Гидрофобность пептидов

ДНК. кодирующая гидрофобный пептид [c.42]

Характер поведения пептидов в хроматографическом процессе определяется составом применяемой системы растворителей. Повышение содержания в ней органических компонентов увеличивает относительную подвижность гидрофобных пептидов, поскольку стационарная фаза гидрофильна. Широкое применение нашли несколько систем растворителей [26, 60], но для оптимизации условий разделения в конкретных случаях используются разнообразные варианты (табл. 7.1). [c.234]

Анализ последовательности аминокислот небольших и гидрофобных пептидов [c.457]

Пептиды, образованные при частичном гидролизе, могут быть разделены с помощью целого ряда методов, среди которых наиболее широко применяются гель-фильтрация, ионообменная хроматография и электрофорез на бумаге (гл. 5). Обычно только-часть пептидов можно получить в чистом виде с помощью одного-из этих методов смеси пептидов, полученные при разделении одним из методов, должны быть подвергнуты дальнейшему разделению другим методом. Очистка больших гидрофобных пептидов часто вызывает затруднения, но в подобных случаях с успехом применялись такие методы, как гель-фильтрация в водных растворах кислот (например, в 50%-пой уксусной или муравьиной кислоте) или в растворах мочевины или гуанидингидрохлорида (от 2 дО 8 моль/л). Благоприятным обстоятельством является доступность различных молекулярных сит, широко применяемых на практике для очистки пептидов (табл. 5.6). [c.182]

Необходимо принимать во внимание размер, заряд, гидрофобность пептидов. До последнего времени разделение больших пептидов (содержащих более 30—40 остатков) проводили по размеру молекул. На ОФ-носителях пептиды разделяются благодаря гидрофобным взаимодействиям, поэтому увеличение гид-рофобности пептидов вызывает увеличение времени удерживания. Поскольку диапазон pH orpainnien областью 2,0—7,5 (из-за неустойчивости носителя к гидролизу), то изменение pH буфера влияет в основном на карбоксильные и а-аминогруппы пептидов, Поэтому при рН<рУ боковых цепей Asp и Glu возрастет гидрофобность пептида, так как карбоксилы боковых цепей будут в основном незаряженными. Гидрофобность пептидов можно изменять, используя ионно-парные взаимодействия заряженных боковых цепей. Например, при pH 4 соли аммония образуют ионную пару, что позволяет подавить ионные взаимодействия карбоксильных групп. Иоино-парные взаимодействия с анионами или катионами боковых цепей используют как для повышения, так и для понижения полярности пептидов. Время удерживания на колонке пептида, вступившего в ионно-парное взаимодействие, зависит от способности комплекса к участию в распределительной хроматографии или от адсорбции ионно-парного реагента неподвижной гидрофобной фазой, что приводит к ионообменным взаимодействиям. [c.216]

Схема разделения и очистки пептидов, описываемая ниже (включающая гельфильтрацию, хроматографию на ДЭАЭ-целлюлозе или дауэксе-50, высоковольтный электрофорез и хроматографию на бумаге), применима к белкам средней молекуляр-1ЮЙ массы (до 40 000). Крупные фрагмеггты, плохо разделяющиеся на бумаге и элюирующиеся с нее, первоначально отделяют гель-фильтрацией, а основную часть пептидов после фракцио- шрования на ионообменнике очищают окончательно хроматографией на бумаге. Однако эта схема применима далеко ие ко всем типам гидролизатов белков. Например, мембран11ые белки плохо расщепляются ферментами с высокой специфичностью, такими, как трипсин или стафилококковая протеаза гидрофобные пептиды склонны к образованию агрегатов при гель-фильтрации, осаждаются на ионообменных колонках и экстрагируются в охлаждающую среду при высоковольтном электрофорезе на бумаге и в органическую фазу при промывках в реакции Эдмана. Оптимальная схема анализа структуры мембранных белков включает их фрагментацию с помощью химических методов на небольшое число крупных пептидов, разделение в денатурирующих условиях на полиакриламидных гелях и определение аминокислотной последовательности автоматическим методом после присоединения пептида к твердой матрице. Альтернативный вариант основан на использовании протеаз с низкой специфичностью (таких, как пепсин или эластаза). При этом образуется значительное число коротких пептидов, которые [c.352]

Но этот белок при воздействии кислоты подвергается хаотическому расщеплению появляются новые последовательности, возрастает уровень фона ФТГ-амипокислот. Удерживание малых или гидрофобных пептидов в реакторе значительно возрастает в присутствии полибрена — синтетического полимера, имеющего положительно заряженные четвертичные атомы азота и инертного в условиях анализа последовательности [59, 100]. Мы использовали его при работе с очень большими пептидами, содержащими много неполярных аминокислот. Для некоторых пептидов получены хорошие результаты в то же время мы не заметили существенного влияния добавления полибрена при работе с другими большими фрагментами или целыми белками. Более того, при использовании полибрена мы наблюдали снижение начальных выходов (см. также гл. 15). [c.458]

Недавно был разработан миниатюрный секвенатор нового типа — газофазный, в котором для проведения реакции Эдмана используются газообразные реагенты [4, 8]. Единственными жидкостями, вступающими в контакт с пленкой белка (пептида), являются фенилизотиоцианат и органические растворители, в которых белок плохо растворим. Вымывание гидрофобных пептидов и белков, связанных с додецилсульфонатом натрия (ДСН), предотвращают добавлением полибрена. [c.465]

Возможности секвенатора в отношении коротких гидрофобных пептидов оценивались на примере октапептида ангиотензина П человека (рис. 17.6). Анализируя как 5 имоль (5 мкг исходного вещества), так и 500 пмоль (0,5 мкг), авторы идентифицировали все восемь отщепленных производных аминокислот. При работе с 50 пмоль того же образца не были обнаружены только два последних остатка — Pro и Phe. Соответствующие хроматограммы ВЭЖХ приведены на рис. 17.7. [c.471]

У прокариот наиболее распространенным видом процессинга белков является удаление сигнального пептида из молекул секретируемых белков. Такие белки и ферменты (экзогидролазы, белки наружной мембраны и др.) содержат на МН -конце гидрофобный пептид из 15—30 аминокислот, который необходим для транслокации белка через цитоплазматическую мембрану в процессе его синтеза. После завершения транслокации сигнальный пептид удаляется специальной сигнальной пептидазой (подробнее об экзоферментах в главе, посвященной процессам экскреции). [c.90]