Метод Паттерсона

Существуют два метода решения проблемы начальных фаз-метод Паттерсона и статистич. (прямой) метод. [c.446]

Такие методы начали разрабатывать в 30-х годах. Например, векторный метод Паттерсона позволяет очень наглядно отразить всю информацию о структуре, полученную на основании знания одних только амплитуд (если неизвестны фазовые постоянные). Результаты, получаемые с помощью метода Фурье, аналогичного упомянутому выше, дают не картину положения атомов, а суперпозицию всех внутриатомных векторов в данной структуре. Если элементарная ячейка содержит не слишком большое число атомов, то результаты легко поддаются интерпретации. Этот метод является наиболее ценным из применяющихся в настоящее время в практике структурных исследований. Но если число атомов возрастает до двенадцати или более, то индивидуальные векторы выделить невозможно, так как число их увеличивается пропорционально квадрату числа атомов. В течение последних двадцати пяти лет с целью более полного решения фазовой проблемы были проведены многие сложные математические исследования, и, хотя в этой области достигнут значительный прогресс, задача не может быть решена, если в элементарной ячейке содержится более двадцати атомов. [c.18]

При анализе структуры малых молекул первичную карту электронной плотности получают при помощи прямых методов определения структуры или, например, методом Паттерсона, устанавливая положение нескольких наиболее тяжелых атомов в молекуле. Такая первичная карта Фурье обычно недостаточно ясна и может указывать максимумы электронной плотности только для некоторых атомов в молекуле. Положение этих атомов определяется при интерпретации первичной карты и используется для расчета набора фаз. Этот набор затем применяется для расчета карты электронной плотности с помощью наблюдаемых структурных амплитуд, в результате чего уточняются положения других атомов. Вклад этих атомов может быть затем использован для расчета улучшенного набора фаз, что приводит к более совершенной карте электронной плотности. Подобная процедура последовательно повторяется до тех пор, пока не будут определены все атомные параметры. Для уточнения фаз и расчета карт электронной плотности могут быть использованы альтернативные циклы. Поскольку в случае малых молекул число экспериментально наблюдаемых параметров (структурных амплитуд) велико по сравнению с числом переменных параметров, структура малых молекул определяется с высокой точностью. Белковые молекулы, однако, содержат, значительно большее число атомов. Поскольку каждый атом должен быть охарактеризован тремя параметрами, указывающими местоположение, и, как правило, шестью параметрами, определяющими его тепловые колебания, число независимо наблюдаемых рефлексов рентгеновских лучей обычно ненамного превосходит число переменных параметров. Кроме того, для уточнения кристаллографических параметров и согласования их с опытными данными методом наименьших квадратов необходимо гораздо большее число наблюдаемых структурных амплитуд. Более существенным оказывается, однако, то, что синтезы Паттерсона в случае нативных кристаллических белков не поддаются интерпретации, поскольку в элементарной ячейке содержится большое число атомов и прямые методы определения структуры для больших молекул недостаточно развиты. Следовательно, эти методы не могут быть использованы при определении фаз в случае кристаллических белков. [c.19]

Параметры решетки а 22,84 А, 2=8, ф, гр, ЯаЗ, Структура определена по трехмерным экспериментальным данным, измеренным на дифрактометре, методом Паттерсона и Фу рье и уточнена МНК по полной матрице до У = 0,061. [c.107]

Другая проблема, также связанная с подготовкой кристаллов к съемке, возникла значительно позже, когда в принципе была решена фазовая проблема и встала задача получения кристаллов изоморфных производных. На первых же порах, после получения прекрасных дифракционных снимков глобулярных белков, требовалось решить вопрос об их расшифровке. В чем же заключалась новизна рентгеноструктурного анализа глобулярных белков по сравнению с анализом малых молекул и фибриллярных белков Суть рентгеноструктурного анализа любого монокристалла состоит в определении амплитуд всех дифрагированных лучей (отражений) и их фаз. Зная амплитуды и фазы, можно воспроизвести распределение электронной плотности элементарной кристаллической ячейки и, следовательно, найти ее геометрические параметры, а также параметры структуры образующих ее молекул. Амплитуды определяются по интенсивностям рефлексов, но найти фазы путем непосредственных измерений нельзя. В связи с этим как в кристаллографии малых молекул, так и в кристаллографии белков возникает так называемая фазовая проблема - основная проблема расшифровки любой кристаллографической структуры. В рентгеноструктурном анализе малых молекул для ее решения разработаны прямой метод, метод Паттерсона, метод проб и ошибок, метод изоморфного замещения. Со временем каждый из них приобрел целый ряд [c.40]

Параметры решетки а 7,47, Ь 11,51, с 13,51 А, а 101,5°, 108,0°, Y 90,0°, Z=2, ф. гр. Р. В автоматическом дифрактометре измерены интегральные интенсивности 2309 рефлексов. Для расшифровки структуры использованы методы Паттерсона, Фурье и МНК / =0,081. [c.123]

В настоящее время получили наибольшее признание два различных по своей принципиальной основе метода получения опорных данных 1) метод межатомной функции, или метод Паттерсона, используемый для определения координат опорных атомов 2) статистический метод (связанный, в первую очередь, с именем Захариазена и значительно усовершенствованный Карлем и Хауптма-ном), используемый для определения начальных фаз (знаков) опорных отражений. [c.90]

Система Паттерсона предусматривает для большинства циклических углеводородов (за исключением класса О И, т. е. сложных спироуглеводородов) сплошную кугдерацию простыми арабскими цифрами по периферии всей циклической системы. В отличие от метода Паттерсона, Бейльштейн [1] применяет так называемую генетическую нумерацию . Этот метод предусматривает самостоятельную нумерацию более простых углеводородов, путём слияния которых можно представить себе образование данного углеводорода. Нумерации отдельных простых углеводородов отличаются значками прим , бис и т. д. В качестве иллюстрации приводим примеры нумерации по Паттерсону [Ц и по Бейльштейну [11 и 111]. [c.9]

В каладом отдельном определении кристаллической структуры приходится принимать во внимание все эти данные и использовать результаты, полученные из возможно большого числа источников. Но и в этих случаях кристаллическую структуру не всегда удается установить. Тогда применяют метод Паттерсона, который может оказать огромную помощь в определении кристаллической структуры. [c.179]

Параметры решетки а 12,69, Ь 16,70, с 8,02 А, 2=4, ф. гр. Р 2 2. Трехмерный набор кк1 получен на автоматическом дифракто1мет-ре. Введены поправки на поглощение. Методы Паттерсона, Фурье, МНК по полной матрице =0,036. [c.118]

Важным дополнением и развитием метода явились работы Паттерсона [И] п Харкера[45], упростившего метод Паттерсона на основе учёта эломоптов симметрии кристалла и практически исследовавшего на этой базе и Ас,8Ь8з. [c.207]

Эллеркер с сотр. [8] в своих исследованиях неионных детергентов в сточных водах использовали несколько видоизмененный метод Паттерсона. Столкнувшись с трудностями при подготовке проб (образование эмульсий и т. д.), исследователи пришли к выводу, что пробы следует готовить за день до проведения хроматографического анализа. В отсутствие эмульсий экстракция 250 мл пробы занимает 3 ч, что позволяет проводить по 4 анализа ежедневно. Авторы рекомендуют перед анализом перегонять [c.580]