Длинный концевой повтор LTR

Из приведенной достаточно сложной схемы видно, что на протяжении функционирования происходят нетривиальные события. Так, иа первой фазе идет-образование гибридного дуплекса участка R—Us. Если бы в момент обратной транскрипции участка R Us в работу одновременно включилась активность РНКазы Н, мог бы деградировать еще не прочитанный участок геномной РНК и процесс был бы нарушен. Разрешение на включение РНКазы Н должно даваться только по завершении обратной транскрипции на 5 -конце геномной РНК. Нетривиальным событием является скачок, совершаемый геномной РНК после освобождения фрагмента ДНК от РНК. Важным и нетривиальным событием является последующий разрыв геномной РНК в определенной точке перед фрагментом U3, чем задает ся структура длинного концевого повтора. Опять- аки нетрудно заметить, что вопрос о переключении активностей в пределах одного работающего фермента также требует рассмотрения с позиций молекулярной динамики. [c.227]

Откалибруйте шкалу фотометра по D-линии натрия, равной 589 ммк. Для этого поместите некоторое количество эталонного раствора натрия, содержащего 100 у, в аспиратор, зажгите пламя и сделайте отсчет согласно инструкции по обращению с данным фотометром. Ширина щели должна быть достаточной лишь для того, чтобы получить отсчет в верхнем конце фотометрической шкалы. Регулятор длин волн следует установить в положение максимального выходного сигнала, даже если его положение будет отличаться от теоретического значения (т. е. он должен исправлять любую неточность калибровки шкалы длин волн). Повторите измерения с каждым из эталонных растворов натрия, а затем для контроля — с дистиллированной водой. Ширину щели и длину волны оставьте без изменения. После каждого опыта наполняйте аспиратор дистиллированной водой, чтобы промыть каналы горелки. [c.330]

Основные этапы реакции внедрения показаны на рис. 36.7. Они включают образование ступенчатого разреза в ДНК мишени, соединение транспозона с образующимися одноцепочечными концами и заполнение брешей. Образование и достройка ступенчатых концов делают понятным наличие прямых повторов ДНК мишени в сайте внедрения. Расстояние между разрезами на двух цепях определяет длину прямых повторов следовательно, повтор последовательности мишени, характеризующий каждый транспозон, отражает способ действия фермента, вовлекаемого в процесс разрезания ДНК мишени. [c.464]

Рис. 7.15. Схема, демонстрирующая концевую избыточность в геноме фага Т2 и образование кольцевой молекулы ДНК. Каждую из трех молекул можно превратить в любую другую путем циклической перестановки, и оба конца каждой молекулы содержат концевые повторы. Экзонуклеаза III действует на 5 -концы (место действия фермента указано стрелкой), и образовавшиеся комплементарные участки склеиваются , образуя кольцевые молекулы. Если длина отрезанных концов превышает длину повторяющихся участков, то в кольцевой молекуле дуплексный сегмент оказывается обрамленным двумя одноцепочечными участками (брешами). Длина двухцепочечного сегмента (и его состав) совпадает с длиной концевых повторов (см. рис. 7.16).

Рнс. 38.8. Схема длинного диспергированного повтора. Отмечено расположение на концах повтора коротких прямых повторов (ab ) и соответствующих комплементарных [c.70]

I (рис. 10.28). Их длина составляет примерно 5,9 т. п. н., а центральная область, называемая е, фланкирована длинными концевыми повторами размером 330 п. н., называемыми 6. На каждом из концов [c.249]

Когда ретровирусы заражают клетки, их геном, представленный линейной молекулой РНК, копируется с образованием линейной двухцепочечной ДНК при участии вирусного фермента обратной транскриптазы. Эта линейная ДНК содержит вирусные гены, вставленные между двумя прямыми повторами, называемыми длинными концевыми повторами, или ЬТК (рис. 5-33). Линейная ДНК может стать кольцевой в результате гомологичной рекомбинации между ЬТК, при этом в кольце будет содержаться один ЬТК, либо она может стать кольцевой в результате сшивания концов, в этом случае в кольце будет содержаться два ЬТК. Одна из форм внехромосомной ДНК встраивается в хромосому, и образуется типичная интегрированная форма вируса, которая всегда содержит два ЬТК, по одному с каждой стороны от вирусных генов. [c.37]

Решение уравнения (III.32) для бесконечно длинного аппарата (трубы) впервые было получено Виннером. Позже решение этого уравнения с небольшими нюансами повторено в ряде работ [13— 16], среди которых представляет интерес работа [16]. Авторы приняли, что в момент t = 0 в жидкость, протекающую с расходом V по бесконечно длинной трубе, в начальное сечение z=0 экспериментального участка длиной L (рис. П1-7) вводится мгновенно Q трассера. Объем экспериментального участка Van- Количество введенного трассера незначительно по сравнению с Van- Пробы отбираются в конце экспериментального участка. [c.47]

Методика определения температуры плавления очень проста. Небольшое количество чистого вещества тщательно растирают стеклянной палочкой на часовом стекле. Затем берут стеклянный капилляр (внутренний диаметр 0,8—1 мм, длина 50—80 мм), запаянный с одного конца, и открытым концом опускают в вещество. Чтобы вещество переместилось на дно капилляра и уплотнилось, капилляр бросают за-плавленным концом вниз в стеклянную трубку длиной до 70 см, поставленную вертикально на стол. В капилляре должен быть плотный слой вещества высотой до 5 мм. Капилляр с веществом прикрепляют резиновым кольцом к термометру (столбик вещества находится на уровне ртутного шарика) и нагревают колбу со скоростью не более 1 °С в 1 мин. При определении температуры плавления неизвестного вещества нагревание проводят быстрее (до 5—7 °С в 1 мин), а затем определение повторяют, но с более медленным нагрева- ШI нием, особенно вблизи точки плавления. [c.40]

Для отделения центрифугата от осадка пользуются пипеткой с длинным капиллярным концом. Пипетку медленно вводят в раствор так, чтобы жидкость под действием капиллярных сил в нее втягивалась, по кончик пипетки не прикасался к осадку (рис. 36). При наступлении момента, когда жидкость в пипетке больше не поднимается, верхний конец закрывают указательным пальцем правой руки и раствор в пипетке осторожно (избегая взмучивания раствора) переносят в чистую пробирку или колбочку. Центрифугат можно почти полностью удалить из пробирки, если с помощью пипетки повторить несколько раз операцию его отделения. При достаточной уплотненности осадка центрифугат можно отделить простым декантированием. [c.46]

Полученные кристаллы иода измельчают в фарфоровой ступке. Погружая в порошок запаянный с одной стороны капилляр, набивают его иодом. Для уплотнения набивки капилляр периодически сбрасывают на горизонтальную поверхность через вертикально поставленную стеклянную трубку длиной около 0,5 м. Операцию повторяют до тех пор, пока капилляр примерно на V, не будет заполнен иодом. Затем свободный конец капилляра осторожно запаивают в пламени горелки. Массу взятой навески иода определяют по разности веса заполненного и пустого капилляра. Если количество иода в одном капилляре недостаточно для проведения процесса, то в ампулу можно поместить несколько капилляров. После загрузки компонентов и носителя на открытом. конце ампулы делают перетяжку с оливкой. Ампулу вакуумируют до остаточного давления ЫО мм рт. ст. и отпаивают. [c.81]

Бактериальные IS-э. eмeнты — это сегменты ДНК. способные как целое перемещаться с од него места локализации на другое (а). 15-элементы (б), как правило, кодируют белок (белки),, необходимы для их перемещения (транспозиции). По концам элемента расположены инвертированные повторы. необходимые для его транспозиции. разных 18-эле.ментов длина концевых повторов варьирует от 8 до 40 п. н. Повторы. югут быть совершенными или несовершенными. При встраивании в новый участок локализации 18-элементы вызывают небольшую дупликацию ДИК-мишени. часто 5 или 9 п, о Дуплицированные последовательности окружают 15-эле.мент на новом месте с дв х сторон. Разные 18-элементы и.меют длину от 750 до 1600 п. о.] [c.112]

V освободившимся участком РВ за 3 -конец минус-ДНК. Это дает возможность последней продолжить элонгацию до полного считывания 5 -конца начавшей формироваться плюс-цепи. Одновременно плюс-цепь получает возможность элон-гироваться до достижения 5 -конца минус-цепи. Как видно из схемы, при этом на обоих концах линейной двунитевой ДНК возникают идентичные структуры, известные как длинные концевые повторы (long terminal repeats, LTR), с помощью которых происходит встраивание вирусной ДНК в геном. [c.227]

Каждая вирусная частица содержит две копии одноцепочечного РНК-генома, а после проникновения в пермиссивную клетку этот геном переводится в линейную двухнитевую ДНК под влиянием вирусного фермента — обратной транскриптазы. Чтобы интегрироваться в клеточный геном клетки-мишени, линейная ДНК проникает в ядро, где приобретает кольцевидную форму. Интегрированная линейная ДНК-копия ретровирусного генома (провирус) имеет на обоих концах длинные нуклеотидные повторы — LTR (от англ. long termine repeats). 5 LTR несет промотор, с которого начинается транскрипция генов интегрированного провируса 3 LTR-сайт полиаденилирования, где происходит терминация РНК-транскриптов (см. рис. 23). [c.584]

Некоторое представление о том, как функционирует теломера, дают необычные свойства концов линейных молекул ДНК. В популяции трипаносом длина концов молекул рДНК различна. Если проследить за судьбой одного клона, то оказывается, что длина теломеры увеличивается на 7-10 п.н. в расчете на одну генерацию. Еще более показательна судьба теломер инфузорий, введенных в дрожжевые клетки. После репликации в этих клетках к концам повторов Tetrahymena присоединяются теломерные последовательности дрожжевых клеток. [c.354]

Концы линейной ДНК содержат дополнительные последовательности. Сегмент U3 добавляется к 5 -концу сегмент U5-K З -концу. В результате каждый конец ДНК имеет последовательность U5—R—U3 она получила название длинного концевого повтора (LTR). Ее образование связано с реакцией, схема которой представлена на рис. 38.2. Обратная транскриптаза переключает матрицы, перенося образующуюся ДНК на новую. матрицу. На рисунке показано образование одного LTR для образования повтора на другом конце требуется подобное событие. Характерная черта вирусного генома идентичность LTR, находящихся на его концах. Это объясняется их происхождением. З -конец U5 состоит из короткого инвертированного повтора, родственного 5 -концу последовательности U3, в результате чего сама последовательность LTR фланкирована короткими инвертированными повторами. Следовательно, организация ДНК ретровируса напоминает организацию транспозирующихся элементов, подобных opia (см. рис. 37.2). [c.491]

Умеренно повторяющиеся последовательности, присутствующие в количестве менее чем 10 копий на гаплоидный геном, не образуют кластеров, а чередуются с неповторяющимися (уникальными) последовательностями. Они могут быть как короткими, так и весьма протяженными. Длинные диспергированные повторы состоят из 5000—7000 пар оснований и представлены в количестве 1000—100000 копий на гаплоидный геном. Они фланкированы с обоих концов прямыми повторами длиной в 300— 600 пар оснований (рис. 38.8). Во многих случаях длинные повторы транскрибируются РНК-полимеразой II в виде молекул мРНК, содержащих такие же кэпированные 5 -концы, как и мРНК. [c.70]

Ретротранспозоны. Эукариотические мобильные элементы, транспозиция которых происходит при транскрипции или обратной транскрипции, называются ретротранспозонами. Они содержат центральный сегмент, кодирующий среди других белков обратную транскриптазу. У некоторых ретротранспозонов, называемых здесь транспозонами класса I, этот центральный сегмент окружен длинными концевыми повторами (LTR). У ретротранспозонов класса I на одном из концов имеются также короткие инвертированные повторы. По своей структуре, особенностям транскрипции и механизму транспозиции они напоминают ретровирусные провирусы. Отличие состоит в отсутствии жизнеспособных внеклеточных форм. Семейства ретротранспозонов обнаружены у разных беспозвоночных, в частности у дрожжей и Drosophila, а также у растений и некоторых млекопитающих. [c.228]

Скорость вращения увеличивают постепенно после отключения центрифуге дают возможность остановиться. При быстром включении пробирки разбиваются и наносят повреждения центрифуге при быстром торможении осадок снова взмучивается-. Центрифугирование проводят в течение примерно одной-двух минут. Если осадок отделен полностью, жидкость, находящуюся над осадком, осторожно отбирают длинной пипеткой (рис. Д.18). Промывную жидкость добавляют пипеткой с коротким капилляром и осадок взмучивают маленькой мешалкой, которая представляет собой тонкую стеклянную палочку с оплавленым плоским концом (рис. Д. 19). Затем центрифугирование повторяют и т. д. [c.31]

Определение лучше проводить полумикрометодом простейшим вариантом является восстановление на обугленных содовых палочках по Бунзену. Недостатком этого способа является отсутствие налетов оксидов. Для проведения реа1сции необходима сода и деревянные палочки длиной 20—30 см и толщиной 3,5 мм, а также горелка Бунзена. Конец палочки окунают в пасту, полученную смешиванием соды с водой, и нагревают в пламени (операции повторяют несколько раз). Концом полученной таким образом сдовой палочки прикасаются к сухому анализируемому веществу и восстанавливают его в пламени, при этом сода предотвращает горение самой палочки. Обугленный конец вносят в воду, смывают с него уголь и нследуют металлы, как описано выше (восстановление на угле при помощи паяльной трубки). [c.38]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология