Гидрофобная ножка

Для повышения эффективности сорбции может быть также использована модификация носителя гидрофобными соединениями. Связывание фермента с такими носителями обеспечивается за счет гидрофобных взаимодействий между модификатором и неполярными участками на поверхности белковой глобулы. При этом способе иммобилизации применяются те же носители, которые используются при гидрофобной хроматографии белков. В первую очередь к ним относятся различные агарозы, ковалентно модифицированные гидрофобными группами (алкильными, фенильными и т. п.). На конце такой гидрофобной ножки может присутствовать также и заряженная группа, благодаря чему обеспечивается взаимодействие с ферментом одновременно за счет электростатических и гидрофобных сил (рис. 4, в). При таком многоточечном связывании сорбция многих ферментов протекает практически необратимо. Эффект многоточечного связывания достигается также при использовании полисахаридных носителей, модифицированных танином — природным дубящим веществом, содержащим большое число фенольных групп. Танин может быть ли о адсорбирован на носителе, либо связан с ним химически. Удерживание фермента на [c.53]

Если известна общая эффективная концентрация лиганда, способного связывать фермент (8 мкмоль в 1 мл геля), то можно определить расстояние между ножками , на которых молекулы лиганда прикреплены к гелю оно равно 29 А. Поскольку диаметр молекулы р-галактозидазы 140 А, можно сделать вывод, что приблизительно 19 ножек (пространственных групп) могут взаимодействовать с каждой молекулой белка. Это объясняет, почему в замещенных гелях настолько сильно проявляются неспецифические электростатические и гидрофобные взаимодействия. Если к этим пространственным группам привязан ингибитор, можно ожидать более специфических взаимодействий фермента с сорбентом при низком уровне модификации геля лигандом. [c.99]

Частичные последовательности из 340 нуклеотидов З -конца гена NA были получены для представителей вирусов восьми из девяти подтипов NA [12]. Эти последовательности соответствовали участку, кодирующему N-терминальную часть NA, так как анализ триптических пептидов показал, что трансляция начинается с первого кодона АУГ, и что сигнальный пептид не отщепляется от N-конца [12]. Первые шесть аминокислот сохраняются во всех вирусах всех изученных подтипов и следующие шесть сохраняются в большинстве подтипов. Далее нуклеотид и предсказанные последовательности аминокислот восьми подтипов NA весьма существенно отличаются но гидрофобной последовательности включения в мембрану и по выступающей структуре ножки . Делеции и/и,ли включения коротких участков нуклеотидов в ген NA наблюдаются в пределах подтипов i[13]. [c.143]

В последовательностях КА, представляющих 8 подтипов вируса гриппа А, не выявлено гомологии в последовательности места прикрепления к гидрофобной мембране или ножке [7], но некото- [c.278]

Во-вторых, причиной искажения структуры фермента могут быть неспецифические взаимодействия (электростатические, гидрофобные, водородные связи) между ферментом и носителем приводящие к денатурации. Чтобы избежать этих взаимодействий, иногда достаточно заменить носитель на инертный по отношению к белку. Такой инертностью обычно обладают полисахаридные носители, полиакриламид и некоторые другие. Если замена носителя по какой-либо причине нежелательна, то используют следующий методический прием отдаляют белковые молекулы от поверхности носителя за счет увеличения длины ножки (сшивающего агента). При этом, как правило, удается ослабить неблагоприятное для фермента воздействие носителя. [c.99]

Связываемость данного белка увеличивается до определенного предела с удлинением гидрофобной ножки это показано десорбцией белка с колонки, для которой необходимы жесткие условия. [c.153]

В области медленных движений методы определения Тс основаны на измерении сдвигов линий. Питроксильная группа N О входит в состав пяти- или шестичленного кольца, которое представляет собой гидрофобную ножку метки. [c.277]

А. Поверхность покрыта маслянистыми частицамл ПОЧВЫ. Б. Вода не удаляет грязь, поскольку она не смачивает гидрофобную поверхность частиц. В. К воде добавляют детергент, представленный здесь в виде булавкообразных частиц. Головка булавки изображает гидрофильный конец, а ножка—длинный углеводородный хвост (гидрофобный конец). Г. Молекулы детергента ориентируются таким образом, что углеводородные хвосты оказываются прикрепленными к маслянистым частичкам почвы. Еслн подвергнуть поверхность механическому воздействию, грязь переходит в раствор. Д. Частицы грязи, распределенные по раствору после адсорбции молекул детергента. Обратите внимание, что поверхность покрывается слоем адсорбированных молекул детергента [4]. [c.388]

Частицы вируса гриппа типа А покрыты слоем шипов, которые представляют собой два поверхностных антигена вируса, НА и NA (рис. 20). НА — трехмерная стержневидной формы молекула, NA — тетрамер, состоящий из квадратной, похожей на коробочку головки на длинной тонкой ножке . Оба антигена являются гли-копротеидами и прикрепляются к липидной оболочке вируса последовательностями гидрофобных аминокислот, которые располагаются на основании тримера НА и ножки NA. НА и NA составляют соответственно около 25% и 5% общего белка ви-риона. [c.126]

Нейраминидаза. NA расположена в вирусной мембране иначе, чем НА. Не п исходит ни посттрансляционного расщепления полипептида NA, ни отщеплев сигнального пептида, и даже остается инициирующий процесс метионин. Не п исходит каких-либо процессов и на С-конце молекулы NA. С-терминальная после, вательность — Мет-Про-Иле — предсказанная из последовательности гена, интакт в молекулах NA, выделенных из вируса, и в отщепленных проназой головках > За последовательностью шести полярных аминокислот на N-конце полипептида > которая полностью сохраняется по крайней мере в восьми различных подтипах > следует последовательность гидрофобных аминокислот, которые, вероятно, пр ставляют собой участок ножки NA, ответственный за прикрепление к мембра Эта последовательность не сохраняется для подтипов (в отличие от сохранев гидрофобности). Проназа отщепляет полипептид в указанных положениях, отдел ножку и отщепляя активную энзиматически и антигенно головку NA, которая отдельных случаях может быть кристаллизирована. [c.128]

Молекула NA содержит одну цепь полипептида. Она существует в виде грибовидного шипа на поверхности вириона (см. рис. 20) и может играть кооперативную роль с НА, способствуя слиянию вирусной оболочки и клеточной мембраны в ранних стадиях инфекции [47]. Она имеет коробочкообразную головку из четырех копланарных и грубосферических субъединиц и прикрепленную по центру ножку с гидрофобным участком, которым она погружена в вирусную мембрану (рис. 26) [59, 126, 127]. Выступающая трехмерная кристаллическая структура [17] показывает, что NA представляет собой тетрамер. [c.141]

Электронная микрофотография и схема, показывающая молекулы освобожденной детергентом NA, из которых был удален детергент. Молекулы NA агрегируют гидрофобным участком у конца ножки , которая служит для прикрепления NA к липидному слою вирусной оболочки. Обработка вирусных частиц проназой освобождает головку NA, которая несет на себе энзиматические и антигенные свойства молекулы и в отдельных случаях может быть кристаллизована [электронная микрофотография выполнена N. Wrigley], [c.142]

Нейраминидаза вируса А имеет область, близкую к К-терми-таалу, которая прикрепляет белок к вирусной мембране [9, 23], и подобно тому в КА вируса В/Ьее/40 единственный гидрофобный сегмент, достаточно длинный для образования мостика к мембране, простирается с 4-го по 34-й остаток. За этой областью следует участок, который должен соответствовать тонким ножкам, обнаруживаемым на электронных микрофотографиях, и который в случае последовательности вируса В/Ьее [94] содержит сайты гликозилирования и цистеиновые остатки, как уже было замечено для КА различных подтипов вируса гриппа А [7]. [c.278]

Интересно, что не только способные к ионизации группы сохраняют активность в полярных элюентах. Так, последовательность элюирования гексаном с добавкой спирта полициклических ароматических соединений с сорбента с привитыми циандецильными группами остается такой же, как и в чистом гексане (взаимодействия с нитрильной группой преобладают). В то же время на коммерческих нитрильных сорбентах с короткой алкильной ножкой в элюентах с добавками спирта преобладают гидрофобные взаимодействия веществ пробы с привитыми группами. [c.410]

Чаще всего ферменты проявляют высокую специфичность по отношению к своим субстратам и ко-ферментам, поэтому наиболее подходящими лигандами служат производные субстратов и коферментов, ковалентно связанные с носителем, например с сефадексом. Они могут быть присоединены к носителю либо непосредственно, либо через связующую ножку (линкер) из 3—8 атомов углерода. Использование линкера помогает разрешить проблемы, связанные с тем, что присоединение лиганда к носителю может препятствовать его взаимодействию с ферментом. Вместе с тем введение гидрофобного линкера иногда осложняет выделение из-за проявления эффектов хроматографии на гидрофобных лигандах (см. йиже). Примером успешного применения аффинной хроматографии может служить очистка множества различных дегидрогеназ на аффинных [c.70]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология