Заполнение брешей

Синтез генов с помощью ПЦР Получение генов с помощью ПЦР - гораздо более быстрый и экономичный метод, чем тот, который основан на отжиге олигонуклеотидов с перекрывающимися концами, заполнении брешей с помощью ДНК-полимеразы и сшивании разрывов ДНК-лигазой. В одной из методик конструирование гена начинается с отжига двух перекрывающихся олигонуклеотидов (А и В), отвечающих центральной части гена (рис. 5.24). После отжига образуется дуплекс с заглубленными 3"-гидроксильными группами, служащими точками инициации синтеза комплементарных цепей при ПЦР. Затем в реакционную смесь добавляют еще два олигонуклеотида, С и [c.102]

I а Идентификация и заполнение брешей на отстающей цепи ДНК. Деградация праймеров [c.451]

Заполнение брешей в химерной плазмиде с помощью лигазы [c.239]

Основные этапы реакции внедрения показаны на рис. 36.7. Они включают образование ступенчатого разреза в ДНК мишени, соединение транспозона с образующимися одноцепочечными концами и заполнение брешей. Образование и достройка ступенчатых концов делают понятным наличие прямых повторов ДНК мишени в сайте внедрения. Расстояние между разрезами на двух цепях определяет длину прямых повторов следовательно, повтор последовательности мишени, характеризующий каждый транспозон, отражает способ действия фермента, вовлекаемого в процесс разрезания ДНК мишени. [c.464]

З -ОН-конец предшествующего фрагмента цепи ДНК служит затравкой для проявления 5 - З -экзонуклеазной активности (удаление РНК) и полимеразной активности (заполнение бреши) ДНК-полимеразы I. После замены участка РНК на соответствующий участок ДНК между двумя соседними фрагментами цепи ДНК остается разрыв, который закрывается ДНК-лигазой. [c.108]

Наш опыт подсказывает, что использование космид для картирования геномов эукариот не лишено недостатков, хотя этот метод оказался очень удачным, по крайней мере для одного прокариота (см. ниже). Весьма вероятно, что быстрое заполнение разрывов в карте будет обеспечено методом YA . Скорее всего удастся получить Я-клоны, необходимые для более точного заполнения брешей в космидной карте. [c.55]

J Заполнение бреши, лигирование [c.235]

Протяженные инвертированные повторы, по-видимому, могут обусловливать образование в процессе трансформации одноцепочечной гантелевидной структуры (если разрыв плазмиды произошел в повторе). В результате заполнения бреши и репликации структура плазмидной ДНК восстановится (7). [c.238]

Заполнение бреши с помощью Pol I, ник-трансляция с удалением димера, лигирование ДНК [c.102]

Заполнение брешей с помошью ДНК-полимеразы I [c.88]

Тиминовые димеры вырезаются при помощи ферментов репарации. У Е. oli специфичная нуклеаза, вырезающая тиминовый димер, кодируется тремя генами, белковые продукты которых после ассоциации образуют активный комплекс, функционирующий при участии АТФ. Этот комплекс присоединяется к цепи ДНК и производит два разрыва на расстоянии семи нуклеотидов от 5 -конца тиминового димера и четырех нуклеотидов от З -конца этого же димера. После вырезания поврежденного олигонуклеотида однонитевый участок неповрежденной цепи защищается при помощи SSB-белка от непрограммируемой деградации. Заполнение бреши происходит при помощи ДНК-полимеразы I, синтезирующей короткие олигонуклеотидные фрагменты ДНК. Эти фрагменты затем при помощи ДНК-лигазы ковалентно присоединяются к цепи ДНК. Таким образом, полностью устраняются повреждения, и восстанавливается нативная двухцепочечная спираль ДНК. [c.454]

Интенсивные исследования в области красителей вне Германии, начатые в 1920 г., были прерваны второй мировой войной в 1939 г. В период войны анилинокрасочные фирмы были заняты в первую очередь производством красителей оливковых, синих и хаки и использованием существующих производственных и лабораторных ресурсов для нужд войны. Возвращение анилинокрасочной промышленности к нормальному производству произошло сразу же после окончания войны. С целью заполнения бреши, возникшей в снабжении красителями из-за расчленения IG, анилинокрасочными предприятиями были приняты расширенные программы производства. Послевоенный период еще слишком короток для появления новых открытий в области химии красителей, тем более, что все патенты и публикации находятся в ведении отдельных предприятий. Большинство работ по химии красителей уже многие годы выполняется в лабораториях крупных фирм, и, естественно, между открытием и его опубликованием проходит значительное время. Поэтому патенты, опубликованные после 1945 г., отражают исследования довоенных лет и в ряде случаев они не содержат ничего принципиально нового. Например, шведские фирмы взяли ряд патентов, описывающих превращение прямых красителей для хлопка в медные комплексы (непосредственно или на волокне), что является просто видоизменением общеизвестных способов. Большей новостью является получение красителей метинового или азометинового рядов из 2,4-диарилпирролов (I I). Развитие химии антрахиновых красителей шло по пути улучшения методов получения уже известных полупродуктов и красителей и модификации строения красителей основных классов (ациламидоантрахинонов, полиантримидов, карбазолов, индантронов и дибензантронов), а не по пути открытия новых типов. Очень многообещающим является применение фталоцианинов для текстильной промышленности. [c.39]

Е. соИ или фага Т4. ДНК-полимераза I обладает способностью удлинять цепь ДНК в направлении 5 3 путем присоединения комплементарного нуклеотида. Это свойство ДНК-полимераз используется в генной инженерии для построения второй комплементарной цепи при добавлении фермента к одноцепочечной ДНК-матрице в присутствии праймера произойдет ее удвоение. Это свойство используется, например, при создании кДНК-библиотек. ДНК-полимераза применяется также для заполнения бреши в цепи ДНК, например, при застраивании фрагментов с выступающими 5 -концами. Экзонуклеазная активность ДНК-полимераз используется для введения радиоактивной метки во фрагмент ДНК. [c.24]

Взаимодействие между сильным генетическим полем и несравненно более слабым, но содержащим малый сгусток тождества полем основного мутагена приводит к формированию валентной связи между нуклеотидом и нормальным мутагеном. В следующее мгновение нуклеотид, загрязненный возросшим химическим весом слившегося с ним мутагена, выбрасывается, подвергаясь хемостракизму. Устойчивое состояние возобновляется лишь с видоизмененным или повторяющим прежнее заполнением бреши, или ликвидацией ее путем склеивания. [c.27]

На фиг. 187 схематически изображен такой процесс репарации тиминовых димеров за счет иссечения и заполнения брешей, предложенный Сетлоу и П. Говард-Фландерсом. По этой схеме одна или несколько молекул ферм-ента постоянно обегают кольцевой бактериальный геном, выискивая в двойной спирали ДНК наличие структурных нарушений, подобно тому как на железных дорогах испытательные вагоны, двигаясь по путям, проверяют рельсы. Когда такой фермент встречает нарушение двойной спирали, обусловленное тиминовым димером, он вызывает два разрыва в полинуклеотидной цепи. В результате происходит иссечение тиминового димера вместе с несколькими соседними нуклеотидами. Образующаяся брешь заполняется под действием репарнрующей ДНК-полимеразы, которой, возможно, является ДНК-полимераза Корнберга (см. гл. IX). Эта полимераза добавляет нуклеотиды к З -ОН-концу нуклеотида в старой полинуклеотидной цепи и использует в качестве матрицы неповрежденную комплементарную цепь ДНК, в которой в этом участке не произошло образования ультрафиолетового повреждения . Наконец, восстановление двойной спирали ДНК завершается образованием фосфодиэфирной связи между З -ОН-концом последнего нуклеотида, включенного при репарационной репликации, и 5 -ОН-концом нуклеотида на конце старой полинуклеотидной цепн. Эта реакция осуществляется ДНК-лигазой, действие которой показано на фиг. 104. [c.377]

СТИ ДНК-полимеразы I, которая благодаря своей полимеразной активности может также участвовать в заполнении брешей, возникших после удаления затравочных фрагментов. Остаюшиеся после этого 3 -ОН/5 -Р04-одноцепочечные разрывы зашиваются ДНК-лигазой, которая, таким образом, завершает образование непрерывного сахарофосфатного остова отстающей цепи. [c.118]

На первом этапе происходит выщепление плеча сшивки ферментами uvr-системы — системы эксцизии, на втором — защита однотяжевого участка от действия нуклеаз с помощью фермента рестрикции-модификации (RMh), который в обычных условиях обеспечивает клетке способность узнавать и разрушать чужеродную ДНК, на третьем — заполнение бреши в ходе синтеза de novo при помощи продуктов генов гее А и lex А. Если же в клетке представлен второй геном, неповрежденный в данном сайте, то заполнение бреши идет рекомбинационным путем, контролируемым продуктами гена гес А. [c.303]

Фотохимические повреждения могут реализоваться в мутационные изменения генома (миссенс-мутации, нонсенс-мутации, мутации сдвига рамки, супрессорные мутации) за счет возникновения ошибок в ходе следующих основных процессов заполнения бреши ДНК при эксцизионной репарации заполнения бреши ДНК при пострепликационной рекомбинации перескока ДНК-полимеразы через неэлиминированное повреждение при репликации. [c.310]

Как цитозиновые, так и адениновые основания спонтанно дезаминируются с образованием урацила и гипоксантина соответственно. Поскольку в норме ДНК не содержит ни урацила, ни гипоксантина, нет ничего удивительного в том, что специфические N-гликозилазы узнают эти аномальные основания и удаляют нх. Образовавшийся разрыв служит сигналом для действия репарационных пурин- или пи-римидинспецифичных эндонуклеаз, расщепляющих фосфодиэфирную связь возле соответствующего участка повреждения. После этого при последовательном действии экзонуклеазы, репарационной ДНК-полимеразы и ДНК-лигазы происходит заполнение бреши и восстановление исходной правильной структуры (рис. 38.22). Эта цепь событий получила название эксцизионной репарации. Сходным образом происходит процесс репарации ДНК, содержащей алкилированные основания и аналоги оснований. [c.80]

Р. Оказаки, используя очень кратковременное (несколько секунд) мечение реплицирующейся ДНК с помощью Н-тимидина, показал, что значительная часть вновь синтезированной ДНК выделяется в виде коротких меченых фрагментов 1000— 2000 нуклеотидов. Эти фрагменты, получившие название фрагментов Оказаки, соответствуют коротким участкам репликации второй комплементарной цепи. На ней ДНК также синтезируется в направлении 5 —3. Каждый фрагмент Оказаки инициируется коротким полирибонуклеотидом (около 10 звеньев), который и служит затравкой для дальнейшего роста полидезоксирибонуклео-тида (рис. 6.11). После удаления РНК и заполнения бреши с помощью ДНК-полимеразы I фрагменты соединяются ковалентно. Эту реакцию выполняет фермент ДНК-лигаза, замыкающая фос-фодиэфирные связи. [c.128]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология