Сайты расщепления

Рис. 3.3. Рестрикционная карта ДНК представляет собой линейную последовательность сайтов расщепления, находящихся на определенном расстоянии друг от друга.

Рис. 36.9. Анализ родословных в случае серповидпоклеточной анемии. В верхней части рисунка (А) показано начало гена 6-глобина с сайтами расщепления рестриктазой Mst II (f) у нормального (А) и серповидноклеточного (S) В-глобина. В результате расщепления ДНК здоровых индивидуумов рестриктазой Mst II образуются специфические фрагменты ДНК размером 1,15 и 0.2 т.п.н. Замена одного основания у больных серповидноклеточной анемией приводит к потере одного из трех Mst 11-сайтов в области гена и соответственно к появлению только одного специфического Mst П-фрагмента размером 1,35 т. п. н. Это различие в длине легко обнаруживается методом Саузерн-блоттинга ( ). (На данном рисунке положение фрагмента длиной 0,2 т. п. н. не указано.) Анализ родословных демонстрирует три возможных генотипа. АА-норма (О), AS-гетерозигота по гену серповидноклеточности (ЭП) и SS-гомозигота по гену серповидных эритроцитов ( ). Этот подход позволяет осуществлять пренатальную диагностику заболевания серповидноклеточной анемией и выявлять гетерозиготных носителей соответствующего гена ( 4).

На карте показано расположение сайтов расщепления ферментами А и В, которые были определены в результате анализа. [c.45]

Три сайта расщепления в области ранних генов фага Т7 обнаруживают высокую степень гомологии, но два других различаются. Наибольшая степень гомологии в случае всех пяти сайтов присуща триплету нуклеотидов, расположенному около сайта расщепления. Все сайты, однако, имеют одну и ту же общую структуру двухцепочечной шпильки, содержащей неспаренное вздутие . Сайт такого рода изображен на рис. 25.3. РНКаза III вносит разрывы в одну точку каждого из четырех сайтов и в две точки пятого сайта, причем все точки находятся внутри вздутия или около него. Единственная информация, которой мы располагаем относительно зависимости процесса расщепления РНК от ее структуры, заключается в том, что мутации, уменьшающие стабильность шпильки, могут уменьшать или нарушать разрезание молекулы ферментом. [c.312]

Между сайтами расщепления РНКазы III в молекулах п16 и п23 или между этими сайтами и сайтами расщепления в РНК фага Т7 сколько-нибудь значительная гомология отсутствует. Поэтому вопрос о том, какие свойства молекулы РНК необходимы для ее специфического расщепления РНКазой III, остается загадкой, за исключением общего требования к наличию двухцепочечной структуры вокруг сайта расщепления или в самом сайте. Функционирование фермента может находиться в зависимости от сочетания определенной первичной и вторичной структуры РНК. [c.313]

В сверхчувствительной области гена (3-глобина цыпленка нуклеаза S1 расщепляет сайты, лежащие в участках с необычной последовательностью. Это отрезки ДНК, одна из цепей которых целиком состоит из пуринов, а другая из пиримидинов. Некоторые особенности сайтов расщепления свидетельствуют о том, что они представляют собой не одноцепочечные ДНК их узнают рестриктирующие ферменты, действующие только на двухцепочечную ДНК, и не узнает фермент, специфичный к одноцепочечной ДНК. Из этого можно, очевидно, сделать вывод, что такие сайты имеют несколько необычную структуру, что позволяет нуклеазе S1 узнавать их, хотя при этом не образуется настоящих одноцепочечных участков. [c.391]

Было разработано несколько аффинных меток. Среди них - глутатионтрансфераза, белок, связывающий мальтозу, и короткие аминокислотные последовательности - антигенные детерминанты, которые связываются соответственно с глутатионом, мальтозой и специфическими антителами. Использовали и разные сайты расщепления, специфичные для тромбина, энтерокиназы и других протеиназ. Аффинная метка и сайт расщепления могут находиться как на N-, так и на С-конце рекомбинантного белка и использоваться в прокариотических системах экспрессии, а также в системах экспрессии на основе клеток насекомых, млекопитающих или грибов. [c.149]

Как описано в разд. 4.1, гибридные белки состоят из бактериального или синтетического полипептида, связанного с эукариотическим полипептидом. Обычно бывает нужно выделить только эукариотический белок. Для этого используется следующий подход. Конструируют гибридный ген, в продукте которого имеется точка расщепления, расположенная между участком цепи, кодируемым бактериальной иЛи искусственно синтезированной последовательностью, и участком, кодируемым последовательностью эукариотического гена. Было описано множество подходов, решающих проблему расщепления, которые грубо можно разделить на два типа химические и ферментативные (табл. 4.5). Выбор конкретного подхода определяется свойствами чужеродного белка, идеальная ситуация — это возможность использования сайта расщепления, отсутствующего в последовательности чужеродного белка. [c.104]

Рис. 12.6. Нуклеотидная последовательность ДНК генома фага фХ174 s70. Над нуклеотидной последовательностью приведены аминокислотные последовательности кодируемых белков. Последовательность кольцевой фаговой ДНК начинается после терминаторного кодона Н-белка. Нумерация начинается от уникального сайта расщепления рестриктазой Pst I. Слева от последовательности поставлены буквы, отражающие название белка, кодируемого данным участком генома. Сайты узнавания для ряда рестриктаз помечены под соответствующими участками последовательности, при этом использованы следующие обозначения

А—аденин С—цитозин G—гуанин, 1 i имин. Стрелки указывают на сайты расщепления. В результате рестрикции могут формироваться липкие Ват HI) или тупые Нра I) концы. Длина узнаваемой последовательности варьирует и составляет 4 п. н. для Taq I, 5 п. н. для E o Rn, 6 п. н. для E o RI и 7 п. н. для Mst II. Согласно принятым правилам, верхняя цепь последовательности-мишени представлена в ориентации 5 - 3, а нижняя—в ориентации 3 ->5. Обратите внимание, что большинство последовательностей является палиндромами (т.е. читаются одинаково в противоположных направлениях по разным цепям). Остаток, обозначенный N, означает любой нуклеотид. [c.38]

Рис. 55.8. Схематическое строение протромбина. N-конец— слева область 1 содержит все остатки Gla Показаны сайты расщепления фактором и наименования продуктов расщепления. Локализация каталитически активного остатка серина обозначена А. Л- и В-цепи активного тромбина заштрихованы) удерживаются вместе дисульфидным мостиком.

При сравнительном изучении генов НА различных патогенных и непатогенных штаммов вируса гриппа птиц подтипа Н7 было обнаружено, что несколько штаммов с расщепляемым НА были генетически относительно далеки друг от друга, в то время как некоторые штаммы подтипа Н7 с расщепляемыми НА были очень близки генам штаммов с нерасщепленным НА. Это говорит о том, что эволюция большей части последовательностей в пределах генов Н7 НА не зависит от эволюции сайта расщепления [17]. [c.100]

Рис 10 А экспорт белка через мембрану путем котрансляционной секреции (1 —рибосомы 2 — мембрана 3 — пора в мембране 4 — сигнальная последо вательность 5 — сигнальный пептид 6 — рецептор сигнального пептида 7 — сайт действия сигнальной эндопептидазы 8 — рецептор рибосомы) Б — строение сигнального пептида белка lam В Es hen hia oh (А — гидрофильный сегмент Б — гидрофобный сегмент р сайт расщепления последовательность а лнокислот 1—метионин 2 — изолейцин 3 — треонин 4 — лейцин 5 — аргинин 6 — лизин 7 — аланин 8 — валин 9 — глицин 10 — серии И — глутамин 12 — пролин) С — секреция белка через мембрану (М) по типу петли (1 —NH2 конец 2 — гидрофобный участок СП — сигнальная пептидаза) [c.58]

Рис. 3.2. Сравнение результатов обработки ДНК двумя ре-стриктазами дает возможность определить положение сайтов расщепления одним ферментом по отношению к сайтам расщепления другим ферментом.

Значение чередования тРНК-генов с генами, кодирующими рРНК и белки, заключается в том, что гены тРНК обозначают сайты расщепления. При расщеплении первичного продукта транскрипции по сайтам, располо- [c.286]

Какова природа сайтов, узнаваемых РНКазой III Последовательности-мишени для фермента были обнаружены путем определения нуклеотидных последовательностей 5 - и З -концов молекул мРНК, полученных при расщеплении. Эти последовательности можно сопоставить с известной последовательностью ДНК фага Т7 и выяснить полное строение участка РНК вокруг сайта расщепления. [c.312]

Лестница, полученная в результате обработки ДНКазой I, показана на рис. 29.13. Похожие результаты получают при аналогичной обработке хроматина. (Действительно, для таких экспериментов in vitro обычно используют препарат минимальных нуклеосом, так как трудно получить препараты полных нуклеосом с гомогенным распределением по размеру фрагментов ДНК.) Интервал между последовательными ступенями лестницы составляет примерно 10 оснований. Лестница вытягивается на всю длину ДНК минимальной нуклеосомы сайты расщепления пронумерованы от S1 до S13 (где S1 расположен через 10 оснований от меченого 5 -конца ДНК, S2-через 20 оснований и т. д.). Из этого следуют два важных вывода. Во-первых, ДНК не защищена на нуклеосоме и остается чувствительной к ДНКазе I она не покрыта белками. Во-вторых, чувствительные участки расположены периодически. [c.365]

Модификация метода секвенирования ДНК, представленная на рис. 4-66 и 4-67, может быть использована для выявления в ДНК последовательностей, опознаваемых ДНК-связывающими белками. Связывание этих белков с регуляторными участками ДНК (которые обычно локализованы вне кодирующих участков генов), по-видимому, играет важную роль в определении того - какие именно гены активны в данном типе клеток. Понимание функции этих белков чрезвычайно важно для идентификации специфических последовательностей, с которыми они связываются. Для выявления таких последовательностей обычно используют метод, именуемый ДНК-футпринтинг. Сперва очищенный фрагмент ДНК метят по одному концу Р и затем расщепляют с помощью нуклеазы или химического соединения, делающего случайные разрезы в двойной спирали ДНК. Фрагменты, которые образуются из меченой цепи, разделяют на геле и выявляют на радиоавтографе после этого сравнивают расположение полос ДНК. образуемых в присутствии и в отсутствие ДНК-связываюших белков. Если связывание произошло, нуклеотиды в сайте расщепления оказываются защищен- [c.235]

Можно делать РНК-транскрипты только на концах клонированной ДНК —либо расщепляя матрицу рестриктазами, либо используя пониженные концентрации UTP. При концентрации иТР 0,5 мкМ спонтанно образуются транскрипты длиной в среднем 800—1000 п.н., причем для этого даже не требуется наличия терминирующего сайта расщепления [8]. [c.67]

Приведенные в тексте примеры ферментативного расщепления предполагают использование протеиназ, узнающих специфические аминокислотные остатки. Известны нротеиназы, узнающие более или менее протяженные аминокислотные последовательности (табл. 4.5). Само собой разумеется, что чем длиннее узнаваемый сайт расщепления, тем с меньшей вероятностью данная последовательность присутствует в гетерологичном белке. Одним из примеров тому может служить тетрапептидная по- [c.109]

Рис. 55.6. Схематическое изображение фибриногена, его структуры (АаВРу>2, заряженных концов, сайтов расщепления

Сайты расщепления НА трех различных подтипов (Н1, НЗ и НЮ) были изучены с использованием расщепления in vivo или расщепления трипсином или другими протезами. После обработки трипсином высокоочищенных вирусов в субъединицах НА1 отсутствует С-терминальный аргинин. Возможно, вирус, а не система хозяина, снабжает экзопептидазой карбоксипептидазы типа В, которая заканчивает это вырезание [41]. На сайте расщепления НА1/НА2 у НА вируса чумы птиц удалена промежуточная последовательность 6 аминокислот (пять основных) [42]. Это коррелировало с патогенными свойствами вируса и его способностью размножаться во многих различных типах клеток-хозяев [16]. [c.117]

Часто у экспериментатора возникает потребность клонирования фрагмента ДНК, полученного расщеплением одной рестриктазой, в векторе, имеющем сайт расщепления для другой рестриктазы. С этой целью щироко применяются короткие синтетические двуспиральные олигонуклеотиды, имеющие в своем составе сайты узнавания для одной или нескольких рестриктаз. Такие олигонуклеотиды называют линкерами или поли/шнкерами (см. рис. 27) соответственно. " [c.142]

Векторная молекула должна обеспечивать также стабильное наследование гибридных молекул. Для обеспечения интеграции чужеродной ДНК в векторной молекуле необходимо присутствие сайтов расщепления рестриктазами, которые должны локализоваться в области, не существенной для репликации векторной молекулы. Наконец, векторная молекула должна нести хотя бы один генетический маркер, позволяющий фенотипически определить ее присутствие в клетке-хозяине. Любая молекула ДНК, обладающая данными свойствами, может использоваться как вектор. [c.143]

Смотреть страницы где упоминается термин Сайты расщепления: [c.165] [c.166] [c.165] [c.166] [c.886] [c.304] [c.29] [c.313] [c.314] [c.315] [c.315] [c.341] [c.304] [c.57] [c.242] [c.149] [c.226] [c.14] [c.218] [c.270] [c.117] [c.270]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология