Разделение олигонуклеотидов по длине цепи

Рис. 7.1. Кривая хроматографического разделения по длине цепи олигонуклеотидов, полученных из гипотетической РНК. З -конец мечен R расщепление проводили -РНК-азой. Присутствие метки К показано штриховкой.

Рис. 7.3. Кривая разделения по длине цепи олигонуклеотидов, полученных из гипотетической РНК после частичного гидролиза Т., -РНК-азой. РНК мечена по З -концу Я, как на рис. 7.1. Присутствие метки Р показано штриховкой.

Рис. 7.4. Кривые разделения по длине цепи олигонуклеотидов из -РНК-азных гидролизатов РНК TMV до(---)

Эффекты, осложняющие разделение высокомолекулярных нуклеиновых кислот, в еще большей степени проявляются при попытках разделить олигонуклеотиды. К примеру, чрезвычайно интересные для структурных исследований нуклеотиды с длинной цепью (от [c.222]

Рис. 27-32. Электрофоретическое разделение олигонуклеотидов по длине цепи на пластинке полиакриламидного геля. Чем короче олигонуклеотиды, тем быстрее они движутся к положительному электроду. Изменяя пористость полиакриламидного геля, данную процедуру можно использовать для разделения довольно длинных олигонуклеотидов, содержащих до двухсот и более остатков, даже если эти олигонуклеотиды различаются всего лишь одним остатком.

Продукты разных методов деградации наряду с физическими свойствами обычно различаются длиной цепи, составом и последовательностью оснований. Был разработан ряд весьма эффективных способов разделения смесей моно- и олигонуклеотидов по одному или нескольким из этих свойств. [c.47]

Рис. 7.2. Разделение олигонуклеотидов по длине цепи с зарядом -3 (рис. 7.1) после обработки фосфатазой. Присутствие метки р показано штриховкой.

Разделение олигонуклеотидов по длине цепи [c.286]

Рис. 11.7. Разделение олигонуклеотидов по длине цепи при хроматографии и диск-электрофорезе.

Метод барьерного разделения [33]. Олигонуклеотиды специфически адсорбируются в тех зонах слоев ПЭИ-целлюлозы, которые содержат комплементарные им по основаниям полинуклеотиды. Образовавшиеся комплексы обладают заметной устойчивостью к нагреванию, которая обус- ловлена их фиксацией на ПЭИ-целлюлозе. Поскольку стабильность комплексов зависит от химического состава, длины цепи полинуклеотидов и температуры, с помощью хроматографии при различных температурах в присутствии комплементарного полинуклеотида можно не только разделять гомологичные олигонуклеотиды, ио и отделять их от других олигонуклеотидов. [c.47]

Олигонуклеотиды можно разделять путем электрофореза в гелях, содержащих мочевину, при pH 3,5 [296, 1074, 1075]. В этих условиях на электрофоретическую подвижность влияет как длина цепи олигонуклеотида, так и его нуклеотидный состав. Сочетание этого метода с обычным электрофорезом улучшает разделение полинуклеотидов со сравнительно небольшими молекулярными массами. [c.379]

Между олигонуклеотидами и DEAE-целлюлозой, помимо ионообменного взаимодействия с участием фосфатных групп, очевидно, существует дополнительное взаимодействие, обусловливающее разделение по нуклеотидному составу в ущерб разделению по длине цепи. Это возможно вследствие наличия в целлюлозе небольшого числа карбоксильных групп, функционирующих в качестве катионообменных. В пользу такого предположения свидетельствует повышающаяся способность DEAE -целлюлозы производить деление по нуклеотидному составу после промывания ее щелочью, увеличивающего содержание карбоксильных групп в ионообменни— ке в результате окисления кислородом воздуха. [c.50]

Рис. 7.9. Разделение по длине цепи продуктов комбинированного воздействия -РНК-азы и SPDE на гипотетический олигонуклеотид, приведенный на рис. 7.8.

В случае олигонуклеотидов из гомополимеров удается проводить разделение до длины цепи 20 звеньев и даже более. Что же касается олигонуклеотидов из нуклеазных гидроли-затов РНК, то уже при длине цепи более 5-6 звеньев разрешение оказывается не очень четким и ухудшается еще больше по мере возрастания сложности нуклеотидного состава (см. в гл. 2.). [c.286]

Олигонуклеотиды с молекулярным весом менее 10 ООО фракционируют электрофорезом в 15%—ном полиакриламидном геле Gould et al., 1969), где олигонуклеотиды делятся главным образом в соответствии с размерами молекул чем меньше молекула, тем быстрее она движется через гель. Таким образом, этот метод подобен хроматографическому разделению по длине цепи, однако для длинноцепочечньк олигомеров электрофорез в геле позволяет получить лучшее разрешение, чем хроматография. Это показано на рис. 11.7, где сравниваются положения олигонуклеотидов из Т -РНК-азного гидрохшзата РНК TMV при электрофорезе и колоночной хроматографии. Из рисунка следует, что в геле олигонуклеотиды с длиной цепи более 8 звеньев разрешаются, хотя и не так хорошо, как олигонуклеотиды с меньшей длиной цепи, тогда как на колонке плохо делятся олигонуклеотиды уже с длиной цепи более 6. Поэтому гель-электрофо-рез может быть эффективным методом фракционирования олигонуклеотидов с длиной цепи больше 8. [c.289]

На результаты разделения решающее влияние оказывают состав и форма градиента. Как правило, на ОЕАЕ-замещенной целлюлозе или декстране гомологичные олигонуклеотиды разделяются в соответствии с длиной цепи (рис. 37.14), с учетом того, что способность преобладающего основания увеличивать элюирующий объем возрастает в ряду С, U, А, G (рис. 37.15). В буферных растворах с нейтральным значением pH (5,4—8,0) в присутствии 7 М мочевины даже в простом линейном градиенте олигонуклеотиды разделяются строго в соответствии с зарядом молекулы, т. е. в соответствии с числом фосфатных групп или со степенью полимеризации (рис. 37.16) 98, 38]. Дальнейшее разделение одинаково заряженных фрагментов осуществляется в тех же условиях, но в отсутствие мочевины. Можно также вести элюирование в присутствии мочевины при низких [c.55]

Показано, что при хроматографии олигонуклеотидов на сефадексах G-25, G-50, G-75 и G-100 в 0,5 М бикарбонате аммония (pH 8,6), содержащем 8 М мочевину, компоненты разделяются в соответствии с длиной цепи [97]. Благодаря присутствию мочевины в этом случае удается исключить влияние пуриновых оснований на результаты разделения. Широкий круг сорбентов (сефадекс, биогель, ОЕАЕ-целлюлозу, гидроксиапатит) использовали при изучении биосинтеза олигодезоксирибонуклеотидов. в клетках млекопитающих методом импульсной метки (118]. [c.58]

Для разделения сложной смеси олигонуклеотидов на группы по длине цепи (количеству фосфатных групп) Томлинсон и Тепер предложили весьма эффективный способ — хроматографию при [c.334]

Важным этапом в развитии структурного анализа нуклеиновых кислот явилось использование при хроматографии на DEAE-целлюлозе 7 М мочевины для разделения олигонуклеотидов по длине цепи (Tomlinson, Tener, 1963). Найдено, что концентрация соли, необходимая для элюирования олигонуклеотида, пропорциональна логарифму его заряда. [c.286]

Олигонуклеотиды дезоксиаденозинового или аденозинового ряда можно разделить с помощью ионообменного электрофореза на слоях ДЭАЭ-и ЭКТЕОЛА-целлюлозы [34] или с помощью ионообменной хроматографии на слоях ПЭИ-целлюлозы (неопубликованные данные). При хроматографии на ПЭИ-целлюлозе в 0,8—1,4 М буфере трис — НОА с pH 8,4 эти соединения разделяются в соответствии с длиной их цепи. Нри этом частично разделяются 2 -, 3 - и 5 -изомеры коротких олигомеров. Разделение этих соединений осуществляется путем нисходящей непрерывной хроматографии на предварительно уравновешенных j(ohx (см. разд. III, А). Соответствующие олигомеры уриди,лового ряда такн<е разделяются по длине цепи при хроматографии в буфере трис — НС1 с pH 8,0—8,4. [c.47]

Смотреть страницы где упоминается термин Разделение олигонуклеотидов по длине цепи: [c.48] [c.53] [c.142] [c.168] [c.366] [c.427] [c.55] [c.57] [c.67] [c.168] [c.192] [c.194] [c.275] [c.277] [c.81] [c.500] [c.102] [c.168] [c.168] [c.59]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология