Дендрограмма

Я), то можно объединить все процессы в один класс. В результате описанной процедуры генерируется иерархическое дерево или дендрограмма (рис. 3.4). Алгоритм иерархической процедуры классификации технологических процессов (в смысле сходства используемого аппаратурного оформления) состоит из трех многократно повторяющихся шагов [c.176]

Рис. 12.5-10. Дендрограмма для данных клинических анализов из табл. 12.5-1.

Проделанную процедуру можно графически представить в виде дендрограммы (рис. 12.5-10). Вопрос о числе кластеров можно решать с разных позиций. Часто желаемое число кластеров задают заранее. Это как раз и есть наш случай, где число кластеров определяется числом заболеваний, которые необходимо диагностировать. В других случаях исходят из заранее заданного максимально допустимого расстояния между членами одного класса. [c.533]

Другим подходом, который можно использовать как для получения хороших начальных положений для итерационной оптимизации, так и для самостоятельного решения, является так называемая иерархическая группировка. Классические примеры иерархической группировки можно найти в биологии, где индивидуумы группируются в виды, виды — в роды, роды — в семейства и т. д. Для любой иерархической классификации существует соответствующее дерево, называемое дендрограммой, которое показывает, как группируются объекты. Дендрограмму целесообразно изображать в масштабе, чтобы численно показать подобие между группами, которые объединяются. Благодаря простоте понятий и наглядности иерархические процедуры группировки относятся к наиболее известным методам. [c.117]

Число используемых неподвижных фаз очень велико, поэтому определенное удобство представляет дендрограмма (объединение в группы по родственным признакам) 226 неподвижных фаз, составленная на основании близости индексов Мак-Рейнольдса по 10 эталонным веществам [17]. Использование дендрограммы позволяет выбрать необходимую неподвижную фазу из группы аналогичных в зависимости от верхнего температурного предела использования и степени доступности. [c.8]

В дендрограмме (иерархическое дерево) ветки на концах представляют отдельные штаммы, а разветвления отражают степень сходства между штаммами и фенонами (рис. 3). [c.8]

Рис. 4 иллюстрирует сходство 13 штаммов при помощи вроцлавской дендрограммы. Как видно, длины отрезков между штаммами обратно пропорциональны общему сходству штаммов. Штаммы с самым малым числом дифференцируемых признаков, т. е. те, которые имеют самое большое количество общих признаков, находятся на наиболее близком расстоянии друг от друга (рис. 4). Из этого рисунка ясно, что при коэффициенте сходства (S), равном 80—89%, имеет место соединение групп I и И через штаммы 9 и 8. Таким образом, сходство между этими группами такое же, как между штаммами внутри группы И. Поэтому выделить такие две группы нельзя. Из рис. 4 нельзя также сделать вывода о том, каково сходство между штаммами 4 и 8 или 7 и 11. [c.9]

Сокращение дифференцирующих признаков и чертеж дендрограммы штаммов. [c.11]

На основании значения коэффициентов расстояний, собранных в таблице, и опираясь на самые близкие связи между штаммами, была начерчена дендрограмма. [c.12]

Полученная дендрограмма включает 12 основных групп, из которых 7 находятся на главной оси, а 5—на ее разветвлениях. В 12 группах заключается 221 штамм (74% исследованных штаммов) штаммы сгруппированы неравномерно (от 7 до 32). Оставшиеся 37 небольших групп охватывают 79 штаммов, что составляет 26% исследуемых. Группы эти охватывают по несколько штаммов или даже одиночные штаммы (от 1 до 5). [c.14]

В результате анализов, проводимых в исследованиях по нумерической таксономии, составляют матрицы сходства, содержащие информацию о связях между штаммами. На основе результатов вычисления сходства можно провести кластерный анализ с целью распределения штаммов в иерархическом порядке в соответствии со степенью общего сходства. Для кластерного анализа подсчитывают индексы сходства во всех возможных парах OTE в пределах объема полученных данных. С помощью простого метода односторонней связи матрицу данных сканируют для определения пары организмов с наибольшей степенью сходства (S) [Ю]. Затем матрицу вновь сканируют с целью выявления пар OTE со следующими по величинам значениями 5. Такой парой могут быть организмы, примыкающие к начинающему вырисовываться кластеру. Если один из штаммов, входящих в пару, уже был отнесен к существующему кластеру, то другой также можно отнести к последнему. Матрицу данных сканируют с помощью компьютера до тех пор, пока все штаммы не будут перенесены в соответствующие кластеры. Таким образом штаммы распределяют в иерархическом порядке и составляют матрицы сходства и дендрограммы (см. ниже). [c.106]

Были определены последовательности 350 нуклеотидов от З -конца гена НА и предсказанных последовательностей аминокислот 32 вирусов гриппа типа А, включая и представителей каждого из 13 известных подтипов НА [1, 42]. Остатки цистеина и другие определенные аминокислоты сохраняются во всех последовательностях. Это указывает, что 13 подтипов НА происходят от общего прародителя, и что они имеют общую основную структуру, Нри парном сравнении частичных аминокислотных последовательностей наиболее удаленными друг от друга подтипами оказались Н1 и НЗ (25% гомология). Другие подтипы были похожи друг на друга наибольшая гомология была обнаружена между Н2 и Н5 (80%). Связь между частичными последовательностями показана на дендрограмме (рис. 28). [c.148]

Дендрограмма, показывающая связь между N-терминальными последовательностями аминокислот НА1, выведенными из геномных последовательностей вирусов, представляющих 13 известных подтипов. Последовательности были выстроены в ряд с использованием аминокислот, которые не изменяются в определенных положениях для всех последовательностей (положение аминокислоты от N-конца большинства подтипов Цис 4, Гли 6, Тре 18, Вал 26, Цис 42, Цис 55, Гли 63, Про 65, Цис 67, Глу 81). Различия последовательности всех попарных сравнений выстроенных последовательностей в процентах, начиная с N-терминального Асп или соответствующей аминокислоты, были использованы для расчета дендрограммы. Таким образом, места расположения каждого разветвления в дендрограмме указывают основное различие последовательности для связанных через эту точку последовательностей. [c.149]

Дендрограмма, показывающая связь между N-терминальными последовательностями аминокислот НА1, выведенными из геномных последовательностей вирусов, представляющих 13 известных подтипов. Последовательности были выстроены в ряд с использованием аминокислот, которые не изменяются в определенных положениях для всех последовательностей (положение аминокислоты от N-конца большинства подтипов Цис 4, Гли 6, Тре 18, Вал [c.149]

Рнс. с.4. Дендрограмма классификации технологических процессов по аппарат рному подобию [c.177]

Например, в [результате описанной здесь процедуры полу 1еиа дендрограмма, изображающая степень сходства шести технологических процессов по их аппаратурному оформлению (см. рис. 14). Из рисунка видно, что при уровне 0,75 сходными между собой являются технологические процессы 1, 2, 3 и 4. [c.177]

Рис. 3. Сходство 13 ттаммов, представленное в виде дендрограммы

Сходство штаммов в образованных фенонах можно представить в виде табл. 1, или — графически — в виде диаграмм (рис. 1, 2), или дендрограммы (рис. 3) на примере 13 штаммов (Lessei, Holt, 1970). [c.8]

На дендрограмму, отражающую сходство признаков, наносили последовательно свойства, которые считали самыми важными окраска Еоздушного мицелия, различные типы спороносцев и поверхности спор, а также образование пигмента типа меланина. Было установлено, что у отдельных групп штаммов чаще всего совпадают признаки в такой последовательности структура спороносцев (рис. 6), тип поверхности спор (рис. 7) и окраска воздушного мицелия (рис. 8). Способность же образования пигмента типа меланина обнаруживалась во всех группах (рис. 9). [c.13]

Рис. 7. Размещение на дендрограмме штаммов Streptomy es по сходству поверхности спор (четыре типа)

После селекции признаков до 21 было упорядочено множество пэ отношению к центральной точке (P ), а затем установлена секвенция диффендирующих свойств, проведено двукратное сокращение признаков (до 7) и начерчена дендрограмма сходства групп штаммов (рис. 10). [c.14]

Полученная после второго сокращения дендрограмма является окончательным упорядочением множества 300 щтаммов актиномицетов, классифицированных при помощи семи сильнее всего коррелирующих морфологических и культуральных (физиологических) признаков, а именно спороносцев типа Re tus — Flexibilis и Spira, поверхности спор — гладкой и с шипами, окраски воздушного мицелия — серой и желтой, а также оранжевой окраски субстратного мицелия. [c.14]

Рис. 8. Размещение на дендрограмме штаммов 5кер1отуое8 по сходству окраски (семь типов)

Рис. 9. Размещение на дендрограмме штаммов Streptomy es по способности образовывать пигмент типа меланина

Рис. 10. Дендрограмма, отражающая сходство групп штаммов рода Streptomy es

Наряду с рассортированными матрицами сходства с помощью компьютера можно получать и дендрограммы (рис. 21.1, В, Г). Дендрограмму, или разветвленную диаграмму, изображенную на рис. 21.1, В, обычно составляют, связывая пару или группу организмов наивысшими значениями 5. Упрощенная диаграмма (рис. 21.1, Г) иллюстрирует взаимосвязь между группами штаммов и отражает результат анализа очень большого набора данных. Дендрограммы, составленные на основе результатов анализа фенетических данных, не обязательно отражают филогенетические связи между организмами (т. е. связи, основанные на происхождении), и поэтому их нельзя рассматривать в таком качестве без специальных молекулярно-генетических доказательств, которые получают в процессе многоплановых таксономических исследований [10]. [c.108]

Кластеры выделяют на основе общего сходства. По рассортированным матрицам сходства и дендрограммам (рис. 21.1, Б) выделяют кластеры сходных штаммов и оценивают сходство между кластерами. Группы штаммов можно охарактеризовать далее, составив таблицу частоты встречаемости каждого признака среди членов группы. Так, можно составить идентификационные таблицы на основе отобранных дискриминирующих признаков для всех групп с целью последующей диагностики вновь выделенных изолятов. Можно вычислить средний, наиболее типичный для каждой группы микроорганизм. Этот гипотетический средний организм (ГСО) обладает признаками, представленными по крайней мере у 50% членов группы [11]. Члены однородных групп характеризуются более высокими значениями S, чем ГСО. Штаммы, имеющие лишь частичное сходство с иесколькнми членами группы, можно исключить из нее нли изучить их более подробно, чтобы точно установить [c.108]

Подробное изучение родства в последовательности для генов НА 43 штаммов вируса гриппа 13 известных подтипов было независимо проведено разными группами авторов 3, 53, 128]. Для этого определяли последовательности 300 нуклеотидов на З -конце 4-го сегмента РНК, кодирующ его НА. На рис. 18 представлена дендрограмма, построенная по методу расчета различий в выведенных последовательностях аминокислот. При определении полной последовательности генов НА1 и НА2 было показано, что они высокородственны i[55]. Однако различий для разных подтипов оказывается больше, чем для генов в пределах одного подтипа. Некоторые аминокислоты, в особенности остатки цистеина, полностью сохраняются у НА различных подтипов, что указывает на происхождение этих генов от одного прародителя [3]. [c.107]

Кластерный анализ спектров потребления субстратов (рис. К позволил выявить естественную классификационную структур изученных образцов на основе микробиологического фактор Структура дендрограммы подчеркивает обособленность пахотны горизонтов и сходство их между собой для всех изученных разносте Интересен тот факт, что второй гумусовый (ВВГ) горизонт Н согласи полученной классификации относится к группе пахотных горизонто Это подтверждает гипотезу о связи его происхождения с процессам деградации единого тумусо-аккумулятивного горизонта серой лесно почвы в результате земледельческой практики, а н с палеокриоморфизмом, как это постулировалось ранее. [c.34]

Проведенный кластерный анализ позволил дополнительно классифицировать микробные сообщества почв с различными уровнями нагрузки (рис.30). На полученных дендрограммах выделяется два функционально различных кластера увеличение концентрации юросина до 5 мл/100 г почвы не вызывает серьезных качественных изменений в сообществе загрязненной почвы по сравнению с контролем и соответствует некоторому оптимальному интервалу существования сообщества, адаптированного к деструкции углеводородов. [c.65]

Все чаще для идентификации бактерий предлагают дендрограммы, показывающие взаимоотношения между бактериальными родами, видами или штаммами на основании изучения последовательности нуклеотидов (или олигонуклеотидов) в рРНК, а также ДНК—ДНК и ДНК—рРНК гибридизации. Однако различия в темпе эволюции у разных групп организмов, а также трудоемкость и дороговизна этих методов, не дают возможность использовать только филогенетический подход для систематики бактерий. Более того, идентификация бактерий до родов на основании только генетических методов без предварительного изучения их фенотипических характеристик часто вообще невозможна. Поэтому лучшим подходом в работе по систематике бактерий является изучение как генотипических, так и фенотипических свойств. В случае несоответствия между филогенетическими и фенотипическими данными приоритет временно отдают последним. [c.198]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология