ДНК зависимость коэффициента седиментации от молекулярной массы

Таким образом, коэффициент седиментации может быть найден по угловому коэффициенту на графике в координатах 1п(л /дСо) — ( На коэффициент седиментации существенное влияние оказывает концентрация раствора полимера. Поэтому принято при расчетах молекулярных масс использовать коэффициент седиментации, отнесенный к предельно разбавленным растворам 8 . Обычно зависимость коэффициента седиментации от концентрации выражается уравнением [c.154]

Молекулярная масса белка пропорциональна его коэффициенту седиментации, коэффициенту диффузии и плотности. Измерив в независимых опытах коэффициент диффузии и плотность, можно вычислить молекулярную массу Поскольку наибольшие трудности вызывает измерение коэффициента диффузии, нередко ограничиваются указанием только коэффициента седиментации белка, а также и других высокомолекулярных веш еств и частиц (208-белок, 608-частица, 188-РНК и т. д.). Эти величины позволяют оценить относительные размеры молекул и частиц, однако надо учитывать, что зависимость коэффициента седиментации от молекулярной массы нелинейная. [c.44]

Зависимость коэффициента седиментации от размеров молекулы и молекулярной массы получим, подставив выражение для/из уравнения (19.21) в формулу для коэффициента седиментации при бесконечном разбавлении (см. гл. 11) [c.166]

Однако хлоропласты и митохондрии эукариотических клеток содержат рибосомы, отличные от 80S типа. Рибосомы хлоропластов высших растений принадлежат к истинному 70S типу и практически не отличимы от рибосом эубактерий и синезеленых водорослей по вышеприведенным показателям и по более детальным молекулярным характеристикам. Митохондриальные рибосомы более разнообразны в зависимости от принадлежности организма к тому или иному царству эукариот. Наиболее изучены рибосомы митохондрий грибов и млекопитающих. Митохондриальные рибосомы грибов (Sa haromy es, Neurospora) похожи на прокариотические 70S рибосомы, но, может быть, лишь слегка крупнее (около 75S) и содержат относительно больше белка абсолютное содержание рибосомной РНК в них, повидимому, почти такое же, как в типичных 70S рибосомах. Митохондриальные рибосомы млекопитающих, однако, существенно мельче типичных 70S рибосом, имея также и существенно меньшее абсолютное количество рибосомной РНК на частицу их иногда называют мини-рибосомами . Действительно, коэффициент седиментации рибосом из митохондрий млекопитающих составляет всего около 55S, а тотальная масса рибосомной РНК на частицу более чем на 1/3 меньше, чем в типичных 70S рибосомах. В то же время, митохондриальные рибосомы млекопитающих содержат довольно много белка, так что общие размеры их как будто бы не сильно отличаются от таковых прокариотических рибосом. В целом, несмотря на ряд необычных черт, по ряду своих признаков, и в том числе по функциональному поведению, митохондриальные рибосомы млекопитающих все же близки к прокариотическим 70S рибосомам. [c.54]

Принципиально возможно определение коэффициентов седиментации и, следовательно, приблизительных молекулярных масс даже не вполне индивидуальных белков, если имеется подходящий метод для измерения относительных концентраций белков, например путем измерения их ферментативной активности. Изучаемый образец осторожно наносится на раствор сахарозы с линейным градиентом концентрации и подвергается высокоскоростному центрифугированию в роторе с откидывающимися пробирками (в ба-кет-роторе). Обычно в качестве стандарта в раствор добавляется белок с известным коэффициентом седиментации s. Вещества с различными седиментационными свойствами отделяются в градиенте плотности друг от друга, образуя полосы. По окончании центрифугирования в нижней части центрифужной пробирки проделывают небольшое отверстие, фракции сливают и анализируют. Если фракции отбирают через различные промежутки времени центрифугирования, то временная зависимость расстояния от мениска до зоны белка, обладающего активностью, должна быть линейной. Для данного времени центрифугирования соблюдается следующая [c.130]

В табл. 11.1 приведены некоторые определенные опытным путем типичные значения 20 ш- можно сделать с этими величинами, зависит от ответа на вопрос что еще известно о данной системе Если известна молекулярная масса, то, определив 2о дем коэффициент трения/, который можно сравнить с/ , , т.е. с коэффициентом, который имела бы сферическая частица той же массы при отсутствии гидратации. Можно проанализировать далее отношение /// с тем, чтобы наложить ограничения на форму и степень гидратации частицы в точности так, как это было описано ранее для коэффициентов диффузии. В табл. 11.1 сравниваются коэффициенты трения, определенные с помощью диффузии и с помощью седиментации. В большинстве случаев эти величины довольно хорошо согласуются. Если же известны и и то молекулярную массу можно вычислить по формуле (11.33). Тогда, пользуясь любым из двух уравнений (11.32), получают коэффициент трения. Но, поскольку при седиментации и диффузии одинаково учитывается комбинированная зависимость от конформации и гидратации, знание обоих коэффициентов не проясняет вопроса о том, какая часть избыточного трения (сверх происходит за счет гидратации. В табл. 11.2 сопоставляются молекулярные массы, при определении которых пользовались уравнением Сведберга, с величинами, полученными [c.238]

Аналитическое центрифугирование основано на зависимости скорости седиментации макромолекул от их молекулярной массы в центробежном поле ультрацентрифуги. Под действием центробежной силы в начальный момент макромолекулы седиментируют в ячейке ультрацентрифуги с разными скоростями — более тяжелые быстрее. Появ.чяется полоса раздела между раствором и чистым растворителем, в которой оптическими методами можно зарегистрировать отставание малых молекул от больших ультрацентрифуга работает как масс-спектрометр, превращая спектр масс в спектр смещений. По этому спектру получают распределение по седиментационным коэффициентам, которое пересчитывают в распределение по молекулярным массам [114]. [c.26]

Результаты анализа зависимостей lg Llf ) от lg Ь не такие однозначные (см. рис. 2.3). Вид зависимости определяется величиной d. В области малых Ь величина Ь//о примерно пропорциональна 0,5 lg Ь, т. е. /о = (см. ). Однако с ростом Ь Ь А) более четко проявляется влияние величины поперечника й. Для тонкой цепи d = 0,1 А) зависимость lg Ыf от lg Ь ослабляется и /о = 1/° . При дальнейшем росте Ь Ь АА) и переходе в гауссову область / = Для толстой цепи d = А) зависимость lg Ыf ) от lg Ь усиливается и при АА коэффициент поступательного трения /о снова пропорционален Поэтому исследование зависимости /о от Ь (коэффициентов седиментации и диффузии от молекулярной массы) в узкой области изменения Ь (или М) не всегда позволяет надежно определить параметры цепи. [c.43]

При нейтральных и щелочных значениях pH в полинуклеотидах отношение заряда молекулы к ее массе является постоянной величиной [1085, 1087]. Поэтому полинуклеотиды нельзя фракционировать на основе различий в их зарядах [940]. Введение в практику электрофореза поддерживающих сред, обладающих свойствами молекулярного сита, позволяет проводить фракционирование полинуклеотидов в зависимости от размеров их молекул. В ряде работ [778, 857, 1085] было показано, что электрофоретическая подвижность нуклеиновых кислот в полиакриламидном геле обратно пропорциональна их коэффициентам седиментации. Аналогичные данные были получены и при электрофорезе в агаровом геле [498]. Левицки и Сински [762] установили, что электрофоретическая подвижность полинуклеотидов линейно зависит от логарифма коэффициента седиментации (в единицах Сведберга). Поскольку коэффициент седиментации пропорционален квадратному корню из средней молекулярной массы нуклеиновых кислот, должна существовать обратная зависимость между относительной подвижностью и логарифмом молекулярной массы. Этот вывод был подтвержден экспериментальным путем [123, 778, 984, 1099]. [c.390]

Для построения кривой молекулярно-массового распределения (ММР) на основе результатов фракционирования определяют молекулярную массу фракции или какое-либо ее свойство, зависящее от молекулярной массы (характеристическую вязкость [т]], коэффициенты седиментации д и диффузии Ь , вязкость расплавов или концентрированных растворов и т. д.). Кривую распределения можно получить как непосредственно по относительным показателям свойств, так и по средним значениям молекулярных масс. Так, например, для большинства полимеров, кроме упоминавшейся зависимости [т]] = КцМ , существует зависимость между 5 о, >0 и М, которую можно выразить аналогичными уравнениями [c.219]

Гидродинамические методы применяли при изучении как одно-, так и двухцепочечных нуклеиновых кислот. Расчеты, основанные на статистической модели конфигурации цепи в приложении к одноцепочечным полинуклеотидам, довольно хорошо согласуются с наблюдаемыми в опыте размерами их цепей. В случае двухцепочечной ДНК исследовали, в частности, характер зависимости характеристической вязкости и коэффициента седиментации от молекулярной массы. Результаты этих исследований показывают, что молекулы ДНК, молекулярные массы которых не превышают примерно 10 , ведут себя как ква-зистержнеобразные молекулы и что молекулы с большей массой больше похожи на клубок. Это заставляет предположить, что двойная спираль ДНК подобна по своим гидродинамическим свойствам жесткой червеобразной нити. Такие цепи удрбно рассматривать, пользуясь моделью, известной как цепь Порода — Кратки. Эта модель оказывается весьма полезной при описании конформации и размеров молекул ДНК. [c.176]

Коэффициент Ь определяется коэффициентом поступательного трения / [см. уравнение (1.6)] и широко используется при расчете молекулярных масс полимеров в сочетании с константой седиментации (см. гл. I). Зависимость О от М аналогично (1.5) описывается эмпирическим уравнением [c.37]

ЗАВИСИМОСТЬ КОЭФФИЦИЕНТА ТРЕНИЯ И КОЭФФИЦИЕНТА СЕДИМЕНТАЦИИ ОТ МОЛЕКУЛЯРНОЙ МАССЫ ДЛЯ МАКРОМОЛЕКУЛ РАЗНОЙ ФОРМЫ [c.166]

РИС. 19.7. Иллюстрация единой функциональной зависимости между коэффициентом седиментации и молекулярной массой. График строится в координатах IgM, [c.172]

Величина S, экстраполированная к нулевой концентрации, называется константой седиментации и является характеристикой макромолекулы в растворе. Она представляет собой скорость оседания, отнесенную к единице силового поля, и колеблется от 2 (Л1 = 10 000) до 200 (/М = 10 ООО ООО). Зависимость S от молекулярной массы может быть представлена в виде уравнения S= Ks, где / s — константа, 6 имеет тот же смысл, что в аналогичном уравнении определения М по коэффициенту диффузии. Описанный седиментационный метод дает среднеседиментационную молекулярную массу [c.542]