Сайт интеграции

Вирусная ДНК встраивается в случайные сайты генома клетки-хозяина. Инфицированная клетка содержит от одной до десяти копий провируса. В каждом сайте внедрения образуются короткие прямые повторы ДНК мишени. Их длина у разных вирусов может быть равна 4, 5 или 6 парам оснований. Наличие прямых повторов свидетельствует о том, что механизм интеграции включает образование ступенчатых разрезов в ДНК хозяина, аналогичных тем, которые образуются при бактериальной транспозиции. Сайт интеграции специфичен в отношении вируса, и интегрированная ДНК отличается от неинтегрированной двумя парами оснований в каждом конце. Таким образом, интегрированная вирусная ДНК утрачивает две пары оснований в левом конце 5 -концевой последовательности из и две пары оснований в правом конце З -концевой последовательности U5. [c.491]

Если вектор представляет собой плазмиду, реплицирующуюся независимо от хромосомы, то он должен содержать сайт инициации репликации, функционирующий в хозяйской клетке. Если же вектор предназначен для встраивания в хозяйскую хромосомную ДНК, то для обеспечения рекомбинации он должен нести последовательность, комплементарную определенному участку хромосомной ДНК хозяина (хромосомный сайт интеграции). Поскольку технически многие операции с рекомбинантными ДНК сложнее проводить в клетках эукариот, чем прокариот, большинство эукариотических векторов сконструированы как челночные. Другими словами, эти векторы несут два типа сайтов инициации трансляции и два типа селективных маркерных генов, одни из которых функционируют в Es heri hia oli, а другие — в эукариотических хозяйских клетках. Такие векторные системы экспрессии разработаны для дрожжей, насекомых и клеток млекопитающих. [c.136]

Идентификация подходящего сайта интеграции, т. е. сегмента хозяйской ДНК, последовательность которого может быть прервана без ущерба для функционирования клетки. [c.123]

Выделение и клонирование всего хромосомного сайта интеграции или его части. [c.123]

Встраивание нужного гена вместе с регулируемым промотором в клонированный сайт интеграции (рис. 6.15, А) или вблизи него (рис. 6.15, Б). [c.123]

Перенос полученной генетической конструкции хромосомный сайт интеграции/клонированный ген в хозяйскую клетку в составе плазмиды, не способной к автономной репликации в клетках этого хозяина. [c.123]

Рис. 57.4. Схематическое изображение процесса активации протоонкогена в результате вставки энхансера. А. Нормальная хромосома курицы содержит неактивный ген туе. Б. Вирус лейкоза птиц встраивается в хромосому в форме провируса в области, соседней с геном туе. В данном случае, однако, сайт интеграции расположен за геном туе и не может работать как промотор (рис. 57.6). Определенная последовательность провируса в данном случае выступает в роли энхансера, что ведет к активации гена туе и транскрипции его. Для простоты изображена лишь одна цепочка ДНК.

В специфический хромосомный сайт Е8-клеток можно не только встроить трансген, кодирующий какую-то новую функцию, но и направленно разрушить этот сайт интеграцией с его кодирующей областью специфической последовательности (обычно селективного маркерного гена) (рис. 19.7). Одна из задач направленного нарущения ( нокаута ) гена состоит в исследовании влияния этого процесса на развитие организма и протекающие в нем физиологические процессы. Кроме того, есть надежда, что трансгенных животных с нарушением в определенном гене можно использовать как модель для изучения болезней человека на молекулярном уровне. [c.425]

Сайт интеграции для профага X [c.245]

Сайт интеграции для профага Ф 80 [c.245]

Сайт интеграции для профага 82 [c.245]

Сайт интеграции для профага 434 [c.245]

То, что поступление бактериальных генов из Hfr в F -клетку происходит последовательно, всегда начиная с сайта интеграции F-фактора в бактериальную хромосому, дает возможность картировать гены по порядку их попадания в F -клетку (подробнее мы обсудим это в следующем разделе). Как показано на рис. 8.5, проникновение хромосомы в F -клетку всегда начинается с нуклеотидной последовательности интегрированного F-фактора. При этом в F -клетку поступает не весь F-фактор. Для того чтобы в клетку попала оставшаяся его часть, необходимо, чтобы в F перешла вся Hfr-хромосома. Это случается очень редко из-за спонтанных разрывов конъюгационной трубки, и поэтому большинство отбираемых рекомбинантов остаются принадлежащими F -типу. [c.236]

Рис. 8.8. Сайты интеграции F-фактора в хромосому некоторых Hfr-штаммов Е. соИ. Вставки обозначены стрелками, направление которых соответствует направлению передачи хромосомы при конъюгации. Стрелки внутри хромосомы указывают отношения сцепления, установленные для некоторых Hfr-штаммов. Наложение этих стрелок свидетельствует о кольцевой форме генетической карты.

Примерно половина всех линий трансгенных мышей не экспрессирует трансген. По-видимому, это связано либо с присутствием в трансгене ингибиторных последовательностей (например, некоторых последовательностей прокариотического происхождения см. разд. 10.4.1), либо с особенностями конкретного сайта интеграции трансгена экзогенная ДНК может интегрироваться в транскрипционно неактивные области хромосом. Если же экзогенная ДНК экспрессируется в трансгенном организме, этот процесс в большинстве случаев контролируется [c.350]

Слева или справа от любого конъюгативного транспозона находится участок ДНК длиной несколько пар нуклеотидов, который он прихватил с собой из предыдущего сайта интеграции. Предложите модель транспозиции конъюгативных транспозонов. [c.64]

Если клетка трансформирована нереплици-рующейся плазмидой, несущей клонированный ген в середине клонированного фрагмента с хромосомным сайтом интеграции, то может произойти спаривание между гомологичными нуклеотидными последовательностями плазмиды и хозяйской ДНК (рис. 6.15, А) и далее интеграция в результате двойного кроссинговера, осуществляемого ферментами клетки-хозяина. Альтернативный вариант — интеграция всей плазмидной ДНК в хромосому хозяина в результате одиночного кроссинговера (на рисунке не показано). Интеграция всей плазмиды может произойти и в том случае, если клонированный [c.123]

Схематическое изображение элемента opia представ-лерю на рис. 37.2 данные, характеризующие его структуру, приведены в табл. 37.1. Элемент имеет протяженность, равную 5000 пар оснований, и содержит идентичные прямые концевые повторы из 276 пар оснований. Каждый из прямых повторов заканчивается сходными инвертированными повторами. В сайте интеграции образуется прямой повтор из 5 пар оснований ДНК мишени. Среди известных сайтов внедрения общая последовательность не выявлена, хотя региональная предпочтительность, свойственная некоторым бактериальным транспозонам, вероятно, может существовать. Дивергенция между отдельными членами семейства opia [c.474]

В опытах по трансфекции массу добавленной к реципиентным клеткам ДНК обычно увеличивают за счет избытка ДНК-носителя, препарата какой-то другой ДНК (например, ДНК спермы лосося). Доказано, что трансфицируемые клетки получают ДНК-носитель в виде последовательностей, фланкирующих селектируемые с каждой стороны. Следовательно, трансфекция осуществляется структурой ДНК, состоящей из ряда сцепленных последовательностей всех типов, присутствующих в препарате донора. Поскольку ревертанты по селектируемому маркеру утрачивают весь этот материал, кажется вероятным, что трансфицируемые клетки приобретают только одну такую структуру ДНК. Данная структурная единица может образовываться благодаря конкатемерному сцеплению донорных последовательностей в ходе реакции, которая проходит очень быстро по сравнению с другими событиями, вовлекаемыми в процесс трансфекции. Такая трансфицируемая единица может иметь протяженность около 1-10 п.н. Мы не можем установить с помощью метода гибридизации, сцеплена ли донорная единица с хромосомной ДНК реципиента (интересующие нас концевые фрагменты представлены в слишком незначительных количествах). Вероятно, что первая стадия процесса заключается в образования нестабильных внехромосомных единиц, которые впоследствии стабилизируются в результате интеграции. В некоторых клеточных линиях методом гибридизации in situ было показано, что трансфицированные клетки содержат донорный материал, интегрированный в хромосомы хозяина. Любая определенная клеточная линия имеет только один сайт интеграции однако сайты в каждой линии различны. Вероятно, выбор сайта для интеграции - случайное событие иногда оно связано с большими хромосомными перестройками. [c.500]

Чем вызваны вариации в экспрессии генов Одно из объяснений, часто используемое для случаев трансфицированных генов и интегрированных геномов ретровирусов, связано с предполагаемой важной ролью сайта интеграции. Возможно, что ген выражается, если он интегрирован только в пределах активного домена. Другая возможность заключается в наличии эпигенетической модификации. Некоторые из трансфицированных генов мышей оказались метилированными. (Так как донорная ДНК не несла метильные группы, это наблюдение позволяет предположить, что существует фермент, способный осуществлять метилирование de novo.) Изменения в способе метилирования генов могут обусловливать [c.502]

Важными сигналами являются места начала репликации (ori-сайты), сайты интеграции транспозонов, фагов и вирусов, места атаки топоизо-мераз, "горячие" точки мутагенеза, а также многочисленные сайты связывания с разными белками. [c.117]

Этот подход избавляет нас от необходимости выделять специфический мутант, поскольку он подразумевает использование бактериальных генов, которые дают селективные преимущества при их экспрессии в клетках млекопитающих [28]. Для этого конструируют плазмидные и ретровирусные векторы, в которых бактериальные гены сочетаются с промоторами, местами сплайсинга и сигналами полиаденилирования млекопитающих. Введение бактериальных генов в клетки млекопитающих с по--мощью трансфекции или инфекции приводит к их случайному распределению в геноме реципиента. В качестве примера бактериальных генов, способных обеспечивать селективные преимущества клеток млекопитающих, можно назвать ген Е. oli gpt (он позволяет клеткам-реципиентам утилизировать ксантин в качестве предшественника для биосинтеза пуринов) и генлео (он обусловливает устойчивость клеток млекопитающих к антибиотику G418) [29]. Основной недостаток этого метода — случайное распределение сайтов интеграции однако последние исследования позволяют надеяться, что с помощью гомологичной рекомбинации удастся осуществлять направленную интеграцию. [c.12]

Мини-Ми фаги отличаются целым рядом преимуществ перед угими транспозопами в плане осуществления геномных пере-. л Ю1 )нирования ДНК in vivo 1) у них высока частота транс-и гзиции 2) нег специфичности к сайтам интеграции 3) достаточ-широк круг хозяев 4) ими можно управлять с помощью [c.63]

Рис. 4.3. Схема интеграции ДНК фага Л в бактериальную хромосому и механизм образования трансдуцируюших фагов а — кольцевая X ДНК б — участок бактериальной хромосомы около сайта интеграции профага ВОВ в — профаг с прилегающими бактериальными генами и способы его неправильного исключения г — трансдуцирующие фаги, дефектный Q gal) и жизнеспособный (Xp /o)

Смотреть страницы где упоминается термин Сайт интеграции: [c.186] [c.123] [c.124] [c.146] [c.147] [c.148] [c.148] [c.148] [c.422] [c.564] [c.58] [c.211] [c.250] [c.114] [c.178] [c.48] [c.59] [c.60] [c.61] [c.119] [c.333] [c.374] [c.412]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология