Неоднозначность кода

Неоднозначность кода — способность триплета кодировать более чем одну аминокислоту. Например, поли-У в бесклеточной белоксинтезирующей системе направляет [c.61]

Отметим, что при учете помех ни один процесс не ведет к образованию абсолютно единого кода неоднозначность сохраняется в малой доле. Уместно упомянуть в этой связи недавно появившиеся данные [16, 17] о наличии в биосфере редких случаев неоднозначности кода. С нашей точки зрения, они свидетельствуют в пользу варианта, учитывающего антагонистические взаимодействия, конкуренцию за субстрат и наличие помех. [c.38]

Классический код типа (п,т) — это подмножество М С W мощности 2 . Для описания ошибок необходимо также определить канал связи — нечто вроде неоднозначного отображения . Суще- [c.120]

ОШИБКИ ПРИ СЧИТЫВАНИИ КОДА, НЕОДНОЗНАЧНОСТЬ, СУПРЕССИЯ [c.529]

В третьем варианте кодирование отрицательных чисел возможно также с помощью обратного кода, при этом -х кодируется числом. В этом случае кодирование нуля неоднозначно. [c.12]

Для других видов информации понятия могут быть достаточно простыми и краткими, а значения представляются сложным текстом на естественном языке, например термометры манометрические без отсчетных устройств, с электрическим выходным сигналом, модель ТПГ-180. Вводить и хранить в ЭВМ столь сложные лексические конструкции нецелесообразно, так как вероятность ошибок при вводе увеличивается и приводит к неэффективному использованию памяти ЭВМ. Кроме того, использование в АСУ терминов естественного языка может привести к неоднозначной трактовке семантики текстового сообщения. Более целесообразна предварительная формализация текстовых сообщений, при которой устанавливается однозначный смысл сообщения с заменой его более компактным кодом. С этой целью разрабатываются языки описания данных (ЯОД), которые содержат алфавит и синтаксис, т. е. правила построения более сложных информационных понятий из символов алфавита. [c.86]

Фасетное кодирование идентифицирует объект набором кодов, каждый из которых характеризует определенный признак объекта. Составная часть этого сложного кода, которая является характеристикой одного из признаков объекта, называется фасетом. Фасеты кодируются любой существующей системой, выбор системы каждого фасета может быть неоднозначным. Фасетное кодирование применяется, как правило, для кодирования наименований технико-экономических показателей. Для каждого показателя выбирается его основание, например товарная продукция, а затем характерные признаки, такие, как, например, признак функции управления, временной фактор, единица измерения и т. д. Данное, представленное в ЭВМ, будет иметь кодовую часть, до некоторой степени отражающую смысловое содержание понятия и само значение. Такое представление данных расширяет возможности их использования для представления агрегированной информации пользователю при проведении анализа, например можно представить пользователю все технико-экономические -показатели за год. [c.87]

НЕОДНОЗНАЧНОСТЬ ГЕНЕТИЧЕСКОГО КОДА [c.75]

В коде заложена некая неоднозначность, которая связана с точкой начала трансляции, а не с соответствием кодон-аминокислота. Эта неоднозначность обусловлена наличием альтернативных наборов триплетов, или рамок считывания, для любой поли-нуклеотидной последовательности (рис. 3.26). Большинство прокариотических генов транслируется при одной непрерывной рамке считывания при альтернативных рамках на каждые 20 нуклеотидов приходится в среднем по одному терминирующему кодону. [c.134]

При некоторых условиях, например в присутствии высоких концентраций и других катионов и особенно в присутствии стрептомицина или органических растворителей, генетический код как in vitro, так и in vivo является неоднозначным, т. е. один и тот же триплет кодирует более чем одну аминокислоту. Предполагают, что именно на этом может быть основан эффект супрессии. В результате мутации X -> Y происходит замена одной аминокислоты (х) на другую у) или обрыв процесса трансляции вследствие возникновения бессмысленного кодона. Благодаря неоднозначности код может считываться неправильно и (притом так, что аминокислота х (или эквивалентная ей аминокислота х ) будет с некоторой вероятностью включаться вместо аминокислоты у. Действительно, супрессия редко бывает полной. Во многих случаях удается показать, что сунрессированные мутанты содер кат оба белка—мутантный белок (соответствующий исходной мутации, т. е. несущий аминокислоту г/) и белок дикого типа или сходный с ним (т. е. несущий вместо аминокислоты у аминокислоту х или х ). [c.500]

Информация, заложенная в ДНК и РНК, реализуется в процессе синтеза белка. Механизмы передачи информации от ДНК на РНК понятны и очевидны, так как цепь нуклеотидов характерна для обеих структур, а матричный синтез предусматривает полную идентичность их последовательностей. Но каким же образом передается информация от РНК, содержащей всего четыре нуклеотида, на белок, содержащий 20 различных аминоьсислот Если бы каждый нуклеотид передавал информацию на синтез одной аминокислоты, то всего кодировалось бы 4 аминокислоты. Не может код состоять из двух нуклеотидов, так как в этом случае можно было бы охватить не более 16 аминокислот (4 = 16). Работами М. Ниренберга и соавторов было установлено, что для кодирования одной аминокислоты требуется не менее трех последовательно расположенных нуклеотидов, называемых триплетами или кодонами. При этом между отдельными кодонами нет промежутков, и информация записана слитно, без знаков препинания. Число сочетаний 4 дает основание полагать, что 20 аминокислот кодируются 64 кодонами. Экспериментально установлено, что таких кодонов меньше, всего 61. Оставшиеся три кодона не несут в себе информации, однако два из них используются в качестве сигналов терминации. Выявлена также интересная особенность взаимодействия кодона с антикодоном. Оказалось, что первое и второе азотистые основания кодона образуют более прочные связи с комплементарными основаниями антикодона. Что же касается третьего основания, то эта связь менее прочная, более того, основание кодона может спариваться с другим, не комплементарным основанием антикодона. Этот феномен называют механизмом неоднозначного соответствия или качания. В соответствии с этим урацил антикодона может взаимодействовать не только с аденином, но и с гуанином кодона. Гуанин антикодона способен связываться не только с цитозином, но и с урацилом кодона. Это указывает на возможность нескольких кодонов кодировать одну и ту же аминокислоту. И действительно, было установлено, что ряд аминокислот кодируется двумя и более антикодонами (табл. 29.1). Из таблицы видно, что только две аминокислоты — метионин и триптофан — кодируются при помощи одного кодона. Число кодонов для остальных аминокислот варьирует от двух (для аргинина, цистеина и др.) до шести (для лейцина и серина). Тот факт, что одной и той же аминокислоте соответствует несколько кодонов, называется вырожденностью [c.462]

Вырождениость и неоднозначность. Как мы увидим дальше, код сильно вырожден в том смысле, что почти все аминокислоты кодируются более чем одним кодоном. [c.500]

Химические формулы кодируются в настоящее время главным образом с помощью линейной индексации Висвессера. Недостатки этой системы заключаются в том, что участки структурных формул обозначаются неоднозначно и неудовлетворительно описываются формулы Маркуша. (Формулы Маркуша-это структурные формулы органических соединений, в которых определенные детали, например вид и место функциональных групп, строго не фиксируются. Из-за этого их охотно используют в патентной литературе.) В системе Гремас, разработанной в ФРГ (фабрика красок Хохст ), атомы углерода цепи обозначаются иначе, чем атомы углерода, связанные с функциональной группой, причем используются трехбуквенные символы (троичные термы). Таким образом, по этому коду можно осуществить поиск и частичных структур, и отдельных участков структурных формул. Эффективность информационного поиска с помощью указанных кодов довольно высока в среднем на каждые десять публикаций приходится одна, в которой не затрагивается конкретно интересующая проблема. Если все же требуются дополнительные уточнения, то помощь в этом может оказать топологический код. В нем детально фиксируются все атомы, входящие в структуру, а также все связи между атомами, т.е. каждая структура описывается совершенно однозначно. Однако для этого потребуется больше машинного времени, и, следовательно, информационный поиск обойдется дороже. Поэтому такой код применяют не ко всему информационному массиву, [c.107]

Атомы с переменной валентностью обозначаются по-разному. Линейную запись, полученную по рассматриваемой системе, можно перевести в обычную скобочную запись без какой-либо неоднозначности. Однако кодирование циклической системы достаточно сложно. К тому же линейные записи для циклических систем имеют большую длину. Например, код ароматического углеводорода бензхризена, состояш его из 5 колец, содержит 54 символа. [c.54]

Оставшиеся кодоны распределяются по парам, в которых кодоны, заканчивающиеся пиримидинами, прочитываются основанием G, находящимся в антикодоне, а все кодоны, заканчивающиеся пуринами, прочитываются основанием U в антикодоне, согласно предсказаниям гипотезы неоднозначного соответствия. Сложность с уникальными кодонами UGG и AUG в митохондриях млекопитающих полностью устраняется в результате изменений в генетическом коде, обусловленных действующими там правилами считывания кодон UAG прочитывается наряду с UGG как триптофан, тогда как AUA больше не кодирует изолейцина и узнается наряду с AUG как метионин (см. гл. 4). В результате все не вошедшие в семейства кодоны подразделяются на 14 пар по способности взаимодействовать с молекулами тРНК. [c.97]

Первое основание антикодона определяет, считывает ли данная молекула тРНК один, два или три типа кодонов С и А узнают по одному кодону, и и О - по два кодона, I - три кодона. Итак, одна из причин вырожденности генетического кода заключается в неточности, или неоднозначности, спаривания ( качании ) третьего основания кодона. Именно в этом мы усматриваем основную причину распространенности необычного нуклеозида инозина в антикодонах. Инозин увеличивает число кодонов, которые способна считывать данная молекула тРНК (рис. 27.8). [c.95]

Митохондриальный генетический код Мутация со сдвигом рамки nonsense-Мутация Перекрывающиеся кодирующие последовательности Правила неоднозначного соответствия Терминаторный кодон [c.101]

Обнаружение генов-супрессоров, осмысливающих нонсенс-аллели разных генов, указывает на то, что трансляция генетического кода может меняться. Характер специфичности нонсенс-супрессоров Е. соИ по отношению к нонсенс-кодонам, представленный в табл. 15.5, подчиняется правилам неоднозначного соответствия кодонов иРНК и антикодонов тРНК, как если бы охра-супрессоры — супрессоры нонсенса UAA — кодировали тРНК с антикодоном AUU (см. табл. 15.4), который может считывать UAA и UAG. [c.401]

Однако и эта концепция, по-видимому,—не последнее слово в далеко неоднозначно решаемой проблеме складывания (фолдинга) полипептидных цепей. Исходя из экспериментальных и теоретических подходов, разработанных в процессе исследований кода белкового синтеза (см. ниже, гл. VII) высказано предположение (Л. Б. Меклер и Р. Г. Идлис Г. И. Чипенс) о существовании общего стереохимического генетического кода, позволяющего понять, как трехмерные молекулы белков сформировались из линейных полипептидных цепей. Суть вопроса сводится к наличию кода взаимодействия [c.75]

Так, X и X должны быть либо А и U (или и и А), либо G и С (или С и G). Из этой модели следует, что каждый антикодон может узнавать только один кодон. Однако факты, которыми мы располагаем, противоречат этому. Некоторые выделенные в чистом виде молекулы тРНК могут узнавать более одного кодона. Например, дрожжевая алани-новая тРНК, изученная Холли, связывается с тремя кодонами G U, G и G A. Только первые два основания этих кодонов одинаковы, третье различается. Может быть, узнавание третьего основания кодона иногда менее избирательно, чем узнавание двух других Общая картина вырожденно-сти генетического кода показывает, что дело может обстоять именно так. XYU и XY все а кодируют одну и ту же аминокислоту, а XYA и XYG обычно имеют одинаковый смысл. Исходя из этих данных, Крик предположил, что на спфивание третьего основания должны накладываться менее строгие стерические ограничения, чем нас пари вание двух других. Были построены модели различных вариантов спаривания оснований, чтобы определить, какие из них сходны со стандартными А—U- и G—С-парами в отношении расстояния и угла между глико-зидными связями. В это исследование был включен инозин, так как он встречается в некоторых антикодонах. Если предположить, что в спаривании третьего основания кодона допустима некоторая стерическая свобода ( качание , или неоднозначное соответствие), то комбинации, приведенные в табл. 272, кажутся вполне возможными. [c.94]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология