ини-сателлитные последовательности

Видоспецифичные сателлитные ДНК. Каждый вид имеет характерный набор центромерных сателлитных последовательностей, отличный от соответствующего набора даже у близкородственного вида данного рода. Этот факт, замечательный с точки зрения высокой консервативности последовательностей и геномной синтении, создает серьезные трудности при объяснении функций сателлитов. Чтобы проиллюстрировать возникающие здесь проблемы, рассмотрим сателлитные последовательности некоторых организмов. [c.191]

Определение нуклеотидных последовательностей сателлитных [c.188]

Конститутивный гетерохроматин состоит из определенных областей, которые никогда не экспрессируются. Сюда относятся сателлитные последовательности ДНК. В виде факультативного гетерохроматина могут находиться целые хромосомы, которые оказываются неактивными в ряду клеточных поколений, хотя при иных обстоятельствах они способны к экспрессии. Отличным примером может служить Х-хромосома млекопитающих, одна из копий которой (случайная) полностью инактивирована у каждой самки. (Этот механизм компенсирует наличие двух Х-хромосом у самки по сравнению с одной у самцов.) Неактивная Х-хромосома сохраняется в гетерохроматическом состоянии активная Х-хромосома является частью эухроматина. В данном случае можно видеть корреляцию между транскрипционной активностью и структурной организацией, поскольку в альтернативных состояниях находятся идентичные последовательности ДНК. [c.350]

ДНК (сателлитные последовательности могут даже занимать целое плечо хромосомы). [c.243]

Сателлитные последовательности, выделенные при центрифугировании геномной ДНК быка в градиенте плотности. Гомологичные участки разных сателлитных последовательностей выделены одинаковым цветом. Сателлит с р = 1,711 (Ь) сходен с сателлитом с р = = 1,715. за исключением того, что 60% повторяющихся единиц длиной 1399 п.н. прерываются участком длиной 1200 пар, частично гомологичных участку сателлита с р = 1,711 (а). Последовательности с р = = 1,723 и р = 1.709 не родственны никаким другим. Гомологичные участки сателлитов с р = 1,715 и р = = 1,711 (Ь) содержат несколько внутренних тандемных повторяющихся единиц длиной 31 п. н. Аналогично, гомологичные сегменты в длинных повторяющихся единицах с р= 1,706 и р = 1.711 (а) содержат множественные внутренние тандемные повторы тех или иных вариантов одной последовательности длиной 23 п. н., а повторяющаяся единица длиной 46 п. н. в последовательности с р = 1,720 (Ь) есть не что иное, как димер того же самого сегмента длиной 23 п. н. [c.193]

Механизм возникновения таких структур не ясен. Нуклеотидные последовательности (234 п. н.) по длине сателлитной ДНК мыши могут варьировать за счет отдельных замен, вставок или делеций. [c.189]

Основным недостатком метода Са является необходимость обеспечения соответствующей степени разбавления в меченом соединении, Если разбавление слишком велико, интенсивности сателлитных сигналов будут слишком малы по сравнению с интенсивностью сигналов, обусловленных естественным содержанием изотопа. Это либо потребует длительного времени для многократной записи спектров, либо приведет к тому, что сигналы не удастся отличить от фонового шума и сигналов, обусловленных примесями, особенно в тех областях спектра, где имеется много других сигналов. Если эффект разбавления не слишком велик и общее содержание С довольно высоко, становится заметным дальнейшее расщепление сигналов, обусловленное взаимодействием близких С-атомов, но не связанных ковалентной связью. Это возможно или при низком значении общего разбавления, или более скрытым путем, когда значительная часть продукта реакции образуется из добавленного предшественника сравнительно быстро и, следовательно, при низком разбавлении, а другая часть синтезируется из эндогенного предшественника при значительно более высоком разбавлении. Другие, часто употребляющиеся в предварительных опытах методы (например, включение С) дают сведения только об общей степени разбавления, и не исключают возможной ошибки. Такого рода сложности при использовании спектроскопии ЯМР могут быть преодолены несколькими путями, в том числе сочетанием селективного подавления ССВ С— С с шумовым подавлением ССВ от протонов [120]. Однако, где только это возможно, предпочтительнее обеспечить необходимую степень разбавления, во-первых, используя в должной мере разбавленный предшественник и, во-вторых, добавляя его последовательно небольшими порциями. [c.478]

Рентгеновские исследования показали, что в сплавах, дающих сателлиты на рентгенограммах, имеется, как правило, следующая последовательность стадий распада [163, 240] сателлитная стадия, стадия сосуществования слабо тетрагональных фаз и равновесная стадия (гетерофазная смесь двух равновесных кубических фаз). Однако это деление на стадии, по-видимому, является довольно условным (см., например, [163]). В настоящее время известно, что при исследовании распадающихся сплавов с помощью жесткого рентгеновского излучения возможны ситуации, когда вблизи рефлексов с малыми индексами отражения наблюдаются сателлиты, а вблизи рефлексов с большими индексами —отдельные отражения от слабо тетрагональных фаз [241]. Последнее обстоятельство, по существу, свидетельствует о том, что ответ на вопрос, будут ли в данном конкретном случае наблюдаться сателлиты или же отдельные рефлексы от структурных составляющих модулированной структуры, не связан со структурными особенностями исследуемого объекта. Он зависит от оптических условий рассеяния рентгеновских лучей. [c.314]

Области, находящиеся по обеим сторонам от центромеры, часто богаты сателлитными последовательностями ДНК и могут содержать значительное количество конститутивного гетерохроматина. В отличие от интерфазного хроматина гетерохроматин не сразу заметен в митотических хромосомах, но его можно увидеть, используя метод С-окрашивания. На рис. 28.10 видны тем-ноокрашенные области в районе всех центромер. Это свойство (так же, как и характерные черты интерфазного гетерохроматина) связано не с какими-то особенностями сателлитной ДНК, а зависит от белков, специфически присутствующих в этом месте. Конститутивный гетерохроматин, вероятно, не связан непосредственно с механизмом деления, так как он не всегда обнаруживается рядом со всеми центромерами. [c.352]

Анализ гибридизации ДНК из клеток человека показал, что примерно 70% одноцепочечных фрагментов гибридизуется очень медленно, т. е. так, как и следует ожидать в случае большого набора уникальных (неповторяющихся) последовательностей (полная гибридизация присходит в течение нескольких дней). Однако остальные 30% цепей ДНК гибридизуется гораздо быстрее. Эти цени содержат последовательности, которые многократно повторены в геноме, и, следовательно, могут относительно быстро найти своего партнера. Большая часть такой ДНК не кодирует белки, приблизительно одну ее треть составляют тандемно повторяющиеся сателлитные последовательности, остальные две трети приходятся на рассеянную по геном) повторяющуюся ДНК. Эти диснергированные повторы, но-видимому, произошли из транспозируемых элементов, размножившихся в нашем геноме и достигших исключительно высокой степени конийности. [c.242]

Функция сателлитной ДНК (еизвестна и является пред.метом дискуссий. Например, предполагают, что сателлитная ДНК участвует в распознавании гомоло ичных хромосом во время мейотической конь5огации или модулирует некоторые регуляторные функции генов. Пока нет убеди гельньгх доказательств в пользу той или иной гипотезы. Однако исследования на дрозофиле свидетельствуют о влиянии сателлитной ДНК на кроссинговер [437]. Открытие сателлитной ДНК удивило цитогенетиков тем, что она оказалась локализованной в той части хроматина, которая по данным микроскопического анализа уже многие десятилетия идентифицировалась как гетеро-хроматин. Относительно недавних открытых мини-сателлитных последовательностей ДНК см. разд. 2.3.2.7. [c.117]

Если сайт для какой-то рестриктирующей эндонуклеазы находится в каждом из повторов тандемного кластера, то такой кластер расщепляется на фрагменты, длина которых равна длине повторяющейся единицы (рис. 9.26,/4). При гель-электрофорезе суммарной геномной ДНК, окрашенной бромистым этидием, набор этих фрагментов одинаковой длины очень часто образует отдельную полосу. ДНК, элюированную из этой полосы, можно сразу подвергнуть предварительному секвенированию. Полученная таким образом каноническая консенсусная последовательность не обязательно соответствует последовательности любой из повторяющихся единиц, поскольку, как мы уже говорили, такие единицы в центромерных тандемных повторах редко бывают идентичными. Обычно они образуют семейство, члены которого отличаются друг от друга одним или более нуклеотидным остатком. Некоторые из них дивергировали в результате случайных нуклеотидных замен. Иногда нуклеотидные замены обнаруживаются сразу в нескольких или во всех единицах какой-то части кластера. Если часть кластера существенно отличается от сателлитной последовательности в целом, то говорят о субкластере или о сателлитном домене. Секвенирование клонированных сателлитных повторов, доменов и мономерных повторяющихся единиц показало, что то, что раньще представлялось совершенно гомогенной последовательностью, на самом деле есть совокупность в значительной степени различающихся единиц. [c.189]

Эндонуклеазное расщепление сателлитной последовательности III из области центромеры Drosophila. При электрофорезе рестриктов различных доменов (о, б, в, г) обнаруживаются разные фрагменты. А. Основная повторяющаяся единица имеет длину 359 п. н. и содержит один сайт для эндонуклеазы Hinf. При расщеплении с помощью Hinf большая часть сателлитных последовательностей превращается в набор фрагментов длиной 359 п.н. в количестве, достаточном для образования отдельной полосы на электрофореграмме, четко различимой на фоне других геномных фрагментов после окрашивания бромистым этидием Б В некото- [c.190]

А). Примерно 16000 повторов в составе сателлитной последовательности III полиморфны. Многие из них отличаются друг от друга и от канонической последовательности всего несколькими парами оснований. Об этом свидетельствуют результаты экспериментов по расщеплению сателлитной последовательности III или ее длинных клонированных сегментов рестриктазой ЯяеП . После разделения образовавшихся фрагментов с помощью гель-электрофореза получается лестница (рис. [c.191]

При отжиге in situ радиоактивных зондов сателлитных последовательностей I и IV с политенными хромосомами Drosophila гибридизация происходит со всеми центромерами (рис. 9.27). Однако ее эффективность у разных хромосом значительно различается, что свидетельствует о вариабельности числа повторяющихся единиц. Кроме того, каждая сателлитная последовательность гибридизуется с определенной областью центромеры, что говорит [c.191]

Фракция ДНК, содержащая высокоповторяющиеся геномные последовательности, включает, по-видимому, функционально и в значительной степени структурно обособленную часть генома, представленную сатяллитными ДНК. Сателлитные ДНК обладают характерным нуклеотидным составом и, следовательно, плотностью, отличающейся от валового нуклеотидного состава тотальной ДНК-Поэтому их удается в ряде случаев отделить от основной массы ДНК центрифугированием в градиенте плотности СзО (рис. 108, а). Отдельные фракции сателлитных ДНК могут составлять до 10 % от общего содержания ДНК, как, например, один из сателлитов-генома мыши. В составе одного генома можно обнаружить несколько разных сателлитных ДНК- [c.188]

D.melanogaster (табл. 9.13). Хотя эти мухи и относятся к одному роду, их центромерные сателлитные последовательности существенно различаются с повторами D.melanogaster сходен лишь повтор 1с [c.192]

D. virilis. Заметим также, что три из сателлитных последовательностей D. virilis настолько близки, что при гибридизации in situ их трудно различить. Сателлитные последовательности, которые не удается разделить по плавучей плотности, считаются доменами одного сателлита. [c.192]

Сателлитные последовательности у быка и мыши. У быка известны восемь разных сателлитных последовательностей (рис. 9.28). Все вместе они составляют более 23% геномной ДНК и, судя по кинетике реассоциации, занимают промежуточное положение между высоко- и умеренноповторяющимися последовательностями (см. разд. 9.1.6). Повторяющиеся единицы представлены набором взаимосвязанных последовательностей. Секвенирование показало, что по меньшей мере пять из восьми сателлитов содержат одну или более одинаковых последовательностей, хотя и дивергиро-вавших настолько, что не гибридизуются между собой, а рестрикционный анализ не выявляет их родства. Длина повторяющейся единицы у большинства сателлитов быка превышает 1 т. п. н. Внутри этих длинных повторяющихся единиц имеются повторы, встречающиеся более часто. [c.192]

Широкая распространенность сателлитных последовательностей, их локализация и большой объем содержащейся в них ДНК наводят на мысль, что они выполняют какие-то важные функции. Для выяснения функций этих областей хромосом долгое время использовали цитогенетический анализ гетерохроматина, который обьино считают синонимом сателлитной ДНК. Рассматривались самые разные клеточные функции, прежде всего процессы, происходящие при митозе и в клетках зародышевой линии, в частности хромосомные перестройки, спаривание и расхождение хромосом и рекомбинация. Было высказано предположение, что сателлитные последовательности столь же важны для функционирования генома, как и остальная его часть. Однако, несмотря на огромное количество экспериментальных работ, окончательный вывод так и не был сделан. В настоящее время сателлитным последовательностям не приписывается никаких фенотипических эффектов и, следовательно, никаких функций. Об отсутствии у них таких функций свидетельствуют следующие факты. Функционально активные центромеры S. erevisiae не содержат центромерных сателлитов (разд. 9.6). Мутанты Drosophila, у которых отсутствует большая часть или весь центромерный гетерохроматин, функционируют нормально. Значительная вариабельность нуклеотидной последовательности сателлитной ДНК даже у родственных видов наводит на мысль о ненужное ги этой ДНК вообще. Кроме того, недавно полученные данные показывают, что количество сателлитной ДНК в области центромеры и ее организация существенно различаются даже у особей одного вида. То же самое относится и к а-сателлитным последовательностям человека. Изменчивость минорных центромерных сателлитов характерна также для африканской зеленой мартышки. Эти данные позволяют предположить, что для функционирования центромер не важны ни число, ни точная нуклеотидная последовательность тандемных повторов. [c.194]

ДНК показало наличие в их составе тандемных повторов из нескольких нуклеотидов. Главная повторяющаяся единица сателлитных ДНК (базовая последовательность), как, например, у D. rnelanogasier, может быть достаточно простой, состоящей из пяти или семи нуклеотидов [c.189]

ААТАААС) и (AATAQA ) . Встречаются и более сложные повторяющиеся единицы Из 359 п.н. Базовая последовательность сателлитной ДНК повторяется многократно, на протяжении 10 тыс. п. н. и более. Таким образом, сателлитные ДНК образуют протяженные геномные блоки. Блоки, состоящие, например, из пяти и семи нуклеотидных тандемных повторов, могут в одной молекуле непосредственно прилегать друг к другу. [c.189]

ДНК, денатурированная нагреванием (100° в течение 15 мин в 0,13 М растворе Na l в 0,01 М К-фосфатном буфере) с последующим быстрым охлаждением, элюируется главным образом в диапазоне концентраций буфера 0,12—0,14 М, однако за ней нередко следует псевдонативная фракция (элюция 0,2—0,22 М фосфатным буфером). Чаще всего это — сателлитная, очень быстро ренатурирую-щая ДНК или фракции ДНК, обогащенные обращенными повторяющимися нуклеотидными последовательностями ( палиндромами ). Обработка ДНК формальдегидом заметно уменьшает долю этой фракции и снижает необходимую для элюции денатурированной ДНК концентрацию фосфатного буфера. [c.236]

Качественный анализ с помощью РФС в принципе очень прост и основан на точном измерении энергии или длины волны наблюдаемых флуоресцентных линий. Так как спектрометры РФСВД работают последовательно, необходимо проводить сканирование 20. Идентификация следов элементов может осложняться наличием отражений более высокого порядка или сателлитных линий основных элементов. В РФС с энергетической дисперсией полный рентгеновский спектр может быть получен одновременно. Идентификация пиков, однако, затруднена из-за более низкого разрешения спектрометра с ЭД. Программное обеспечение для качественного анализа помогает спектроскописту, показьшая маркеры KLM на спектре. Маркеры KLM показывают теоретическое положение К-, L- и М-линий элемента как вертикальные линии. Когда эти линии совпадают с наблюдаемыми максимумами пиков в спектре, элемент идентифицируют положительно (как это принято в атомной эмиссии). [c.83]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология