Аденилаткиназа

Обратимое фосфорилирование ADP, катализируемое аденилаткиназой ADK. [c.40]

В реакционную смесь объемом 5 мл добавляют компоненты ферментативной реакции в конечной концентрации 50 мМ трис-НС1, pH 7,2 10 мМ креатинфосфат 10 мМ АМФ, 5 мМ М (СНзСОО)2, раствор креатинкиназы. Если в препарате фермента отсутствует примесь аденилаткиназы, АМФ в реакционную смесь не добавляют. Смесь выдерживают 5 мин при 30° С, после чего реакцию запускают добавлением АДФ (1 мМ), быстро перемешивают и затем каждые 2—3 мин отбирают по 0,5 мл раствора. Пробы помещают в заранее приготовленную смесь, состоящую из 1 мл 1%-ного щелочного раствора а-нафтола и 0,5 мл 0,05%-ного раствора диацетила. Каждую пробу после доведения ее объема до 5 мл через 30 мин колориметрируют при 540 нм. Первая проба (взятая в течение первых 20 с) может служить контрольной, но лучше ее готовить без добавления АДФ. [c.293]

Исходный субстрат в биосинтезе АМФ-инозиновая к-та. АМФ, образующаяся также при пирофосфатном расщеплении АТФ, фосфорилируется в организме до АДФ при участии аденилаткиназы. Фосфорилирование АДФ, приводящее к синтезу АТФ в живых организмах, происходит при сопряжении этой р-ции с окислит.-восстановит. р-циями. Различают три типа сопряжения в гликолизе (локализован в водной фазе клетки, в цитоплазме), при окислит, фосфо-рилировании и фотофосфорилировании в т. наз. сопрягающих мембранах субклеточных частиц (митохондрий и хлоропластов) и бактерий. [c.34]

Наружная митохондриальная мембрана содержит моноаминоксидазу и цитохром bs, а также и другие белки. По своему составу она, вероят- о, похожа на мембраны эндоплазматического ретикулума. Для меж-мембранного пространства (между внутренней и наружной мембранами) одним из характерных ферментов считается аденилаткиназа (мио-киназа) [67] —ключевой фермент, участвующий в поддерживании [c.395]

В некоторых случаях, как, например, в аденилаткиназе [186], имеются две области, которые можно называть доменами и которые сочлененны двумя цепями вместо одной. Как видно из рис. 5.14, б, корреляция между соседними по цепи остатками в этих двух доменах заметно отличается. По-видимому, домен с сильной корреляцией должен свертываться первым, а затем использоваться в качестве своеобразной матрицы, способствующей свертыванию другого домена. [c.107]

Предсказание 01-спирали, -структуры и реверсивного поворота (г/) для 24 К-концевых остатков аденилаткиназы [389] с помощью процедуры Чоу и [c.144]

Эта идея подтверждается и тем фактом, что при предсказаниях аденилаткиназы и Т4-лизоцима в обоих случаях М-концевая половина цепи была предсказана лучше, чем С-концевая [383, 384]. Действительно Ы-концевая часть синтезируется на рибосоме первой и, по-видимому, первой свертывается. На это обратили внимание Аргос и сотр. [381], которые с помощью коэффициента корреляции (3, показали, что усредненные предсказания значительно лучше для -концевой половины белка. [c.154]

Структурный макет аденилаткиназы. Спирали изображены в виде цилиндров, а 5-склад-чатые листы — в виде стрелок. [c.170]

Индуцированное соответствие в аденилаткиназе [c.262]

Индуцированное соответствие субстрата увеличивает специфичность. Многие ферменты, переносящие фосфорильные группы от АТР к акцепторным молекулам, используют механизм индуцированного соответствия для повышения своей специфичности, в частности для исключения НгО как возможного акцептора фосфорильной группы. Типичным примером является аденилаткиназа (рис. 10.5), которая фосфорилирует Н2О в Ю раз медленнее, чем свой специфичный субстрат АМР. [c.262]

Модель 5. Сосуществование устойчивого предельного цикла и устойчивой особой точки. В этой модели Дынни-ка, Селькова и Семашко [За] рассматриваются гликоли-тические стадии, включающие реакции, катализируемые фосфофруктокиназой (PFK), аденилаткиназой (ADK) и обобщенным ферментом Е . [c.40]

Если в препарате пируваткиназы имеется примесь аденилаткиназы и лактатдегидрогеназы, то ее можно удалить с помощью гельфильтрации на колонке (50x2,5 см) с сефадексом G=200. На колонку наносят 10—20 мг белка и элюируют со скоростью 10—15 мл/ч 50 мМ К-фосфатным буфером, содержащим 10 мМ 2-меркаптоэтанол, pH 7,0. [c.272]

Интактные митохондрии представляют собой осмотически активные пузырьки, отделенные от гиалоплазмы (или среды инкубации при эксперименте in vitro) двумя мембранами. Таким образом, существуют четыре топологически различных пространства внешняя мембрана, межмембранное пространство, внутренняя мембрана и внутреннее пространство — матрикс. Ферменты цикла трикарбоновых кислот сосредоточены в матриксе компоненты дыхательной цепи, транглоказа адениннуклеотидов и АТФ-синтетазный комплекс прочно связаны с внутренней мембраной, в межмембранном пространстве локализована аденилаткиназа, а во внешней мембране — моноаминооксидаза. [c.410]

Измерение активности аденилаткиназы (миокиназы) [c.413]

Недавно описаны трехмерные структуры дрожжевой гексокиназы. (рис. 7-5,Л) [76], фосфоглицераткиназы, состоящей из 355 аминокислотных остатков (рис. 7-5,5) [77] и аденилаткиназы (дополнение 3-А) [78]. Последний фермент, мол. вес которого составляет 22ООО, имеет среди всех известных киназ наименьший размер молекулы. Во всех трех случаях молекула белка состоит из двух долей (или, иначе, доме- [c.126]

Внутриклеточные белки, как правило, — олигомеры. Рассмотрим теперь внутриклеточные белки, которые представляют собой ире-имущественно олигомеры. Небольшие мономерные белки, как, например, изоферменты аденилаткиназы М = 22 ООО) [83, 84], встречаются в клетках редко. Олигомеры в этом случае имеют ряд преимуществ перед крупными одиночными полииептидными цепями (разд. 4.1). В отличие от плазмы крови в клетках олигомеры весьма эффективны, поскольку клеточная мембрана непроницаема даже для небольших белков, так что потери олигомеров в форме их субъединиц исключены. [c.64]

Корреляция между соседними остатками полипептидной цепи, д —мера корреляции между соседними остатками как функция номера остатка I в хи-мотрнпсиие. Для сглаживания кривой значения по 10 остаткам усреднены. Отчетливо выделяется двухдоменная структура, схематически показанная на рис. 5Л7, г. б — доменная структура аденилаткиназы. Малый и большой структурные домены связаны двумя полипептидными цепями. Корреляция между соседними остатками в малом домене выражена сильнее, чем в большом. [c.104]

Спиральный круг С-концевой о[-спирали аденилаткиназы. а — круг представляет собой проекцию положений всех боковых цепей вдоль осгг спирали на плоскость. Остаток в положении 1—Уа1-179, а последний остаток в положении 16—Ьуз-194. Неполярные остатки (обведены кружками) располагаются с одной стороны спирали, которая в трехмерной структуре [186] обращена к гидрофобному ядру другая сторона спирали составляет часть внешней поверхности молекулы, б — положения боковых цепей на цилиндрической диаграмме а-спирали (рис. 5.2). Остатки, образующие неполярные дуги, обведены кружками. [c.142]

Простые методы предсказания наиболее популярны. Предсказательные методы обычно требуют громоздких расчетов с использованием больших таблиц (например, метод Нагано [353]), так что для их воспроизведения необходимо получить от авторов программу для ЭВМ, таблицы и параметры, выведенные из базового набора. Некоторые методы можно применять, не прибегая к вычислительной технике, но они настолько сложны, что требуют огромных затрат времени (например, метод Лима [380]. Обычно авторы не пользуются приближениями, которые могли бы упростить применение предсказательного метода. Однако существует несколько простых и в связи с этим наиболее популярных методов. Из них чаще всего, по-видимому, применяется метод Чоу и Фасмана [340]. В качестве простого примера рассмотрим предсказания этого метода для первых 24 остатков аденилаткиназы. [c.143]

Некоторые методы не определены достаточно четко. Полшмо трудностей, связанных с независимой проверкой предоказатель-ности метода, в некоторых случаях оказывается, что метод просто невоспроизводим [381, 382]. Этими причинами и объясняется большой скептицизм в отношении методов предсказаний вторичной структуры. Нужно отметить однако, что хорошая воспроизводимость и соответствие с базовым набором еще не адекватны успешным предсказаниям неизвестных структур белков. Это происходит главным образом потому, что авторы не определяют свой метод с достаточной четкостью, оставляя тем самым возможность большого произвола в его применении. Критическое отношение к предсказательным методам до известной степени поколебалось после сравнительного опробования на аденилаткиназе [383] и Т4-лизоциме [384]. [c.146]

В двух белках с неизвестной структурой более чем двум третям остатков была приписана правильная вторичная структура. Предсказательная способность методов охарактеризована в табл. 6.5,, где приведены результаты опробования на двух белках аденилаткиназе [383] и Т4-лизоциме 384], а также проиллюстрирован уровень соответствия в базовом наборе. Для каждого белка было сделано по нескольку предсказаний, однако в табл. 6.5 входят только средние значения по двум лучшим предсказаниям. Очевидно, что в параметрах (Ззз и Qзrt преобладают отрицательные правильные предсказания и что они дают завышенную оценку. Более достоверные коэффициенты корреляции Q , имеют величину 0,45 они свидетельствуют о наилучших предсказаниях для а- и наихудших для г/-структур. Значение (Зз достигает 68%, что указывает на правильное предсказание более чем двух третей остатков. Для аденилаткиназы показатели Qз и Q,, выше, чем для Т4-лизоцима,. однако значения Qз близки. Это несоответствие объясняется тем, что для аденилаткиназы число сверхпредсказаний больше, чем для Т4-лизоцима, а сверхпредсказание сильнее сказывается на значении Qз , чем на показателе Qя или Q . [c.150]

При оценке предсказаний для аденилаткиназы был предложен дополнительный метод коллективного предсказания [383]. Он состоит в усреднении (без относительных весов) Есех индивидуальных предсказаний. В случае аденилаткиназы такое усреднение лучше согласовывалось с наблюдаемыми данными, чем любое из индивидуальных предсказаний. Такой подход был применен также Аргосом и сотр. [381], которые усреднили результаты пяти методов предсказания для всех известных белковых структур. [c.151]

Оценка индивидуальных результатов — ключ к дальнейшим улучшениям. Вообще говоря, для улучшения предсказаний необходимо анализировать все индивидуальные результаты отдельно. Для этого можно воспользоваться обоими рассмотренными выше случаями аденилаткиназы и Т4-лизоцима, поскольку они позволяют читателю самому оценить возможности методов. Но опять-такн следует иметь в виду, что опробование было проведено на белках, которые представляют только два из пяти классов, перечисленных в табл. 5.2. Этот недостаток удалось обойти Ленстра [382], который сравнил результаты трех индивидуальных и одного коллективного методов предсказания по всему базовому набору, используя в качестве критерия показатель Q,. Он обнаружил отчетливые различия в качестве предсказаний. По-видимому, наилучшие результаты дает коллективный метод [383]. [c.151]

Стереоизображение ORTEP [324] активного центра аденилаткиназы. Приведены только неводородные атомы выделены атомы С . [c.169]

Фермент, к которому применима модель индуцированного соответствия [686, 687], существует почти исключительно в неактивном состоянии Е. Только небольшая доля молекул имеет активную конформацию Е. Согласно предположению Дженкса [631], отношение [/ ]/[/ ] можно определить непосредственно по скоростям фосфорили-рования Н2О и специфичного субстрата. Для аденилаткиназы величина [Е]1[Е в отсутствие субстрата должна быть равна 10 . Присоединение специфичного субстрата вызывает изменение конформации активного центра, переводя таким образом фермент в активную форму Е (рис. 10.5). [c.262]

Смещение фосфорилсвязывающей петли (остатки 16-22) при переходе из конформации А (показана сплошными линиями) в конформацию В (пунктирные линии) кристаллической аденилаткиназы [665, 688]. [c.263]

Фосфорильные группы фиксированы относительно остова петли водородными связями, вS-малатдегидрогеназе [6911, о-глицераль-дегид-З-фосфатдегидрогеназе [230] и лактатдегидрогеназе [230] пи-рофосфатный фрагмент NAD связан с основной цепью соответствующей петли водородными связя.ми. В случае алкогольдегидрогеназы [692] исследование связывания на примере аналога NAD показало, что пирофосфат находится в том же положении (в пределах 3 А) относительно этой петли. Во флаводоксине петля обернута вокруг фосфорильного фрагмента FMN [145, 237, 238]. Как следует из исследований связывания субстрата, в аденилаткиназе основная цепь петли обернута вокруг фосфата АМР, в кристаллической аденилаткиназе эта петля фиксирует сульфат из маточного раствора [665]. В аналогичном положении связывается АТР в фосфоглицераткиназе [310, 311]. В глутатионредуктазе [124] пирофосфорил NADP присоединяется к остову соответствующей петли шпильки Россмана. То же самое относится и к пирофосфату FAD. В триозофосфатизомеразе [305] фосфат также расположен у петель, связывающих -листы и последующие а-спирали, но в С-концевой части полипептидной цепи (рис. 5.17, д). Во всех этих случаях используется петля между карбонильным концом -листа и следующей а-спиралью. Это можно объяснить выгодным электростатическим взаимодействием между отрицательным зарядом фосфорильной группы и диполем а-спирали [792], который возникает при наложении диполей водородных связей. [c.264]

Проблема белка (1997) -- [ c.517 ]

Принципы структурной организации белков (1982) -- [ c.71 , c.87 , c.109 , c.262 , c.266 ]

Биологическая химия Изд.3 (1998) -- [ c.654 ]

Принципы структурной организации белков (1982) -- [ c.71 , c.87 , c.109 , c.262 , c.266 ]

Основы биохимии Т 1,2,3 (1985) -- [ c.200 , c.430 , c.666 ]

Общая микробиология (1987) -- [ c.224 , c.354 ]

Стратегия биохимической адаптации (1977) -- [ c.110 ]

Биохимический справочник (1979) -- [ c.91 ]

Неорганическая биохимия Т 1 _2 (1978) -- [ c.445 , c.662 , c.666 , c.669 , c.672 , c.679 , c.681 ]

Ферменты Т.3 (1982) -- [ c.2 , c.3 , c.4 , c.7 , c.31 , c.88 , c.237 ]

Биохимия человека Т.2 (1993) -- [ c.116 , c.218 ]

Проблема белка (1996) -- [ c.261 , c.262 , c.293 , c.318 ]

Проблема белка Т.3 (1997) -- [ c.517 ]

Генетика человека Т.3 (1990) -- [ c.134 , c.283 ]

Биохимия человека Том 2 (1993) -- [ c.116 , c.218 ]

Электрофорез в разделении биологических макромолекул (1982) -- [ c.287 ]

Биофизическая химия Т.1 (1984) -- [ c.71 , c.72 , c.120 , c.281 , c.283 ]

Биоэнергетика и линейная термодинамика необратимых процессов (1986) -- [ c.327 , c.334 , c.336 ]

Основы биохимии (1999) -- [ c.243 ]

Биологическая химия (2004) -- [ c.273 , c.527 ]

Биохимия Т.3 Изд.2 (1985) -- [ c.0 , c.10 , c.264 , c.271 ]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология