Конформационная модель

Рис. 2-50. Конформационная модель грамицидина S.

Литература последних лет содержит еще ряд публикаций, касающихся методологических аспектов полной реставрации белковой структуры по заданной конфигурации основной цепи имеются также работы с изложением результатов расчета конкретных объектов [323-342]. Однако ни в идейном, ни в практическом отношении они не внесли что-либо принципиально нового и поэтому могут рассматриваться как вариации на тему, подробно изложенную выше. Надежность всех методов конструирования конформационных моделей белков на основе известных трехмерных структур гомологов определяется объемом используемого [c.526]

Это выражение хорошо согласуется с конформационной моделью в ГПХ. [c.111]

Вероятная конформационная модель белка. Природная рибонуклеаза является сравнительно простым белком (мол. вес 15 ООО), с макромолекулами, состоящими из одинаковых полипептидных цепей, содержащих по 124 аминокислотных остатка [c.438]

Рис. 42. Конформационные модели молекулы циклогексана

В свете результатов, изложенных выше при обсуждении гиперконъюгационной модели, можно высказать сомнение, что Ез или Ез отличаются от Es именно из-за учета гиперконъюгационной составляющей и по этой причине более предпочтительны, чем последние. В статистическом плане различие между шкалами Е1 и Ез сводится, в основном, к относительному значению стерической постоянной для атома водорода, поскольку для остальных алкильных заместителей между Е1 и Ез наблюдается достаточно хорошая линейность [424]. Приведенная конформационная модель позволяет учесть соответствующую поправку, однако, последующий пересчет значений стерических постоянных для всех остальных заместителей может рассматриваться как совершенно произвольная процедура. То же самое относится и к значениям Е1- [c.230]

Рис. 51. Конформационные модели молекул циклогексана

Величины 5, й, X, полученные из экспериментальных данных по кинетике эффекта Керра, удовлетворительно согласуются со-значениями 5, и Л, определенными для тех же полимеров методами поступательной диффузии и седиментации [50, 51, 55]. Совпадение молекулярных характеристик, полученных на основании данных по вращательному и поступательному трению, указывает на адекватность гидродинамической и конформационной моделей макромолекул, положенных в основу используемой теории и, следовательно, служат еще одним убедительным доказательством вы- [c.42]

Рис. 8.5. Различные конформационные модели бислоя [48].

Даже для так называемых гибкоцепных полимеров высота потенциальных барьеров превышает среднюю энергию теплового движения к Т. Минимумам потенциальной энергии отвечают устойчивые локальные конформации малых участков цепи - поворотные изомеры (ротамеры). В простейшей конформационной модели цепи с некоррелированными независимыми врашениями вокруг последовательных связей потенциальная энергия внутреннего врашения распадается на сумму вкладов от отдельных углов U— Uj(ipj). В этом случае каждому углу [c.14]

Соответственно поставленной задаче мы пытались внутри одной конформационной модели выделить наиболее суш,ественные типы взаимодействий. Это достигалось путем сопоставления конформа-ционных моделей и конформационной энергии, вычисленной из термохимических данных. Ниже приведены конформационные модели различных эфиров вокруг связи С—О (рис. 1). [c.45]

В оригинальной статье Прелога [6] рассматривается модель, эквивалентная модели 16Б, в качестве конформационной модели этой реакции, однако в своем последующем обзоре [11] Прелог останавливается на модели 7 бЛ. [c.75]

Другие конформационные модели, такие, как, например, [c.411]

Были изучены оба изомера А и Б). Абсолютные конфигурации соединений —)-151 и - -)-152 неизвестны. Однако оказывается возможным предсказать стереохимические соотношения между 151 и 152 путем рассмотрения вероятного механизма элиминирования и конформационных моделей. [c.465]

Если наблюдаемые величины Н+/2е действительно слишком высоки для прямого механизма петель, то приходится предполагать существование конформационного сопряжения транспорта протонов и переноса электронов по цепи (разд. 5.4). Такое предположение, в отличие от гипотезы петель, может быть использовано для объяснения любой наблюдаемой стехиометрии. На рис, 4.10 представлены сравнительные характеристики двух гипотетических механизмов. Поскольку в литературе существуют очень большие расхождения в точных значениях стехиометрии Н+/2е , на рисунке представлены усредненные цифры. Следует отметить, что обе гипотезы предсказывают одинаковую стехиометрию для комплекса III, но, согласно конформационной модели, два дополнительных протона переносятся в комплексе IV (разд. 5.9) и, возможно, один дополнительный протон в комплексе I (разд. 5.6). [c.84]

Двадцать лет назад). Выход из тупиковой ситуации пытаются найти в етодологическом, математическом и алгоритмическом совершенство-Шании конформационных моделей, направленном на уменьшение набора сходных для минимизации приближений и сокращение времени счета, вставляя при этом неизменными теоретические основы поиска По методологическому признаку выполненные исследования структуры белков 10жно разделить до некоторой степени условно на три группы. К первой руппе следует отнести работы, использующие упрощенные модели белковой цепи. Вторую группу составляют исследования, в которых привлекаются эмпирические корреляции. В работах третьей группы поиск решения проблемы ведется с использованием прямой или косвенной информации о геометрии нативной конформации изучаемого белка или его Гомологов. [c.483]

При этом Кйраъп может быть определен либо с помощью конформационной модели, либо с помощью модели эквивалентных сфер. Для нахождения/Гйд удобно воспользоваться диффузионной моделью. [c.116]

Рис. 41. Конформационные модели молекулы циклогексанаг а — форма ванны , б — форма кресла

Соотношение между инвариантами тензора а и у и структурой молекулы заключено в сложных формулах теории дисперсии и поляризуемости. Эти величины следует поэтому рассматривать как эмпирические параметры, которые важны для объяснения структуры молекулы. В этом плане заслуживает внимания валентно-оптическая схема, согласно которой электрические свойства молекул, например дипольный момент и поляризуемость, являются просто суммой дипольных моментов и поляризуемостей отдельных валентных связей молекулы [297]. Концепция поляризуемости связей, согласно которой каждая из связей имеет характерную для нее поляризуемость, впервые предложена Мэйе-ром и Оттербейном и развита количественно Заксом, Вонгом и Денби [298]. Полезность этой концепции состоит в возможности прогнозирования на ее основе ряда величин. Например, если известны основные значения поляризуемости связей, скажем связей С—С и С—Н. то на основе конформационной модели можно [c.324]

Предложи -1 и конформационная модель для сгфвделения абсолютной конфигурации. Она основывается на учете неэквивалентности химических сдвигов протонов групп и В" ь диастереомерных производных 24. Различия в химических сдвигах в ЯМР-спектрах диастереомерных карбаматов [ 72] также можно коррелировать со стереохимией асимметрического центра в исходном спирте. Синтезирована оптически активная перфтор-2-пропоксипропионовая кислота и изучено ее использование для определения энантиомерной чистоты спиртов методом ПМР- и 1 Р-ЯМ Р- Л1ектроскопии [73]. [c.171]

Р ц С. 6-11. Конформационная модель ди-З-пинанилборана . [c.279]

Чтобы конформационная модель работала, а 1Р1-рецептор и Са -канап непосредственно взаимодействовали друг с другом, необходимо, чтобы ЭР достаточно близко подходил к плазматической мембране (рис. 38). Такая близость подтверждается результатами многочисленных морфологических и иммуно-гистохимических исследований, выполненных на различных типах клеток. Так, на клетках печени крысы показано, что 1Рз-рецепторы часто присутствуют во фракциях [c.129]

После этого мы перейдем к рассмотрению конформационного поведения биологических полимеров. В частности, гл. 18 посвящена конформационной статистике полимеров, основное внимание при этом уделяется статистике полипептидных цепей при использовании различных конформационных моделей последних. В гл. 19 в общих чертах показано, как на основе юучения гидродинамических свойств двухиепочечной ДНК в растворе мы приходим к выводу о том, что она представляет собой червеобразную цепь, свернутую в клубок. В гл. 20 и 21 мы рассмотрим конформационные изменения в белках и полипептидах, в том числе хорошо изученный переход спираль — клубок в полипептидах (гл. 20) и вопрос об обратимом свертывании белковых цепей (гл. 21). [c.5]

Сам факт конформационных изменений в Fi еще не дает объяснения механизма сопряжения синтеза АТР и переноса протонов. Как и в случае конф.ормационных моделей переноса протонов в электронтранспортной цепи (разд. 5.4), конформационная модель АТР-синтетазы должна включать ряд координированных стадий. Одна из простейших моделей показана на рис. 7.8. Согласно этой модели, энергия, запасенная в протонном электрохимическом потенциале, используется благодаря изменению сродства протонсвязывающего центра этот центр имеет низкое сродство, когда обращен в фазу с высоким электрохимическим потенциалом (Ц-фаза), и высокое сродство к протонам, когда обращен в фазу с низким электрохимическим потенциалом протонов (М-фаза). [c.157]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология