Элонгация

Рис. 4. Зависимость элоигационной вязкости от скорости элонгации и вязкости от скорости сдвига для расплава полиэтилена низкой плотности (ШРАс А) [5]

Рифампицин — чрезвычайно эффективный ингибитор бактериальной РНК-полимеразы при концентрации антибиотика 2-10 М степень ингибирования достигает 50%. Рифампицин не препятствует связыванию полимеразы с ДНК, но ингибирует инициацию транскрипции. У мутантов Е. соИ, резистентных к рифампицину (/- /-ген), образуется РНК-полимераза с измененной -субъединицей (иногда это проявляется и в изменении электрофоретической подвижности). Родственный антибиотик стрептолидигии также связывается с -субъединицей РНК-полимеразы и блокирует элонгацию. На хромосомной карте мутации, обусловливающие резистентность к этому антибиотику, располагаются очень близко к /-мутациям. [c.208]

Табл. 1. Зависимость отношения эффективностей трансляции 1ТА/ЬТВ от константы плавления, рассчитанная на основе модели лри константе элонгации к -во с

В местах р-зависимой терминации РНК-полимераза делает паузы в отсутствие р-фактора, поэтому считается, что роль р-фак-тора заключается в вытеснении РНК из транскрипционного комплекса в местах пауз. Рассматриваются две модели. Согласно одной из них. фактор движется по синтезируемой РНК. а в местах пауз догоняет РНК-полимеразу и вытесняет РНК-продукт. Другая модель основана на том. что пирофосфат подавляет НТФазную активность р-фактора. Согласно этой модели, р-фактор движется за РНК-полимеразой без отставания, но при нормальной скорости элонгации ингибируется пирофосфатом, высвобождающимся прн синтезе РНК- Активация р-фактора происходит лишь в местах пауз, где синтез цепи РНК временно останавливается, что приводит к прекращению освобождения пирофосфата. [c.157]

В одно и то же время значение показателей различных гелиофизических факторов существенно неодинаково при разном расположении планет солнечной системы, в периоды верхней и нижней элонгаций Луны, в разных районах нашей планеты, при разной погоде и т. д. Если учесть, что глубина и характер воздействия гелиофизических явлений на человека зависят от их природы (гравитация, радиация, электромагнитное поле), соотношения показателей различных факторов в конкретных условиях деятельности человека, вида и фазы текущего биологического ритма, станет ясным, что выделение их при изучении сбоев и ошибок, причин и обстоятельств разной эффективности деятельности оператора является не очень простым делом. [c.52]

Элонгация цепей ДНК, основной фермент репликации [c.56]

Следующая стадия, инициация, требует наличия субстратов РНК-полимеразы, нуклеозидтрифосфатов и заключается в образовании первых нескольких звеньев цепи РНК- Первый нуклеотид входит в состав цепи, сохраняя свою трифосфатную группу, а последующие присоединяются к 3 -ОН-группе предыдущего с освобождением пиро юсфата. На стадии инициацни РНК-продукт связан с матрицей и РНК-полн.меразой непрочно и с высокой вероятностью может освобождаться из комплекса. В этом случае РНК-полимераза, не покидая промотора, снова инициирует РНК- Такой синтез ДИ-, три- и более длинных олигонуклеотидов называют абортивной инициацией в противоположность продуктивной (т.е. завершающейся образованием полноценного РНК-продукта) инициации. Когда РНК-продукт достигает критической длины (от 3 до 9 нуклеотидов на разных промоторах), абортивная инициация полностью прекращается, транскрибирующий комплекс стабилизируется и уже не распадается до тех пор, пока синтез. молекулы РНК не будет доведен до конца. Примерно в этот же мо.мент, который считается концом инициации и началом элонгации, ог РНК-полимеразы отделяется а-субъединица. [c.138]

Рис. 5. Зависимость коэффициента роста элонгационных напряже-иий от времеии при различных скоростях элонгации для расплава полиэтилена низкой плотности (melt I) [7j

Такова в общих чертах схема синтеза белка in vivo некоторые детали, например роль белковых факторов элонгации, опущены. Очевидно, что синтез белка — очень сложный процесс его основу составляет активация карбоксильной группы с последующим упорядоченным присоединением аминокислот на наирав-ляющей (организующей) матрице, которая делает практически невозможным образование неправильной последовательности или другие побочные реакции. Важное значение этих соображений станет ясным в дальнейшем, прн кратком рассмотрении проблем химического синтеза белков. Тем не менее, имея представление о синтезе белка in vivo, можно оценить фармакологическое действие лекарств или антибиотиков, которые нарушают белковый синтез. Такие антибиотики, вообще говоря, токсичные соединения, поскольку нарушают синтез белка и у болезнетворных бактерий, и у пациента, однако и ош1 могут оказаться весьма полезными терапевтическими препаратами. [c.60]

ДО ADP и фосфата. Образованный таким образом комплекс характеризуется практически неограниченной процессивностью синтеза. Видимо АТР обеспечивает необрати.мость присоединения к матрице (до конца копирования). Для элонгации (удлинения затравки) тоже необходим АТР, но лишь в качестве аллостерического эффектора (на этой стадии его можно заменить негидролизуемым аналогом), позволяющего ДНК-полимеразе чувствовать состояние энергетического баланса клетки и проводить репликацию лишь при условии достаточного энергообеспечения. При опти.мальных условиях скорость синтеза ДНК холоферментом ДНК-полимеразы П1 in vitro составляет около 1000 нуклеотидов в секунду, что соответствует скорости репликации in vivo. [c.50]

Цикл транскрипции можно разделить на четыре основные стадии, каждая из которых в свою очередь состоит из многих элементарных этапов 1) связывание с ДНК 2) инициация цепи РНК 3) рост (элонгация) цепи РНК 4) термннация цепи РНК- [c.137]

На стадии элонгации в ДНК расплетено примерно 18 и. п. Примерно 12 нуклеотидов матричной нити ДНК образует гибридную спираль с растущим концом цепи РНК (рис. 84). По. мере движения РНК-полимеразы по матрице впереди нее происходит расплетание, а позади — восстаномение двойной спирали ДНК. Одновременно освобождается очередное звено растущей цепи РНК из ко.мплекса с матрицей и РНК-полимеразой. Эти перемещения должны сопровождаться относительным вращением РНК-полимеразы и ДНК- Трудно себе представить, как это может происходить в клетке, особенно при транскрипции хроматина. Поэтому не исключено, что для предотвращения такого вращения двигающуюся по ДНК РНК-полимеразу сопровождают топоизомеразы. [c.139]

Элонгация (удлинение) цепи ДНК осуществляется ДНК-зависи-мыми ДНК-полимеразами. В этой реакции участвуют также и вспомогательные белки, наборы которых могут различаться в разных системах и на разных этапах репликации одного и тогд же генома. В частности, различны эти наборы при синтезе ДНК на однонитевой матрице (или, как говорят, при репарационном синтезе) и на двухнитевой матрице (при синтезе с вытеснением цепи). В первом случае важным вспомогательным участником реакции являются ДНК-связывающие белки, которые превращают матрицу в дезоксирибонуклеопротеид. При этом исчезают многие из элементов вторичной структуры матрицы, она как бы выпрямляется , что облегчает поступательное и процессивное движение ДНК-полимеразы. Сходную роль — помощь ДНК-полимеразе в преодолении препятствий , в частности шпилечных структур на матрице,— могут играть и другие дополнительные (в том числе и вирус-специфические) репликационные белки. [c.266]

Еще разнообразнее наборы белков, участвующие в синтезе ДНК на двухнитевых матрицах. В этом случае поми.мо уже перечисленных, требуются, в частности, хеликазы, способствующие расплетанию родительского дуплекса в области репликационной вилки (см. гл. И), набор с рментов, необходимых для синтеза отстающей цепи (праймазы ферменты, удаляющие РНК-затравку ДНК-лигазы, сшивающие фрагменты Окадзаки), а также — часто — топоизомеразы, снимающие избыточное внутримолекулярное напряжение, возникающее в результате расплетания матричного дуплекса. В обще.м, процесс элонгации при репликации вирусных ДНК-геномов не отличается принципиально от этого процесса при синтезе клеточных ДНК- Единственно, что следует отметить,— это использование (в некоторых системах) вирус-специфических репликационных белков, которые по своей функции аналогичны белка.м, и.меющимся в незараженной клетке. [c.266]

Как уже было сказано, ряд фагов (фХ174, 04, М13 и др.) имеют однонитевой кольцевой геном. Вскоре после попадания такого генома в клетку он превращается в кольцевой ковалентно-непрерывный дуплекс (или, как говорят, в репликативную форму). Эго превращение включает ряд стадий 1) образование затравки 2) элонгацию комплементарной цепи, осуществляе.мую клеточной ДНК-полнмеразой П1 3) удаление РНК-затравки, которое производится, по-видимому, за счет 5 -экзонуклеазной активности клеточной ДНК-полимеразы I 4) достраивание комплементарной цепи 5) лигирование концов комплементарной цепи ДНК-лигазой и 6) внесение сверхспиральных витков в ковалентно-непрерывный дуплекс прн помощи гиразы. Обратим внимание, что все Арменты, обеспечивающие перевод родительского генома в репликативную форму, имеют клеточное происхождение. [c.272]

На следующей стадии в качестве затравки выступает уже (—) - strong-stop ДНК элонгация этой затравки приводит к синтезу (—) цепи ДНК, в которой, впрочем, может отсутствовать комплемент района ги5, поскольку соответствующий участок (+) матрицы был разрушен РНКазой Н (рис. 160). [c.311]

В рамках нашей работы внимание сосредоточено на моделировании процесса трансляции с детальным описанием влияния вторичной структуры мРНК на элонгацию рибосом. Построенная имитационная модель позволяет оценивать эффективность процесса трансляции мРНК с учетом параметров ее вторичной структуры I энергетическая стабильность шпилек, количество комплементарных пар [c.155]

Инициация, элонгация (в отсутствии тормозящего влияния вторичной структуры и терминация описываптся следупцими кинетическими схемами.- к [c.158]

Следует заметить что зависимость элонгационного процесса от прохоадения модулирупцих кодонов можно учитывать в определении константы элонгации уменьшая ее для трансляции редких кодонов. [c.160]

После окончания компьЕггерного эксперил1ента происходит обработка полученных результатов и формируются выходные данные среднее время элонгации, средняя населенность, скорость синтеза fэффективностьJ. [c.162]

Ряд других антибиотиков также препятствует транскрипции. Стреп-толидигин ингибирует как инициацию, так и элонгацию цепей РНК-Актиномиции D ингибирует как ДНК-полимеразы, так и РНК-полимеразы, причем последние даже при концентрации 10 М (дополнение 15-Б). Эукариотические РНК-полимеразы не ингибируются рифами-цином, однако две из них, а именно РНК-полимеразы II и III, полностью ингибируются а-аманитином, представляющим собой сильный яд, содержащийся в некоторых грибах (дополнение 15-В). [c.208]

Эффективность трансляции ЕГ Сили что одно и то же - скорость схода готовых белков с мРНК ) задается формулой Et = <Нг>/<Те>, где <Тг> - среднее значение времени элонгации [c.162]

Кислый аминополисахарид гепарин [М> 10 ООО) известен в качестве антикоагулянта крови. Кроме того, он применяется в биохимии как ингибитор рибонуклеаз. Это его качество, по-видимому-отражает некоторое сходство полимера, содержащего две-три суль, фогруппы на каждую дисахаридную структурную единицу, с РНК-Две эти особенности определили использование гепарина в качеств, лиганда для аффинной хроматографии факторов коагуляции крове и (особенно широко) для очистки белков, взаимодействующих и нуклеиновыми кислотами (полимераз, обратной транскриптазы, рес стриктаз, факторов инициации и элонгации белкового синтеза и др.). Кроме того, иммобилизованный гепарин связывает липопротеид-липазы и некоторые липопротеиды. Гепарин-агароза выпускается всеми упомянутыми фирмами-поставщиками аффинных сорбентов, кроме Bio-Rad . [c.370]

Фактор элонгации EF-1 из ретикулоцитов кролика после предварительного фракционирования суиернатанта осаждением сульфатом аммоння очищали на колонке гепарин-сефарозы сначала в статическом режиме. Элюцию вели 0,25 М раствором КС1 в 0,02 М Трис-НС1 (pH 7,5) с 2 мМ -меркаптоэтанола. Очистку на гепарин- [c.423]

Пример 12. Очистка фактора элонгации eIF-2 из печени крысы на РНК-целлюлозе [Nygard et al., 1980]. [c.424]

Образование полипептидных связей на рибосомах обычно подразделяют на три процесса инициацию, элонгацию и терминацию [98]. Синтез белка начинается с инициирующего кодоиа чаще всего им является кодон метионина AUG. Кодон GUG, расположенный надлежащим образом в цепи мРНК, также может служить инициирующим кодоном. В этом случае он детерминирует метионин, а не валин. Для распознавания стартового сигнала важную роль может играть также последовательность оснований, предшествующая инициирующему кодону. На это указывает тот факт, что кодоны AUG и GUG встречаются не только в точках инициации. [c.231]

Р-участком (пептидильный участок) рибосомной 505-субчастицы. Согласно более раннему предположению, которое и сейчас нельзя считать до конца опровергнутым, начальное связывание происходит в А-участке (аминоацильный участок), а уже в дальнейшем происходит транслокация на Р-участок. Основанием для такого предположения послужило то обстоятельство, что на последней стадии инициации (рис. 15-15, стадия е), на которой IF-2 освобождается в комплексе с GDP, происходит гидролиз GTP. Из данных, которые будут рассмотрены в следующем разделе, следует, что гидролиз GTP необходим для транслокации в процессе роста (элонгации) пептидной цепи. [c.232]

После того как инициирующий комплекс Ме1-тРНК занял свое место иа Р-участке, может начаться рост пептидной цепи, в процессе которого аминокислотные остатки поочередно присоединяются к С-концу растущей полипептидной цепи. Элонгация протекает в три следующих этапа, которые повторяются вновь и вновь до тех п( , пока не закончится образование всего поцииептнда [c.233]

Биологическая химия (2002) -- [ c.175 ]

Биоорганическая химия (1987) -- [ c.409 , c.411 , c.412 , c.419 , c.421 ]

Биохимия человека Т.2 (1993) -- [ c.240 ]

Биохимия человека Том 2 (1993) -- [ c.240 ]

Генетическая инженерия (2004) -- [ c.143 , c.147 ]

Биологическая химия (2004) -- [ c.128 , c.136 , c.153 ]

Биохимия Т.3 Изд.2 (1985) -- [ c.103 , c.106 ]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология