Некоторые последовательности вирусных

Вирус табачной мозаики (ВТМ). Из всех вирусов наиболее хорошо изучен растительный вирус табачной мозаики. Тем не менее сведения, которыми мы располагаем в настояш,ее время, вероятно, еще далеко не достаточны для полного описания его строения. Физические исследования показали, что ВТМ представляет собой тонкий стержень длиной 3000 А и диаметром 150 А. Вес такой частицы равен 39- 10 . Из этого числа 5% приходится на РНК, константа седиментации которой равна 27S, а молекулярный вес 2,0 10 . Если бы цепь РНК вируса полностью вытянуть, она была бы в 10 раз длиннее вирусной частицы. Остальные 95% вируса приходятся на белок, который состоит из 2130 идентичных субъединиц. В состав каждой субъединицы, имеющей молекулярный вес 17 420, входит 158 аминокислот. Белок вируса табачной мозаики является третьим белком после инсулина и рибонуклеазы, для которого полностью установлена последовательность аминокислот. Каждая белковая субъединица представляет собой единую полипептидную цепь, на N-конце которой находится ацетилированный серии. Это один из редких случаев особой модификации N-конца полипептидной цепи. Различные штаммы этого вируса отличаются по аминокислотному составу белка. У всех исследованных штаммов белковая часть содержит только один остаток цистеина. В некоторых штаммах отсутствуют метионин и гистидин. [c.359]

Как правило, реконструированные частицы, получаемые путем объединения белковой оболочки с вирусной РНК, обработанной азотистой кислотой, не обладают инфекционной способностью. Следовательно, в большинстве случаев дезаминирование оснований под действием азотистой кислоты приводит к летальным мутациям. В некоторых случаях мутации не легальны и белок мутантного вируса отличается от нативного белка по аминокислотному составу. Например, известен нитритный мутант, у которого на местах, занятых в нативном вирусе пролином, аспарагиновой кислотой и треонином, находятся соответственно лейцин, аланин и серии. В белке ВТМ С-концевая последовательность аминокислотных остатков имеет вид -Гли-Про-Ала-Тре. Протеолитический фермент карбоксипептидаза отщепляет от С-конца при каждом акте отщепления одну аминокислоту. [c.364]

Подводя итоги, отметим, что центральная догма молекулярной биологии, сформулированная Криком, позволяет четко определить структуру взаимоотношений между информационными макромолекулами в биологических системах. Наследственная информация, закодированная в ДНК, передается молекулам РНК и затем через стадию трансляции выражается в структуре белковых молекул. В определенных условиях, например при инфекции некоторыми вирусами, этот общий для всех клеток путь переноса информации может несколько видоизмениться. Так, при вирусной инфекции информация может передаваться от молекул родительской РНК к дочерним молекулам РНК или от молекул РНК к ДНК. Наследственная информация, закодированная в нуклеотидной последовательности, переводится в аминокислотные последовательности белков. По всей вероятности, этот этап переноса информации, включающий стадию трансляции, не является обратимым. Белковые молекулы представляют своего рода ловушку в потоке генетической информации. Эволюционное развитие этой системы должно было завершиться на заре истории возникновения жизни на Земле. Вопрос о том, как конкретно могла протекать эта эволюция, дает прекрасную почву для различного рода теорий и гипотез. К сожалению, проверка какой-либо из таких гипотез сопряжена с необычайными трудностями. [c.62]

Некоторые последовательности вирусных ДНК кодируют более одного белка [c.77]

Тесная связь между синтезом РНК и синтезом белка привела к предположению, что генетическая информация ДНК передается на РНК, которая при синтезе белка действует в качестве матрицы. Возможно, однако, что в некоторых случаях ДНК непосредственно служит матрицей при синтезе белка. Из этого следует, что РНК переносит генетическую информацию и существует механизм, который позволяет определенным образом отбирать и располагать аминокислоты вдоль молекулы РНК. Исследования, проведенные с вирусом табачной мозаики, показывают, что почти чистые препараты вирусной РНК могут передавать генотип этого вируса. В результате изучения специфичных аминоацил-з-РНК-синтетаз точно установлено, что эти ферменты могут катализировать образование специфичных соединений с s-PHK для каждой белковой аминокислоты. Специфичность этих соединений должна обеспечить их присоединение только к соответствующему месту на матрице. Получены данные, что такая специфичность обусловлена последовательностью нуклеотидов в s-PHK. Поэтому можно предположить, что каждое соединение аминокислота — s-PHK присоединяется к матричной РНК водородной связью. [c.486]

Весьма тонкий подход к определению нуклеотидной последовательности в некоторых вирусных нуклеиновых кислотах, таких, как РНК вируса табачной мозаики, может заключаться в ступенчатом удалении белковых субъединиц из нативного вируса посредством мягкой обработки детергентом с последующей специфической ферментативной атакой на обнажившуюся часть стержня нуклеиновой кислоты [183]. [c.395]

ООО имеют на N-конце последовательность Сер-Асн-и Мет-Сер-. Для некоторых из этих белков удалось предположительно установить цистроны, контролирующие их синтез, а также выявить их структурную роль в вирусной частице. (Это, например, относится к белку, из которого построены шипы вирусной частицы.) [c.90]

Другие могут играть роль сигнальных последовательностей, узнаваемых белками к ним относятся промоторы транскрипции, точки начала репликации ДНК, сайты скручивания хромосом, точки прикрепления кинетохоры и другие элементы, необходимые для осуществления клеточных функций. Очень немногие из этих последовательностей охарактеризованы до такой степени, чтобы определенной последовательности могла быть приписана определенная функция. В самом деле, единственная такая последовательность в эукариотическом геноме, некоторые свойства которой известны,-это промотор транскрипции. Если говорить и о вирусных геномах, то имеются также данные о точках начала репликации ДНК. На основе небольшого количества имеющихся данных можно предположить, что сигнальные последовательности такого типа, по-видимому, имеют небольшую длину. [c.298]

Новые методы работы с ДНК позволяют также значительно усовершенствовать методы создания вакцин против различных вирусных заболеваний человека и животных. Такие новые способы, включая клонирование и определение нуклеотидной последовательности ДНК вируса, применяли при разработке вакцин против ящура-одной из наиболее распространенных в мире тяжелых болезней свиней и крупного рогатого скота. Современные вакцины, приготовленные традиционным способом, используют инактивированные или ослабленные препараты, которые, однако, иногда содержат патогенные вирусы, что может приводить к вспышкам болезни. Кроме того, некоторые штаммы вирусов при культивировании в лабораторных условиях не достигают кон- [c.288]

Минорная изменчивость вирусов гриппа во время пандемических периодов является результатом последовательных точечных мутаций в вирионной РНК [И, 54, 72, 136], которые приводят к антигенным изменениям в НА и NA [106] и, возможно, к некоторым изменениям во всех вирусных белках [90]. По-видимому, не только антигенная изменчивость необходима для выживания вируса [57] несомненно, происходит и трансформация вирулентности по отношению к человеку, хотя оценить эти изменения довольно трудно [110]. [c.23]

Эти ДИ РНК, которые далее были проанализированы, имели ту же полярность, что и вирусные сегменты РНК, и в отличие от большинства ДИ РНК несегментированного минус-цепочечного вируса, вируса везикулярного стоматита, не имели комплементарных концов. Методами гибридизации, олигонуклеотидного картирования и секвенирования РНК 5 - и З -концов было показано, что все изученные до настоящего времени 16 ДИ РНК имеют природу гена полимеразы (РВ1, РВ2, РА) [21, 23, 24, 44] и несут оба 5 - и З -геномных конца [23, 51]. Олигонуклеотидное картирование показало, что различные по размеру ДИ РНК могут быть генерированы из одного гена полимеразы и что последовательности меньших ДИ РНК не всегда являются составляющими больших ДИ РНК. Поэтому было высказано предположение, что по крайней мере некоторые ДИ РНК образуются из внутренних делеций гена полимеразы с сохранением обоих концов [23], Однако эти эксперименты [c.251]

Последовательность оснований гена колли-неарна аминокислотной последовательности полипептидного продукта. Теистический код - это взаимосвязь между последовательностью оснований в ДНК (или соответствующего РНК-транскрипта) и последовательностью аминокислот в белках. Аминокислоты кодируются группами по три основания (они называются кодонами), начиная с фиксированной точки. 61 кодон из 64 кодирует определенную аминокислоту, а остальные три кодона (UAA, UAG и UGA) служат сигналами терминации. Таким образом, для большинства аминокислот имеется более одного кодового слова. Другими словами, код вырожден. Кодоны, определяющие одну и ту же аминокислоту, называются синонимами. В большинстве случаев синонимы различаются только последним основанием триплета. Некоторые последовательности вирусных ДНК кодируют более одного белка, так как их транскрииты транслируются в различных рамках считывания. [c.84]

Для РНК фага MS2 была установлена полная последовательность всех 3569 нуклеотидов [118]. Некоторые участии этой последовательности показаны на, рис. 15-19. 5 -конец (средняя часть структуры, изображенной в верхнем левом углу) все еще несет трифосфатную группу инициаторного GTP. После ряда шпилек следует защищенный рибосомой участок [119а], который начинается инициаторным кодоном GUG. Этот факт служит прямым доводом в пользу того, что GUG, так же как и AUG, играет роль биологически важного инициаторного кодона. Нуклеотидная последовательность, расположенная вслед за инициаторным кодоном, в точности кодирует почти полностью установленную аминокислотную последовательность вирусного белка. Терминирующий кодон UAG обведен на рисунке рамкой. Вслед за ним расположена короткая межгенная область, включающая одну сторону шпильки, на конце которой расположен инициаторный кодон AUG для следующего гена. Далее расположена последовательность нуклеотидов, точно соот-в <ггву рщ я эцсрериментально установленной последовательности ами- [c.242]

В числе продуктов ранних генов — фагоспецифическая РНК-полимераза, закодированная в гене 1. Это относительно простой фермент, который в отличие от бактериальной РНК-полимеразы содержит всего одну полипептидную цепь (Мг=107 ООО). Вирусный фермент узнает иной набор промоторов — поздние промоторы, которые имеют сходные между собой, но не идентичные первичные структуры. Поздние промоторы расположены преимущественно в поздней области фагового генома, но встречаются и в ранней, в частности они предшествуют участку оП, с которого начинается репликация вирусной ДНК. Поздние гены транскрибируются с разной эффективностью и в определенной последовательности. Не все механизмы этой регуляции расшифрованы, но некоторые из них достаточно понятны. В частности, в поздней области есть районы, которые организованы сходно с активно транскрибируемы. районом генома нитчатых фагов (см. с. 290) такие участки имеют несколько промоторов и ограничены общим сильным терминатором. Отсюда считывается набор молекул мРНК разных размеров, но с одинаковыми З -концами. Чем ближе ген примыкает к тер.минатору, тем чаще он представлен в таком наборе. мРНК- С другой стороны, есть участки ДНК, которые содержат общий промотор и несколько последовательно расположенных относительно слабых терминаторов, ко- [c.298]

Если пройти несколько дальше влево по нуклеотидной последовательности фага Q , то можно встретить группу из четырех нуклеотидов, которая может связываться с 16S-PHK так же, как это показано на рис. 15-14 для инициаторного участка А-белка в РНК фага R17. Аналогичные защищенные рибосомами ннициаторные последовательности были обнаружены в молекулах многих вирусных РНК, а также в молекулах некоторых специфических мРИК [101, 102]. [c.242]

У разных видов бактерий обнаружено уже свыше 150 различных рестриктирующих эндонуклеаз. Некоторые бактерии содержат больше одного набора модифицирующих метилаз и рестриктирующих эндонуклеаз. Однако ДНК вирусов бактерий научились с помощью ряда способов преодолевать рестрикционную защиту клеток их хозяев. Некоторые вирусные ДНК содержат разного рода модифицированные основания, которые позволяют им избегать расщепления ре-стриктирующими эндонуклеазами клетки-хозяина, в которую они попали. Модифицирующими группами в таких вирусных ДНК служат метильные, ги-дрокСиметильные и глюкозильные группы. Другие вирусы в ходе эволюции приобрели такие последовательности в ДНК, которые не содержат участков, узнаваемых некоторыми рестриктирую-щими эндонуклеазами. [c.881]

Кодоны для аминокислот представляют собой специфические тройки нуклеотидов (триплеты). Нуклеотидная последовательность в кодонах была установлена в результате экспериментов с использованием синтетических мРНК известного нуклеотидного состава и известной нуклеотидной последовательности. В аминокислотном коде почти каждой аминокислоте соответствует несколько кодовых слов. Третья буква каждого кодона гораздо менее специфична, чем первые две про нее говорят, что она качается . Стандартные слова генетического кода, вероятно, универсальны для всех организмов, правда в митохондриях человека найдены кодоны, значение которых отличается от универсального. Инициирующая аминокислота N-формилметионин кодируется кодоном AUG, причем для ее взаимодействия с этим кодоном необходимо наличие с 5 -стороны от AUG инициирующего сигнала с повышенным содержанием А и G. Триплеты UAA, UGA и UAG не кодируют никакую аминокислоту, они служат сигналами терминации полипептидной цепи. В некоторых вирусных ДНК одна и та же нуклеотидная последовательность может кодировать два разньсх [c.961]

Вирусная ДНК. Вирусная ДНК как объект для анализа последовательности оснований, вероятно, лучше хромосомной ДНК с точки зрения размеров молекулы и простоты выделения. Многие вирусные ДНК меньше хромосомных ДНК бактерий, и их легче выделить в недеградированном состоянии. У некоторых вирусов ДНК имеют вид кольцевых двойных спиралей у других- незамкнутых двойных спиралей кроме того, существуют одноцепочечные кольцевые ДНК. Однако вирусы, содержащие о дно цепочечную некольцевую ДНК, не обнаружены. В табл.1.4 приведены некоторые структурные характеристики ряда вирусных ДНК с молекулярным весом менее 120-10 дальтон, С точки зрения размеров наиболее приемлемы фХ 174, и мелкий мышиный ви- [c.33]

Для большинства просто устроенных вирусов, к которым относятся ВТМ и мелкие фаги, молекулярные веса РНК или ДНК, определяемые по константе седиментации, соответствуют значениям, которые можно предположить, если па каждую вирусную частицу приходится одна-единствепная молекула нуклеиновой кислоты об этом свидетельствуют и такие аналитические данные, как анализ по фосфору, определение оснований или ультрафиолетовый спектр поглощения [153, 162]. В тех случаях, когда имеются данные о концевых группах, они, как правило, подтверждают это заключение. Современные данные о концевых последовательностях молекул вирусных РНК приведены в табл. 5. (Некоторые из них уже обсуждались в предыдущем разделе.) [c.111]

Инвариантна ли картина метилирования, или она меняется в зависимости от конкретных условий Отдельные сайты были исследованы в нескольких случаях, в том числе в генах, кодирующих клеточный белок в тандемном кластере рДНК и в последовательности нескольких интегрированных или свободных вирусных геномов. Сайты, идентифицированные с использованием рестриктирующих ферментов,-это лишь некоторые из метилированных последовательностей, но мы полагаем, что их поведение типично для всех таких сайтов. [c.386]

Существующая в настоящее время модель образования трансформирующих вирусов представлена на рис. 38.5. Предполагается, что ретровирус встроился вблизи с-опс-гена. В результате делеции происходит слияние генома провируса с геном с-опс, затем транскрипция ведет к образованию объединенной РНК, содержащей вирусные последовательности в одном конце и клеточные последовательности one в другом. В результате сплайсинга удаляются интроны как в вирусной, так и в клеточной частях молекулы. РНК имеет соответствующие сигналы для упаковки в вирионы. Вирионы могут образовываться, если в клетке содержится другая, интактная, копия провируса. В этих случаях некоторые диплоидные частицы вирусов содержат одну слившуюся и одну вирусную РНК. [c.493]

Как РНК-, так и ДНК-содержащие опухолевые вирусы вызывают неопластическую трансформацию клеток, потому что присутствие в клетке вирусной ДНК индуцирует синтез новых белков, нарушающих регуляцию клеточного деления. Гены, кодирующие синтез таких белков, называются онкогенами. У опухолевых ДНК-вирусов онкогены обычно кодируют нормальные вирусные белки, необходимые для размножения вируса. Иначе обстоит дело у опухолевых РНК-вирусов онкогены, которые они несут, представляют собой модифипированные формы нормальных генов клетки-хозяина - они для размножения вируса не требуются. Поскольку в капсид ретровируса может уместиться лишь некоторое ограниченное количество РНК, необходимые онкогенные последовательности нуклеотидов часто замещают собой существенххую часть генома ретровируса и вирус оказывается дефектным. Мы расскажем позже (см. разд. 13.4.2 и разд. 21.2.1), почему изучение вирусных онкогенов послужило ключом к пониманию причин и природы рака, а также к познанию тех механизмов, которые в норме регулируют рост и деление клеток у многоклеточных организмов. [c.321]

Одной ИЗ ВОЗМОЖНЫХ причин делеций в ретровирусных геномах служит аномальный сплайсинг вирусной РНК. Хотя в MLV-векторах сигнал для упаковки расположен ниже вирусного донорного сайта сплайсинга (относительно направления транскрипции), так что молекулы, претерпевшие сплайсинг с участием именно этого сайта, неспособны упаковываться в вирусные частицы, криптические сайты сплайсинга, присутствуюш,ие во вставке, способны вызывать нежелательные последствия. Делеции и перестройки могут происходить также в результате рекомбинационных событий с участием эндогенных мышиных ретровирусных последовательностей, рекомбинации в процессе трансфекции или же ошибок при обратной- транскрипции и интеграции [14]. Кроме всего прочего в некоторых случаях делеции могут неумышленно отбираться при селекции на экспрессию определенного маркерного гена. Примером этого может служить эксперимент (табл. 9.7), демонстрирующий особенности сплайсинг-вектора для спаренных генов рМХ 1122/иг/с. пео в присутствии последовательности с-тус ингибируется сплайсинг вирусной РНК (разд. 9.7.1). Несмотря на низкую эффективность трансфекции, обнаруживаемую, этим вектором при селекции на устойчивость к G418, трансфицированные клетки активно продуцировали пео-трансдуцирующий вирус (табл. 9.7). Однако последующий анализ показал, что эти вирусные частицы несут делецию с-тус (М. Скотт, Г. Вармус, неопубликованные данные). Следовательно, селекция на эффективную экспрессию гена neo привела к утрате последовательностей с-тус, ответственных за ингибирование образования субгеномной лео-мРНК- Высокая частота делеций, обусловливающая повышенный уровень экспрессии селективного маркера, также свойственна и векторам с внутренним промотором, однако пока такие данные получены только для векторов на основе ретровирусов птиц [41]. [c.305]

В табл. 19 суммированы данные о геномной структуре вируса PR8 и указаны кодируемые назначения для разных штаммов, на основании которых были получены серии мутантов. Несмотря на то что в разных лабораториях наблюдали отличия в электрофоретической миграции некоторых гриппозных вирусспецифических полипептидов, особенно полипептидов Р, видно, что миграция сегментов вирусной РНК в денатурирующих условиях колеблется в значительно меньшей степени Так, сравнения последовательностей свидетельствуют о том, что сегменты 1 и 3 вируса FPV/Rosto k [208] соответствуют сегментам 1 и 3 вируса A/PR/8/34 по ограниченным терминальным последовательностям [50]. Полные последовательности генов 1, 2 и 3 штамма PR8, пронумерованные не по порядку миграции в геле, а по сравнению с терминальными последователь- [c.201]

Ранее из предсказанных последовательностей нуклеотидов была приведена первичная структура белков РВ1 и РВ2 штаммов WSN и PR/8 вирусов [27, 36, 58, 69]. Поскольку оба гена РВ1 и РВ2 имеют одинаковое число нуклеотидов и кодируют основные белки одинаковых размеров и поскольку оба белка участвуют также в процессе транскрипции и могут взаимодействовать с теми же матрицами вирусной РНК, при сравнении первичной и вторичной структур этих двух белков можно обнаружить некоторые общие черть в отнопхении способов взаимодействия РНК — белок. Для выяснения существования какой-либо гомологии на уровне первичной структуры были определены обе меж- и внутрибелковые гомологив и гомологии соответствующей последовательности нуклеотидов (табл. 25). Удивительным оказалось наличие повторяющегося- [c.253]

Смотреть страницы где упоминается термин Некоторые последовательности вирусных: [c.216] [c.181] [c.363] [c.309] [c.242] [c.236] [c.309] [c.207] [c.25] [c.299] [c.249] [c.335] [c.242] [c.318] [c.336] [c.27] [c.229] [c.107] [c.359] [c.78] [c.88] [c.89] [c.129] [c.238]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология