Инициация цепей ДНК

Оказывается, новосинтезированные цепи ДНК всегда содержат на 5 -конце несколько рибонуклеотидов. Иными словами, сннтеэ ДНК начинается с синтеза РНК- РНК-затравку для синтеза ДНК образует специальный фермент, называемый ДНК-праймазой (от англ. праймер — затравка). Праймаза может быть отдельны. 1 ферментом, как у бактерий, илн входить в качестве субъединицы в ДНК-полимеразу (как у ДНК-полимеразы а животных). В любом случае праймаза — это фермент, отличный от РНК-полимераз, синтезирующих разнообразные клеточные РНК и тоже способных инициировать синтез новых полинуклеотидных цепей (см. гл. VII). Почему же в таком случае для инициации цепей ДНК используются рибонуклеотиды Возможное объяснение состоит в том, что в ходе эволюции прай.чазы произошли из РНК-полимераз. Но есть и другое, функциональное, объяснение. Поскольку требования инициа- [c.51]

Эффективность ультрафиолетового освещения может быть повышена путем добавления некоторых красителей. Действие таких добавок объясняется способностью молекул красителя легко активироваться под действием света, вызывая таким образом инициацию цепей [6]. [c.292]

Подобная же трудность возникает при сравнении полимерных растворов и магнетиков. В некотором формальном смысле параметром порядка является намагниченность системы спинов, число компонент которых п = 0. Это не очень помогает нашему пониманию ситуации. Более конкретное утверждение, основанное на идеях Эдвардса, состоит в следующем параметр порядка ц (г) полимерного раствора аналогичен квантовомеханическому оператору рождения (или уничтожения) [11]. Множитель ц (г) соответствует инициации цепи, т.е. ее краю, называемому началом, или ее терминации, т.е. краю, называемому концом цепи. [c.324]

Если рибосома доходит до кодона, для которого нет (или слишком мало) соответствующей s-PHK, то синтез полипептида замедляется или прекра-ш,ается. Одновременно замедляется и перемещение рибосомы вдоль т-РНК, подобно тому, как это происходит в конце какого-нибудь цистрона. В результате возрастает вероятность того, что эта рибосома отделится от т-РНК, раньше чем ей удастся достичь другого участка матрицы, пригодного для инициации цепи. За ней могут последовать другие рибосомы и может начаться разрушение т-РНК. Индукция на этой стадии способна обеспечить продолжение синтеза т-РНК и белка, тогда как репрессия вызывает противоположный эффект. [c.538]

Механизм включает стадии инициации цепи, в которых образуются химически активные частицы (радикалы, обозначаемые точкой) из стабильных компонентов (реакция (0)) стадии распространения цепи, в которых реакционные промежуточные частицы реагируют со стабильными компонентами с образованием новых активных частиц (реакция (1)) стадий разветвления цепи, в которых активные частицы реагируют со стабильными компонентами с образованием двух активных частиц (реакции (2) и (3)) стадий гибели цепи, в которых активные частицы реагируют со стабильными компонентами (с поверхностью реакционного сосуда — реакция (4) или в газовой фазе — реакция (5)). Если сложить стадии развития (распространения) цепи и стадии разветвления цепи (1 4-1 4- 2 Н- 3), то можно видеть, что в этом механизме радикалы образуются из реагентов. В соответствие со схемой реакций, представленной в табл. 7.2, можно получить следующие три кинетические уравнения для скоростей образования активных частиц Н, ОН и О [c.132]

Эти активные частицы являются переносчиками цепи (где I — скорость инициации цепи). Скорость образования свободных валентно- [c.132]

Эти данные подтверждают, что инициация цепей РНК не происходит в случайных точках. Но если комплементарные нити ДНК-матрицы разделить плавлением двойной спирали ДНК (см. гл. VHI),.то при последующем добавлении ее к реакционной смеси одновременную транскрипцию ДНК может начать гораздо большее число молекул полимеразы. Что еще более важно, транскрипция на таких расплавленных матрицах не ограничивается правильной цепью ДНК. Напротив, образуются РНК, комплементарные обеим цепям ДНК- [c.403]

Рифамицин Блокирует инициацию цепей РНК, присоединяясь к РНК-полимеразе (препятствует синтезу [c.274]

Свободная энергия образования петли - это фактически свободная энергия инициации спирали. На этапе инициации цепь сворачивается сама на себя, сближая комплементарные основания таким образом, чтобы между ними могла возникнуть водородная связь. Это приводит к образованию [c.193]

Нарушение инициации цепей. При некоторых видах [3-талассемии инициирование трансляции происходит слишком медленно, что, возможно, объясняется дефектом в 5 -нетранслируемой области. [c.154]

При попадании в клетку кольцевого однонитевого ДНК-генома инициация синтеза комплементарной цепи неизбежно должна проходить на внутренних участках матрицы — концов у молекулы [c.262]

Вторая группа способов внутренней инициации связана с использованием разрывов, или брешей, в одной из цепей двухнитевой ДНК. Эти перерывы непрерывности могут возникать в результате действия тех или иных нуклеаз на ДНК-матрицу появление разрывов обычно сопровождает процесс рекомбинации. Так или иначе свободный З -ОН-конец цепи ДНК может быть использован в качестве затравки для дальнейшего удлинения этой цепи. [c.266]

Инициирование. Самоинициирование. Для окисления тщательно очищенных олефиновых углеводородов требуется образование активных центров или свободных радикалов, вызывающих инициацию цепей. Подобное условие, в настоящее время не вполне ясное, является неотъемлемым свойством олефинового углеводорода. Некоторые высокореакционноспособные олефины, например, полиены, обнаруживают особенную способность образовывать такие инициирующие центры, и поэтому обладают высокой степенью окисляемости. Процесс инициирования, возможно, протекает через бимолекулярную реакцию между олефином и кислородом [12] и, следовательно, концентрация кислорода должна оказывать влияние на эту определяющую скорость реакции стадию, что экспериментально установлено для альдегидов [32]. [c.290]

Цикл транскрипции можно разделить на четыре основные стадии, каждая из которых в свою очередь состоит из многих элементарных этапов 1) связывание с ДНК 2) инициация цепи РНК 3) рост (элонгация) цепи РНК 4) термннация цепи РНК- [c.137]

При другом способе терминальной инициации роль затравкн выполняет белок, точнее — ковалентное соединение белка с нуклеотидом. Такое соединение возникает в результате образования фосфодиэфирной связи между 5 -гидроксилом дезоксирибонуклео-тида (например, ёСМР) и гидроксилом оксиамииокислоты (например, серина) специального, так называемого терминального белка. В изученных вирусных системах терминальный белок — это всегда вирус-специфический (т. е. закодированный в вирусном геноме) полипептид, и фермент, осуществляющий присоединение нуклеотида, также всегда имеет вирус-специфическую природу. Нуклео-тид-белковый комплекс взаимодействует с З -концом одноцепочечной вирусной ДНК-матрицы при этом нуклеотид, входящий в комплекс с терминальным белком, комплементарен З -концевому нуклеотиду матрицы и служит затравкой, к которой присоединяются последующие нуклеотиды (рис. 136). Ясно, что к 5 -концу синтезированной таким образом цепи ДНК будет ковалентно присоединен белок. Рассмотренный способ инициации цепи ДНК реализуется, например, у аденовирусов и у фага ф29, у которых однонитевые ДНК-матрицы образуются в процессе репликации двунитевого гено-.ма (с.м. с. 267). [c.264]

В основе некоторых способов инициации цепи ДНК на дуплексной матрице лежат те же механизмы, о которых шла речь в предыдущем разделе. Прежде всего это относится к терминальной инициации, для осуществления которой могут использоваться как самозатра-вочный механизм, так и нуклеотид-белковая затравка. В первом случае предварительно необходимо перестроить двухспиральный тупой конец в структуру типа заячьи уши (см. рис. 135), как это, по-видимому, происходит у репликативной формы парвови-русной ДНК- Поскольку спонтанная перестройка такого рода в изолированных молекулах ДНК крайне. маловероятна по энергетическим соображениям, постулируется, что в ее осуществлении принимают участие какие-то (пока не идентифицированные) белки. Рис. 136 дает представление о том, как инициацию цепи ДНК на двухнитевой матрице можно обеспечить при помощи нуклеотид-белковой затравки. Вполне возможно, что и в этом случае некие белки способствуют расплетанию (или по крайней мере дестабилизации) концевых участков дуплексного генома. [c.265]

Рис. 146, Схема споздьсй (рекомбинационной) инициации цепей ДНК фага Т4

Таким образом, в отличие от некоторых ранее рассмотренных вирусных систем у реовирусов в качестве матриц как для синтеза белка, так и для синтеза (—)РНК используются одинаковые молекулы (+)РНК. Кроме того, у реовирусов не наблюдается каких-то особых проблем с инициацией цепей РНК. Отметим, впрочем, что у некоторых других вирусов с двухнитевым РНК геномом (например, у бирнавирусов, поражающих насекомых) в инициации цепей РНК, возможно, участвует белок, который оказывается ковалентносвязанным с 5 -концом геномной РНК. Отметим также, что у некоторых других вирусов этой группы (в частности, у фага ф6) синтез (+)нитей на родительском РНК-дуплексе происходит по полуконсервативной модели синтез новой (-Ь)нити всегда сопряжен с вытеснением из дуплекса предсуществующей (+)нити. [c.329]

ЕР—С. В трансляционном домене содержатся центры связывания фактора инициации цепи, расположенные в щели малой субъединицы, центры связывания мРНК—также в малой субъединице, и, кроме того, пептидилтрансфераза и 5 3 РНК, [c.274]

Следующая стадия, инициация, требует наличия субстратов РНК-полимеразы, нуклеозидтрифосфатов и заключается в образовании первых нескольких звеньев цепи РНК- Первый нуклеотид входит в состав цепи, сохраняя свою трифосфатную группу, а последующие присоединяются к 3 -ОН-группе предыдущего с освобождением пиро юсфата. На стадии инициацни РНК-продукт связан с матрицей и РНК-полн.меразой непрочно и с высокой вероятностью может освобождаться из комплекса. В этом случае РНК-полимераза, не покидая промотора, снова инициирует РНК- Такой синтез ДИ-, три- и более длинных олигонуклеотидов называют абортивной инициацией в противоположность продуктивной (т.е. завершающейся образованием полноценного РНК-продукта) инициации. Когда РНК-продукт достигает критической длины (от 3 до 9 нуклеотидов на разных промоторах), абортивная инициация полностью прекращается, транскрибирующий комплекс стабилизируется и уже не распадается до тех пор, пока синтез. молекулы РНК не будет доведен до конца. Примерно в этот же мо.мент, который считается концом инициации и началом элонгации, ог РНК-полимеразы отделяется а-субъединица. [c.138]

У читателя может возникнуть вопрос, как же происходила инициация цепей полифенилаланина в опытах Ниренберга с бесклеточной системой синтеза белка, если поли-У, использовавшаяся в качестве синтетической тРНК, не содержала инициирующего кодона - УГ, на который реа- [c.449]

Антиокислитель АН образует при этом радикал А , не способный продолжать цепь. Обрыв цепи достигается за счет одновременного образования гидроперекиси, которая является потенциальным инициатором цепи, но инициация во.шожна только после ее распада. В результате добавления достаточно эффективного антиокислителя в соответствующей концентрации реакция самообрыва, протекающая с участием двух радикалов, заменяется новой описанной выше реакцией. [c.295]

Направление синтеза ДНК совпадает с направлением расплетания исходной двойной спирали лишь для одной нэ новосиитеэнроваиных цепей (ведущая цепь). Вторая цепь <ннтезируется прерывисто, сравнительно короткими фрагментами. Инициация каждого такого фрагмента Оказаки происходит лишь после того, как образуются достаточно лротяженный однонитевой участок матрицы [c.53]

Можно думать, что участие ДНК-гиразы в инициации необходимо не только для того, чтобы облегчить белку DnaA задачу расплетания ориджина, ио и для проверки целостности цепей ДНК — будущих матриц для синтеза действительно, сверхспирализовать Какую-либо кольцевую ДНК (или участок ДНК, концы которого фиксированы) можно лишь в том случае, если эта ДНК не содержит разрывов. [c.61]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология