Полиакриламидный гель разрезание

Разрезание полиакриламидных гелей [c.201]

После электрофореза поддерживающую среду часто приходит-ся разделять на фрагменты для определения в них ферментативной или антигенной активности, либо радиоактивности. Полоски бумаги или ацетата целлюлозы и пленки высушенного агара можно легко разрезать ножницами или бритвой. Разрезание крахмального геля на продольные блоки относится к обычным процедурам, применяемым при электрофорезе в этом геле. Чтобы выделить разделенные компоненты из крахмального или агарового геля, его чаще всего разрезают бритвой в поперечном направлении. Описан способ фракционирования разбавленного) (0,05—0,1%) агарозного геля путем его расплавления при 80 и последующего сбора капель с помощью коллектора фракций [546]. Что же касается полиакриламидного геля, обладающего [c.201]

Иногда требуется разрезать гель в продольном направлении, чтобы провести радиоавтографию или одновременное окрашивание электрофореграммы несколькими красителями. В литературе описаны аппараты для продольного разрезания как столбиков (рис. 74). [357], так и пластин [547] полиакриламидного геля. [c.204]

Помимо разделения белков по молекулярной массе электрофорез в полиакриламидном геле с ДСН дает высокое разрешение и облегчает разрезание геля, поскольку ДСН при охлаждении выпадает в осадок и препятствует образованию крупных кристаллов льда. [c.225]

Для анализа антигенов, разделенных с помощью электрофореза или электрофокусирования в полиакриламидном геле, разработаны многочисленные методы иммунодиффузии. Так, для этой цели можно использовать различные варианты двойной иммунодиффузии. Цилиндрические столбики геля разрезают продольно на две половинки (см. разд. 1.15.6), а из пластин нарезают полоски, содержащие разделенные антигены. Разрезанный гель помещают на стеклянные пластинки, заливают их теплым раствором агара и дают ему застыть. Канавки для антител располагают на соответствующем расстоянии от полиакриламидного геля. Как только полиакриламидный гель покроется слоем агара толщиной 1 мм, в непосредственной близости от него сразу же вырезают канавку для антисыворотки. Если для анализа используют разрезанные вдоль столбики полиакриламидного геля, то их кладут на слой агарового геля и в нем рядом с полоской геля по обеим ее сторонам быстро вырезают канавки для антител. Преципитаты образуются под полоской полиакриламидного геля. Столбик полиакриламидного геля можно также разрезать в поперечном направлении на диски и проанализировать присутствующие в них антигены методом двойной радиальной диффузии 203, 394]. [c.244]

Кроме того, для анализа антигенов применяют принцип простой иммунодиффузии. Лучше всего это сделать, поместив продольно разрезанные цилиндрические столбики геля на поверхность агарового геля, содержащего антитела. Оптимальную концентрацию антител, которую следует внести в гель, определяют в предварительных опытах. Был предложен еще один интересный экспериментальный прием [802]. Полиакриламидный гель формируют в виде полого цилиндра, используя для полимери- [c.244]

Изоэлектрическое фокусирование в геле имеет определенные преимущества по сравнению с ИФ в среде со стабилизованным градиентом плотности. Эти преимущества состоят в следующем 1) сокращается длительность разделения 2) полностью подавляется термическая конвекция 3) применяется простое оборудование для ИФ 4) возможно одновременное разделение нескольких образцов 5) возможно обнаружение с помощью различных красителей и различных методик 6) возможно объединение ИФ и зонного электрофореза в двухмерном варианте 7) достаточно небольшого количества образца 8) возможно обнаружение белков методом иммунодиффузии. Однако при применении геля возникают проблемы, связанные с молекулярноситовым эффектом, который имеет место в основном при разделении больших молекул. Другой недостаток метода — это низкая точность определения pH в зонах. В настоящее время этот метод (сокращенное обозначение ИФПАА или ПАГИФ) является общепринятым и широко используется. В отдельных случаях, согласно данным [73], при проведении дискретного трубчатого электрофореза в полиакриламидном геле доо пска-ется окрашивание. Для снижения молекулярно-сито<вого эффекта рекомендуется [23] концентрация геля 3,7%. Типичный градиент напряжения для 8-часового разделения составляет 200 В на 60 мм. Если тепло отводится, то напряжение можно увеличить и соответственно сократить длительность разделения. Градиент pH можно измерить после разрезания столбиков с гелем и последующего элюирования сегментов небольшим коли- [c.323]

Методы секвенирования различаются в первую очередь по способу радиоактивного мечения, и кроме того по способу вьщеления исходного набора фрагментов. Представленная на рис. 9.8 схема основана на методе, разработанном Максамом и Гилбертом. Рестрикционный фрагмент метят радиоактивным изотопом Р в 5 -конце с использованием [у - Р] АТР и фермента, называемого полинуклеотидкиназа. Затем комплементарные цепи разделяют и в них независимо определяют последовательность нуклеотидов. На рис. 9.8 изображена одна цепь звездочка обозначает радиоактивную метку Р на 5 -конце. Четыре отдельных образца этого фрагмента подвергают действию различных реагентов, в результате чего образуется четыре исходных набора фрагментов различной величины. Фрагменты каждого из этих наборов на 5 -конце содержат радиоактивную метку, а на другом конце - определенный нуклеотид (см. рис. 9.8). (При этом образуются также наборы фрагментов с одинаковыми З -кон-цами, однако, эти фрагменты не попадают в поле зрения исследователя, поскольку не содержат радиоактивной метки). Затем четыре исходных набора фрагментов подвергают электрофорезу в полиакриламидном геле бок о бок . Положение каждого фрагмента в геле можно зафиксировать на обычной рентгеновской пленке. При этом обнаруживается набор полос, каждая из которых соответствует фрагменту определенного размера. Изображенная на рис. 9.8 последовательность фрагментов позволяет прямо с рентгеновской пленки считывать последовательность нуклеотидов, начиная с 5 -конца (т. е. снизу). На рис. 9.9 представлены реальные результаты радиоавтографии геля после электрофореза фрагментов. Как указывается в подписи к рисунку, в действительности нет необходимости в том, чтобы разрезание фрагментов исходного набора производилось по одному и тому же нуклеотиду. [c.273]

Рис, 59. Сравнение градиентов pH и результатов изоэлектрического фокусирования белков в 7,5%-НОМ полиакриламидном геле, проведенного в макро- и микромас[нтабах [420]. Гели содержали амфолины фирмы LKB с pH в интервале 3—10. Кривая представляет собой градиент pH, полученный в макрогеле. Светлые кружки обозначают средние значения pH в каждом кусочке разрезанного микрогеля длиной 1 см, отложенные против расстояний от начала геля до середины каждого кусочка. Темные кружки указывают средние расстояния, пройденные стандартными белками при pH, соответствующих изоэлектрическим точкам. Линии, пересекающие темные кружки, отражают утроенную величину среднего стандартного отклоне,ния. Были использованы следующие белки (в порядке увеличения расстояния, пройденного ими от старта) а-ка-зеин, янчный альбумин, бычий сывороточный альбумин, гемоглобин, химотрип-син, а-химотрипсиноген А, рибонуклеаза. [c.153]

Механические повреждения поддерживающей среды, возникающие, например, при разрезании пластин крахмального геля или при извлечении из трубок столбиков полиакриламидного геля, вызывают сильное светорассеяние, проявляющееся в образовании на денситограмме ложных пиков. Столбики геля действуют как цилиндрические линзы. Поэтому их помещают в стеклянные пробирки с уксусной кислотой и сканируют с помощью хорошо сфокусированного и узкого светового луча. Другой способ состоит в том, что гели вставляют в ячейку, изготовленную из двух параллельных стеклянных пластинок, расстояние между которыми несколько меньше, чем диаметр геля. При этом столбики геля слегка сплющиваются и на них образуются плоские поверхности. Световой луч, используемый для сканирования, должен быть немного уже плоскости геля. [c.192]

Для изучения четвертичной структуры НАД-киназы из скелетных мышц кролика использовали препараты фермента, очищенные в 150—300 раз. Тремя независимыми методами электрофорезом в однородном геле и в градиенте концентрации полиакриламидного геля, путем разделения в тонком слое сефадекса С-200, с помощью гель-фильтрации через колонку с сефадексом С-200 — была обнаружена большая гетерогенность препарата в отношении НАД-киназы [2, 4]. Локализацию фермента в геле определяли по измерению активности в элюатах, полученных после разрезания столбика геля на диски толщиной 2 мм. При это оказалось, что по данным диск-электрофореза в однородном геле ферментативной активностью обладают четыре зоны, характеризующиеся значениями Rf 0,1, 0,52, 0,73 и 0,98. Повторный электрофорез белка с электрофоретической подвижностью, близкой к 1,0, после его элюции и кондентрирования обнаружил несколько белков с более низким, чем у исходного, значением Rf (0,73, 0,52, 0,07). [c.137]