Пары оснований неоднозначность

Неоднозначность позволяет этому основанию образовывать водородные связи в нестандартных парах оснований [c.238]

Точка X обозначает Г углеродный атом рибозы, а пунктирная линия — связь, соединяющую этот атом с атомом азота в кольце основания антикодона. Остальные точки со сплошными линиями обозначают положения первых углеродных атомов и их связей с азотом в кольце основания кодона для различных пар оснований, перечисленных внизу справа. (Для простоты пары, содержащие в кодоне И, опущены.) Гипотеза неоднозначного соответствия предполагает, что при взаимодействии третьего положения кодона с антикодоном допустимы три отдаленных нестандартных положения, отклоняющихся от стандартной пары Уотсона -- Крика вверх, вниз и вправо. Три приближенных нестандартных положения, отклоняющихся от стандартного положения влево, недопустимы. [c.448]

Таблица 3.4. Пары оснований, которые могут образовываться согласно теории неоднозначного соответствия

Авторы работы [399] попытались использовать также независимый от критериев способ определения числа водородных связей, основанный на вычислении площади под первым максимумом пика функции распределения расстояния / он(й он). На условность и неоднозначность методов подобного рода для анализа структурных особенностей ансамблей /-структур уже указывалось ранее [386]. Обратим внимание, что применение критерия он приводит к числу водородных связей, равному или даже большему, чем полученное с энергетическим критерием Инв = = 8,37 кДж/моль (2 ккал/моль). Как показывает опыт численного моделирования, среди пар молекул, энергия взаимодействия которых близка к этому значению, встречаются такие, кон- [c.141]

Рис. 7.10. Неоднозначное соответствие при образовании кодон-антикодоновой пары позволяет некоторым основаниям в первом положении антикодона узнавать более чем одно основание в третьем положении кодона.

Ключевым катализатором в данном случае является фермент ДНК-лигаза. Его функции заключаются в репарации повреждений одной цепи двуспиральной ДНК, которые находятся между 5 -фосфатом одного остатка и З -гидроксильной группой его соседа (акцептора). Некоторым лигазам необходим в качестве кофактора АТР другие используют для этой цели различные коферменты. Для того, чтобы расположить 5 -фосфат сегмента донора в непосредственной близости с сегментом акцептора, их отжигают с третьим сегментом, матрицей (splint), который имеет подходящую последовательность оснований, комплиментарную фрагментам донора и акцептора в обратной полярности схемы (3), (4) . На практике должны быть завязаны как минимум по четыре водородные связи между парами оснований каждого сегмента. Для устранения неоднозначности в направлениях комплиментации могут быть сделаны два или три таких связывания одновременно, как это показано для образования отрезка дуплекса (4). Этот нуклеотидный блок фактически соответствует остаткам с 30 по 60 Молекулы аланиновой тРНК установленной Холли последовательности (см. разд. 22.1.3.3), [c.179]

Между тем при взаимодействии между третьими основаниями кодона и антикодона в силу неоднозначного соответствия возможно образование пары между третьим нуклеотидом кодона и более чем одним типом основания антикодона. И ходя из анализа молекулярной структуры оснований с помощью молекулярных моделей. Крик заключил, что неоднозначное соответствие в третьем положении допускает образование нестандартных пар оснований между Г и У, И и У и между И и А (фиг. 222). Следовательно, третье азотистое основание в антикодоне тРНК может узнавать определенный спектр оснований в третьем положении кодона мРНК такие спектры для пяти азотистых оснований антикодона выглядят следующим образом [c.448]

Эта гипотеза постулирует, что образование пары кодон-антикодон в двух первых положениях кодона всегда происходит по каноническим правилам, но в третьем положении возможно качание (неоднозначное соответствие). Объясняется это тем, что конформация антикодоновой петли тРНК допускает значительную подвижность первого основания антикодона. Некоторые пары оснований, предусмотренные гипотезой неоднозначного соответствия, приведены на рис. 7.10. [c.95]

Анализ основан на индивидуальных значениях теплопроводности различных газов и паров. Теплопроводность смеси газов и паров является функцией теплопроводности и концентрации каждого из компонентов смеси. Поэтому термокондуктометрический метод газового анализа неизбирателен. Как правило, функция, связывающая теплопроводность и состав смеси, нелинейна даже для бинарных смесе и не подчиняется правилу аддитивности в ряде случаев она еще и неоднозначна. Поэтому ТП-газоанализаторы градуируются эмпириче-ски. Измерение теплопроводности осуществляется путем определения теплоотдачи проволоки, нагреваемой электрическим током и помещенной в контролируемую смесь газов и паров. О перепаде температуры проволоки судят по изменению электрического сопротивления последней. Выходной электроизмерительный прибор схемы измерения сопротивления градуируется в единицах концентрации соответствующего компонента газовой смеси. [c.606]

Происходит ли гибридизация в том или ином конкретном случае, непосредственно установить нельзя, и зто решается на основании косвенных соображений, исходя главным образом из пространственного строения рассматриваемой молекулы. Простейший пример возможной неоднозначности подобного решения дает молекула воды. Если считать, что для связей с атомами водорода в ней используются две /г-орбитали атома кислорода (без гибридизации с р- и s-орбиталями свободных электронных пар), то следовало бы ожидать ZНОН равным 90°, С другой стороны, при полной гибридизации всех внешних орбиталей атома кислорода ZHOH следовало бы ожидать равным 109,5° (как в СН4), Экспериментально определен ZHOH = 104,5°, [c.545]

Амфотерный характер иона карбония в концепции ЖМКО предполагает способность на стадии роста к взаимодействию по типу мягкая кислота - мягкое основание и жесткая кислота - жесткое основание. Предельные случаи - реакции свободных катионов в газовой форме, где сольватация может осуществляться только субстратом и рост цепи по эфирной связи, например М-ОСЮ3. Для относительно устойчивого иона карбония из изобутилена эффективный рост цепи обеспечивается предпочтительностью реакции с мягким основанием - мономером по сравнению с более жесткими основаниями (противоион и другие). Важно, что условия конкуренции меняются по ходу полимеризации вследствие расхода мономера, изменения состояния катализатора и других процессов. Неблагоприятная вначале реакция карбкатиона, например с противоионом или его фрагментом, может стать выгодной к концу процесса. Видимо, по этой причине происходит дезактивация АЦ, вследствие чего полимеризация изобутилена во многих случаях не доходит до полного исчерпания мономера. Поэтому правильнее не конкретизировать состояние ионной пары, а говорить о неопределенности этого понятия, подразумевая неоднозначную роль противоиона во время роста полимерной цепи. Следовательно, термины свободный ион карбония и, соответственно свободный противоион , применяемые в отношении роста цепи при вещественном инициировании катионной полимеризации, весьма условны. Известная низкая способность к сольватации объемных противоионов в катионной полимеризации объясняет непринципиальное влияние полярности растворителя на стадии роста цепи. Аналогично комплексование противоиона с электроноакцепторными соединениями или введение солевых добавок с одноименным (катализатору) анионом, судя по сравнительно небольшому увеличению значений молекулярной массы полиизобутилена [217], мало изменяет поведение ионной пары. Полезную информацию о роли противоионов на стадии роста дают квантово-химические расчеты взаимодействия карбкатиона с мономером [218]. Учитывая конкурентный характер реакции мономера и противоиона с АЦ, переходное состояние стадии роста можно представить по типу реакций нуклеофильного замещения 8 ,2 [c.87]

Алгоритм расстояний является одним из наиболее эффективных. Он основан на том, что полная структура молекул описывается согласно данным о межатомных расстояниях. Возможная степень неоднозначности, связанная с вращениями и, как следствие, с изменениями диэдральных углов, задается в таких системах указанием максимальных и минимальных расстояний. Так как ЯЭО позволяет определять максимальные межатомные расстояния, то в этом методе можно использовать данные, полученные с помощью ЯМР. В ряде случаев метод расстояний оказывается достаточно эффективным. Возможность проверки правильности выбранной структуры состоит в том, чтобы исходя из данных рентгеноструктурного анализа рассчитать данные по ЯЭО. С этой целью прежде всего необходимо определить расстояния, которые соот-ветствуютожидасмымиз данныхпоЯЭО. Из результатов рентгеноструктурного анализа можно выбрать все пары протонов, которые находется на более близких расстояниях, чем те максимальные расстояния, которые можно в принципе определить из данных по ЯЭО. Для того чтобы максимально приблизить оценки к реальным условиям, необходимо провести дополнительное разделение ожидаемых значений интенсивности по классам и определить, например, сильный, средний и слабый ЯЭО для расстояний менее 0,25 нм, от 0,25 до 0,3 нм и от 0,3 до 0,4 нм соответственно. Для того чтобы надежно смоделировать структуру, необходимо располагать достаточным числом экспериментальных данных. В противном случае, если из эксперимента получены не все данные по ЯЭО, то провести полный расчет не удается. [c.141]

Амфотерный характер иона карбония в концепции ЖМКО предполагает способность на стадии роста к взаимодействию по типу мягкая кислота-мягкое основание и жесткая кисло та-жесткое основание. Предельные случаи-реакции свободных катионов в газовой фазе, где сольватация может осуществляться только субстратом и рост цепи по эфирной связи, например М-ОСЮ3. Для относительно устойчивого иона карбония из изобутилена эффективный рост цепи обеспечивается предпочтительностью реакции с мягким основанием-мономером по сравнению с более жесткими основаниями (противоион и другие). Важно, что условия конкуренции меняются по ходу полимеризации вследствие расхода мономера, изменения состояния катализатора и других процессов. Неблагоприятная вначале реакция карбкатиона, например с противоионом или его фрагментом, может стать выгодной к концу процесса. Видимо по этой причине происходит и дезактивация АЦ, вследствие чего, полимеризация изобутилена во многих случаях не доходит до полного исчерпания мономера. Поэтому правильнее не конкретизировать состояние ионной пары, а говорить о неопределенности этого понятия, подразумевая неоднозначную роль противоиона во время роста полимерной цепи. Следовательно, термины свободный ион карбония и, соответственно, свободный противоион , применяемые в отношении роста цепи при вещественном инициировании катионной полимеризации, весьма условны. Известная низкая способность к сольватации объемных противоионов в катионной полимеризации объясняет не принципиальное влияние полярности растворителя на стадии [c.62]

Ограничение, не достигаемое при использовании обычных правил, возможно при наличии в антикодоне 2-тиоуридина. Эта модификация не нарушает способности основания образовывать пару с А, но не допускает его участия во взаимодействии с G, возможном по правилам гипотезы неоднозначного соответствия. [c.97]

Почти для всех тРНК предсказания гипотезы неоднозначного соответствия хорошо согласуются с имеющимися данными. Но существует ряд исключений, при которых тРНК образует пары, не предусмотренные правилами гипотезы, или же когда невозможно спаривание с одним из кодонов, хотя гипотезой это разрешено. Вероятно, эти эффекты обусловлены влиянием соседних оснований или (и) конформационными изменениями в антикодоновой петле. Действительно, самой идее, заложенной в основу гипотезы неоднозначного соответствия, присуще представление о важности структуры антикодоновой петли. Дальнейшее исследование этого вопроса подтвердило и то, что ближайшее окружение влияет на способность антикодона узнавать кодоны. Были получены спонтанные мутанты, несущие замены оснований в других, не антико- [c.97]

Оставшиеся кодоны распределяются по парам, в которых кодоны, заканчивающиеся пиримидинами, прочитываются основанием G, находящимся в антикодоне, а все кодоны, заканчивающиеся пуринами, прочитываются основанием U в антикодоне, согласно предсказаниям гипотезы неоднозначного соответствия. Сложность с уникальными кодонами UGG и AUG в митохондриях млекопитающих полностью устраняется в результате изменений в генетическом коде, обусловленных действующими там правилами считывания кодон UAG прочитывается наряду с UGG как триптофан, тогда как AUA больше не кодирует изолейцина и узнается наряду с AUG как метионин (см. гл. 4). В результате все не вошедшие в семейства кодоны подразделяются на 14 пар по способности взаимодействовать с молекулами тРНК. [c.97]

Так, X и X должны быть либо А и U (или и и А), либо G и С (или С и G). Из этой модели следует, что каждый антикодон может узнавать только один кодон. Однако факты, которыми мы располагаем, противоречат этому. Некоторые выделенные в чистом виде молекулы тРНК могут узнавать более одного кодона. Например, дрожжевая алани-новая тРНК, изученная Холли, связывается с тремя кодонами G U, G и G A. Только первые два основания этих кодонов одинаковы, третье различается. Может быть, узнавание третьего основания кодона иногда менее избирательно, чем узнавание двух других Общая картина вырожденно-сти генетического кода показывает, что дело может обстоять именно так. XYU и XY все а кодируют одну и ту же аминокислоту, а XYA и XYG обычно имеют одинаковый смысл. Исходя из этих данных, Крик предположил, что на спфивание третьего основания должны накладываться менее строгие стерические ограничения, чем нас пари вание двух других. Были построены модели различных вариантов спаривания оснований, чтобы определить, какие из них сходны со стандартными А—U- и G—С-парами в отношении расстояния и угла между глико-зидными связями. В это исследование был включен инозин, так как он встречается в некоторых антикодонах. Если предположить, что в спаривании третьего основания кодона допустима некоторая стерическая свобода ( качание , или неоднозначное соответствие), то комбинации, приведенные в табл. 272, кажутся вполне возможными. [c.94]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология