Пути фрагментации пептидов

Однозначное установление аминокислотной последовательности пептида путем расшифровки сложного масс-спектра требует определенного опыта, который приобретается лишь в результате длительного предварительного изучения спектров большого количества пептидов известного строения. В этом разделе делается попытка изложить принцип интерпретации масс-спектров и в связи с этим коротко излагаются основные пути фрагментации пептидов при электронном ударе. Более подробно с установлением аминокислотной последовательности пептидов методом масс-спектрометрии можно ознакомиться в ряде ранее опубликованных работ [1,3, 6—10, 24, 27, 28]. [c.523]

Пути фрагментации пептидов [c.523]

Аминокислотный тип фрагментации, конечно, не является единственным путем распада молекулярных ионов пептидов. Боковые цепи каждого аминокислотного остатка вносят свои специфические особенности в общую картину масс-спектра. Ионы фрагментов, образующихся в результате специфического распада боковых цепей, дают дополнительную информацию о структуре пептидов. [c.72]

В случае простых пептидов обычно не возникает необходимости в определении состава фрагментов, если не требуется подтверждение аминокислотной последовательности. Более крупные пептиды в результате конкурентной фрагментации боковой цепи часто дают сложные масс-спектры. Поэтому в таких случаях необходимо определение элементного состава всех ионов в спектре путем точного измерения масс (см. разд. 5.2). Из элементного состава фрагментов аминокислотная последовательность устанавливается, как указано выше. С целью облегчения анализа рассматриваемых фрагментов разработаны программы для ЭВМ. [c.123]

Влияние длины Ы-ацильной группы на масс-спектрометрическую фрагментацию пептидов было изучено [18] сравнением спектров синтетических метиловых эфиров Ы-ацетил-, М-деканоил-и N- тeapoильныx производных А1а-Уа1-С1у-РЬе. Было отмечено, что М-ацильные группы различной длины не вносят изменений в основные пути фрагментации пептидов. Однако спектр стеаро- [c.198]

Небольшие порции каждой из полученных фракций анализируют методом высоковольтного электрофореза на бумаге, у условно чистых пептидов определяют Ы-концевую аминокислоту и иногда частичную аминокислотную последовательность по методу Эдмана в дансильном варианте (гл. 11). Из фракций, содержащих гомогенные по всем показателям пептиды, отбирают аликвоты на аминокислотный анализ, после чего их лиофилизуют. Крупные пептиды (20—50 остатков), даже чистые, часто проявляются на электрофореграммах в виде диффузных полос в отличие от небольших фрагментов, получающихся при их гидролизе, образующих четкие зоны при электрофорезе. Это позволяет при повторной фрагментации небольшой порции материала из условно чистых пиков хроматограммы обнаружить с помощью электрофореза наличие в них минорных компонент, не регистрируемых другим путем. Крупные пептиды, загрязненные примесями, могут быть успению очищены на ДЭАЭ-целлюлозе, хотя выходы при этом бывают довольно низкими. Поскольку для установления или контроля аминокислотной последовательности крупного пептида, как правило, необходимо проведение дополнительного гидролиза, целесообразно две трети очищенного материала оставить для этих целей. Даже [c.353]

Помимо структурных различий увеличивается количество доводов в пользу того, что эти две группы пептидов существенно различаются и по биосинтезу. Большинство пептидных гормонов образуется путем ферментативной фрагментации более крупных белковых молекул (прогормонов), биосинтез которых происходит на рибосомах при строгом генетическом контроле. Имеются веские доказательства, что биосинтез пептидных антибиотиков осуществляется внерибосомальными ферментативными процессами, которые менее специфичны и часто приводят к продуцированию одним и тем же организмом смеси родственных антибиотиков, отличающихся только одним аминокислотным участком. [c.286]

Определение аминокислотной последовательности — задача очень трудоемкая. Однако ее можно было бы значительно облегчить, если бы удалось выработать приемы для фрагментации длинных пептидных цепей на относительно небольшие пептиды, содержащие от 10 до 15 аминокислотных остатков, и на другой ряд более длинных пептидов, с тем чтобы можно было установить места перекрывания небольших пептидов. Такая идеальная возможность редко встречается. Практически проблема решалась несколькими путями. История изучения инсулина, рибонуклеазы и гемоглобина отражает три различных подхода. В первых исследованиях, проведенных на инсулине, изучали частичные кислотные гидролизаты динитрофепилированных пептидов (см. гл. 6), а ферменты были использованы на второй стадии работы для получения более крупных пептидов. Быстрое установление структуры рибонуклеазы оказалось возможным благодаря усовершенствованию анализа аминокислот. Аминокислотный состав пептидов, полученных [c.113]

Как правило, первичную структуру белка не удается установить путем последовательного секвенирования всей полипептидной цепи. Для этого приходится анализировать фрагменты, полученные избирательным расщеплением полипептидной цепи химическим или ферментативным методом. Следователыю, стадия фрагментации полипептидной цепи па низкомолекулярные пептиды с целью последующего структурного анализа — это один из важнейших этапов в определении ковалентно (первичной) структуры белка. [c.82]

В настоящее время масс-спектрометры применяются для анализа последовательности аминокислот в олиГопептидах, получающихся в результате гидролиза белков или другим путем. Для повышения летучести пептиды ацетилируют и метилируют. Пептидные связи легко расщепляются при бомбардировке их электронами, причем фрагментация идет с С-конца пептидов. Поскольку все аминокислоты имеют разный молекулярный вес, то по разнице в массах, соответствующих двум соседним основным пикам на спектре, сразу же идентифицируется С-концевая аминокислота более тяжелого фрагмента. Для определения аминокислотной последовательности исходного иона по разнице между основными пиками на масс-спектрах применяются ЭВМ и составлены соответствующие программы. В настоящее время для такого анализа аминокислотной последовательности белков лимитирующей является стадия фракционирования гидрйлизата белка на отдельные олигопептиды. [c.182]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология