анализ пептидов полярность

По сравнению с другими хроматографическими методами при анализе пептидов ГЖХ обладает рядом преимуществ, которые связаны с высокой разделяющей способностью и многочисленными возможностями метода, причем оба качества оказываются ценными и необходимыми, если учесть большое разнообразие соединений в этой области. Одним из основных достоинств ГЖХ является то, что разделение основано на различиях в коэффициентах активности и давлении паров соответствующих соединений, т. е. соединения разделяются в соответствии не только с полярностью, но и температурами кипения. Тем не менее если с помощью ГЖХ (преимущественно с программированием температуры) анализируется сложная смесь многих соединений с широким диапазоном молекулярных весов, то элюирование происходит главным образом в порядке увели- [c.142]

Величины энтальпийных коэффициентов межмолекулярных взаимодействий дают важную информацию о природе взаимодействия растворенное вещество-растворенное вещество, наибольшей информативностью обладают величины hi. Хорошо известно, что взаимодействие пептидов с неполярной боковой цепью (гидрофобное взаимодействие) характеризуется положительными вкладами в величины Н , а их цвиттерионные и полярные группы вносят отрицательные вклады (гидрофильное взаимодействие). Анализ данных табл. 4.2 показывает, что межмолекулярные взаимодействия имеют гидрофобную природу для разбавленных растворов следующих пептидов (в порядке уменьшения гидрофобного взаимодействия) ОЬ-а-аланил-ВЬ-валин > [c.195]

Первые аналитические приложения КЭ бьши связаны с разделением полярных заряженных образцов наиболее подходящими оказались неорганические катионы и анионы, а также низкомолекулярные карбоновые кислоты [72, 100, 101, 137, 163]. В это же время происходит частичная замена традиционного электрофореза его капиллярным исполнением, таким образом, КЭ начинают использовать в биотехнологии для анализа нуклеиновых кислот, аминокислот, макромолекул — белков и пептидов [106, 149, 176, 177]. [c.364]

Процедура состояла в следующем конец бумаги, ближайший к разделяемым пептидам, помещали в смесь органических растворителей и воды, налитую на дно герметично закрывающейся стеклянной банки. При этом растворитель поднимался вверх по бумаге. В такой ситуации каждый пептид мог либо мигрировать с растворителем (неполярная среда), либо оставаться на обводненной целлюлозе бумаги (высокополярная среда). Такой метод разделения называется распределительной хроматографией. Пептид с наиболее выраженными неполярными свойствами будет растворяться в растворителе и, следовательно, подниматься вместе с фронтом растворителя вверх по бумаге в то же время самый полярный из пептидов останется на бумаге внизу. Рассматриваемые методы-хроматография на бумаге и электрофорез-дополняют друг друга, поскольку они разделяют пептиды на основе независимых свойств первый-на основе различий в полярности, второй-на основе различий в общем заряде. Вся последовательность проведения анализа - избирательное расщепление белка на небольшие пептиды с их последующим разделением в двух направлениях-называется методом пептидных карт (отпечатков пальцев). [c.93]

Методами спектроскопии и дифракции рентгеновских лучей было показано, что трансмембранный канал образуется из двух молекул грамицидина А (рис. 36.27). Внутри мембраны обладающий свойством проводника спирализованный димер находится в равновесии с непроводящими мономерами. По существу, ступенчатое изменение проводимости на рис. 36.26 соответствует процессу образования и диссоциации димеров. Димер формирует обводненный канал диаметром 4 А, окруженный полярными груннами пептидов. Гидрофобные боковые цепи располагаются на периферии канала и контактируют с углеводородными цепями фосфолипидов мембраны. Окружающие водную пору карбоксильные группы в канале образуют кратковременные координационные связи с катионом в момент его прохождения по каналу. Как показал рентген о структурный анализ, связавший катионы канал становится короче и шире это еще раз подчеркивает динамическую природу молекул, обладающих транспортной функцией. [c.321]

Решающим доказательством справедливости предложенного подхода к решению задачи о структурной организации белка явились результаты априорного расчета трехмерной структуры бычьего панкреатического трипсинового ингибитора и количественное представление свертывания белковой цепи как самопроизвольного, быстрого и безошибочного процесса. Рассчитанная при использовании аминокислотной последовательности и стандартной валентной схемы конформация белка совпала с кристаллической структурой молекулы БПТИ. Точность расчета значений всех двугранных углов вращения ф, у, (О и %, расстояний между атомами С всех остатков и длин реализуемых водородных связей оказалась близкой точности рентгеноструктурного анализа белков высокого разрешения. На основе данных о конформационных возможностях аминокислотной последовательности БПТИ получили свое объяснение все детали ренатурации белка, механизм которой был изучен экспериментально. Тем самым, во-первых, была подтверждена неравновесная термодинамическая модель сборки белка. Во-вторых, была апробирована физическая теория структурной организации белка, вскрывающая природу бифуркационных флуктуаций и утверждающая представление о нативной конформации белковой молекулы как о глобальной по внутренней энергии структуре, плотнейшим образом упакованной и согласованной в отношении всех своих внутриостаточных и межостаточных невалентных взаимодействий. Именно гармония между ближними, средними и дальними взаимодействиями ответственна за резкую энергетическую дифференциацию и выделение из множества возможных структурных вариантов стабильной и уникальной для данной аминокислотной последовательности конформации белка. В-третьих, продемонстрированы реальность фрагментарного метода теоретического конформационного анализа пептидов и белков и удовлетворительное количественное описание с его помощью их пространственных структур применительно к условиям полярной среды. Под- [c.589]

Главное требование, предъявляемое к методикам хроматографического анализа пептидов, заключается в том, чтобы они позволяли разделять близкородственные аналоги. По традиции разделение олигопептидов проводят методом ионообменной или тонкослойной хроматографии. Однако разработанный позднее метод ВЭЖХ позволяет следить за ходом реакций, контролировать чистоту синтетических пептидов, изучать пути метаболизма. а также осуществлять препаративное разделение смесей. В силу полярности незащищенных пептидов их разделение на силикагеле сопряжено со значительными трудностями [142— 144], поэтому чаще всего пептиды разделяют в виде их производных. [c.59]

Есть несколько сооби ений о получении, свойствах и использовании в твердофазном пептидном синтезе акриловых сополимеров, состоящих главным образом из поли-Ы,Ы-диметилакрил-амида [23, 95, 96] или поли- -акрилпирролидона [93, 97]. Эти полимеры совместимы с гораздо большим числом полярных и умеренно полярных растворителей (и, по-видимому, также с присоединенными пептидами), чем полиакриламидные или по-листирольные носители. Поэтому представляется заманчивым использовать указанные полимеры в качестве носителей для ТФ-анализа пептидов. Выбирая носитель, мы ориентируемся прежде всего на жесткую конструкцию матрицы, что позволяет избежать серьезных осложнений, связанных с разбуханием сорбента и блокированием колонки. Для того чтобы можно было проводить реакцию присоединения ФИТЦ в сильнощелочной среде, мы выбрали вместо стеклянных носителей макропористый полистирол. Дополнительное достоинство полистирола состоит в том, что на нем можно устойчиво и воспроизводимо проводить многочисленные реакции химической модификации. Выяснилось, что эта жесткая, сильносшитая матрица тем не менее обладает некоторой гибкостью на молекулярном уровне и обеспечивает большой набор микроокружений (включая неблагоприятные) в структуре гидрофобных поверхностей. [c.442]

Все эти свойства чрезвычайно выгодны для ГХ, но недостатками ДНФ-производных являются высокая полярность и относительно низкое давление паров. К настоящему времени достаточно изучена хроматография только ДНФ-производных простых аминокислот. Из-за процессов разложения при необходимых высоких температурах метод оказался непригодным для Сер, Тре, Три и Гис. Есть сообщение [54] о том, что обнаружены метиловые эфиры бис-ДНФ- Лиз и бис-ДНФ-Орн, но данные о соответствующем эфире Арг от-суствуют. Как показано при исследовании пептидов неизвестного j строения [40], метод применим для количественного анализа прос-j тых аминокислот. [c.322]

Так как полиароматические гели почти не адсорбируют полярные соедин ния, их рекомендуют для разделения сильнополярных веществ воды, спирто гликолей, свободных жирных кислот, аминов, эфиров, альдегидов, кетонов, также низкомолекулярных алифатических, ароматических и хлорированнь углеводородов, а также серусодержащих соединений н других веществ. Вод как правило, при хроматографировании газов выходит раньше других вещест что особенно благоприятно для газо-хроматографического анализа веществ i водных растворов. Полиароматические гели используются также для определ ния фракционного состава полимеров (по МВ). Специальные хлорметилированн полиароматические смолы, расположенные в конце данной таблицы, предназн чены для синтеза пептидов в твердой фазе (по Меррифилду и др.). [c.172]

В силу того что пептиды обладают большей молекулярной массой и более полярны, чем аминокислоты, их газохроматогра-фический анализ является сложной задачей. В настоящее время этим методом анализируют пептиды, содержащие не более пяти аминокислотных остатков. Разделение пептидов проводят на колонках с неполярными неподвижными фазами (например, 1—5% SE-30, SE-52, 0V-1, 0V-17 или OV-101 [276]), причем стеклянные капиллярные колонки предпочтительнее насадочных, поскольку обладают более высокой разрешающей способностью. Обнаружено, что добавление небольшого количества высокополярной фазы, например полиэтиленгликоля, благоприятствует отделению дипептидов от трипептидов. Величины време- [c.83]

Проявление регуляторных свойств авторы связывают с особенностями гидратации пептидов. Сочетание клатратных структур воды вокруг гидрофобных участков и гидратны) структур около полярных групп позволяет наглядно представить единство молекулярной динамики пептида и его водного окружения. Статистический анализ аминокислотных последовательностей низкомолекулярных пептидов и регуляторных белков обнаружил в их структуре повторяющиеся олигопептидные блоки. Гипотеза, предложенная авторами, состоит в том, что эти блоки составляют основу взаимной индукции регуляторной активности олигопепти-дов и высокомолекулярных белков. В монографии также рассматриваются особенности взаимодействия пептидов с элементами цитоплазматической клеточной мембраны рецепторами и фосфолипидными участками поверхности клетки. Вьщвинуто предположение о том, что не только белковые рецепторы, но и внешний слой мембраны, представляющий собой сложный орнамент положительно и отрицательно заряженных полярных групп фосфолипидов, может исполнять роль клеточного рецептора. Пептиды вследствие своей по-лиамфолитной природы комплементарно взаимодействуют [c.5]

Количество пептида, необходимое для установления его строения методом масс-спектрометрии, определяется главным образом размерами и полярностью соединения и его способностью к фрагментации. Если применять приборы, чувствительность которых не уступает чувствительности масс-спектрометров MS-50 фирмы KRATOS или ZAB фирмы VG Analyti al, то обычно 30—50 нмоль десятичленного пептида хватает для проведения одного анализа. Однако для надежной интерпретации масс-спектров сложных смесей почти всегда приходится параллельно проводить эксперименты с дейтеромеченными пептидами разд. 19.6,3), что вдвое увеличивает необходимое для анализа количество вещества. [c.516]

Присутствие в белковой молекуле разнообразных функциональных групп было непосредственной причиной того, что на разработку совершенных методов химического превращения водорастворимых полярных пептидов неизвестной структуры в растворимые в хлороформе летучие производные, поддающиеся исследованию методом масс-спектрометрии электронного удара, ушло более десяти лет. Систематическое исследование различных способов химической модификации пептидов [16—20] привело к созданию у1П1версального метода получения летучих производных пептидов для масс-спектрометрпческого анализа. Метод дает возможность модифицировать пептиды непосредст- [c.517]

На основании аминокислотного анализа мечетых пептидов было установлено положение тирозиновых остатков в аминокислотной последовательности (табл. 9). Остаток тирозина в пептидах № 1 и 2, которые реагируют первыми, относится к фрагменту 252—257 аминокислотной последовательности (тир-252). Этот небольшой пептид содержит главным образом полярные боковые цепи. Пептид № 3 содержит тирозин-137 и имеет также полярный характер. Они являются теми 2 тирозинами, которые образуют относительно стабильное монозамещенное производное. [c.79]