Петли из неспаренных оснований

Вводя добавки положительной энергии на существование неспаренных оснований в петлях и где-либо еще, можно составить программу для расчета на ЭВМ относительной стабильности возможных вторичных структур однонитевых молекул РНК с известной последовательностью оснований [66]. Теперь полагают, что такие молекулы со случайно выбранной последовательностью оснований могут упорядочиваться во вторичную структуру, в которой около половины всех оснований спарены в спиральных областях, и что такие структуры должны быть термодинамически стабильны [67]. [c.61]

TY петля, содержащая 7 неспаренных оснований [c.40]

Антикодоновая петля, содержащая 7 неспаренных оснований [c.40]

Рассмотрим вначале вопросы статистической термодинамики образования двойной спирали. Природные ДНК и РНК и даже гомогенные по последовательности синтетические полинуклеотиды столь сложны, что попытки разграничить типы термодинамических взаимодействий, ответственных за образование упорядоченных структур, оказываются безуспешными. Прекрасной моделью для исследования таких взаимодействий являются олигонуклеотиды, поскольку их длина может изменяться в любых пределах. Рис. 23.1. иллюстрирует конкретные вопросы, которые можно исследовать, используя олигонуклеотиды. Как велико влияние последовательности на стабильность двойной спирали Как сказывается на стабильности наличие одноцепочечных концов, одноцепочечных петель, разрывов в одной или обеих цепях Как влияет на стабильность структур со шпильками размер петли в шпильке В принципе следовало бы проверить влияние последовательности оснований (или по крайней мере нуклеотидного состава) на все эти эффекты. Хотелось бы также найти значения свободной энергии для каждого из десяти специфических взаимодействий между соседними парами в двойной спирали и выяснить влияние на эти параметры различных конфигураций неспаренных оснований. [c.308]

Неспаренные основания, по-видимому, образуют петлю в центре комплексов (см. рис. 23.3). [c.312]

Структура петли (/V — число неспаренных оснований) [c.327]

Обе молекулы РНК имеют одну и ту же вторичную структуру в этой области, отличающуюся двумя двухцепочечными шпильками с одноцепочечными петлями. Мутации несовместимости локализованы именно в этих петлях. Можно предположить, что первой ступенью в спаривании оснований между РНК I и РНК-затравкой служит контакт между неспаренными петлями. Такое спаривание может быть нарушено из-за мутации в одной из родительских плазмид, приводящей к появлению различий в последовательностях РНК I и РНК-затравки. Каждая РНК I будет продолжать спариваться с РНК-за-травкой, кодируемой той же плазмидой, но может оказаться неспособной спариваться с РНК-затравкой, кодируемой другой плазмидой. [c.407]

Внутренняя петля имеет значение Д( =+2 для 2—6 неспаренных оснований для 7—20оснований АС = +3 [c.35]

Другой характер носит вторичная структура неспаренных участков, таких как петли и акцепторный еССА-конец. Здесь часто имеется односпиральное расположение нескольких остатков, поддерживаемое межплоскостными взаимодействиями ( стэкинг ) оснований. Структура антикодоновой петли представляет особый интерес (рис. 20) три основания антикодона и два последующих основания, примыкающие к нему с З -стороны, находятся в едином стэкинге друг с другом и образуют однотяжевую правозакрученную спираль со своеобразными параметрами, так что первое основание антикодона помещается на самой [c.36]

Игра в тРНК или как делать клеверные листья выглядит следующим образом. Каждому игроку дается случайная последовательность из N единиц, принадлежащих к четырем классам — А, "У, Г, Ц, и тетраэдрическая кость, каждая грань которой соответствует одной из этих букв. Игроки бросают кость по очереди и, заполняя определенное место в последовательности выпавшей буквой, каждый игрок стремится получить двухцепочечную структуру с максимальным числом пар АУ и ГЦ. Игра окончена, когда один из игроков объявляет, что он получил полную структуру. Побеждает игрок, набравпгий к этому моменту максимальное число очков. Очки засчитываются за пары можно, например, давать два очка за пару ГЦ и одно очко за АУ. Пары можно образовывать, лишь если имеется непрерывная последовательность 2 ГЦ или ГЦ, 2 АУ или 4 АУ (правило кооперативности). Для каждой петли в структуре должны оставаться неспаренными не менее 5 положений (ср. рис. 8.8). Игрок бросает кость для любого заранее им объявленного положения в последовательности. При = 80 действительно всегда получается структура типа клеверного листа с 3—4 лепестками. Шпилька, имеющая только одну петлю, содержит максимальное число оснований, которые могут спариваться. Однако клеверный лист дает возможность испытать гораздо большее число комбинаций, так как отдельные лепестки можно сдвигать независимо и с самого начала возможно гораздо большее число комбинаций. Природа, видимо, играет в эту игру с давних времен ,— пишет Эйген. Игра сходного типа может быть, по-видимому, разработана и при решении задачи о взаимосвязи первичной и пространственной структур белка ( 4.6). [c.271]

В работе [56] предложены оценки свободной энергии образования петель (см. стр. 459) и двуспиральных участков. Инициирование спаривания оснований в одноцепочечной молекуле РНК включает образование петли. Свободная энергия инициации есть — 7 1пут, где ут — вероятность образования петли из т неспаренных звеньев. С уменьшением т ут возрастает, пока образованию петли не помешают стерические факторы. Если Гт —температура, при которой равные количества двуспиральных и одноцепочечных участков находятся в равновесии, т. е. температура плавления двойной спирали, то для спирализации А (спир) = 0 и [c.572]

Вторичная структура тРНК формируется за счет образования максимального числа водородных связей между внутримолекулярными комплементарными парами азотистых оснований. В результате образования этих связей полинуклеотидная цепь тРНК закручивается с образованием спирализованных ветвей, заканчивающихся петлями из неспаренных нуклеотидов. Пространственное изображение вторичных структур всех тРНК имеет форму клеверного листа (рис. 14.7). [c.186]

Пример расчета свободной энергии показан на рис. 2.13. В отличие от ДНК, которая имеет совершенную двуспиральную структуру, двуспиральные участки РНК образуются обычно из двух отдельных цепей, не имеющих полной комплементарности. Это означает, что по ходу двойной спирали встречаются помехи, нарушающие спаривание. Неспаренный участок образует петлю шпильки, если он расположен между соседними комплементарными последовательностями, находящимися в противоположных направлениях. Внутренние петли образуются, если в потенциально комплементарных последовательностях встречаются некомплементирующие вставки. Даже одно лишнее неподходящее основание в потенциально комплементарных цепях вызывает дефект в двойной спирали. Поскольку неспаренные области мешают образованию двойной спирали, все такие помехи учитывают при подсчете и включают в общую сумму, [c.34]

Вторичная структура интронов во всех случаях разная. Предшественник из клеток с супрессорной мутацией имеет укороченный двухцепочечный стебель, и один конец интрона входит в состав двухцепочечного участка, а не одноцепочечного. Мутация al22 затрагивает область разрезания при сплайсинге, приводя к образованию большого неспаренного участка в двухцепочечном стебле другой конец интрона вследствие спаривания оснований входит в состав двухцепочечного участка, а не одноцепочечной петли. Таким образом, сайты сплайсинга узнаются ферментами независимо от того, располагаются ли они в области спаренных оснований или одноцепочечной области, и даже изменения на границе экзон—интрон приводят всего лишь к снижению эффективности сплайсинга и не приводят к замене сайтов сплайсинга. [c.319]

З -нетранслируемого участка. Он имеет специфическую нуклеотидную последовательность, образующую пять сходных по структуре щпилек (рис. 8.118). Все щпильки содержат следующие элементы 1) петлю AG /ijGN 2) верхний стебель из пяти пар оснований 3) неспаренный остаток С на расстоянии пяти пар оснований от 5 -конца петли 4) нижний стебель разной длины. Этот характерный структурный домен встречается в нетранслируемой 3 -области TfR-мРНК всех видов, имеющих данный ген. Ни одна из петель по отдельности, ни первые две или последние три петли вместе не обеспечивают опосредованную железом регуляцию содержания TfR-мРНК. Для этого необходимы кооперативные взаимодействия нескольких таких структур. [c.151]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология