Фрагментация пептидной связи

Фрагментация пептидной связи [c.192]

Иные возможные элементарные фотохимические повреждения в белке — разрывы полипептидной цепи, фотолиз других алифатических, гетероциклических и ароматических аминокислот — не вносят решающего вклада в инактивацию. Так, гипотеза об инактивации белков через разрыв пептидных связей оказалась несостоятельной по следующим причинам 1) согласно Мак Ларе-ну, квантовый выход фотолиза пептидной связи не превышает 0,0003, что, по крайней мере, на порядок ниже квантового выхода инактивации белков 2) при облучении химотрипсина и лизоцима даже такими дозами УФ-света, которые приводят к почти полной инактивации, заметного увеличения количества свободных аминогрупп не наблюдается. И только длительное облучение уже денатурированных (инактивированных) белков сопровождается их фрагментацией в результате прямых разрывов полипептидной цепи. [c.252]

Преимущество этого метода в том, что нет необходимости получать производные, однако чувствительный к окислению энантиомер разрушается, а некоторые аминокислоты невосприимчивы к атаке. Оксидазы -аминокислот найдены в некоторых змеиных ядах, а их О-аналоги — в почках млекопитающих. Разумеется, ферменты можно использовать как для получения производных,, так и для фрагментации субстратов. В 1937 г. Бергман и Френ-кель-Конрат обнаружили, что папаин катализирует образование пептидной связи первым примером явилось образование анилида из Л/-бензилоксикарбонилглицина. Этот фермент специфичен для -аминокислот, было обстоятельно изучено образование арилгидра-зидов из рацемических Л/-ациламинокислот. Одна из трудностей состояла в том, что в некоторой степени затрагивался и О-энан-тиомер, одиако в результате исследования множества замещенных арилгидразидов в настоящее время установлено, что о-фторфенил-гидразин приводит к гидразидам, содержащим 99,9 % аминокислот в качестве стандартной аминокислоты используется аланин [50]. (Для сравнения, фенилгидразин дает только 88,2% -фенил-гидразида.) Этот метод сейчас используется для практического раз- [c.245]

Из приведенного выше обсуждения очевидно, что аминокислотная последовательность пептида может быть определена по его масс-спектру, если можно идентифицировать пики, обусловленные расщеплением пептидной связи. Идентификация пиков аминокислотного типа фрагментации может быть облегчена подходящим выбором защитных групп. Ацилирование М-концевой аминогруппы пептида эквимолекулярной смесью уксусной и три-дейтероуксусной кислот (или смесью СОз-и СНз-декановых кислот) [25] приводит к появлению пар пиков равной интенсивности, отличающихся на 3 м. ед., которые соответствуют ионам аминокислотного типа фрагментации. Можно использовать другие смешанные реагенты, содержащие ацильные группы, например такие, как эквимолекулярная смесь гепта- и октадекано-вых кислот [18], которые для всех ацилсодержащих ионов дают пары пиков, отличающихся на 14 м. ед,, тем самым облегчая интерпретацию масс-спектров. В некоторых природных олигопептидах дублеты с разницей в 14 м. ед, могут быть вызваны присутствием различных аминокислотных гомологов, например валин или изолейцин в грамицидинах А, В и С [32]. Однако лучше использовать смешанные, содержащие СНз- и СОз-ациль-ные цепи. [c.198]

В книге подробно рассмотрены методы исследования гликопротеинов и обсуждены особенности их структуры. Проанализированы суш ествующив методы выделения гликопротеинов из сложной смеси родственных им веществ — белков, полисахаридов и др., методы проверки их гомогенности, определение величины и формы молекул. Методы установления состава гликопротеинов изложены с рассмотрением осложнений, возникающих при гидролизе смешанных биополимеров. Накопленный за последние годы опыт исследования гликопротеинов позволил авторам изложить общие методы изучения структуры гликопротеинов, включая методы фрагментации, выделения и исследования фрагментов. Особое место уделено углевод-пептидным связям в гликопротеинах. [c.5]

Частичный кислотный гидролиз пептидных связей проводят в более мягких условиях по сравнению с исчерпывающим гидролизом до свободных аминокислот [101]. С целью фрагментации полипептидных цепей применяются два варианта методики частичный гидролиз концентрированной соляной кислотой и гидролиз разбавленными кислотами. Относительная скорость гидролиза пептидной связи зависит от стерического и электростатического факторов. Показано, что наиболее устойчивы пептидные связи валина и лейцина [186], в особенности в динепти-дах, образованных двумя разветвленными аминокислотами (например, Val-Ile и Не-Пе). Можно полагать, что положительно заряженные основные группы будут отталкивать ион водорода, и именно это объясняет устойчивость динептидов, накапливающихся в реакционной смеси к концу гидролиза. [c.92]

При фрагментации по остаткам серина и треонина с помощью реакции N O-ацильной миграции особого внимания заслуживает избирательный гидролиз сложноэфирной связи ( 0-пептидной связи) по серину и треонину. В принципе гидролиз сложноэфирной связи можно проводить как в кислой, так и в основной среде. Поскольку, однако, в основной среде гидролиз приводит к образованию исходного ациламида, необходимо предварительно защитить аминогруппы путем ацилирования. Наличие защиты позволит исключить обратную реакцию O- N-ацильной миграции и тем самым обеспечить высокий выход продуктов реакции. Обратимость реакции миграции в основной среде объясняется образованием циклического гидро-ксиоксазолидина [95], [c.94]

Пептидное картирование основано на сравнении физико-химических характеристик отдельных пептидов или их смесей, полученных в результате фрагментации белковой молекулы. Для фрагментации может быть использован любой, приводящий к воспроизводимым результатам метод — расщепление пептидных связей протеолитическими ферментами или химическими реагентами. Эффективность пептидного картирования в каждом конкретном случае определяется выбором оптимальных условий разделения и обнаружения смеси фрагментов и достоверной ин-терпретацис результатов. [c.223]

В настоящее время масс-спектрометры применяются для анализа последовательности аминокислот в олиГопептидах, получающихся в результате гидролиза белков или другим путем. Для повышения летучести пептиды ацетилируют и метилируют. Пептидные связи легко расщепляются при бомбардировке их электронами, причем фрагментация идет с С-конца пептидов. Поскольку все аминокислоты имеют разный молекулярный вес, то по разнице в массах, соответствующих двум соседним основным пикам на спектре, сразу же идентифицируется С-концевая аминокислота более тяжелого фрагмента. Для определения аминокислотной последовательности исходного иона по разнице между основными пиками на масс-спектрах применяются ЭВМ и составлены соответствующие программы. В настоящее время для такого анализа аминокислотной последовательности белков лимитирующей является стадия фракционирования гидрйлизата белка на отдельные олигопептиды. [c.182]