Нуклеосомы определение

Электрофорез образцов ДНК показан в нижней части рисунка. Каждая фракция образует полосу ДНК определенного размера. Отдельные полосы соответствуют определенным ступеням лестницы, полученной в результате расщепления хроматина. (Справа на фотографии представлена для сравнения лестница .) Нуклеосомы- [c.361]

Какова физическая природа минимальной нуклеосомы (нуклеосомного кора) и линкера Эти термины являются операциональными определениями для обозначения областей, относительно более и менее чувствительных к обработке нуклеазой. Из этого нельзя делать каких-либо выводов об их действительной структуре. Это не означает, в частности, что линкерная ДНК имеет более вытянутую форму, С другой стороны, путь ДНК в нуклеосоме может быть непрерывным без каких-либо четких различий между этими областями мономера. В действительности это условное рабочее предположение, которое часто делают, пытаясь перейти от структуры минимальной нуклеосомы к структуре нуклеосом. С другой стороны, возможно, что путь линкерной ДНК отличается от пути ДНК в минимальной нуклеосоме, о чем свидетельствуют заметные вариации в длине линкеров. [c.363]

Два типа данных независимо говорят о том, что ДНК, очевидно, лежит на поверхности нуклеосомы, обвиваясь снаружи вокруг гистонового октамера. Согласно биофизическим данным, диаметр белкового компонента нуклеосомы меньше, чем диаметр витка ДНК. Биохимические данные показывают, что ДНК чувствительна к нуклеазам в участках, расположенных через определенные интервалы (см. ниже). [c.363]

Организация хромосом в действительности должна быть достаточно гибкой, для того чтобы удовлетворять различным требованиям, предъявляемым к структуре и функциям хроматина. Например, наличие нуклеосом характерно как для эухроматина, так и для гетерохроматина. Можно ли идентифицировать наборы нуклеосом, различные свойства которых объясняли бы структурные и функциональные свойства определенных участков хромосомы Являются ли нуклеосомы единственным типом структуры, построенной из нити двухцепочечной ДНК и белка, или же для некоторых участков характерны другие структуры [c.376]

Можно ли идентифицировать серии нуклеосом, различные свойства которых объясняли бы структуру или функцию определенных участков И являются ли нуклеосомы единственным типом ДНК-белковой структуры в двухцепочечной нити или существуют другие структуры, характерные для определенных участков [c.376]

Чтобы исследовать этот вопрос, нужно взять ДНК с известной последовательностью или, что более точно, нужно установить положение определенной точки в ДНК относительно нуклеосомы. На рис. 30.1 изображена принципиальная схема такого эксперимента. [c.376]

Предположим, что определенная последовательность ДНК организована в нуклеосомы только одной конфигурации так, что каждый участок в ДНК локализован в нуклеосоме всегда в одном и том же положении. Это называют фазированием нуклеосом. В серии фазированных нуклеосом линкерные области ДНК заключают в себе уникальные сайты. [c.376]

Фазирование нуклеосом может осуществляться одним из двух способов. Один из них заключается в том, что каждая нуклеосома располагается специфически на определенной последовательности ДНК. Это несколько противоречит представлению о том, что нуклеосомная субъединица может образоваться в результате соединения любой последовательности ДНК с гистоновым октамером. Второй возможный способ связан с существованием некой специфической последовательности, которая предпочтительно участвует в образовании первой нуклеосомы на данном участке, а затем начинается последующее образование нуклеосом с определенным размером нуклеосомного повтора. (Если в конструкции нуклеосом существует некоторое разнообразие-например, если длина линкерного участка может варьировать, скажем, на 10 п. н.,-место специфической локализации будет постоянно смещаться по мере удаления от первой фиксированной нуклеосомы.) Стартовую точку образования нуклеосом можно определить путем связывания негистоновых белков со специфическим сайтом ДНК. [c.378]

Значение фазирования нуклеосом, даже если считать его доказанным в некоторых случаях, неясно. Одна из возможных причин кажущегося фазирования заключается в том, что существуют области, в которых нет нуклеосом. Такие области могут быть связаны с контролем экспрессии генов или же с образованием структур более высокого уровня организации хроматина. Вполне возможно, что область, лишенная нуклеосом, служит барьером, ограничивающим возможность образования следующей нуклеосомы в определенных положениях. В этом случае статистическое распределение нуклеосом будет таким же, как при фазировании, хотя отдельные места их расположения не обязательно должны быть фиксированы в каждой индивидуальной копии генома. [c.378]

Гиперчувствительные участки ДНК могут возникать за счет действия регуляторных белков, специфически связывающихся с определенными последовательностями, вытесняющих эти последовательности из контакта с нуклеосомами. В результате структура данного участка ДНК меняется таким образом, что он становится аномально чувствительным к расщеплению ДНК-азой I. [c.224]

Очевидно, что любые комплексы, имеющие отношение к регуляции определенных генов, должны встречаться относительно редко. В структуре хромосом эукариот присутствует главным образом другой тип нуклеопротеиновых частиц речь идет о нуклеосоме, которая играет ведущую роль в упаковке и организации ДНК в клеточном ядре. [c.110]

Фазирование нуклеосом [102—107]. Важен и широко дискутируется вопрос о том, локализованы ли нуклеосомы в определенных местах ДНК или они распределяются слу- [c.94]

Один из таких факторов — негистоновые белки, узнающие и прочно связывающиеся с определенными последовательностями ДНК. Например, в центромерах у дрожжей, т. е. в областях хромосом, с которыми при митозе взаимодействуют нити веретена, располагаются белки, прочно связывающиеся с отрезком ДНК около 150 п. н. длиной. Этот участок ДНК полностью защищен от действия нуклеаз. Непосредственно рядом с ним, в обе стороны от защищенного участка, нуклеосомы строго фазированы, занимая лишь одно положение. Этот феномен можно обозначить как феномен стенки . Чем ближе к стенке, тем более фазированы нуклеосомы. [c.99]

Все нуклеосомы состоят из гистонового октамера, связанного с ДНК определенной длины. Какие же факторы отвечают за вариацию длины ДНК в нуклеосомах, полученных из различных источников На этот вопрос легче ответить, определив то, что не вызывает вариаций. Вариации не зависят от изменения в связывании ДНК с гистоновым октамером. Всегда образуются частицы минимальной нуклеосомы (нуклеосомного кора, кор-частицы, ore parti le), содержащие 146 п.н. ДНК, независимо от общей длины ДНК в нуклеосоме. Таким образом, варьирует размер ДНК, которая присутствует в нуклеосоме сверх основной структуры кора. [c.362]

Если ДНК находится в растворе, одноцепочечные разрывы (ники) возникают случайно. В ДНК, находящейся на нуклеосомах, такие разрывы могут быть образованы с помощью ферментов, но только в определенных точках. Разрывы образуются через определенные промежутки так, что при электрофорезе денатурированной ДНК получается лестница. В экспериментах этого типа фрагменты денатурированной ДНК могут соответствовать расстоянию от конца нуклеосомы до места разрыва или могут быть образованы в результате двух внутренних разрывов. Настоящие точки разрыва можно установить, используя концевую радиоактивную метку с последующей радиоав-тографической идентификацией фрагментов. Как показано на рис. 29.12, будут обнаружены только фрагменты с концевой меткой. (Этот метод аналогичен методу секве-нирования, показанному на рис. 3.4, или методу отпечатков-рис. 11.4.) [c.365]

Рис. 29.13. На электрофореграмме ядерного гидролизата, образованного под действием ДНКазы I, видно, что сайты одноцепочечных разрывов располагаются на ДНК минимальной нуклеосомы через определенные интервалы.

Эксперименты, в которых анализируют ДНК на нуклеосомах по ее чувствительности к нуклеазам, проводят по методу, близкому к методу отпечатков (footprint). Таким образом, мы можем связывать утрату реакции в определенном сайте-мишени с такой структурой нуклеосомы, в которой данные положения на ДНК стали нечувствительными. Но какова причина периодического разрезания через 10,7 п.н. [c.367]

Некоторые интересные выводы вытекают из данных, дающих основание думать, что структурная периодичность ДНК в нуклеосоме (10,0) и ДНК в растворе (10,6) может быть различной. При освобождении ДНК из нуклеосомы она должна становиться более скрученной, так как у нее больше пар оснований на виток. Это изменение уменьшит степень ее суперспирализации. Предположим, что ДНК проходит в нуклеосоме путь, равный двум оборотам суперспирали. Затем удалим гистоновый октамер. Некоторое напряжение скручивания приведет к большему закручиванию ДНК, и только остаточное напряжение должно измеряться как суперспиральное. Это один из возможных способов согласовать модели для — 2 супер-спиральных витков на нуклеосоме с данными, в которых определен только — 1 супервиток. Поскольку различие в периодичности (0,6 на оборот спирали), умноженное на число супервитков, приходящихся на нуклеосому (>15), примерно равно 10 п.н. и соответствует одному обороту двойной спирали, то таким образом есть потенциальная возможность поглотить 1 отрицательный супервиток. [c.368]

Несмотря на то что общая форма октамера теперь определена достаточно точно (хотя на рисунке этого не видно), индивидуальные гистоны изображены на рисунке в виде аморфных шариков, поскольку мы не располагаем данными об их структуре. Распределение аминокислот на N-конце, несущем большой заряд, одинаково у всех гистонов. Остальная часть молекулы содержит гидрофобные аминокислоты, которые, вероятно, образуют глобулярную структуру и участвуют в белок-белковых взаимодействиях. По этой причине гистоны иногда воспринимаются как глобулярные белки с заряженными N-концевыми хвостами . Можно было бы думать, что у хвостов преобладает ДНК-связывающая активность, тогда как глобулярные области входят внутрь сердцевины. Однако против этой модели свидетельствуют данные о том, что N-концевые области можно отщепить (обработав трипсином) от гистонов сердцевины, не вызывая при этом сколько-нибудь существенных нарушений структуры нуклеосомы. Кроме того, гистоны без N-koh-цевых хвостов могут участвовать в сборке нуклеосомы in vitro. В настоящий момент мы не можем приписать индивидуальных функций определенным участкам гистоновых молекул. [c.369]

Нетранскрибируемые спейсеры между транскрипционными матрицами также почти полностью вытянуты их плотность упаковки составляет около 1,4. При соблюдении в процессе приготовления препаратов определенных условий в спейсерах обнаруживают бусины , которые, возможно, являются нуклеосомами. Если это так, то должна быть и свободная спейсерная ДНК, которая их соединяет. При других условиях получения препаратов спейсеры состоят из свободной ДНК. Все это свидетельствует о том, что состояние ДНК в интенсивно транскрибируемых тандемных генах рРНК сильно отличается от компактной организации, которая видна даже в отдельной цепочке соседних нуклеосом в хроматиновой нити размером 10 нм (плотность упаковки которых равна 6). [c.379]

В этой области находятся несколько сверхчувствительных сайтов, по одному сайту на каждый промотор и каждый участок начала репликации. Между двумя участками начала репликации располагается серия из 5 нуклеосом. Участки начала репликации разделены промежутками в 1000 п.п., и участок, приходящийся на каждую нуклеосому, равен точно 200 п. п., так что каждая нуклеосома находится в точно определенном положении. У организма, родственного Т. pyriformis,. центральная область между участками начала репликации составляет 1400 п.н. и заполнена семью нуклеосомами. [c.392]

Наличие сверхчувствительных сайтов может отражать более общее явление. Возможно, что особые (пока еще неизвестные) белки модифицируют короткие участки ДНК так, что нуклеосомы не образуются. Структуры, сформированные в каждом отдельном случае, не обязательно должны быть похожи между собой (за исключением того, что каждая, по определению, образует сайт сверхчувствительности к ДНКазе I). Мы видели, что сайты, характеризующиеся сверхчувствительностью, предшествуют транскрибируемым генам в пуклеазочувст-вительпом пробеле вирусов SV40 и полиомы и в дрожжевой центромере. Такие сайты могут быть связаны с транспозицией генов типа спаривания у дрожжей (гл. 37). [c.392]

Регуляторные белки, связывающиеся с определенными последовательностями ДНК в эукариотических клетках, должны взаимодействовать не просто с молекулой ДНК, как у бактерий, а с ДНК, которая на всем своем протяжении связана с нуклеосомами. Необходимость транскрибировать ДНК в составе хроматина несомненно усложняет контроль транскрипции, однако о том, как действуют соответствующие механизмы, известно очень мало. С уверенностью можно утверждать лишь то, что у эукариот изменения в упаковке ДНК влияют на экспрессию генов. Как отмечалось выше, сайленсер, регулирующий транскрипцию у дрожжей, каким-то образом закрьвает участки хроматина, расположенные с ним по соседству, и делает их недоступными дпя транскрипции и для воздействия эндонуклеазы (см. разд. 10.3.4). Однако задолго до открьпия этого явления изучение клеток высших эукариот продемонстрировало существование гораздо более сильно закрьпого хроматина, при этом в его структуре наблюдались видимые изменения. [c.207]

Смотреть страницы где упоминается термин Нуклеосомы определение: [c.242] [c.257] [c.242] [c.257] [c.51] [c.111] [c.371] [c.376] [c.119] [c.213] [c.99] [c.118] [c.118] [c.21] [c.390] [c.46] [c.130] [c.213] [c.159] [c.166] [c.172]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология