Ферменты, атакующие РНК

Биохимические методы. В ряду родственных соединений, например аминокислот или некоторых видов стероидов, определенный фермент обычно атакует молекулы только одной конфигурации. Если, скажем, в восьми аминокислотах каким-то ферментом атакуется только ь-форма, то и девятая аминокислота, подвергающаяся действию того же фермента, должна принадлежать к ь-ряду. [c.150]

Расщепление рацематов А. на оптич. антиподы производят затравочной кристаллизацией их солей с арилсульфо-кислотами или кристаллизацией диастереомерных солей ацильных производных А. с оптически активными основаниями или солей эфиров А. с оптически активными к-тами. Часто используют энантиоселективный гидролиз ацилами-нокислот ацилазами или гидролиз эфиров А. эстеразами, причем ферменты атакуют в первую очередь Ь-А. Перспективно расщепление рацематов лигандообменной хроматографией. Хроматографию используют также для анализа энантиомерного состава А. [c.138]

В клетке нет ничего статичного. Структуры постоянно создаются и снова разрушаются. Всё с большей или меньшей скоростью подвергается взаимопревращению. Гидролитические ферменты атакуют все полимеры, из которых состоят клетки, а активные катаболические реакции разрушают образующиеся в результате таких атак мономеры. Мембранные структуры также подвергаются изменениям в результате гидроксилирования и гликозилирования. Эти реакции являются источником движущей силы, обеспечивающей перемещение материала, образующегося в результате распада мембран, на наружную поверхность клетки. В это же время другие процессы, включая процессы распада под действием лизосомных ферментов, дают возможность материалу, из которого строятся мембраны, вновь проникать в клетку. Окислительные процессы приводят к разрушению веществ гидрофобной природы, таких, как стерины и жирные кислоты мембранных липидов, и к их превращению в более легко растворимые вещества, которые затем распадаются н подвергаются полному окислению. [c.502]

Лишь после этого происходит распад фермент-субстратного комплекса, и фермент атакует другую молекулу полимерного субстрата (см. рис. 3.2). [c.67]

Все три фермента атакуют соответствующие дисахариды с образованием двух молекул моносахарида из мальтозы образуются две частицы глюкозы молочный сахар (лактоза) образует глюкозу и галактозу, а обычный сахар (сахароза)—по одной частице глюкозы и фруктозы. Все три фермента можно получать в больших количествах из грибных и бактериальных источников, но обычно инвертазу и лактазу получают из дрожжей. [c.235]

Суш,ественные изменения свойств оболочки могли бы также явиться следствием изменения распределения в ней полисахаридов. Количественное соотношение полисахаридов оболочки могло бы определять скорость ее разрушения патогенным организмом следуюш им образом. Допустим, что у растения данного сорта в клеточной оболочке содержатся полисахариды А и Б в соотношении 5 1. Допустим также, что устойчивая форма имеет больше ферментов, необходимых для синтеза полисахарида Б, и поэтому соотношение двух полисахаридов в оболочке составляет у нее 2 3. Если патогенный организм обладает ферментами для разрушения обоих полисахаридов, но при этом фермент, атакующий полисахарид А, у него значительно преобладает, то скорость его воздействия на стенки устойчивого растения уменьшится и соответственно уменьшится скорость распространения поражения. Следовательно, этот новый сорт растения могкно было бы назвать устойчивым. [c.95]

Известен ряд факторов, влияющих на скорость, с которой эти ферменты атакуют определенные пептидные связи. Помимо последовательности аминокислот, имеют значение также пространственные соотношения, создаваемые свертыванием пептидной цепи. Многие нативные белки устойчивы к действию ферментов, но легко перевариваются после денатурации или окисления. Расщепление отдельных связей может влиять на расщепляемость соседних связей. Сами продукты расщепления нередко оказывают влияние на специфичность фермента и приводят к непредвиденным реакциям расщепления. [c.119]

А теперь ацетилированный фермент атакует молекула воды. К группе А возвращается протон, ацетильная группа присоединяет к себе гидроксил, молекула же холина диффундирует от активной поверхности. Схему этой быстрой стадии можно представить т к [c.35]

Теоретически групповые вещества должны расщепляться ферментами, действующими на их углеводную часть, протеолитическими ферментами, атакующими пептидную часть, и ферментами, расщепляющими связи между углеводной и пептидной частями. [c.189]

После того как субстрат связан, он подвергается атаке определенных групп фермента. Во многих ферментах, предназначенных для реакций разрыва связей, ДJ я этою используются такие металлы, как Zn, М , Мп или Ре. Иногда одна часть субстрата координируется к металлу, в других случаях атом металла оттягивает электроны от субстрата и ослабляет связь. Оба варианта иллюстрируются каталитическим действием трипсина, которое обсуждается в следующем разделе. [c.317]

На следующей стадии пролин, присоединенный к тяжелому ферменту тиоэфирной связью, атакует легкий фермент, перенося [c.62]

В синтезе грамицидина 8 участвуют два фермента легкий (М = 100 000) и тяжелый (Л4 = 280 ООО), Синтез начинается иа легком ферменте, который действует также как рацемаза , превращая ь-фенилаланин в о-энантиомер. Нуклеофильная тиольная [руппа легкого фермента атакует активированный фенилаланин (АТР и аминокислота реагируют с образованием ангидрида), образуя (катализ основанием) высокоэнергетическин тиоэфир, ДСп1др —38 кДж/моль (—8 ккал/моль). Различие свойств тио-эфиров и ацильных эфиров связано с гораздо большей степенью делокализации неспаренных электронов кислородом карбонильной группы, чем атомом серы. Такая делокализация понижает электрофильность карбонильной группы. Кроме того, тиольная группа — более хорошая уходящая группа, чем соответствующая гидроксильная. Напомним, что для меркаптана рКа Ю, тогда как для спирта рКа 15 (табл. 2.1). [c.62]

Многие ферменты атакуют концевые участки полимера, последовательно (в случае гомополимерного субстрата) отщепляя фрагменты с низкой степенью полимеризации (мономеры, димеры, реже тримеры и т. д.). Возможно, активный центр таких ферментов устроен в виде кармана , направленного в глубь белковой молекулы, и позволяет вместить не более определенного числа мономерных звеньев субстрата. Такие ферменты обобщенно называют экзоферментами или ферментами экзотипа . [c.77]

По одноцепочечному способу молекула фермента, атаковав в случайном порядке одну из полисахаридных цепей, последовательно отщепляет от нее звенья до тех пор, пока цепь полностью распадется. Лишь после этого фермент атакует следующие цепи. За время существования одного фер.мент-суб-стратного комплекса гидролизуются все доступные для фермента связи. [c.172]

Единицы активности. Согласно рекомендации комиссии по ферментам Международного биохимического союза за единицу активносги фермента (Е) принимают то его количество, которое катализирует превращение 1 мкмоль субстрата в минуту при заданных условиях определения. Рекомендуемая температура 30° С (или указывают фактическую температуру, при которой проводилось определение). Остальные условия (pH, концентрация субстрата, кофакторов и др.) должны быть оптимальными. При бимолекулярной реакции Ач-Б = В + Г за единицу фермента принимают то его количество, которое катализирует превращение 1 мкмоль А или Б, или 2 мкмоль А, если Б = А, за 1 мин. Если фермент атакует более чем одну связь, например при действиц на полимерную молекулу, расчет ведется на 1 мк-экв затронутых реакцией групп. [c.206]

Для определения С-концевых остатков чаще всего используют ферментативный гидролиз карбоксипептидазами, к-рые специфически расщепляют пептидные связи, образованные С-коицевыми остатками. Поскольку после отщепления концевых остатков фермент атакует послед, пептидные связи, измерение скорости отщепления отдельных аминокислот позволяет анализировать также и С-концевую аминокислотную последовательность. [c.250]

Растворимая ферментная система, ответственная за синтез этого антибиотика, состоит из крупного белка с мол. весом 280 000, который активирует аминокислоты в виде аминоациладенилатов и переносит их на тиоловые группы молекул 4 -фосфопантетеина, ковалентно связанные с ферментом [26, 27]. Таким образом, обеспечивается связывание четырех аминокислот, а именно пролина, валина, орнитина (орнитин см. на рис. 14-2) и лейцина. Активацию фенилаланина обеспечивает другой фермент (мол. вес. 100 000). Формирование полимера инициируется, вероятно, активированным фенилаланином ) и осуществляется аналогично тому, как это имеет место в процессе удлинения цепи жирных кислот (разд. Г,6). Инициация происходит в то время, когда аминогруппа активированного фенилаланина (на втором ферменте) атакует ацильную группу аминоацилтиоэфира, при помощи которой удерживается активированный пролин. Затем свободная иминогруппа пролина атакует активированный валин и т. д., в результате чего образуется пентапептид. После этого две молекулы пентапептида связываются друг с другом, и процесс образования антибиотика завершается замыканием цикла. Последовательность аминокислот в антибиотике строго специфична, и замечательным является тот факт, что эта сравнительно небольшая ферментная система оказывается способной осуществлять все стадии процесса в требуемой последовательности. Аналогичным путем синтезируются также и некоторые другие пептидные антибиотики — тироциди-ны и полимиксины. [c.491]

Что определяет характер включения сахарных единиц в полисахариды Некоторые гомополисахариды, такие, как, например, целлюлоза и линейная форма крахмала (амилоза), содержат только один моноса-харидный компонент и только в одном типе связи. Для образования таких цепей один фермент может добавлять одну единицу активированного сахара ко второй со стороны растущего конца. В отличие от этого для сборки молекулы гликогена необходимы по крайней мере два фермента. Одним из них является синтетаза, катализирующая перенос активированных глюкозильных единиц от иОР-глюкозы к растущему концу полимера, а другим — трансгликозилаза, выполняющая функцию ветвящего фермента. После того как длина концов цепи достигнет приблизительно десяти единиц, ветвящий фермент атакует гликозидную связь в каком-нибудь месте цепи. Действуя аналогично гидролазе, он образует, по-видимому, промежуточное соединение, которое представляет собой гликозилфермент или стабилизированный карбоний-ион. В любом случае фермент не освобождает оторванный фрагмент цепи (как это имеет место в случае а-амилазы гл. 7, разд. В,6), а переносит его к другому, близко расположенному активному участку молекулы гликогена. Здесь фермент снова присоединяет связанную с ним цепь к свободной 6-гидроксильной группе гликогена, создавая таким образом новую ветвь, присоединенную при помощи а-1,6-связи. [c.493]

К Т>етьей группе относятся биохимические методы. В ряду эго класса соединений, например аминокислот, определен- фермент атакует молекулы только одной конфигурации. Если эй-то фермент, скажем, атакует только (5)-аминокислоты, не 9гая (1 )-форму, и это экспериментально установлено на ряде еров, то еще одна аминокислота, подвергающаяся действию же фермента, должна принадлежать к (5)-ряду. [c.55]

Жиры или триацилглицерины практически не всасываются в пищеварительном тракте. В тонком кишечнике происходит их гидролиз, который катализируется липо-литическими ферментами, вырабатываемыми поджелудочной железой. Существует несколько типов панкреатиче-ческих липаз. Одни из них специфичны в отношении эфирных связей в а-положении триацилглицерина, а другие гидролизуют связи в -положении. Полный гидролиз триацилглицеринов происходит постадийно сначала ферментами атакуются а- и х-связи, а затем более медленно гидролизуются -моноацилглицерины. Конечные продукты переваривания (глицерин, высшие жирные кислоты, а также диацилглицерины и моноглицерины) всасываются в стенки кишечника. [c.146]

При этом проблема механизма действия ферментов атаковалась в 50-х годах по двум направлешшм. Во-первых, уточнение данных о течении отдельных реакций привело к многочисленным попыткам создания более или менее общих теорий ферментативного действия, которые, как правило, не преследовали цели дать описание общего механизма ферментативного действия. В большинстве случаев давались теории механизма осуществления отдельных типов ферментативных реакций, иногда создавались теории, описывающие механизмы лишь одной какой-либо реакции, например теория фумаразного действия В. Массей [64], предложенная в 1953 г. Во-вторых, началось планомерное изучение деталей строения отдельных активных центров ферментов. Это было свя- [c.175]

Используя разнообразные амилазы, трансглюкозидазы и ферменты, атакующие разветвленные молекулы, удается получить множество разновидностей гидролизата крахмала, которые находят широкое применение в промышленности. На рис, 3.1 сопоставлены данные о сырье, промежуточных и конечных продуктах этого производства. [c.104]

Каждый из этих ферментов атакует вполне определенные пептидные связи. Трипсин катализирует гидролиз пептидных связей, карбонильная группа которых принадлежит одной из основных аминокислот, обычно аргинину или лизину. Пепсин и химотрипсин предпочтительно катализируют гидролиз тех пептидных связей, в образовании которых участвуют ароматические аминокислоты, в частности триптофан, тирозин и фенилаланин. Среди протеолитических ферментов наиболее высокой специфичностью обладает трипсин поэтому именно он наиболее подходит для такого рода анализа. Ясно, однако, что при помощи только одного, пусть даже абсолютно специфичного, фермента невозможно определить полную последовательность аминокислот в полипептиде. Если, например, триптическое расщепление полипептида дало пять фрагментов (пептидов), в сумме соответствующих всей цепи, и если даже для каждого из них удалось установить аминокислотную последовательность, то это еще не все требуется узнать, в каком порядке эти пептиды располагались в нативном полипептиде. Чтобы узнать это, необходимо получить другие пептиды, которые перекрывались бы с первыми. Главное преимущество ферментативного гидролиза — специфичность реакции расщепления в отношении природы расщепляемых пептидных связей накладывает в то же время строгое ограничение на применимость этого метода. В идеале желательно было бы, например, иметь возможность расщеплять иногда те пептидные связи, которые в норме трипсином не атакуются, или, наоборот, предохранять от расщепления связи заведомо чувствительные. Недавно были предложены некоторые модификации методики, которые позволяют в какой-то мере решить эту задачу. Так, например, реакция е-аминогруппы лизина с этилтрифтортиоацетатом в слабо щелочном растворе дает блокированный по аминогруппе остаток, пептидная связь которого не атакуется трипсином [c.90]

Окончательное установление первичной структуры дезоксинуклеиновых кислот связано с рядом проблем, еще труднее разрешимых, чем в случае рибонуклеиновых кислот, и достижений в этой области пока еще мало. Тем не менее достигнут некоторый успех в определении последовательности оснований в одиночной цепи олигодезоксинуклеотидов. Такие продукты распада легко получаются в результате обработки дезоксирибонуклеиновых кислот дезоксирибонуклеазами. Панкреатическая дезоксирибонуклеаза [350] (дезоксирибонуклеаза I) активна в нейтральном растворе, требует присутствия магния или некоторых других двухвалентных катионов и имеет минимальный молекулярный вес 61566 [351]. Этот фермент катализирует гидролиз ДНК до сложной смеси, из которой с помощью хроматографии на бумаге, электрофореза [352] и ионообменных методов [353] были выделены дезоксинуклеозид-5 -фосфаты ( 1 %), ряд динуклеотидов (- 16%), тринуклеотиды и более высокомолекулярные олигодезоксинуклеотиды с 5 -фосфатной группой на конце. Хотя специфичность действия дезоксирибонуклеазы I не установлена полностью, ясно, что расщепление происходит по связи —3 - О — Р. Изучение динуклеотидов, содержащих как пуриновые, так и пиримидиновые основания, указало на то, что такие соединения являются почти исключительно 5 ф—Пир—З ф—5 Пур, изомерная же последовательность 5 ф—Пур—З ф—5 Пир фактически отсутствует. Предположение, что ферментом атакуются преиму- [c.421]

Единица ферментов (Е) — количество фермента,, которое катализирует превращение одного мйкромоля субстрата в минуту при заданных условиях. Если субстратом служит белок, полисахарид или молекула, в которой фермент атакует более одной связи, то вместо микромоль субстрата следует учитывать микроэквивалент затронутых реакцией групп . За меру скорости реакции принимается число расщепленных пептидных или гликозидиых связей, а не общее число подвергшихся превращению молекул. [c.104]

Пептидазы, разрывающие пептидные связи, удаленные от концов полипетидной цепи, называются эндопептидазами. К ним относятся пепсин, трипсин, химотрипсин и папаин. Ферменты, атакующие концевые пептидные связи, называются экзопептида- [c.247]

Известно несколько ферментов, катализирующих последовательное отщепление нуклеотидов от нуклеиновых кислот, начиная с определенного конца. Такие ферменты широко используются при определении последовательности олигонуклеотидов. Кроме того, ферменты эти можно с успехом использовать в тех случаях, когда необходимо осуществить полное расщепление РНК либо на З -нуклеотиды, либо на 5 -фосфорилированные нуклеозиды. Ферментом, атакующим нуклеиновые кислоты с 5 -конца, является экзонуклеаза селезенки, тогда как фосфодиэстераза змеиного яда и полинуклеотидфосфори-лаза атакуют полинуклеотид с З -конца, образуя фХ и ффХ соответственно. Однако все попытки использовать такие ферменты для определения последовательности у столь больших нуклеиновых кислот, как вирусные РНК (подобно тому как аминопептидазы и карбоксипептидазы были использованы для анализа белков), оказались обескураживающими. Следует отметить также, что эти экзо-нуклеазы наиболее активны в отношении немодифициро-ванных и незамещенных концевых групп. Так, экзонуклеаза селезенки не атакует 5 -фосфорилированные концы, [c.101]

Напомним, что приставки эндо или экзо обычно вводятся в названия ферментов, атакующих полимерные субстраты, чтобы пояснить, какую часть полимера — большую или малую — отщепляет фермент. Если фермент предпочтительно действует на химическую связь, удаленую от концов длинной полимерной молекулы, то это фермент эндодействия, а если на концевые группы, то экзодействия. [c.33]

Экзонуклеаза фага К. Фермент атакует преимущест венно двунитевую ДНК и отщепляет 5 -нуклеозидмонофосфаты от З -концов цепи. Его используют для получения однонитевых выступающих З ОН- концов, последовательно удаляя нуклеотидные остатки с 5 р-концов комплементарных нитей [c.185]

Часто бывает так, что нуклеофильная группа фермента атакует молекулу субстрата Какая гру1нш служит нуклеофильным агентом при катализе химотрипсином и карбоксипептидазой А [c.178]

В клеточных стенках некоторых бактерий. По мнению одних авторов, О-аминокислоты оказываются там просто потому, что бактерия старается избавиться от них, но высказывается и такая точка зрения, что они встраиваются в стенки бактерий для защиты ее от воздействия ферментов (не ли-зоцимов, атакующих Р-глюкозидную связь), которые оказывают наиболее эффективное воздействие на обычные Ь-аминокислоты. [c.313]

В биологических системах универсальным донором метильных групп является сульфониевое соединение S-аденозилметионин (SAM). В свою очередь SAM синтезируется из аминокислоты метионина и другого биологически важного соединения — адеио-зинтрифосфата (АТР), высокоэнергетического соединения (форма хранения биологической энергии). Как и вообще все химические реакции, протекающие в организме, эта реакция также катализируется ферментом. Реакция термодинамически выгодна и в отсутствие белкового катализатора, однако фермент катализирует ее определенное направление. Без катализатора возможны и другие реакции, например разрыв трифосфатной цепи катализатор же связывает и ориентирует нуклеофильный атом серы таким образом, что становится возможной атака только по метиленовому атому углерода. Позже подробно обсуждается важность такого связывания и эффектов сближения сейчас следует отметить, что, хотя аденозин в составе АТР и не участвует в химическом преврап енин, он служит для узнавания АТР ферментом Фермент узнает молекулу АТР и затем связывается с ней. [c.46]

Активация аминокислоты с помощью ЛТР — это промежуточная стадия, катализируемая ферментом амииоацил-тРИК-синте-тазой. 3 - или 2 -гидроксил концевой адениловой кислоты молекулы тРНК атакует промежуточный ангидрид с образованием молекулы аминоацил-тРНК- [c.57]

Аналогичным образом на тяжелом ферменте аминогруппа ва-лпна, присоединенного тиоэфирной связью, атакует дипептид и образует трипептид. Напомним, что энергия на образование пептидной связи выделяется ири аминолизе тиоэфира. [c.63]

Группой. Кроме того, место атаки у того или иного основания меняется для ферментов, выделенных из различных источников. Например, бычья панкреатическая РНаза атакует фосфоэфирные связи пиримидинового нуклеозида, присоединенного к остатку фосфорной кислоты З -связью. В то же время РНаза из бактерии В. 8иЫШ8 атакует фосфоэфирную связь пуринового нуклеозида, присоединенного З -связью. [c.127]

Синтез 3, 5 -фосфодиэфирной связи в РНК осуществляется так же, как и в ДНК. Опять З -гидроксильная группа растущей цепи (РНК) атакует соответствующий мономерный трифосфат, как диктуется матрицей, образуя фосфодиэфирную связь с последующим отщеплением пирофосфата. Эта реакция катализируется ферментом РНК-иолимеразой. В данном случае матрица — это ДНК, так как генетическая информация, хранящаяся в форме ДНК, передается полимерной РНК (так называемой мРНК). В качестве матрицы служит лишь одна из двух цепей ДНК. Однако для начала синтеза не требуется затравки РНК- Фермент просто связывается с определенным участком цепи ДНК, и отсюда начинается синтез РНК этот участок называется промотором. Происходящую прн этом реакцию можно представить следую- [c.152]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология