Сравнение клонов

В любом методе картирования генома центральной процедурой является сравнение клонов, позволяющее выявить частичные перекрывания. Наиболее просто перекрывания можно- [c.31]

Космиды имеют большое преимущество по сравнению с плазмидами в них можно встраивать более протяженные фрагменты ДНК, а это означает, что для создания геномной библиотеки нужно меньшее число клонов и потребуется меньше времени на их скрининг. [c.76]

Широкое плоское крыло дрозофилы, представляющее собой эпителиальную структуру,-очень удобный объект для анализа отношений между клонами. Если маркированные клоны были получены путем рентгеновского облучения, образуемые ими пятна обычно располагаются случайным образом и имеют, как правило, довольно неправильные очертания. Сравнение расположения [c.83]

О ранних биохимических событиях, происходящих при активации лимфоцитов, Известно очень немногое. Есть трн причины скудости наших знаний об этом. Во-первых, хотя данный антиген обычно активирует сотни различных клонов лимфоцитов, это число ничтожно по сравнению с миллионами клонов, составляющих иммунную систему в целом, н нх поэтому очень трудно выделять н изучать. Во-вторых, иммунный ответ выявляется лишь через не- [c.14]

Полная последовательность нуклеотидов ДИ РНК белка РВ2 определена с использованием техники клонирования ДНК [59, 70], Клон Б длиной в 444 нуклеотида содержит 190 и 254 нуклеотида от 5 - и З -концов гена РВ2 соответственно [70]. Клоны В и С получены из штамма PR/8/34 вируса и только несколько непарностей оснований были обнаружены в этих последовательностях при их сравнении с последовательностью РВ2 штамма прародителя PR/8 А Ц и А У в нуклеотидах 94 и 369 соответственно в клоне В и А Ц, А Ц, У А в нуклеотидах 94, 142 и 369 соответственно в клоне С. Два других клона ДИ РНК содержат 659 (L2a-7) и 611 (L2a-17) нуклеотидов [59], которые соответствовали ожидаемому размеру L2a РНК гена РВ2 штамма WSN (см. рис. 33). Оба L2a-17 и L2a-7 содержат 272 нуклеотида от 5 -конца гена РВ2 штамма и делецию 1682 нуклеотидов (от 273 до 1954 нуклеотидов). Однако L2a-17 содержит дополнительную делецию из 48 нуклеотидов последовательности РЗ (нуклеотиды 2032— 2079). L2a-7 содержит две мутации в 103-м положении нуклеотида (Г Ц) и в 423-м положении нуклеотида (Г А), в то время как L2a-17 содержит одну мутацию (Г А) в 497-м нуклеотиде. [c.260]

При такой схеме иммунизации доля положительных клонов достигала 40% (для сравнения — при иммунизации сильными антигенами доля положительных клонов равна 1 —10%). Очевидно, что далеко не всегда можно использовать эту схему, так как для нее требуется большое количество антигена (несколько миллиграммов). [c.101]

Антитела других изотипов (IgG, IgA, IgE), имея меньший молекулярный вес и соответствующие молекулярные механизмы взаимодействия с эпителиальными клетками (см. ниже), значительно легче преодолевают клеточные барьеры и достаточно широко распространяются по организму из мест синтеза. Другой отличительной чертой антител этих изотипов является их большая по сравнению с IgM аффинность. Как отмечалось выше, два процесса — переключение внутриклеточного синтеза иммуноглобулинов с одного изотипа на другой и селекция клонов по признаку наибольшего сродства к антигену — требуют времени, но при этом потеря времени компенсируется у рассматриваемых изотипов повышением аффинности и проницаемости через эпителий, что говорит об их большей функциональной активности. [c.254]

В [89, 90] изучены нефте- и водопоглощающие свойства сорбентов на основе соломы, камыша и опилок. В качестве эталона сравнения был рассмотрен образец специального поглотителя нефти Пит Сорб , производимый фирмой Клон Инк. (ФРГ) на основе мелкоизмельченного гидрофобизиро-ванного торфа. Образцы предварительно измельченной соломы, листьев и стеблей камыша и опилок предварительно высушивались, затем ими обрабатывались модельные системы, имитирующие разлив туймазинской нефти в количестве 0,1-3-5 л нефти на 1 м водного зеркала. После заданного времени контакта поглотителя с нефтью определялись нефте- и во-допоглощение сорбента, степень очистки водного зеркала, степень утилизации нефти при ее извлечении из поглотителя отжимом. Некоторые результаты экспериментов приведены в табл. 2.2 и на рис. 2.4. [c.59]

Однако такое распределение не дает точного представления об очень важной фракции растворимого азота, которую наблюдали многие исследователи. В неопубликованном сообщении Фо-конно и Пион представили распределение азота в картофеле и свекле. Их результаты, приведенные в таблице 6Г.З, позволяют выяснить масштабы и значение загрязнений, создаваемых жидкими отходами крахмальных и сахарных заводов. Они показывают, что значительная часть азота клубней представлена небелковым азотом (преимущественно свободные аминокислоты) [5]. Однако эта фракция плохо изучена из-за нестабильности во времени, о чем свидетельствует анализ клубней. Фицпатрик и др. [18] сообщили, что в процессе прорастания клубня происходят изменения, которые охватывали весь набор белковых веществ. Тем не менее, учитывая питательную важность этой фракции, проводили сравнение [36] нескольких методов ее оценки. Сделан вывод о том, что эта фракция варьирует в зависимости от клонов, условий и мест выращивания это затрудняет сравнение результатов, полученных в неконкретизированных условиях. [c.275]

Частичное секвенирование кДНК-клонов и обработка полученных данных полностью автоматизированы. Каждую новую EST сравнивают с теми, которые уже бьиш секвенированы, и если последовательность действительно является новой, ее вносят в базу данных по EST. Для поиска гомологии EST с известными генами или семействами генов и для определения категории, к которой относится функция представляемого ей гена, проводят дополнительные сравнения. К 1995 г. было идентифицировано примерно 300 ООО EST из 300 кДНК-библиотек 37 органов и тканей. Примерно 90 ООО EST представляют собой различающиеся экспрессирующиеся последовательности человека, из них примерно [c.467]

Наиболее эффективны многополочные нефтеловушки с на клон-ными параллельными пластинами (рис. 59). В них по сравнению с типовыми нефтеловушками достигается более равномерное распределение сточной воды по живому сечению межполочного прО странства. Они занимают меньшую площадь и более экономичны. Степень очистки сточных вод от нефтепродуктов в многополочной. нефтеловушке составляет 40—50 мг/л при начальном их содержании до 2000 мг/л. [c.133]

По своему внешнему виду автотриплоиды похожи на ав-тотетраплоиды, т. е. нередко у этих растений проявляются признаки гигантизма по сравнению с соответствующими диплоидами. Иногда оптимальным увеличением числа хромосом является, по-видимому, триплоидный, а не тетраплоидный набор. Так называемые гигантские осины с 3 - 19 = 57 хромосомами встречаются в природе в естественных условиях, а недавно были также получены экспериментально. Это автотри-плоидные клоны, отличающиеся быстрым ростом, а также сильным развитием вегетативных органов и цветков (фиг. 150). [c.322]

Пересадка ядер эмбриональных клеток в энукленрованные яйцеклетки имеет много преимуществ по сравнению с технологией разделения эмбрионов. Эти преимущества следующие отдельные эмбриональные клетки, полученные из эмбриона на стадии до 64 клеток, могут быть ре-программированы в одноклеточные зиготы и давать множественные копии генетически одинаковых животных повторное клонирование путем пересадки ядер от клонированных эмбрионов повышает потенциальные возможности технологии в производстве большего числа клонов. [c.219]

В конечном итоге сравнение нуклеотидных последовательностей гена и клона кДНК точно выявляет местоположение и размер промежуточных последовательностей. Такой анализ на уровне последовательностей необходим, прежде чем мы сможем быть уверенными в том, что выявлены все участки гена. Действительно, в ряде случаев было неожиданно обнаружено, что геномная нуклеотидная последовательность содержит дополнительный короткий кодирующий участок. Когда кодирующий участок имеет длину менее 50 п. н., он может не гибридизоваться с кДНК-зондом и поэтому, попадая внутрь находящейся справа или слева от гена промежуточной последовательности, остаться незамеченным. [c.252]

Для молекул антител характерна димерная структура, в которой каждый из мономеров состоит из двух различных полипептидных цепей, которые в соответствии с размером называют тяжелыми (Н) и легкими (Ь). Цепи соединены между собой дисульфидными мостиками, как показано на рис. 16.20 для молекулы IgG. Удалось определить аминокислотную последовательность для целого ряда различных Н- и Ь-це-пей, которые были получены из крови человека или мыши, страдающих множественной миеломой, болезнью, при которой сверхпролиферация определенного клона антитела-продуцирующих лимфоцитов происходит без всякой индукции антигеном. Эти исследования показали, что как Н-, так и Ь-цепи иммуноглобулинов содержат так называемые вариабельные (V) и константные (С) участки последовательности. То есть при сравнении аминокислотных последовательностей множества различных Ь-цепей оказывается, что различия в аминокислотной последо- [c.238]

Если культивируемые клетки обработать определенными концентрациями некоторых токсических веществ, можно получить клоны, обладающие повышенной по сравнению с исходной культурой устойчивостью к этим токсинам. Появление таких клонов часто связано с повышенным образованием именно того необходимого клетке фермента, против которого направлено действие токсина. Повышенное образование фермента, как правило, бывает следствием повышенного содержания мРНК, а это в свою очередь обычно отражает увеличение числа копий данного структурного гена в каждой клетке клона. [c.239]

Оценить эффективность амплификации генов можно либо с помощью гибридизационных методов, позволяющих детектировать увеличение количества копий специфических последовательностей ДНК или мРНК, либо с помощью количественного анализа экспрессии белка. Наиболее информативно сравнение данных по всем трем контрольным параметрам (количества ДНК, РНК и белка), так как изменения этих параметров не всегда коррелируют друг с другом. Кроме того, полезную информацию может дать локализация амплифицированных последовательностей на метафазиых хромосомах с помощью гибридизации in situ например для оценки стабильности экспрессирующих клонов при культивировании в неселективных условиях. [c.262]

Положительные результаты флуктуа-ционного теста Луриа и Дельбрюка [1538], основанного на принципе, согласно которому при сравнении большого числа микробиологических культур многочисленные мутантные клетки будут иметь лишь очень немногие из них (мутация произошла на ранних стадиях развития культуры), тогда как большинство культур будут содержать очень мало мутантных клеток (мутационное событие произошло на поздних стадиях). Во многих культурах мутантных клеток вообще не будет (рис. 5.27). Методы определения частоты спонтанных мутаций основаны именно на флук-туационном тесте на рис. 5.27, В, например, каждая колония представляет собой мутантный клон, произошедший из одной клетки. [c.194]

В реакцию распознавания антигена (АГ) вступают В-клетки нескольких клонов, имеющих близкие, но т м не менее несколько отличающиеся по специфичности антигенраспознающие рецепторы. В силу этого на самых ранних этапах развития иммунного ответа пул специфических антител будет наибапее гетерогенным. Клон, имеющих антигенраспознающие рецепторы с наибольшим сродством к антигену, будет обладать селективны.м преимуществом в размножении, что обеспечит ускоренное накопление высокоаффинных антител, именно в этом клоне, количественно большим друнгих клонов, вступят в работу с батьшей эффективностью механизмы переключения синтеза IgM на IgG и формирования клеток памяти. Схема объясняет как большую аффинность IgG по сравнению с таковой IgM, так и преимущественный синтез высокоаффинных IgG антител при вторичном ответе [c.250]

Чтобы выделить геномный клон р53, использовали библиотеки клонированных фрагментов тотальной ДНК мыши или человека. ДНК фрагментировали рестриктазами и встраивали в бактериофаг X, которым затем заражали бактерии. Образовывалось множество бляшек. С ними гибридизовали ДНК ранее полученных клонов и таким образом находили колонии фагов, содержащие ген р53. В результате были изолированы полные геномные копии гена р53 мыши и человека. Сравнение между собою геномных и кДНК клонов позволяет выяснить экзон-интронную структуру гена. Такая работа была проделана почти одновременно в ряде лабораторий, в том числе в нашей [c.43]

Вскоре была определена нуклеотидная последовательность вставки клона Hif-2h и на его основании аминокислотная последовательность, кодируемая внутри открытой рамки считывания. Эта последовательность содержала 189 аминокислот. К тому моменту стала известна первичная структура N-концевого участка одного из лейкоцитарных интерферонов человека, выявленная путем анализа высокоочищенного белка. Из сравнения аминокислотных последовательностей стало ясно, что первая аминокислота зрелого интерферона соответствует 24-му кодону клонированной последовательности, т. е. интерферон Hif-2h (названный интерфероном al) синтезируется в виде предшественника и при созревании и секреции из клеток отщепляет сигнальную последовательность длиной в 23 аминокислоты. Сам зрелый интерферон al содержит 166 аминокислотных остатков. Далее оказалось, что существует различие в пяти аминокислотных остатках из 20 между N-концевой последовательностью интерферона al и последовательностью лейкоцитарного интерферона, которую определили путем анализа из фракций высокоочищенного белка. Вскоре Вейсман с сотрудниками клонировали еще один ген лейкоцитарного интерферона (названный интерфероном о2, или оА) и определили его нуклеотидную последовательность. Соответствующая ей аминокислотная последовательность содержала 165 аминокислот и была сходна, но не идентична последовательности интерферона оА. Из этих результатов стало ясно, что имеется по крайней мере три разных лейкоцитарных а-интерферопа. [c.192]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология