Концевые повторы длинные LTR

ДНК фага Т7 — линейная двухнитевая молекула ( 40 т. п. н.) с прямым концевым повтором длиной 160 нуклеотидов. Инициация раунда репликации происходит внутри молекулы — на расстоянии, примерно соответствующем 15 % длины генома от одного из концов, условно называемого левым. Здесь имеются промоторы, которые узнаются фагоспецифической ДНК-зависимой РНК-полимеразой. Без транскрипции этого оп-района раунд репликации не начинается. Скорее всего РНК, образующаяся при транскрипции с этих промоторов, непосредственно используется в качестве за- [c.277]

Простые транспозоны. Некоторые транспозоны не связаны ни с какими IS-элементами (табл. 10.2) информация, необходимая для транспозиции, закодирована в них самих. В качестве примера можно привести транспозон ТпЗ (рис. 10.6), который содержит инвертированные концевые повторы длиной [c.232]

С ДЛИННЫМИ КОНЦЕВЫМИ ПОВТОРАМИ [c.227]

Иот, ограниченные длинными концевыми повторами (ДКП) [c.229]

Из приведенной достаточно сложной схемы видно, что на протяжении функционирования происходят нетривиальные события. Так, иа первой фазе идет-образование гибридного дуплекса участка R—Us. Если бы в момент обратной транскрипции участка R Us в работу одновременно включилась активность РНКазы Н, мог бы деградировать еще не прочитанный участок геномной РНК и процесс был бы нарушен. Разрешение на включение РНКазы Н должно даваться только по завершении обратной транскрипции на 5 -конце геномной РНК. Нетривиальным событием является скачок, совершаемый геномной РНК после освобождения фрагмента ДНК от РНК. Важным и нетривиальным событием является последующий разрыв геномной РНК в определенной точке перед фрагментом U3, чем задает ся структура длинного концевого повтора. Опять- аки нетрудно заметить, что вопрос о переключении активностей в пределах одного работающего фермента также требует рассмотрения с позиций молекулярной динамики. [c.227]

Некоторые транспозоны (помимо генов, связанных с транспозицией) несут маркеры лекарственной устойчивости (или какие-либо другие). Такие транспозоны обозначаются как Тп с добавлением соответствующего номера. Один класс более крупных транспозонов представлен сложными элементами, состоящими из центральной области, несущей маркер лекарственной устойчивости, и фланкирующих с каждой стороны родственных последовательностей (плеч). Их иногда называют длинными концевыми повторами (LTR). (Не следует путать с короткими инвертированными концевыми повторами у IS-эле-ментов.) Плечи могут либо иметь одну и ту же или (более часто) инвертированную ориентацию. Таким образом, сложный транспозон с плечами, представленными прямыми повторами, имеет структуру [c.461]

Для узнавания элемента в качестве субстрата транспозиции необходимы несколько оснований в каждом конце транспозона ТпЮ. Инвертированные концевые повторы имеют длину, равную 22 парам оснований из них, вероятно, только последние 13 важны для реакции транспозиции. Мутации в этой области предотвращают транспозицию и являются 1/мс-активными. [c.462]

Рис. 7.15. Схема, демонстрирующая концевую избыточность в геноме фага Т2 и образование кольцевой молекулы ДНК. Каждую из трех молекул можно превратить в любую другую путем циклической перестановки, и оба конца каждой молекулы содержат концевые повторы. Экзонуклеаза III действует на 5 -концы (место действия фермента указано стрелкой), и образовавшиеся комплементарные участки склеиваются , образуя кольцевые молекулы. Если длина отрезанных концов превышает длину повторяющихся участков, то в кольцевой молекуле дуплексный сегмент оказывается обрамленным двумя одноцепочечными участками (брешами). Длина двухцепочечного сегмента (и его состав) совпадает с длиной концевых повторов (см. рис. 7.16).

Прямые длинные концевые повторы Ретровирус [c.243]

Как будет видно из дальнейшего, особое значение для механизмов репликации линейных молекул ДНК имеет структура их Концевых участков. У линейных ДНК-геномов не бывает невыразительных концов. Соответствующие участки (рис. 134) могут иметь прямые концевые повторы длиной от сотни и более (например, ДНК фага Т7) до тысяч (Т-четные фаги и др.) пар нуклеотидов. При этом если у фага Т7 все геномные молекулы ДНК идентичны, то молекулы ДНК Т-четных фагов существенно различны, даже Когда они образованы в одной клетке, зараженной единственной фаговой частицей геномы Т-четных фагов (и ряда других вирусов) характеризуются так называемыми кольцевыми перестановками. Еще один вариант концевой структуры вирионных ДНК-ДУПлек-сов — липкие (т. е. взаимно комплементарные) однонитевые концы. Длина которых обычно находится между 10 и 20 нуклеотидами (фаги Р2, Р4), но может укорачиваться до одного нуклеотида (герпес-вирусы), если в этом случае вообще позволительно называть такие Концы липкими . [c.261]

В ДНК некоторых вирусов имеются инвертированные концевые повторы, длиной от нескольких нуклеотидов (фаг ср29) до 100—150 нуклеотидов (аденовирусы) и больше в обоих указанных случаях [c.261]

Отсутствие патогенности делает ААВ весьма перспективным вектором для доставки в организм человека терапевтических генов. Рекомбинантный ААВ получают с помощью котрансфекции клетки-хозяина, инфицированной каким-нибудь аденовирусом (вирусом-помощником), двумя плазмидами (рис. 21.8). Одна из них несет терапевтический ген, фланкированный инвертированными концевыми повторами (длиной от 125 п. н.) ААВ, а вторая - два его гена, гер и ap, ответственные за репликацию генома и синтез капсида соответственно. После [c.496]

Транспозоны FB-семейства. Транспозоны этого семейства обнаружены у D. melanogaster. При общей длине 500—5000 п.н. они имеют инвертированные концевые повторы длиной 250—1250 п.н. Концы определенного транспозона неидентичны, но даже у разных транспозонов они обладают обширными областями гомологии. Центральные же части FB-транспозонов совершенно негомологичны друг другу. Они имеют разную длину, а иногда вообще отсутствуют (в таких случаях транспозон представляет собой типичную [c.51]

Структура транспозирующегося /1с-элемента кукурузы размером 4,6 т. п. н. Показаны несовершенные концевые повторы длиной 11 п. н. Ниже представлены пять зкзо- [c.248]

Группа opia. Название элементу-прототипу было дано исходя из свойств многокопийной РНК. гибридизующейся с неким семейством диспергированных повторяющихся последовательностей ДНК. У D.melanogaster можно обнаружить 20 отдельных opia-подобных семейств, что составляет 10% всего генома (по 5-100 членов в каждом семействе). Некоторые наиболее полно описанные семейства представлены на рис. 10.34. Как и Ту-элемент, члены этих семейств состоят из нескольких тысяч пар оснований и содержат прямые концевые повторы длиной несколько сотен пар оснований. У всех членов одного семейства LTR идентичны, а для разных семейств они различаются. Концы каждого LTR представлены короткими инвертированными друг относительно друга повторами. В отличие от Ту-элементов, отдельные копии LTR, аналогичные [c.255]

Третье различие между системами репликации ДНК фагов Т4 и Т7 касается способа превращения конкатемера в зрелый мономерный геном. В первом случае длина сегмента ДНК, отрезаемого от конкатемера, задается не специфической нуклеотидной после-доватачьностью (как у Т7), а вместимостью фаговой головки кон-катемерная молекула ДНК начинает упаковываться в головку, а когда головка заполнится, активируется эндонуклеаза, которая отщепляет оставшийся снаружи участок молекулы. Поскольку в головку помещается сегмент ДНК, превышающий по своим размерам уникальную последовататьность вирусного генома, повторение актов упаковки и нарезания генерирует молекулы с кольцевыми перестановками и прямыми концевыми повторами (рис. 147). Отметим, что в фаговом геноме закодирован фермент, способствующий превращению разветвленных молек л ДНК в линейные. [c.280]

Не все детали приведенной схемы образования вирус-специфн ческой ДНК строго доказаны, и в дальнейшем в нее, возможно, будут внесены те или иные поправки. Тем не менее эта схема достаточно хорошо иллюстрирует общий принцип. Весьма важно, что схема объясняет одну чрезвычайно существенную особенность структуры вирус-специфических ДНК ретровирусов — молекулы вирусных ДНК длиннее молекул вирусных РНК, которые послужили матрицей для обратной транскрипции. Действительно, к 5 -концу (-f)uenH вирусной ДНК добавилась последовательность иЗ, а к З -концу этой цепи — последовательность u5. В результате на концах молекулы вирус-специфической ДНК появился длинный (несколько сотен нуклеотидов) концевой повтор (ДКП, или LTR), имеющий структуру иЗгиЬ (рис. 160). [c.312]

Подвижные элементы с длинными концевыми повторами (ретро-транспозоны) 227 -3. Мобильныеэлементы, ограниченные инвертированными повторами 231 Литература 233 [c.353]

Бактериальные IS-э. eмeнты — это сегменты ДНК. способные как целое перемещаться с од него места локализации на другое (а). 15-элементы (б), как правило, кодируют белок (белки),, необходимы для их перемещения (транспозиции). По концам элемента расположены инвертированные повторы. необходимые для его транспозиции. разных 18-эле.ментов длина концевых повторов варьирует от 8 до 40 п. н. Повторы. югут быть совершенными или несовершенными. При встраивании в новый участок локализации 18-элементы вызывают небольшую дупликацию ДИК-мишени. часто 5 или 9 п, о Дуплицированные последовательности окружают 15-эле.мент на новом месте с дв х сторон. Разные 18-элементы и.меют длину от 750 до 1600 п. о.] [c.112]

В зараженной клетке ДНК этих двух вирусов переходит в ковалентно-непрерывную форму, которая, как известно, удобна для репликации. Однако у обоих вирусов репликация ДНК-генома осуществляется при посредстве промежуточных линейных молекул РНК. Эти РНК образуются в результате транскрипции вирусных ДНК в клеточном ядре хозяйским ферментом РНК-полимеразой П. Транскрибируется только одна из нитей вирусной ДНК, причем промоторы и терминаторы расположены на кольцевом геноме таким образом, что наряду с субгеномными мРНК образуются молекулы (Ч-)РНК более длинные, чем геном. Ясно, что в длинных транскриптах должен быть прямой концевой повтор. Этот повтор способствует преодолению трудностей, возникающих при снятии ДНК-копии с З -конца линейной матрицы. [c.316]

Геном ретровируса дикого типа представлен двумя идентичными одноцепочечными молекулами РНК, каждая из которых состоит из шести участков длинного концевого повтора (5"-LTR, от англ. long terminal repeat)] некодирующей последовательности пси" необходимой для упаковки РНК в вирусную частицу трех генов, кодирующих структурный белок внутреннего капсида (gag), белок, обладающий функциями обратной транскриптазы и интегразы (pol), и белок оболочки (env) 3 -LTR-последовательности (рис. 21.2). Жизненный цикл ретровируса включает следующие стадии. [c.488]

Искусственная хромосома содержит три основных элемента концевые участки (теломеры), центромеру и точки инициации репликации. Свойства теломерных областей хромосом человека хорошо изучены, чего нельзя сказать о центромерах и точках инициации репликации, и существовали опасения, что искусственную хромосому человека не удастся сконструировать, пока не будут досконально изучены все ее элементы. Однако уже получены и поддерживаются в трансфицированной культуре клеток стабильные линейные искусственные хромосомы человека (микрохромосомы), состоящие из множества ДНК-повторов (длиной около 1 м. п. н.) центромерной области Y-хромосомы, высокомолекулярных фрагментов геномной ДНК и теломерных участков. В их центромерную область был встроен ген устойчивости к неомицину, что позволило использовать среду G418 в качестве селективной. В нескольких G418-устойчивых клетках были обнаружены микрохромосомы длиной от 6 до 10 м. п. н. [c.501]

В 1980 г. Верховный суд США вынес определение, что изобретение, которое включает что-либо, созданное под солнцем руками человека , является охраноспособным. В 1988 г. было запатентовано первое животное, полученное с помощью методов генной инженерии, — трансгенная мышь. В ее ДНК бьш встроен ген, ответственный за образование злокачественных опухолей (онкоген), который находился под контролем промотора на основе длинного концевого повтора вируса опухоли молочных желез мыши (ЬТЯ ММТУ). Онкоген представлял собой ген туе вируса миелоцитоматоза цыпленка ОКЮ. Изобретение заключалось в клонировании химерного гена ЬТК ММТУ—т>>с в плазмиде, введении линеаризованной плазмидной ДНК в мужской пронуклеус оплодотворенных одноклеточных мышиных яйцеклеток, идентификации потомков, экспрессирующих ген туе, и получении линий трансгенных мышей. У животньгх одних линий ген туе экспрессировался в различных тканях, у животных других экспрессия ограничивалась одной или несколькими тканями. По утверждению Ледера [c.538]

V освободившимся участком РВ за 3 -конец минус-ДНК. Это дает возможность последней продолжить элонгацию до полного считывания 5 -конца начавшей формироваться плюс-цепи. Одновременно плюс-цепь получает возможность элон-гироваться до достижения 5 -конца минус-цепи. Как видно из схемы, при этом на обоих концах линейной двунитевой ДНК возникают идентичные структуры, известные как длинные концевые повторы (long terminal repeats, LTR), с помощью которых происходит встраивание вирусной ДНК в геном. [c.227]

Концы линейной ДНК содержат дополнительные последовательности. Сегмент U3 добавляется к 5 -концу сегмент U5-K З -концу. В результате каждый конец ДНК имеет последовательность U5—R—U3 она получила название длинного концевого повтора (LTR). Ее образование связано с реакцией, схема которой представлена на рис. 38.2. Обратная транскриптаза переключает матрицы, перенося образующуюся ДНК на новую. матрицу. На рисунке показано образование одного LTR для образования повтора на другом конце требуется подобное событие. Характерная черта вирусного генома идентичность LTR, находящихся на его концах. Это объясняется их происхождением. З -конец U5 состоит из короткого инвертированного повтора, родственного 5 -концу последовательности U3, в результате чего сама последовательность LTR фланкирована короткими инвертированными повторами. Следовательно, организация ДНК ретровируса напоминает организацию транспозирующихся элементов, подобных opia (см. рис. 37.2). [c.491]

Фаг Т7 содержит линейную двухцепочечную по всей длине молекулу ДНК. Частичное расщепление этой ДНК экзонуклеазой III с последующим отжигом выявляет наличие в ее структуре концевых повторов. При этом в отличие от фагов Т2 и Т4 у фага Т7 не происходит кольцевых перестановок генов. При инфекции фагом Т7 репликация фаговой ДНК инициируется на участке ori, расположенном на расстоянии, соответствующем 17% общей длины молекулы от левого конца ДНК. В репликации участвует линейная молекула ДНК кольцевые формы не образуются. На более поздних, стадиях инфекции наблюдается образование весьма протяженных линейных конка-темеров ДНК Т7. Предложите модель репликации ДНК фага Т7, объясняющую необходимость возникновения конкате-мерных структур для полной репликации линейного фагового генома. [c.129]

Рис. 8.2. р5УМ.й/г/г (6,45 т. п, н.) — альтернативный селектируемый вектор для клеток, дефектных по гену йЛ/г [22]. Для регуляции экспрессии кДНК гена йЛ/г в векторе р5У2,й/г/г введен промотор в составе длинного 5 -концевого повтора вируса опухоли молочных желез мышей (ММТУ-ЫК). [c.246]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология