связей (5-55, 14-38, 30-51), ни введение сближения соответствующих остатков ys, ни включение в расчет специальной функции, имитирующей стремление неполярных остатков оказаться внутри глобулы, а полярных выйти наружу, ничто не помогло получить пространственную форму белка, близкую к нативной. Конечно, можно было бы еще более ужесточить условия и добиться совпадения. Но это не имело бы значения, поскольку не повлияло бы на окончательный вывод о невозможности даже в случае 100%-ного правильного предсказания конформационных состояний остатков получить структуру, отдаленно напоминающую реальный белок. [c.502]

Обстоятельный анализ предсказательных возможностей корреляционного подхода был проведен К. Нишикавой [185], который также в качестве примеров рассмотрел три уже упоминавшихся алгоритма Чоу и Фасмана, Робсона и Лима. При идентификации трех состояний (а-спираль, -структура, клубок) точность определялась по показателю качества Q3, Дающего наиболее оптимистические оценки (см. ниже), а при идентификации четырех состояний (а-спираль, -структура, -изгиб, клубок) использовался показатель Q4, занижающий вклад отрицательных предсказаний и более реально отражающий действительные возможности методов [184]. Рассчитанные Нишикавой показатели качества Q3 попали в интервал 50-53%, а Q4 - 40-42%. [c.511]

В течение многих лет, начиная с 1971 г., Робсон занимается разработкой методов предсказания вторичных структур, основанных на теории информации [136, 137, 170, 203-206]. В 1978 г. Робсон и соавт. [207] предложили новый метод, получивший название GORI (аббревиатура первых букв фамилий авторов). Позднее возникли две его модификации, GORII н GORIII [208, 209]. Первый вариант [207] построен на предположении о независимости конформационных состояний остатков в трехмерной структуре белка. Во втором [208] - учитываются взаимодействия каждого остатка J с последующим j + т (т < ,) с помощью так называемых направляющих информационных параметров, которые рассчитываются по [c.514]

Блоут и Котельчук Льюис л Робсон Чоу и Финкельштейн [c.130]

Аналогично Робсону и сотр., Нагано обосновывал свое предсказание на раздельном сопоставлении потенциалов с тремя разными порогами. Каждый порог подгонялся до достижения наилучшего соответствия в базовом наборе. Кроме того, задавая потенциалы в виде линейных комбинаций, содержащих 3-35 = 105 коэффициентов, по три (а, 3, rt) на каждый из 35 типов дублетов, Нагано ввел дополнительно большое число подобранных параметров. Все эти параметры варьировались до получения наилучшего соответствия в базовом наборе. Таким образом, Нагано использовал большее число подобранных параметров, чем Перити, а также Робсон [c.134]

Склонности к спирали, полученные с помощью статистической механики синтетических полипептидов, соответствуют склонностям, основанным на частотах встречаемости в глобулярных белках. В своих последующих работах Чоу и Фасман [201] сопоставили склонности к спирали, определенные но наблюдаемым частотам встречаемости в глобулярных белках, с данными, полученными на основании температур 9 переходов спираль — клубок синтетических полипептидов, согласно модели Зимма — Брэгга. Как показано в разд. А.5, по температуре перехода 9 можно определить относительные статистические веса х, а следовательно и склонности к спиралеобразованию. Чоу н Фасман показали, что величины з семи типов остатков, для которых имеются данные по синтетическим полипептидам, в пределах 10% согласуются со склонностями к спирали, полученными по частотам встречаемости в глобулярных белках. Это соответствие было более подробно исследовано Судзуки и Робсоном [352]. [c.140]

Положительное и отрицательное правильные предсказания Котельчук и Шерага [364] Льюис и сотр. [368] Робсон и Пэйн [346] Лебермаи [365] Нагано (% правильно предсказанных остатков) [353] Чоу и Фасман (%о1+яо1) [340] Ш X (0,1) 0,70 0,80 [c.148]

Это положение было обосновано в работе Котельчука и Шераги [149] на основе данных о конформационных энергиях. Они показали, что существенно взаимодействие с амидной группой бокового привеска аминокислоты на ее С-стороне. Это взаимодействие чаще всего не зависит от природы боковых привесков соседних аминокислот. В работе [149] сопоставлялись конформа-ционные энергии каждого остатка в трех конформациях с наименьшей энергией (правая и левая спирали, антипараллельная р-форма), и было установлено, что остатки, у которых минимуму энергии отвечают правые спирали, являются спиральными , а в остальных случаях спирализация не происходит. Пейн и Робсон [150] вычислили спиральные потенциалы аминокислот в предположении о существенной роли локальных взаимодействий боковых привесков с основной цепью. [c.250]

Робсон и Пейн [152] попытались применить к рассмотрению этой проблемы теорию информации. Последовательность остатков в цепи и последовательность их конформаций в глобуле считаются двумя сообщениями, связанными трансляционным кодом. С помощью ЭВМ определялась спиралеобразующая информация для 11 белков. Пользуясь только информационными величинами для отдельных остатков, авторы предсказали спиральные участки. Некоторые несоответствия были устранены [c.251]

Альдегиды. р-Индолальдегид (I) (3-индолальдегид) получается с небольшими выходами при действии хлороформа и спиртового раствора едкого кали на индол [183, 184]. Аналогичным образом получены и другие гомологи Р-индолальдегидов [185]. Бойд и Робсон, увеличив количество применяемого едкого кали, повысили выход индолальдегида до 31% [186]. [c.31]

Клемо, Ройер и Робсон получили 1-(1-нафтил)-1,3-дифе-нил-З-фенил-Нз-иропадиен также из изомерного с ним 1-(1-нафтил) -1,3-дифенил-3-фенил-Н пропен-2-ола-1. [c.293]

Б. Стивенс (гл. 8), Л. Сатклиф (гл. И), А. Уолтон (гл. 9) и Д. X. Уиффен (гл. 10). Они способствовали значительному уточнению текста. Я должен также выразить признательность проф. Дейнтону, в отделе которого я имел возможность изучать быстрые реакции и читать о них лекции нельзя забыть также покойного проф. М. Дж. Эванса, который первый дал мне возможность работать в этой области. Эта книга обязана своим рождением д-ру Т. И. Вильямсу, а Дж. Л. Робсон оказывал всемерную поддержку па всех стадиях ее создания. Наконец, нужно сказать о моей жене, которая не только печатала трудную рукопись, по с радостью разделяла и другие стороны бремени авторства. [c.10]

Витамин А (аксерофтол, ретинол) G20H30O был выделен в виде желтого, оптически недеятельного, очень легко автоокисляющегося масла из неомыляемой части жира печени рыбы, живущей в северной части Атлантического океана Hippoglossus vulgaris) (П. Каррер, 1931 г.). Получить этот витамин в кристаллической форме удалось значительно позднее (Бакстер и Робсон, 1941 г.) т. пл. 63—54°. Витамин А характеризуется полосой поглощения в близкой ультрафиолетовой области с максимумом при 3230 А и глубокой синей окраской, которую он дает с хлористой сурьмой (максимум при 6200 А). Хорошим способом выделения и очистки витамина А является так называемая молекулярная перегонка. [c.887]

Гармалин и гармин также были получены синтетическим путем при помощи известных реакций. Приведем синтез, состоящий в конденсации 6-метокситриптофана с ацетальдегидом в концентрированном водном растворе при pH 7 (Харвей и Робсон, 1938 г.) [c.1003]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология