Фильтры и анализ связывания белко

Важный подход к анализу связывания ДНК с белками основан на изучении связывания их с нитроцеллюлозными фильтрами (рис. 4.11). Этот метод позволяет аккуратно определять концентрации компонентов в состоянии равновесия и кинетические параметры реакций. [c.97]

Рис. 4.11. Анализ связывания ДНК с белками методом фильтрации. ДНК несет радиоактивную метку, а белок-нет. Чем выше концентрация белка, тем больше ДНК задерживается на фильтре.

Многие белки, связанные с каким-либо медленно отщепляющимся лигандом, адсорбируются на фильтрах из нитроцеллюлозы, тогда как свободный лиганд такими фильтрами не удерживается. В некоторых случаях это дает исследователю очень экономичный метод анализа связывания. С его помощью получено много ценных данных о присоединении нуклеиновых кислот к белкам. Отметим возможные источники ошибок при использовании фильтрования часто связывание осуществляется менее чем на 100% фильтры могут отличаться от партии к партии и насыщаться при довольно низких концентрациях белка. [c.207]

Нитроцеллюлозные фильтры в определенных условиях способны связывать белки и одноцепочечные ДНК. Такое связывание может найти применение для большого числа ферментативных и физико-химических анализов, а также в качестве метода очистки различных препаратов. Связывающие свойства двух коммерческих нитроцеллюлозных фильтров представлены в табл. 7-1. Следует заметить, что связывание белков не зависит от ионной силы, однако одноцепочечные ДНК прочно удерживаются такими фильтрами только при относительно высокой ионной силе. Плохое связывание одноцепочечных ДНК с фильтром Millipore необъяснимо, хотя, может быть, оно обусловлено тем, что эти фильтры изготовлены не из чистой нитроцеллюлозы. РНК не связываются с этими фильтрами. [c.160]

Проницаемость одиночных каналов и их число, приходящееся на единицу поверхности, определяются по связыванию токсинов, блокирующих каналы,— прежде всего тетродотоксина и сакситоксина, а также с помощью анализа флуктуаций ионных токов. Число каналов, приходящихся на 1 мкм мембраны, составляет несколько сот. Каждый открытый канал имеет проводимость 1—10 пСм. Пропускная способность Ка -канала - 10 ионов в 1 с, К -канала 10 ионов в 1 с. Схема строения канала, согласно современным представлениям, показана на рис. 11.21. Роль канала выполняет макромолекула некоего белка, создающая пору в двухслойной липидной мембране. У входа в канал снаружи имеется узкий селективный фильтр для ионов, у внутренней, выходной стороны расположены так называемые ворота , управляемые конформационно-лабильным сенсором. Изменение конформации этой части белка контролируется внутримембран-ным электрическим полем. Сенсор открывает или закрывает ворота . Для поведения системы определяющую роль играют электростатические заряды. Внутренняя поверхность канала, по-видимому, выстлана гидрофильными группами, благодаря чему канал проницаем для ионов. Можно думать, что для функционирования канала существенны и конформационные события в билипидной части мембраны — кинки (см. с. 339). [c.378]

Флуоресцирующие красители поглощают свет одной длины волны и излучают свет другой длины волны, более длинной. Если такое вещество облучить светом, длина волны которого совпадает с длиной волны света, поглощаемого красителем, и затем для анализа использовать фильтр, пропускающий свет с длиной волны, соответствующей свету, излучаемому красителем, флуоресцирующую молекулу можно выявить по свечению на темном поле. Высокая интенсивность излучаемого света является характерной особенностью таких молекул. Применение флуоресцирующих красителей для окраски клеток предполагает использование специального флуоресцентного микроскопа. Такой микроскоп похож на обычный световой микроскоп, но здесь свет от осветителя, излучаемый мощным источником, проходит через два набора фильтров - один для задержания света перед образцом и другой для фильтрации света, полученного от образна Первый фильтр выбран таким образом, что он пропускает свет длины волны, возбуждающей определенный флуоресцирующий краситель в то же время второй фильтр блокирует этот падающий свет и пропускает на окуляр свет длины волны, излучаемой красителем при его флуоресценции (рис. 4-6). Флуоресцентная микроскопия часто используется для выявления специфических белков или других молекул, которые становятся флуоресцирующими после ковалентного связывания с флуоресцирующими красителями. Например, флуоресцирующие красители могут быть связаны с молекулами антител, что сразу же превращает их в высокоспенифические и удобные красящие реагенты, селективно связывающиеся со специфическими макромолекулами на поверхности живой либо внутри фиксированной клетки (см. разд. 4.5.3). Для этой цели обычно используют два красителя - флуоресцеин, который дает интенсивную желто-зеленую флуоресценцию после возбуждения светло-голубым светом, и родамин, обусловливающий темно-красную флуоресценцию после возбуждения желто-зеленым светом (рис. 4-7). Применяя [c.177]

Пример 7-Г. Анализ белков связывающихся с двухцепочечной ДНК. Если смесь белков инкубировать в обычных условиях с радиоактивной двухцепочечной ДНК, образуется некоторое количество комплексов ДНК — белок, в которых участвуют белки, специфически связывающиеся с ДНК (рис. 7-5). Поскольку белок связывается с фильтром, любая радиоактивная ДНК образует комплекс с белком на фильтре. Такой анализ лучше делать на фильтрах фирмы Millipore, так как для них фон, обусловленный несвязанной ДНК, очень мал (табл. 7-1). Этот простой метод используется при очистке белков-репрессоров, поскольку их можно определить только по способности связываться со специфическими центрами двухцепочечной ДНК. Такой прием находит применение также при определении интермедиатов ДНК — фермент в некоторых реакциях и для измерения числа центров связывания данного белка (например, РНК-полимеразы) с молекулой ДНК- [c.164]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология