Одноцепочечная кольцевая ДНК

Рис. 33.1. Одноцепочечная кольцевая ДНК фага превращается в двухцепочечную в результате синтеза комплементарной цепи.

Рис. 4. Выявление единичных нуклеотидных замен методом ДГГЭ. Меченый одноцепочечный ДНК- или РНК-зонд смешивают с двухцепочечной (клонированной, геномной или амплифицированной в ПЦР) ДНК смесь нагревают для разделения цепей. Происходит отжиг зонда с комплементарной ему цепью тестируемого фрагмента, при этом образуются гибридные дуплексы. Если в исследуемом образце имеется мутация, то в гибриде будет однонуклеотидный неспаренный участок. После отжига к смеси добавляют избыток одноцепочечной кольцевой ДНК, комплементарной зонду, для удаления его остатков. Проводят электрофорез смеси в денатурирующем градиентном геле. Гель высушивают и экспонируют с рентгеновской пленкой. Наличие неспаренных участков в мутантных образцах ДНК, изменяющих характер плавления, приводит к тому, что эти фрагменты оказываются в геле ближе к старту вследствие пониженной термостабильности. Преимущество такого метода разделения мо- чекул с неспаренными участками в его повышенной разрешающей способности.

У некоторых фагов геном представлен одноцепочечной кольцевой ДНК. Такое кольцо сначала превращается в двухцепочечное, а затем реплицируется посредством механизма катящегося кольца. Высвобождаемая цепь приводит к образованию серии геномов они могут быть фрагментированы и внедрены в фаговые частицы кроме того, возможно их использование в дальнейших репликационных циклах. (Такие репликационные системы обсуждаются в гл. 33.) [c.405]

Одноцепочечная кольцевая ДНК — тип структурной организации ДНК. Например, у мелких сферических фагов (ФХ174) й у нитевидных бактериофагов (I2). Одноцепочечную структуру таких ДНК подтверждают следующие наблюдения. Нагре-BaHHe растворов этих ДНК не сопровождается переходом спираль—клубок. В отличие от двухцепочечной ДНК эта ДНК реагирует с формальдегидом, поскольку аминогруппы ее оснований оказываются свободными. Молярные соотношения оснований в ней не соответствуют известным правилам Чаргаффа для двухцепочечной ДНК—в частности, не выполняется молярная эквивалентность А и Т й Г и Ц, лежащая в основе образования двойной спирали. То,.что такая одноцепочечная ДНК замкнута в кольцо, подтверждается тем, что она практически не чувствительна к экзонуклеазам, а поэтому не содержит З -гидроксильного конца. [c.64]

Частично одноцепочечная кольцевая ДНК [c.345]

Рис. 6.11. Схема введения олигонуклеотид-направленных мутаций при использовании в качестве матрицы для полимеразной реакции одноцепочечной кольцевой ДНК

Среди множества очень мелких вирусов имеются спиральные бактериофаги, например fd, fl и М-13 (рис. 4-8), которые напоминают пили бактерий. Эти вирусы, содержащие молекулы одноцепочечной кольцевой ДНК с мол. весом - 2-10 , прикрепляются к половым пилям бактерий мужского пола (например, Е. соИ) и могут вводить через них свою ДНК внутрь бактерии (гл. 15, разд. А.1). Бактериофаг 0X174 представляет собой икосаэдрический ДНК-содержащий вирус диаметром 25 нм, что всего в три раза толще самой тонкой клеточной мембраны . Его одноцепочечная ДНК состоит только из 5000 нуклеотидов число генов, по-видимому, не превышает Э . Интересно, что такой мельчайший вирус способен нарушать нормальный метабо- [c.286]

АТФ-зависимые эндонуклеазы — ДНК-специфичные эндонуклеазы, активность которых зависит от присутствия АТФ. Один из этих ферментов получен из т. Шещ действует преимущественно на нативную двухцепочечную ДНК. В продуктах егой еак-ции образуются фрагменты с 5 -монофосфатами на конце. Другой подобный фермент получен из Е. oli. Его особенность в том, что он гидролизует одноцепочечную кольцевую ДНК фага fd. Очищенные препараты этого фермента обладают также экзонук-леазной активностью по отношению к нативной ДНК, причем и для этой активности требуется АТФ. Обе активности связывают с процессами рекомбинации. [c.39]

Вирусная ДНК. Вирусная ДНК как объект для анализа последовательности оснований, вероятно, лучше хромосомной ДНК с точки зрения размеров молекулы и простоты выделения. Многие вирусные ДНК меньше хромосомных ДНК бактерий, и их легче выделить в недеградированном состоянии. У некоторых вирусов ДНК имеют вид кольцевых двойных спиралей у других- незамкнутых двойных спиралей кроме того, существуют одноцепочечные кольцевые ДНК. Однако вирусы, содержащие о дно цепочечную некольцевую ДНК, не обнаружены. В табл.1.4 приведены некоторые структурные характеристики ряда вирусных ДНК с молекулярным весом менее 120-10 дальтон, С точки зрения размеров наиболее приемлемы фХ 174, и мелкий мышиный ви- [c.33]

К мельчайшим вирусам, содержащим ДНК, относятся две группы бактериофагов — фаг фХ174 и фаг (1, имеющие одноцепочечную кольцевую ДНК. Первыми данными, по которым можно было судить о кольцевом характере [c.115]

Одноцепочечная кольцевая ДНК фага фХ174 после инфицирования клетки вскоре присоединяется к специфическому участку и превращается в двухцепочечное кольцо РФ (фиг. 64). Обращает на себя внимание одно явление, характерное для многих фаговых инфекций и не отмеченное должным образом при обсуждении репликации РНК-содержащих фагов. Это явление, лучше всего изученное на фаге Х174, связано с интересной ролью родительской инфекционной цепи, которая в количестве, возможно [c.250]

После проникновения в клетку бактерии-хозяина, одноцепочечная кольцевая ДНК фага фХ174 переходит в двухцепочечную кольцевую форму в результате синтеза комплементарной цепи, образующей водородные связи с инфицирующей одноцепочечной кольцевой ДНК. Двухцепочечная кольцевая ДНК (репликативная форма) далее подвергается по-луконсервативной репликации с образованием набора копий репликативной формы. [c.277]

Поддержание кольцевой формы необходимо для репликации ДНК фХ174. Расщепление единичной фосфодиэфирной связи в одноцепочечной кольцевой ДНК переводит ее в линейную форму и лишает фаг способности инфицировать бактерию. В то же время для перевода двухцепочечной кольцевой ДНК в линейную форму необходимо, чтобы разрывы фосфодиэфирной связи имели место в каждой из двух комплементарных цепей вблизи одной и той же нуклеотидной пары. Вот почему инфекционность двухцепочечной кольцевой формы при действии дезоксирибону- [c.277]

Белок гесА катализирует как начальный этап рекомбинации - спаривание, так и последующую миграцию ветвей у Е. соИ. Он способствует рекомбинации, связываясь с одноцепочечной ДНК и катализируя спаривание такой покрытой белком цепи с гомологичной двухцепочечной ДНК. Можно определить действие гесА по образованию кольцевых двухцепочечных ДНК в смеси из двухцепочечных линейных молекул ДНК и гомологичных им одноцепочечных кольцевых ДНК, как показано на рис. 5-27. Эта реакция протекает в два этапа сначала кольцевая ДНК спаривается с линейной молекулой на одном из ее концов, а затем точка ветвления продвигается по линейной двухцепочечной ДНК, пока от нее не отделится линейная одноцепочечная ДНК. [c.30]

Рис. 5-27. Метод ассимиляции цепей ДНК для определения активности гесА-белка (задача 5-34). Одноцепочечная кольцевая ДНК ( + ) комплементарна (—)-цепи линейного дуплекса и идентична ( + )-цепи этого дуплекса.

Другой метод сегмент-направленного мутагенеза in vitro предложили В. Борриас с соавторами (1976 г) на примере фага 0X174. Данный фаг имеет небольшую одноцепочечную кольцевую ДНК, которая при репликации проходит двухцепочечную стадию. Репликативную фор- [c.175]

В 1978-1979 гг. С. Джиллам и М. Смит с соавторами экспериментально обосновали возможность использования синтетических олигонуклеотидов в качестве мутагенов (рис. 6.10, а). Объектом мутагенеза авторы выбрали фаг 0X174, имеющий небольшую одноцепочечную кольцевую ДНК, для которой уже была известна последовательность нуклеотидов. Одноцепочечную кольцевую ДНК гибридизовали с синтетическим олигонуклеотидом, имевшим определенные отличия от соответствующей последовательности фагового генома, например точечную замену одного из нуклеотидов. Данный олигонуклеотид использовали в качестве праймера для достройки второй цепи на ДНК- [c.180]

На образовавшейся одноцепочечной кольцевой ДНК имеется сегмент pal с палиндром-ной последовательностью, способной формировать шпилечную структуру. На этой шпильке инициируется ориентированный синтез комплементарной цепи ДНК. Механизм синтеза пока не ясен, но полагают, что он аналогичен изученному для мелких фагов Е. соН типа 0X174, у которых на шпильке образуется РНК-затравка и с ней взаимодействуют ферменты, обеспечивающие синтез комплементарной цепи ДНК. В сбалансированной системе эффективной репликации плазмид по рассмотренному механизму одноцепочечная форма составляет лишь 3-5 % суммарной плазмидной ДНК. Если же взаимодействие ферментов и ДНК по той или иной причине нарушено (мутации в плазмиде или гетерологичные клеточные ферменты), содержание одноцепочечной формы может значительно увеличиться, что приводит к снижению копийности плазмиды и нестабильности ее сохранения в бактериальной культуре. [c.242]

Не все ДНК in vivo являются двухцепочечными. Геномы некоторых мелких вирусов бактерий, растений и животных представляют собой ковалентно замкнутые кольца, состоящие только из одной цепи (рис. 1.11). Все известные одноцепочечные кольцевые ДНК относительно малы ДНК бактериофагов фХ174 и М13 содержат примерно 5300 и 6000 нук- [c.46]

У фагов М13 или фХ174, чьи зрелые геномы представлены одноцепочечными кольцевыми ДНК, [c.89]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология