ДНК модель Порода—Кратки

МОДЕЛЬ ПОРОДА — КРАТКИ [c.173]

ПРИЛОЖЕНИЕ МОДЕЛИ ПОРОДА — КРАТКИ К ДНК [c.175]

В основном тексте сообщалось, что при вычислении величины (.гЪ о для ДНК фага Т2 были использованы значения 450 А для персистентной длины и 60 мкм для контурной длины в сочетании с моделью Порода — Кратки. Выполните эти расчеты и сравните ваш результат с тем, что приведен в тексте. [c.177]

Модель для случая жестких цепей цепь Порода — Кратки [c.172]

Наряду с длиной статистического сегмента Куна в теории конформационных свойств полимерных цепей введен другой параметр жесткости (или гибкости цепи) - персистентная длина а (рис. 1.3,6). Этот параметр связан с так называемой персистентной (червеобразной) моделью полимерной цепи [20, т. 1, с. 614 24, 25] (моделью Кратки - Порода), в которой цепная молекула представляется в виде непрерывной нити постоянной кривизны. Эта модель может быть получена из модельной цепи, состоящей из N звеньев, со свободным вращением с валентным углом я —о и длиной связи / путем предельного перехода и /- -0. [c.21]

В работах [63, 121, 123] трактовка этого факта основывается на предположении о том, что макромолекулы тринитрата целлюлозы обладают весьма большой жесткостью и для описания их невозмущенных размеров может быть применена формула Бенуа и Доти ([46], уравнение (36)), основанная на червеобразной модели Краткого и Порода [44, 45]. Согласно этим представлениям [c.262]

К первой группе относятся вещества-гомологи, состоящие из нескольких звеньев (2, 3), когда размер молекул еще не достигает величины статистического сегмента и молекулярная цепь не проявляет гибкости. Коэффициент полимеризации соединений второй группы составляет от 2 до 100. Молекулы этих соединений могут включать несколько конформеров и характеризуются парциальными параметрами, не усредненными по длине молекулярной цепи. Третья группа включает полимеры, т,е, соединения с число.м звеньев ЫО -ЫО и множественными статистическими усредненными конформапионными переходами. Отсюда следует, что мономеры являются нецепными аналогами соответствующих поли.мер-гомологов. Аналогичные выводы были сделаны при ана.чизе молекулярных характеристик, определяющих среднестатистическую конформацию молекулы от числа звеньев цепи, а также при рассмотрении жесткости цепи с учетом червевидной (Порода-Кратки) [16] и поворотно-изомерной (Флори-Воль-кенштейна) модели молекулы [17], [c.11]

При описании жестких цепей иногда пользуются терминологией абстрактной модели, известной как цепь Порода — Кратки (ПК-цепь) (см. Kratky, Porod, 1949). Конформация ДНК [c.172]

Гидродинамические методы применяли при изучении как одно-, так и двухцепочечных нуклеиновых кислот. Расчеты, основанные на статистической модели конфигурации цепи в приложении к одноцепочечным полинуклеотидам, довольно хорошо согласуются с наблюдаемыми в опыте размерами их цепей. В случае двухцепочечной ДНК исследовали, в частности, характер зависимости характеристической вязкости и коэффициента седиментации от молекулярной массы. Результаты этих исследований показывают, что молекулы ДНК, молекулярные массы которых не превышают примерно 10 , ведут себя как ква-зистержнеобразные молекулы и что молекулы с большей массой больше похожи на клубок. Это заставляет предположить, что двойная спираль ДНК подобна по своим гидродинамическим свойствам жесткой червеобразной нити. Такие цепи удрбно рассматривать, пользуясь моделью, известной как цепь Порода — Кратки. Эта модель оказывается весьма полезной при описании конформации и размеров молекул ДНК. [c.176]

При описании конформационных свойств молекул с ограниченной гибкостью весьма полезной оказалась модель червеобразной цепи , предложенная Кратким и Породом [З .38] В этой модели реальная молекула, состоящая из отдельных мономерных единиц конечной длины, коррелированно ориентированных в пространстве, заменяется полужест-кой нитью непрерывной кривизны. Это делается путем предельного перехода к я->со, >—>-0 и фиксированной ориентации мономерных единиц друг относительно друга ). [c.176]

Точнее говоря, в модели Краткого и Порода речь идет не о мономерных единицах, а о звеньях цепи, взаимная ориентация которых характеризуется углом 7 между ними, а переход к фиксированной ориентации означает, что os7->-l. [c.176]

Для полимеров, цепи главных валентностей которых содержат лишь атомы углерода, обычно принимается, что контурная длина цепи L соответствует плоскому зигзагу, находящемуся в полностью транс-лрложепжж при расстояниях между чередующимися атомами углерода 2,53 А. Известно, однако, что наиболее вытянутая конформация, которая достигается во всех цепях, имеющих громоздкие привески, часто намного короче, а так как L нельзя измерить экспериментально, точное значение длины статистического элемента цепи довольно неясно. Функция распределения по расстояниям между концами эквивалентной цени определяется уравнением (III-7) при условии замены Z на Zs, а 6 на og. В целом принимается, что эта функция распределения также удовлетворительно описывает реальные цепи достаточной длины в диапазоне значений h , не слишком отличающихся от (Л ). Иногда возникает необходимость рассматривать настолько жесткие цепи, что их контурная длина перестает быть слишком большой по сравнению с длиной статистического элемента цепи Куна. В таких случаях эквивалентная свободносочлененная цепь со своими длинными жесткими звеньями и резкими, изгибами приводит к ошибочным выводам. Возможно, что предпочтительнее использовать вместо нее модель червеобразной цепи, гибкость которой, характеризуемая минимально возможными радиусами кривизны, одинакова во всех точках. Эта модель отражает предельное поведение цепей с линейными звеньями и постоянным углом между соседними звеньями, отклоняющимся лишь незначительно от 180°. Поэтому направление последовательных звеньев обнаруживает медленно убывающую корреляцию с направлением первого звена цени. Краткий и Пород [274] проанализировали математические следствия этой модели, характеризуя эту корреляцию средним значением косинуса угла р, образованного направляющими первого и последнего сегментов цепи (или угла между направляющими касательных к двум концам b модели с непрерывной кривизной). Можно показать, что ( os р> — экспоненциально убывающая функция длины цени [c.109]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология