Полные последовательности нуклеотидов ДИ РНК

Б. Полные последовательности нуклеотидов ДИ РНК [c.260]

Полная последовательность нуклеотидов ДИ РНК белка РВ2 определена с использованием техники клонирования ДНК [59, 70], Клон Б длиной в 444 нуклеотида содержит 190 и 254 нуклеотида от 5 - и З -концов гена РВ2 соответственно [70]. Клоны В и С получены из штамма PR/8/34 вируса и только несколько непарностей оснований были обнаружены в этих последовательностях при их сравнении с последовательностью РВ2 штамма прародителя PR/8 А Ц и А У в нуклеотидах 94 и 369 соответственно в клоне В и А Ц, А Ц, У А в нуклеотидах 94, 142 и 369 соответственно в клоне С. Два других клона ДИ РНК содержат 659 (L2a-7) и 611 (L2a-17) нуклеотидов [59], которые соответствовали ожидаемому размеру L2a РНК гена РВ2 штамма WSN (см. рис. 33). Оба L2a-17 и L2a-7 содержат 272 нуклеотида от 5 -конца гена РВ2 штамма и делецию 1682 нуклеотидов (от 273 до 1954 нуклеотидов). Однако L2a-17 содержит дополнительную делецию из 48 нуклеотидов последовательности РЗ (нуклеотиды 2032— 2079). L2a-7 содержит две мутации в 103-м положении нуклеотида (Г Ц) и в 423-м положении нуклеотида (Г А), в то время как L2a-17 содержит одну мутацию (Г А) в 497-м нуклеотиде. [c.260]

Рис. 5.3. Схема электрофореграммы, полученной с помощью химического метода секвенирования ДНК (первая снизу строка соответствует нуклеотиду на 5 -конце и является нуклеотидом Т на уровне первой дорожки. Для определения полной последовательности (отмечено пунктиром) проводят анализ послойно всех дорожек

Гилберт первым обратил внимание на то, что эти недостатки в организации генов эукариот, из-за которых они, по всей видимости, должны сильно уступать прокариотам в точности белкового синтеза, могут обернуться огромными преимуществами в эволюции. Судите сами большая чувствительность к малым изменениям в ДНК и возможность одновременного синтеза зрелых РНК с совершенно различными последовательностями нуклеотидов — все это может обеспечить искомое. А именно испытание самых разных новых вариантов без полного отказа от старого. Это значило бы, что высшие организмы обладают тем механизмом изменчивости и отбора, которого так не хватало для примирения генетики и теории эволюции. [c.80]

В 1965 году Ниренберг заменил в своих опытах полинуклеотиды тримерами с известной последовательностью нуклеотидов. Эти опыты независимым образом подтвердили триплетный характер кода и установили последовательности нуклеотидов в кодонах. В дальнейшем Корана реализовал тонкий способ синтеза длинных полинуклеотидов с известной последовательностью звеньев и применил их в качестве заместителей м-РНК- В результате этих прекрасных работ был получен полный кодовый словарь. А совсем недавно Корана впервые синтезировал ген — участок ДНК, ответственный за синтез одной из т-РНК. [c.283]

В 1965 г. группе американских ученых во главе с Р. Холли удалось установить полную последовательность нуклеотидов в одной из самых низкомолекулярных растворимых РНК — транспортной РНК аланина. Транспортные РНК служат для связывания аминокислот и доставки их Б рибосомы, где производится синтез белка сшиванием аминокислот в последовательности, определяемой кодом ДНК ядра клетки, передава-омьсм в рибосому матричной (информационной) РНК. Каждой аминокислоте соответствует своя транспортная РНК. Мы считаем полезным вкратце изложить работу по расшифровке транспортной РНК аланина в такой мере, чтобы дать понятие о методе полного установления последовательности нуклеотидов в нуклеиновой кислоте. При этом мы будем пользоваться сокращенными обозначениями, примененными авторами этой замечательной работы [c.718]

Ген-это функциональная единица, часть молекулы ДНК. Полное описание структуры и организации генов какого-либо организма подразумевает описание последовательности нуклеотидов в ДНК этого организма. Однако описание полной последовательности нуклеотидов в молекулах ДНК даже мельчайших вирусов составляет колоссальную проблему, практически неразрешимую для молекул ДНК высших организмов. Действительно, существующее у всех видов организмов генетическое разнообразие свидетельствует о том, что ни одна последовательность нуклеотидов в геноме не является уникальной и инвариантной для всех особей вида. Геном Е. соИ состоит примерно из 3,2-10 нуклеотидных пар (н.п.). Ясно, что даже для такого небольшого генома, как Е. соИ, возможно огромное количество различных нуклеотидных последовательностей. Для каждой нуклеотидной пары существуют четыре возможности (АТ, ТА, Gr , G), и, следовательно, число возможных нуклеотидных последовательностей в генотипе Е. oli составляет = jQi,93 io6 гJJJQДQ возможных последовательностей в молекуле ДНК человека, очевидно, много больще этого огромного числа. Содержание ДНК в гаплоидном геноме некоторых эукариотических организмов представлено на рис. 5.1. Числа на шкале показывают, во сколько раз количество ДНК превышает количество ДНК в геноме Е. соИ. [c.127]

В геноме фХ174 есть сайты, узнаваемые многими другими ферментами, перечисленными в табл. 9.1. Количество и локализация сайтов для каждой рестриктазы строго определены. Таким образом, воздействие ка-ким-то ферментом приводит к образованию уже известного количества фрагментов ДНК фиксированного размера. Размер каждого типа фрагментов можно узнать с помощью электрофореза в геле мелкие фрагменты перемещаются в геле быстрее крупных. Так как фрагменты каждого типа характеризуются одинаковым размером и одинаковой последовательностью нуклеотидов, то нуклеотидную последовательность в каждом из них можно определять отдельно, на выделенном посредством электрофореза в геле препарате. Полную последовательность нуклеотидов в геноме можно затем собрать из последовательностей отдельных фрагментов, если знать последовательность самих фрагментов в геноме. [c.270]

В конце 70-х годов были разработаны методы для простого и быстрого определения последовательности нуклеотидов (секвенирования) любых очищенных фрагментов ДНК. Вслед за этим были определены полные последовательности нуклеотидов многих генов млекопитающих. включая гены, кодирующие гемоглобин, инсулин и цитохром с. Объем информации о последовательностях ДНК столь велик (многие миллионы нуклеотидов), что для хранения и анализа имеющихся данных необходимо использовать компьютеры. Секвенировано несколько протяженных последовательностей ДНК, содержащих более 10 пар нуклеотидов среди них полный геном вируса Эпщтейна-Барр (вызывающего у человека инфекционный мононуклеоз), а также полный геном хлоропластов растений. В настоящее время щироко используются два различных метода секвенирования ДНК принципы, лежащие в основе химического метода иллюстрированы рис. 4-66 и 4-67. ферментативный метод объясняется на рис. 4-68. [c.234]

Полная последовательность нуклеотидов 8-го сегмента РНК (ген NS) была определена для четырех различных подтипов вируса гриппа типа А i[7, 66, 96, 137, 138] и для одного вируса гриппа типа В [21]. У трех подтипов вируса гриппа типа А гены NS полностью сохранены, что соответствует результатам гибридизации [110, 111], а ген NS штамма А/утка/А1Ьег1а/60/76 (H12N5) существенно отличается, что совпадает с результатами прямой РНК-РНК-гибридизации. [c.113]

Корень термина геном отсылает нас только к генам, и геном какого-либо организма обычно рассматривается как полная последовательность нуклеотидов его ДНК, в которой записана информация обо всех генах. Действительно, геномы бактерий и дрожжей состоят преимущественно из кодирующих гены областей. Однако у многоклеточных эукариот гены составляют только малую часть генома. Мы еще далеки от детального знания о негенных элементах генома, определяющих функции гетерохроматина, тело-меры, центромеры, участвующих в процессах компактизации хромосомы, транскрипции, репликации, митоза, мейоза, репарации. В настоящее время наиболее важными задачами являются поиск и характеристика элементов генома, определяющих правильную временную и пространственную экспрессию генов, детальная идентификация энхансеров, сайленсеров, инсуляторов и других регуляторных элементов, а также анализ нуклеосомного и/или хроматинового кода, выявление мест связывания различных белковых факторов с ДНК и хроматином. В дальнейшем мы узнаем больше о таких элементах генома, как, например, гены, кодирующие РНК, которые не кодируют белков, участки начала репликации ДНК и генетические элемен- [c.58]

Уточнение карты расщепления ДНК фага Я рядом крупнощепящих рестриктаз после расшифровки в 1983 г. полной последовательности нуклеотидов фагового генома позволило рас- [c.101]

Геном данных вирусов представляет собой линейную двухцепочечную молекулу ДНК размером около 36 тпн, на концах которой находятся небольшие (102 и 103 пн для Ad2 и Ad5 соответственно) инвертированные повторяющиеся последовательности — ITR (от англ. inverted terminal repeats). Аденовирусный геном кроме структурных (вирионных) белков кодирует не менее 15 неструктурных белков. Для молекулы ДНК Ad2 к 1987 г расшифрована полная последовательность нуклеотидов (35 937 пн). [c.372]

Для РНК фага MS2 была установлена полная последовательность всех 3569 нуклеотидов [118]. Некоторые участии этой последовательности показаны на, рис. 15-19. 5 -конец (средняя часть структуры, изображенной в верхнем левом углу) все еще несет трифосфатную группу инициаторного GTP. После ряда шпилек следует защищенный рибосомой участок [119а], который начинается инициаторным кодоном GUG. Этот факт служит прямым доводом в пользу того, что GUG, так же как и AUG, играет роль биологически важного инициаторного кодона. Нуклеотидная последовательность, расположенная вслед за инициаторным кодоном, в точности кодирует почти полностью установленную аминокислотную последовательность вирусного белка. Терминирующий кодон UAG обведен на рисунке рамкой. Вслед за ним расположена короткая межгенная область, включающая одну сторону шпильки, на конце которой расположен инициаторный кодон AUG для следующего гена. Далее расположена последовательность нуклеотидов, точно соот-в <ггву рщ я эцсрериментально установленной последовательности ами- [c.242]

Экзонуклеазы отщепляют нуклеотиды с концов полинуклеотидных цепочек, в то время как эндонуклеазы делают разрывы внутри цепи. Одни из них гидролизуют лишь одноцепочечные молекулы, другие— двухцепочечные. Некоторые нуклеазы разрывают обе цепи ДНК, тогда как другие надрезают молекулу, внося разрыв лишь в одну из цепей. Специфичность ряда нуклеаз отражена в табл. 2-11. Частичный ферментативный гидролиз РНК дает расщепление молекулы на короткие нуклеотидные последовательности, позволяющие далее определить полную последовательность РНК. (Первой РНК, для которой установлена последовательность, была аланиновая тРНК. Расщепление проводили с помощью панкреатической рибонуклеазы и рибонуклеазы Т1 [133]. Очень полезным методом получения нуклеотидных карт оказался двумерный электрофорез в полиакриламидном геле [134]. [c.168]

Способность ДНК к точному самоудвоению при произвольной последовательности нуклеотидов в ее цепях заложена в самом принципе построения ДНК в виде двунитевой структуры со взаимно комплементарными последовательностями. Это означает, что каждая из цепей содержит полную информацию о строении противоположной цепи. Поэтому при расхождении цепей у каждой сохраняется информация, необходимая для воссоздания из мономеров новой цепи, идентичной ушедшей. [c.165]

Бактериальная ДНК ренатурируется гораздо медленнее (время порядка часа) и значительно менее полно, т. к. в смеси из 300 сортов фрагментов лишь одно столкновение из 300 , т. е. из 10 , эффективно. В ДНК высших организмов имеется некоторая часть (достига-юш ая 30—40%), способная ренатурироваться довольно быстро (за время того же порядка, что и бактериальная ДНК). Эта часть ДНК содержит повторяющиеся или многократно дублированные последовательности нуклеотидов. Наличие повторов в цепи ДНК высших организмов, а возможно и бактерий, имеет, по-видимому, глубокое функциональное значение и связано с явлениями регулирования процесса транскрипции. [c.194]

Еще одним доказательством комплементарной природы РНК, полученной на данной ДНК-затравке, служит образование специфического комплекса при нагревании с последующим охлаждением смеси ДНК-затравки и РНК-продукта. При эквимолекулярных соотношениях два полинуклеотида образуют гибридные комплексы, причем ренатурация ДНК исключается благодаря большей стабильности гибрида. Образование гибрида специфично для ДНК-затравки и не происходит с другими дезоксинуклеиновыми кислотами, даже если они обладают сходным нуклеотидным составом. Следовательно, средний нуклеотидный состав, анализ ближайшего соседа и полная комплементарность последовательности — все говорит о доминирующей роли последовательности нуклеотидов в затравочной ДНК в определении природы ферментативно синтезированной РНК- При использовании определенной бактериальной системы Mi ro o us lysodeikti us) не было обнаружено, чтобы матрица и продукт образовывали промежуточные соединения, гибриды (в отличие от ДНК-полимеразы). Далее, после ферментативного синтеза РНК не происходит изменений в плотности матрицы и денатурации (разделении нитей) ДНК- Следовательно, либо двухспиральная ДНК действует как матрица, не раскручиваясь, либо механизм заключается в том, что функционируют небольшие одноцепочечные олигонуклеотидные участки, непосредственно прилега- [c.319]

Установлено, что при ионофорезе на ДЭЛЭ-бумаге в растворителе с pH 1,9 все фосфорилированные нуклеотиды движутся быстрее соответствующих нуклеотидов, содерямщих дополнительный нуклеотидный остаток у 5 -конца. Следовательно, разные нродукты, образующиеся нри деградации олигонуклеотида экзонуклеазой, можно разделить в этой системе но нх длине длинные фрагменты дрижутся медленнее коротких. Расстояние на карте между любыми двумя нуклеотидами, отличающимися только па один остаток, будет зависеть от природы этого остатка. Следовательно, это расстояние дает возможность судить о природе разных остатков поэтому довольно часто можно определить полную последовательность остатков в олигонуклеотиде, проводя деградацию только один раз с носледу- [c.65]

Нужную бактерию отбирают с помощью зонда, как это показано на рис. 25.9. Зонд можно использовать, если известна полная или частичная последовательность ДНК, которую требуется найти. Если же известна аминокислотная последовательность белка, который кодируется данным геном, то по ней можно предсказать последовательность нуклеотидов (по крайней мере, очень близкую к ней). В качестве зондов используют короткие фрагменты ДНК и РНК, которые комплементарны участку нужного гена и поэтому связываются с ним. Например, зонд АГТЦЦА найдет и присоединится с помощью водородных связей к последовательности ТЦАГГТ. Зонды могут быть очень короткими (15—20 нуклеотидов) или более длинными. Обычно зонд изготавливают из нуклеотидов, меченных радиоактивным элементом Р. При связывании зонда с ДНК радиоактивность является маркером, который выявляют методом радиоавтографии (рис. 25.9). [c.224]

Для низкомолекулярной РНК 5 S из соИ, содержащей 120 нуклеотидов, определена полная нуклеотидная последовательность Показано, что на концах цепи имеются специфические нуклеотидные последовательности, отличные от тРНК, в частности у З -конца последовательность нуклеотидов p pApU. [c.461]

Другое важное наблюдение было сделано при структурном анализе-А-белка триптофан-синтазы у обратных мутантов Тгр+, полученных из Тгр -мутанта trpA23. У части таких обратных мутантов Тгр в 210-м. положении вместо вредного аргинина мутанта irpA23 был обнаружен нормальный глицин. Это хорошо согласуется с рассмотренной в гл. XIII возможностью того, что в результате обратной мутации восстанавливается исходная последовательность нуклеотидов в мутантном гене, а следовательно, и нормальная аминокислотная последовательность в соответствующем белке. Однако у некоторых других обратных мутантов в А-белке в 210-м положении оказался не нормальный глицин, а серин. Это наблюдение является прямым доказательством существования невидимых, мутаций , в случае которых, как это было предположено в гл. VI, мутационная замена одного аминокислотного остатка на другой остается незамеченной. Действительно, как видно из приведенного примера, некоторые замены аминокислот в первичной структуре полипептида (такие,, как замена глицина на аргинин в 210-м положении) приводят к полной потере каталитической функции А-белка триптофан-синтазы, тогда как другие замены в том же положении (такие, как замена глицина на серин) не мешают каталитической функции возникшего мутантного фермента [c.366]

Ген-это последовательность ДНК, несущая информацию об определенном белке. Еще совсем недавно это казалось вполне достаточным (если не полным) биохимическим определением. Последовательность ДНК можно было бы определить как непрерывную линейную последовательность нуклеотидов, колинеарную аминокислотной последовательности соответствующих белков. Однако, как теперь уже установлено, последовательность, в которой закодирован белок, не всегда непрерывна. Она может прерываться вкрапленными в нее некодирующими участками. Таким образом, гены могут состоять из отдельных кусков, соединяющихся воедино в процессе генной экспрессии. [c.8]

Смотреть страницы где упоминается термин Полные последовательности нуклеотидов ДИ РНК: [c.282] [c.33] [c.155] [c.22] [c.33] [c.155] [c.43] [c.22] [c.503] [c.108] [c.99] [c.107] [c.466] [c.194] [c.74] [c.74] [c.76] [c.77] [c.311] [c.163] [c.146]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология