ДНК сдвиг равновесной конформации

Абдель-Алим и Хамиелек [4] проводили деструкцию полиакриламида (ПАА) при различных условиях в водном растворе с помощью куэттовского вискозиметра. ММР определяли методом ГПХ. В одном из экспериментов они получили ММР, предсказанное теорией Бики, хотя совпадение теоретических и экспериментальных данных было недостаточно удовлетворительным (рис. 2.6). Зная значения критической молекулярной массы, при которой происходит разрыв молекул, и имея данные ММР (см. разделы 2.4.1 и 2.4.2), они пришли к заключению, что разрушение происходит при небольших напряжениях сдвига в соответствии с кривой нормального распределения, когда преимущественно разрушаются связи в центре макромолекул. Однако при больших сдвиговых напряжениях центр кривой распределения сдвигается к концам молекул, что приводит к образованию коротких цепей. По мнению авторов, в этом случае разрушение происходит до достижения равновесных конформаций цепей. [c.33]

Некоторые физические свойства ДНК в растворе плавно меняются при небольших изменениях внешних условий. Эти изменения не связаны ни с разрывом водородных связей, ни с другими сопряженными с денатурацией спирали явлениями. Они отражают скорее всего сдвиг равновесной конформации двойной спирали внутри данного структурного семейства при изменениях концентрации соли или температуры. Для некоторых регулярных последовательностей, таких, как синтетические полинуклеотиды, содержащие только с1А в одной цепи и только с1Т — в другой, определенные структуры оказываются более предпочтительными. Возможно, наличие таких последовательностей в природных ДНК приводит к локальным изменениям структуры. Это могло бы объяснить, как белки, связывающиеся с ДНК, узнают определенные участки двойной спирали без разделения цепей, необходимого для взаимодействия с основаниями. [c.176]

После снятия нагрузки мгновенно восстанавливается деформация упругого элемента 1, а затем происходит восстановление запаздывающей высокоэластической деформации (элементы 3 м 4), т. е. идет процесс релаксации. Если перейти к рассмотрению полимеров, то время релаксации связано у них с переходом макромолекул в новую равновесную конформацию и зависит от ряда факторов, прежде всего от гибкости цепи и межмолекулярного взаимодействия. Особенно сильно это проявляется при сдвиговом течении, когда создается неравномерная степень ориентации по слоям сдвига. [c.60]

В обобщенной теории течения Ленка [4] предполагается, что доминирующую роль играют процессы изменения конформации цепей макромолекул. При небольших значениях напряжения сдвига сохраняется статистически равновесное распределение конфор- [c.80]

Мы видим, таким образом, что термодинамическая сущность роли АТР - это функционирование в качестве энергосопрягающего агента. Клетки поддерживают содержание АТР на высоком уровне, используя свет и окисляемые субстраты в качестве источников свободной энергии. Гидролиз одной молекулы АТР резко сдвигает равновесное отношение концентрации продуктов к концентрации реагирующих веществ в сопряженной реакции-примерно в 10 раз. В более общем выражении гидролиз п молекул АТР изменяет равновесное отношение сопряженной реакции (или последовательности реакций) в 10 раз. Например, гидролиз трех молекул АТР в сопряженной реакции изменяет равновесное отношение в 10 " раз. Таким образом, термодинамически невыгодная последовательность реакций может быть превращена в термодинамически выгодную путем сопряжения с гидролизом достаточно большого количества молекул АТР. Надо также подчеркнуть, что А и В в предьщущем уравнении сопряженной реакции имеют очень общее значение. Например, А и В могут представлять различные конформации белка (например, при мышеч- [c.13]

Ползучесть. Под ползучестью понимают развивающуюся во времени деформацию образца под воздействием постоянного напряжения в различных схемах нагружения, например в условиях растяжения, сдвига или сжатия. Полная деформация нагруженного полимерного образца в любой момент времени суммируется из упругой, высокоэластической и необрау1мой деформации. Упругая деформация возникает вследствие изменения валентных углов и длин связей. Высокоэластическая деформация развивается во времени с убывающей скоростью и стремится к достижению равновесного значения. Время установления равновесной деформации зависит от конформационного набора цепей, температурных условий опыта и приложенного напряжения. Деформация вязкого течения наблюдается главным образом в полимерах линейного строения. Здесь существенно отметить, что в условиях релаксации макромолекула стремится перейти в равновесное состояние путем превращения вытянутой конформации в свернутую конформацию, а при [c.124]

ЯМР-Спектры моносахаридов. Как уже отмечалось выще, в ЯМР- пектрах моносахаридов сигнал водородного атома, связанного с С , появляется при наименьших значениях напряженности магнитного поля. Поэтому его легко отличить от сигналов всех других водородных атомов, которые имеют близкие значения химического сдвига и поэтому не всегда могут дать надежную информацию о структуре вещества. Найдено что в а-аномерах сахаров Б-ряда, которые обычно имеют С1-конформацию (ксилоза, глюкоза, галактоза, манноза, рамноза, фукоза, талоза), водородному атому у Сх соответствует сигнал при т = 4,83 0,07, тогда как Р-аномеры могут быть разделены на две группы в сахарах, имеющих экваториальный гидроксил при Са, химический сдвиг аномерного водорода равен 5,44 0,01 (ксилоза, глюкоза, галактоза, фукоза), а в сахарах, обладающих аксиальным гидроксилом при Са, химический сдвиг аномерного водорода составляет 5,18 0,03 (манноза, рамноза, талоза). Таким образом, сигналы экваториального (в а-аномерах) и аксиального (в Р-аномерах) протонов отстоят в спектрах достаточно далеко друг от друга. Это обстоятельство, а также то, что концентрация аномера пропорциональна интенсивности сигнала соответствующего протона, было использовано для определения равновесных концентраций аномеров моносахаридов в водных растворах (см. стр. 33). [c.64]

В. соответствии с этими правилами были рассчитаны значения химического сдвига водородных атомов при С1 и С5 в тетраацетатах пентопи-раноз, которые оказались близкими к значениям, найденным экспериментально. Отклонения экспериментальных данных от расчетных наблюдались только для тетраацетата р-О-рибозы и триацетата 2-дезокси-0-рибозы (2-дезокси-Р-Д-эритропентозы). Однако если предположить, что в растворах первое из этих веществ существует в виде равновесной смеси двух конформаций С1 и 1С, содержащей около 50% каждой, а второе вещество находится в Ю-конформации, и, исходя из этого предположения, произвести расчет, то вычисленные значения окажутся в хорошем соответствии с экспериментальными данными это служит подтверждением правильности сделанного предположения. Таким образом, правила Лемье — Стивенса могут быть применены для определения конформаций ацетатов моносахаридов в тех случаях, когда не удается определить значения константы J, которые необходимы для вычисления проекционных углов по уравнению Карпласа. [c.66]

В рамках модели Фердинанда присоединение субстрата к активному центру протекает как равновесная стадия, конформационный переход сравним по скорости с максимальной скоростью реакции, и увеличение концентрации субстрата сдвигает равновесие между двумя конформациями фермента. Поэтому повышение концентрации 5 заменяет стадию I стадией V. Такое объяснение не-Михаэлисовой кинетики мембранных ферментов правомочно в целом ряде случаев. [c.97]