Коэффициент сходства

Коэффициент сходства пальмитиновой 11 и стеариновой 12 кислот с их парамагнитными моделями 13 и 14 / =0,435, т. е. между ними больше различия, чем сходства. Как видно, приведенные выше данные по общему включению спин-меченых жирных кислот при биосинтезе фосфолипидов находятся в соответствии с коэффициентом сходства. Эту тенденцию подтверждают и данные по кон- [c.130]

Элемент матрицы 5— ц называется коэффициентом сходства. Примером коэффициента сходства является коэффициент [c.245]

АТР. В случае парамагнитных моделей АТР коэффициенты сходства были вычислены для синтезированных нами радикалов 5 (нитроксил при у-фосфатной группе АТР [34 ) и 6 (нитроксил при 2 (З )-гидроксильной группе [35]). [c.128]

Матрица сходства (табл. 3) показывает, что в зтом случае модель 5 чрезвычайно близка к АТР, а коэффициент сходства 6 с АТР - 0,747. [c.129]

Коэффициент сходства модели 8 с 2, 3 -цикло-АМР 7 / =0,735. Расхождение в скорости расщепления РНКазой фага Та (за 24 ч) хорошо совпадает с оценкой сходства 7 расщепляется на 90 %, а 8—-на 76 % [38]. [c.130]

Коэффициент сходства радикала 10 с соединением 2, 3 -цикло-ЦМР (9) / =0,730. Расхождение в скорости расщепления панкреатической РНКазой (5 ч) хорошо соответствует оценке структурного сходства если скорость расщепления 9 принять за 100%, то для 10 скорость расщепления будет 85%. Таким образом, удовлетворительное совпадение изменений в биологической активности с оценкой сходства позволяет сделать заключение, что радикалы 8 И 10 могут быть использованы как адекватные спин-меченые производные циклофосфатов. [c.130]

Скорости гидролиза этих веществ (в пределах 10% ошибки) равны, т. е. модификация большой молекулы нитроксилом в данном случае мало сказывается на активности. В этом примере видно, как наличие неизменной части молекулы достаточно больших размеров влияет на значение коэффициента сходства. Введение метки в свободную жирную кислоту (см. выше) дает модель, сходную с оригиналом лишь с / =0,435. Однако если эта же спин-меченая кислота — часть молекулы фосфатидилхолина, то сходство модели с оригиналом возрастает до 0,687. [c.131]

Коэффициенты сходства препарата 25 и радикалов 26 и 27 равны соответственно 0,846 и 0,769 (табл. 4). В табл. 5 приведены [c.133]

Приведенные выше примеры показали, что вычисление коэффициента сходства парамагнитных моделей с оригиналом позволяет приближенно оценить степень изменения структуры при введении метки в молекулу. Однако судить об изменении биологической активности модели по сравнению с оригиналом по величине коэффициента сходства можно лишь ориентировочно, учитывая ограничения метода. [c.134]

Несмотря на сходство с билирубином лишь одним элементом химической структуры — двумя карбоксильными группами, радикал 38 оказался в данном случае полезной парамагнитной моделью билирубина. Этот факт может говорить о том, что при низком коэффициенте сходства нитроксильные радикалы могут быть функциональными моделями биологически активных соединений. [c.137]

Как видно, этот радикал, как и гексахлорэтан 40, также обладающий камфорным запахом, не имеют общих элементов структуры с камфорой — коэффициент сходства равен нулю. [c.137]

Кроме того, поскольку объем информации постоянно возрастает, значение коэффициента сходства может меняться в сторону увеличения (при обнаружении новых одинаковых признаков) или уменьшения (при увеличении числа несовпадающих признаков). Нумерическая таксономия может быть полезна при оценке степени сходства между таксонами невысокого ранга (виды, роды), но прямого отношения к созданию филогенетической системы прокариот не имеет. [c.157]

Для попарного сравнения пользуются коэффициентом сходства (величиной 8). Он определяется следующим образом [c.87]

Все многочисленные альтернативные методы, которые были предложены [2, 12, 231 как средства для классификации состояния процесса по сходству и различию соответствующих индикаторов, имеют две главные общие особенности. Во-первых, каждый метод требует количественного определения, или меры, относительного сходства между состояниями процесса. Во-вторых, при заданных количественных показателях сходства, требуется алгоритм для вычисления коэффициентов сходства, с тем чтобы обнаружить однородные группы, или классы. Для любого метода определения сходства при наличии многих переменных существует ряд различных алгоритмов классификации. И наоборот, частный алгоритм классификации обычно может быть применен к нескольким из ряда различным показателям сходства профилей. Здесь мы касаемся только тех методов, которые используют количественные измерения. Такие методы, как анализ скрытых классов , которые приспособлены специально для использования качественных показателей, обсуждаться не будут. Однако необходимо помнить, что имеются специальные методы для решения задач классификации, включающих категорийные или качественные переменные. [c.250]

Существует также более формальная нумерическая таксономия, где все признаки альтернативны и имеют одинаковый вес . Это позволяет дать количественную оценку степени сходства и различия организмов путем вычисления коэффициентов сходства или соответствия. Для использования нумерической классификации необходимо как можно полнее изучить фенотипические признаки микроорганизма, так как от этого зависит точность помещения его в данную группу. [c.12]

Два первых основываются на вычислении коэффициентов сходства с применением техники Q, а два других — на вычислении коэффициентов корреляции с применением техники R. [c.6]

Обычно вычисленные коэффициенты сходства выражают в процентах и сопоставляют в таблице, называемой матрицей коэффициентов сходства щтаммов. [c.7]

Из диаграммы квадратов видно (рис. 1) для каждой пары штаммов значение коэффициента сходства на пересечении квадратов, причем чем выше коэффициент сходства, тем больше затемнение квадратов. Интенсивность окраски указывает на степень сходства. На диаграмме (см. рис. 2) в виде столбиков горизонтальные линии характеризуют наикратчайшую связь между отдельными штаммами при самых больших значениях коэффициента сходства. [c.8]

Таблица 1 Значение коэффициентов сходства (в %)

Рис. 4 иллюстрирует сходство 13 штаммов при помощи вроцлавской дендрограммы. Как видно, длины отрезков между штаммами обратно пропорциональны общему сходству штаммов. Штаммы с самым малым числом дифференцируемых признаков, т. е. те, которые имеют самое большое количество общих признаков, находятся на наиболее близком расстоянии друг от друга (рис. 4). Из этого рисунка ясно, что при коэффициенте сходства (S), равном 80—89%, имеет место соединение групп I и И через штаммы 9 и 8. Таким образом, сходство между этими группами такое же, как между штаммами внутри группы И. Поэтому выделить такие две группы нельзя. Из рис. 4 нельзя также сделать вывода о том, каково сходство между штаммами 4 и 8 или 7 и 11. [c.9]

При проведении анализа пользуются коэффициентом сходства. Имеется большой выбор таких коэффициентов [I, 5, 7, 8], однако в нумерической таксономии бактерий наиболее широко используются два из них. Простой коэффициент соответствия (5 лг) определяется [14] уравнением [c.105]

В этой части будут рассмотрены конкретные примеры приложения метода анализа структурного сходства к модификации нитроксильными радикалами [1] группы биологически активных соединений как природного происхождения, так и синтетических. После такой модификации исходная активность может сохраниться или измениться в результате модификации может также появиться новый вид активности [4, 5]. Все примеры расположены в порядке упрощения химической структуры. В случаях, когда анализируемая группа состоит из более чем двух соедхшений, коэффициенты сходства подсчитаны для всех пар соединений, а результаты представлены в виде таблиц — матриц сходства. Коды всех обсуждаемых в работе веществ даны в приложении. [c.127]

Даже для наиболее далекой от оригинала модели коэффициент сходства составляет 0,727. Биологическое действие этих соединений оценивалось по константе ингибирования фермента — Na, К-АТРазы из почек свиньи. Величины констант для ряда 1, 2, 4 составили соответственно 6,25 10 5,80-10" , 4,30.10 31 ]. Как видно, наиболее близкая модель 2 по активности почти не отличается от 1. Константы ингибирования 3 и 4 несколько возрастают по мере удаления от оригинала. По-видимому, замещение при 3—ОН-группе строфантидина менее сказывается на его активности. Это согласуется с тем фактом, что большинство активных кардиостероидов — гликозиды именно по гидроксилу в положении 3 кольца А. Процент ингибирования АТРазы при концентрации 2-10" М в том же ряду изменяется так же I (94 %), П (96 %), 111(98 %) и IV (97 %). [c.128]

Биологическое действие в этом случае оценивалось по скорости гидролиза вещества Са-АТРазой или миозином. Вещество 5 вообще не гидролизуется, а 6 гидролизуется со скоростью, составляющей 10 % (Са-АТРаза) или 30 % (миозин) от скорости гидролиза АТР, Хотя коэффициент сходства с АТР у модели 6 меньше, чем у 5, но она все же сохраняет способность гидролизоваться ферментом. В данном случае это расхождение эксперимента с расчетом можно объяснить тем, что в модели 5 метка связана непосредственно с гидролизуемой фосфорной частью и блокирует ее гидролиз, а в 6 она отделена от зтого активного участка молекулы. [c.129]

Коэффициент сходства радикала 19 с сиднокарбом / =0,750. Хотя сходство достаточно велико, фармакологическая активность модели в данном случае сильно падает и составляет 7 % от активности оригинала 18. Вероятно, замена бензольного кольца на метку происходит в фармакофорной части молекулы, весьма существенной для биологического действия. Это приводит к более существенному изменению структуры, чем это оценено нашими методами. [c.132]

Главная причина расхождений фармакологических и биологических экспериментов с расчетной оценкой в том, что использованный в данной рабо ге метод подсчета коэффициента сходства является простейшим. Он не учитывает того, что сходство и различие между структурами биологически активных веществ зависит не только от количества совпадающих или несовпадающих структурных фрагментов, но и от значимости этих фрагментов для биологической активности. Также как замена одной буквы в слове меняет смысл этого слова по-разному в зависимости от того, произошла замена в корне слова или в других его частях, так и изменение одного структурного фрагмента в молекуле скажется по-разному в зависимости от того, является ли он частью фарма-ко ра или нет. [c.135]

Нами разработан и применяется в прогнозировании биологической активности летод вычисления взвешенного коэффициента сходства [17]. Этот метод отличается от использованного здесь тем, что каждому дескриптору сравниваемых соединений придается-весовой коэффициент тем больше, челг выше значимость этого дескриптора для какой-либо биологической активности. Эти весовые коэффициенты определялись путем статистического исследования упомянутого выше банка данных [10]. Однако в данной работе нельзя было воспользоваться этим методом вычисления сходства, так как при кодировании соединений использована новая версия 1эьгка ФКСП, а банк данных составлен в первоначальной версии. Можно лишь предположить, что оценка изменений биологической активности спии-меченых соединений по взвешенному коэффициенту сходства лзпппе совпадала бы с экспериментальными данными. [c.135]

Бнлирубии. Несмотря на то что структуры метаболита гемоглобина-билирубина 37 и нитроксильного радикала 38 существенно отличаются друг от друга (коэффициент сходства равен 0), нитроксил 38, как было найдено, специфически взаимодействует с били-рубинсвязывающими участками сывороточного альбумина человека и был использован для количественной оценки резервной способности крови человека связать билирубин. [c.136]

Первые предложенные схемы классификации бактерий были крайне субъективны. Это привело группу систематиков бактерий к использованию иного подхода для определения степени сходства между прокариотами — нумерической систематики. В основе ее лежат идеи, сформулированные в середине ХУП в. французским ботаником М.Адансоном (М.Ас1ап80п, 1727—1806) все признаки объекта считаются равноценными при описании исследуемого объекта используется максимальное количество признаков, которые могут быть изучены и определены степень сходства устанавливается на основании количества совпадаюших признаков и выражается в виде коэффициента сходства. Последний для двух сравниваемых штаммов получают путем определения отношения числа одинаковых признаков к общему числу изученных признаков. Значение коэффициента сходства меняется в диапазоне от 1 (полная идентичность) до О (несовпадение ни по одному изученному признаку). [c.157]

По целому ряду свойств на молекулярном уровне, и прежде всего по анализу 16 — 185 рРНК, выявленные три группы живых организмов значительно различаются между собой, что привело исследователей к выводу о приблизительно одинаковом эволюционном расстоянии между ними. На основании анализа 165 рРНК сделаны также первые попытки выяснить филогенетические взаимоотношения в группе эубактерий. Все изученные эубактерии в соответствии с вычисленными коэффициентами сходства оказались распределенными на 10 эволюционных ветвей. Наиболее неожиданный результат — обнаружение фотосинтезирующих эубактерий в 5 ветвях из 10, позволяющее сделать заключение о большем их родстве с определенными нефотосинтезирующими эубактериями, чем между собой. Это позволяет по-новому подходить к проблеме происхождения разных видов фотосинтеза и фотосинтезирующих эубактерий. [c.163]

Фиксирование сходства заключается в определении соответствующих признаков (S+), несогласных (S") к разницы (б) у поочередно сравниваемых особей (техника Q). Есть различные методы вычисления коэффициента сходства. Часто применяют коэффициент Жоккарда [c.6]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология