Расщепление ДНК

Расщепление нуклеиновых кислот под влклнием специфических ферментов — эндо- и экзонуклеаз — сопровождается разрывом фосфо-диэфирной связи и образованием продуктов различной величины, которые могут быть разделены методами электрофореза и хроматографии. Это широко используется при анализе последовательности нуклеотидов в молекулах РНК и ДНК., Особое значение при развитии генной инженерии получило расщепление ДНК специфическими эндонуклеазами (рестриктазами), позволяющее получать отрезки ДНК определенной длины и нуклеотидного состава. > [c.175]

Обработка образца ДНК определенной рестриктазой всегда дает один и тот же набор фрагментов - при условии, что расщепление происходит по всем сайтам узнавания. Если использовать несколько ферментов рестрикции и сначала обработать ДНК каждой из рестриктаз в отдельности, а затем их комбинациями, можно построить физическую карту данной ДНК, т. е. установить порядок следования сайтов рестрикции вдоль молекулы. Определив размер полученных фрагментов с помощью гель-электрофореза, можно найти положение рестрикционных сайтов (дополнение 4.1). На рис. 4.4,А указаны размеры фрагментов, полученных в результате расщепления ДНК разными рестриктазами и их смесью. Из этих данных следует, что данный участок ДНК имеет по два сайта для ВатШ и ЕсоШ. [c.53]

Следует подчеркнуть, что до сих пор нее успехи в этой области ограничивались дизайном упрощенных аналогов, способных воспроизводить только само расщепление ДНК природными прототипами. Между тем, структуры всех ендииновых антибиотиков содержат также домены, составляющие элементы систем доставки агента к мишени и его селективного связывания с этой мишенью (см. выше). Функционирование этих систем управляется гораздо более прихотливыми взаимодействиями между вовлеченными в события молекулами, которые пока затруднительно недвусмысленно интерпретировать в терминах причины и следствия (ср. обсуждегаде вопросов молекулярного узнавания в разд. 4.2.3). Поэтому рациональный дизайн структурных фрагментов, котор7а1е следует присоединить к молекуле аналога с тем, чтобы он и в этом отношении функционировал подобно природному образцу, представляет несраБненно более трудную задачу. Пока что достижения в этом направлении не слишком выразительны и основаны главным образом на чисто эмпирическом варьировании природы привесков (таких, как ароматические циклы или углеводные остатки) [40Ь]. Тем не менее, есть все основания ожидать, что накопление экспериментальных данных в конечном итоге принесет реальный прорыв в понимании основных особенностей явлений молекулярного узнавания и связывания, что сделает возможным создание более изощренных моделей, наделенных способностью к специфическому связыванию с ДНК. [c.532]

Нуклеотидная последовательность в операторном участке была установлена [43] путем расщепления ДНК дезоксирибонуклеазой в присутствии репрессорного белка. Будучи связанным, репрессор защищает участок, состоящий из 27 нуклеотидных пар (показано на рисунке). Поразителен тот факт, что центральная часть оператора располагается в участке с вращательной симметрией второго порядка (гл. 2, разд. Г, 11). В результате цепь ДНК оказывается способной образовывать петли, благодаря которым структура ДНК приобретает крестообразную форму (рис. 2-30 и 15-4) [44]. Есть все основания думать, что такая структура может легче связываться с тетрамерным репрессор-ным белком, чем линейная форма. [c.204]

Обычно химическая процедура расщепления ДНК выполняется одновременно для четырех одинаковых проб ДНК с использованием химических агентов, расщепляющих ДНК по отдельным нуклеотидам (Т, С, G и А). Полученные образцы подвергают электрофорезу на параллельных дорожках одного геля, и по его результатам можно определить нуклеотидную последовательность ДНК (рис. 5.3). [c.109]

При расщеплении ДНК рестриктазой Ы образуются фрагменты с липкими концами [c.61]

ГОбратите внимание, что они обрамляют всю группу (кластер) генов, а не отдельные транскрипционные единицы.] — участок расщепления ДНК рестриктазон ЕсоН1, располагается всегда в одном и том же месте кластера [c.248]

При полном расщеплении ДНК фага X рестриктазой Hind П1 образуются фрагменты, содержащие 23130, 9416, 6557, 4361, 2322, 2027, 564 и 165 пар оснований они могут быть разделены с помощью электрофореза в геле агарозы. [c.175]

Расщепление ДНК происходит обычно в пределах сайта узнавания, редко-на onpeA jteHHOM расстоянии от него. При зтом образуются фрагменты ДНК либо с ровными (тупыми) концами, либо с выступающими (ли. ткпми) 5 - или З -концами (см. рис.). Р. с одинаковыми сайтами узнавания наэ. нэошизомерами. [c.259]

Специфическое расщепление ДНК рестрикцирующими нук-леазами, что в значительной степени ускоряет вьщеление различных генов и манипуляции с ними. [c.106]

Расщепление ДНК в специфических участках нуклеотидных последовательностей осуществляется особыми ферментами — рестрикцирующими нуклеазами, способными разрушить чужеродную ДНК. Все ферменты условно можно разделить на следующие группы [c.107]

Типичный эксперимент по клонированию генов включает следующие этапы. 1. Рестрик-тазное расщепление ДНК, выделенной из организма, который содержит искомый ген. 2. Обработка вектора для клонирования (обычно плазмидного), который может реплицироваться в клетке-хозяине, теми же рестриктазами, которые использовались для расщепления донорной ДНК. 3. Смещивание этих двух образцов ДНК и сшивание фрагментов ДНК-лигазой фага Т4. 4. Трансформация сшитыми молекулами клеток-хозяев. Амплификация рекомбинантной ДНК в трансформированных клетках. [c.78]

Микроорганизмы, синтезирующие эндонуклеазы рестрикции, выработали систему самозащиты они метилируют одно или несколько оснований рестриктазного сайта, и расщепление ДНК в этом сайте гомологичной эндонуклеазой рестрикции блокируется. Грамотрицательные микроорганизмы имеют еще один механизм защиты эндонуклеазы рестриьщии у них локализованы в периплазматическом пространстве. Благодаря такой компартментализации происходит физическое разделение рестриктаз и ДНК и при этом обеспечивается свободный доступ метилирующего (модифицирующего) фермента к хромосомной ДНК. Кроме того, это защищает клетку от проникновения в нее любой чужеродной ДНК, например вирусной. [c.248]

Из очерченных выше основных особенностей взаимодействия 293 с ДНК можно извлечь важные заключения. Сложная молекула антибиотика состоит из нескольких легко различимых фрагментов, каждый из которых ответственен за определенные аспекты общей работы по расщеплению ДНК. Тет-расахаридный домен обеспечивает доставку антибиотика к мишени (гидро-фильность, и за счет этого совместимость с водными фазами организма) и селективное связывание с определенным сайтом ДНК. Сопряженный евди-иновый фрагмент в составе десятичленного цикла представляет собой своего рода боеголовку , вызывающую расщепление ДНК. Спусковой механизм этой боеголовки — аллилтиолатный фрагмент, представленный своей латентной формой — трисульфидом, что обеспечивает предохранение от спонтанного инициирования взрыва боеголовки , т. е. преждевременного осуществления циклизации Бергмана вне контакта с ДНК, скажем, в процессе доставки к мишени. В структуре других антибиотиков ендииновой группы также можно обнаружить молекулярные устройства, выполняющие аналогичные функции (см. ниже). [c.523]

Рис. 95. Электрофореграмма реакционных смесей после модификации я.ч-килирующими производными 30.3-звенного одноцепочечного фрагмента ДНК. Реакционная смесь обрайаты-валась пиперидином для расщепления ДНК по точкам алкилирования

ДНазы 1 и И используются для расщепления ДНК с целью получения коротких фрагментов. [c.310]

А. Расщепление ДНК по гуаиозиновым звеньям осуществляется неполной модификацией ДНК диметилсульфатом. Метилирование затрагивает атом азота в положении (7) в С. а также N (1) и N (3) положения в А. Продукт неполной модификации обрабатывается пиперидином при повышенной температуре- При этом N-гликoзид-ная связь разрывается и полииуклеотидная цепь подвергается фрагментации с образованием продуктов, содержащих на 5 - и 3 -концах фосфатные группы (рис. 181). [c.322]

Б- Ввиду отсутствия специфического метода расщепления ДНК по остаткам аденина применяется неполное расщепление цепи по пуриновым звеньям. Сравнительный анализ результатов двух типов расщепления (суммарно по пуриновым остаткам и только по гуано-зинам) дает возможность дифференцировать олигонуклеотиды, являющиеся продуктами расщепления по А. Для фрагментации по остаткам пурииа используется лабильность N-гликозидной связи пуриновых дезокснрибопроизводных в кислой среде. ДНК подвергается кратковременной обработке мурааьиной кислотой, в результате которой часть пуриновых оснований удаляется, и поли-нуклеотидная цепь затем расщепляется по образующимся дезокси-рибозным остаткам под действием пиперидина. Из модельного олигонуклеотида при этом должны образоваться следующие меченые соединения [c.322]

Такими комплементарными последовательностями могут быть, в частности, одноцепочечные участки, образующиеся прн расщеплении ДНК какой-либо рестриктазой. На схеме б представлен пример образования лнпких концов при расщеплении ДНК рестриктазой ЕсоК1. Со значительно меньшей скоростью, но все же достаточно эффективно фермент соединяет между собой полностью двуспиральные фрагменты ДНК с З -ОН- и б -РО -груп-пами (схема в). [c.353]

Реакиии (5-элиминирования широко используются при определении пераичной структуры нуклеиновых кислот. На них, в частности, основаны методы специфичных расщеплений ДНК и РНК после деструкции различного типа оснований химическими агентами. [c.396]

Дезоксирибонуклеазы—ферменты, катализирующие расщепление ДНК по фосфорнодиэфирной связи. Относятся к классу ггадролаз, содержатся в клетках животных, растений и микроорганизмов. [c.90]

М. М. Шемякиным выделен фермент АТФ-зависимая ДНКаза, играющая важную роль в генетической рекомбинации (через расщепление ДНК) открыт белковый ингибитор АТФ-зависнмой ДНКазы [90]. [c.105]

Межнуклеотидные связи в ДНК и РНК можно химически расщепить с помощью гидролиза. Их можно гидролизовать и ферментами, которые называются ну-клеазами. Некоторые нуклеазы способны расщеплять связи между двумя соседними нуклеотидами, расположенными внутри цепи ДНК или РНК такие нуклеазы называют эндонуклеазами. Нуклеазы другого класса могут катализировать гидролиз только связи концевого нуклеотида-или у 5 - или у 3 -конца молекулы эти ферменты относятся к экзонуклеазам. Дезоксирибонуклеазы, специфически расщепляющие определенные межнуклеотидные связи в ДНК, и рибонуклеазы ферменты, специфичные к РНК, найдены во всех живых клетках. Они секретируются, в частности, поджелудочной железой в кишечный тракт, где принимают участие в гидролизе нуклеиновых кислот в процессе пищеварения. Ниже мь1 увидим, что различные типы эндонуклеаз представляют собой важный биохимический инструмент для контролируемого расщепления ДНК и РНК на меньшие фрагменты при определении их нуклеотидной последовательности. [c.857]

Смотреть страницы где упоминается термин Расщепление ДНК: [c.520] [c.520] [c.523] [c.530] [c.148] [c.178] [c.259] [c.108] [c.137] [c.78] [c.361] [c.520] [c.520] [c.530] [c.104] [c.372] [c.747] [c.148] [c.32] [c.886] [c.981]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология