Аминокислотная последовательность пептидов

Масс-спектрометрический метод. Наряду с химическими и ферментативными методами для определения аминокислотной последовательности пептидов находят применение физико-химические методы, в частности масс-спектрометрия. [c.70]

Аминокислотные последовательности пептидов можно объяснить, исходя из словаря генетического кода, предположив указанные па рисунке изменения кодонов, делецию и вставку. [c.211]

В табл. 2-2 приведены структурные формулы боковых цепей аминокислот, обычно встречающихся в белках (формула пролина приведена полностью). Даны также сокращенные трехбуквенные обозначения аминокислот, используемые при выписывании аминокислотных последовательностей пептидов и белков, а также однобуквенные сокращения, принятые в работах по эволюции белков и при составлении программ для вычислительных машин. [c.83]

Можно написать аминокислотную последовательность пептида и затем соединить первую и последнюю аминокислоты длинной линией выше илн ниже последовательности [c.88]

Самого пристального внимания заслуживает обзор, посвященный масс-спектрометрическому методу определения аминокислотной последовательности пептидов. Этот метод, в разработку которого значительный вклад внесли советские ученые, в настоящее время находит все большее применение при изучении структуры пептидов и белков. [c.4]

Отождествление одного из каталитически важных остатков тирозина с Туг-248 основывается на пространственном расположении последнего и аминокислотной последовательности пептида, полученного иодированием КПА действием в присутствии фенилпропионата и затем в его отсутствие. После гидролиза иодированной КПА пепсином был выделен пептид с наибольшим отношением Его аминокислотная последовательность оказалась Пе-Tyr-Gln-Ala [111], что совпадает только с участком полипептидной цепи 247—250 [4]. Уменьшение реакционной способности остатка Туг-248 при связывании фенилпропионата можно объяснить изменением конформации белковой молекулы. [c.538]

Если N-концевой участок белка удастся выделить в виде короткого пептида, то содержание в нем ацетилированной аминокислоты может быть определено после гидролиза хроматографическим или электрофоретическим анализом [414]. Для установления природы блокирующего остатка и одновременно аминокислотной последовательности пептида наиболее надежен прямой масс-спектрометрический метод (на анализ требуется — 50 пмоль пептида) (гл. 19), [6]. [c.266]

Рещение конкретной задачи — какая форма сигнала характерна для данного пептида и какую реакцию этот сигнал может вызвать в пептиде-реципиенте — требует предварительного систематического сравнения аминокислотных последовательностей пептидов, выполняющих определенные регуляторные (информационные) функции. Как правило, их активность проявляется на уровне специализированных функциональных систем организма и часто определяется как тканеспецифическая. Этот вопрос мы рассмотрим детальнее в следующем разделе. [c.58]

Из расчета исключены табличные последовательности коротких олигопептидов, входящих в состав уже учтенных более длинных полипептидов данной группы. В табл. 7 представлены повторяющиеся фрагменты аминокислотных последовательностей пептидов каждой группы. [c.80]

Рассматривая аминокислотные последовательности пептидов-регуляторов, представленных в табл. I—IV Приложения, мы увидим многое, что сближает их строение со структурой письменности. Они состоят из 20 различающихся элементов (аминокислот), имеют начало (N-концевая аминокислота) и конец (С-концевая аминокислота) и не имеют разветвлений. Еще в 60-е годы Дж. Бернал отмечал аналогию в структурной иерархии белков и нуклеиновых кислот с построением языка человеческого общения (Бернал, 1969). [c.90]

Выяснение аминокислотной последовательности пептида [c.219]

Контроль гомогенности и определение аминокислотной последовательности пептидов [c.357]

Отщепление по Эдману при помощи ФИТЦ — наиболее распространенный и надежный метод определения аминокислотной последовательности пептидов и белков, В настоящее время в анализе и больших, и малых пептидов используют ручной и автоматический методы при этом в большинстве случаев идентификацию отщепленных аминокислот проводят в виде их ФТГ-производных. Анализу последних посвящено множество статей, В этой главе рассматривается пять основных методов анализа ФТГ-производных аминокислот. [c.405]

Рис. 6-9. Схема определения аминокислотной последовательности пептида путем его расщепления по Эдману. Исходный тетрапептид вступает в реакцию с фенилизотиоцианатом, в результате чего образуется фенилтиокарбамоиль-ное производное аминоконцевого остатка. Этот остаток отщепляют от пептида без разрыва других пептидных связей и получают в виде фенил-тиогидантоинового производного, которое можно идентифицировать хроматографическим способом. Оставшийся трипептид вновь проводят через тот же цикл реакций, что позволяет идентифицировать второй остаток. Эти операции повторяют до тех пор, пока не будут идентифицированы все остатки.

ОПРЕДЕЛЕНИЕ АМИНОКИСЛОТНОЙ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ ПЕПТИДОВ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ 4-ДИМЕТИЛАМИНОАЗОБЕНЗОЛ-4-ИЗОТИОЦИАНАТА (В РУЧНОМ ВАРИАНТЕ] [c.419]

Из приведенного выше обсуждения очевидно, что аминокислотная последовательность пептида может быть определена по его масс-спектру, если можно идентифицировать пики, обусловленные расщеплением пептидной связи. Идентификация пиков аминокислотного типа фрагментации может быть облегчена подходящим выбором защитных групп. Ацилирование М-концевой аминогруппы пептида эквимолекулярной смесью уксусной и три-дейтероуксусной кислот (или смесью СОз-и СНз-декановых кислот) [25] приводит к появлению пар пиков равной интенсивности, отличающихся на 3 м. ед., которые соответствуют ионам аминокислотного типа фрагментации. Можно использовать другие смешанные реагенты, содержащие ацильные группы, например такие, как эквимолекулярная смесь гепта- и октадекано-вых кислот [18], которые для всех ацилсодержащих ионов дают пары пиков, отличающихся на 14 м. ед,, тем самым облегчая интерпретацию масс-спектров. В некоторых природных олигопептидах дублеты с разницей в 14 м. ед, могут быть вызваны присутствием различных аминокислотных гомологов, например валин или изолейцин в грамицидинах А, В и С [32]. Однако лучше использовать смешанные, содержащие СНз- и СОз-ациль-ные цепи. [c.198]

Определение аминокислотной последовательности пептидов деградацией по методу Эдмана основано на идентификации отщепленных фенилтиогидантоинов (ФТГ) аминокислот [11] по поглощению в УФ-свете ( тах=269 нм, е= 16000). В модифи- [c.419]

ПО ковалентному присоединению полипептида до некоторой степени зависит от знания его аминокислотного состава. Существенный недостаток ТФ-метода заключается в том, что из-за пропусков аминокислот в местах связывания полипептида с матрицей получают недостаточно полную информацию об аминокислотной последовательности пептида кроме того, образец полностью теряется (вымывается из колонки) в случае, когда очередная отщепляемая аминокислота оказывается последней точкой присоединения пептида к носителю. [c.465]

Однозначное установление аминокислотной последовательности пептида путем расшифровки сложного масс-спектра требует определенного опыта, который приобретается лишь в результате длительного предварительного изучения спектров большого количества пептидов известного строения. В этом разделе делается попытка изложить принцип интерпретации масс-спектров и в связи с этим коротко излагаются основные пути фрагментации пептидов при электронном ударе. Более подробно с установлением аминокислотной последовательности пептидов методом масс-спектрометрии можно ознакомиться в ряде ранее опубликованных работ [1,3, 6—10, 24, 27, 28]. [c.523]

Осн. метод исследования аминокислотной последовательности пептидов и Б.-хим. деградация с помощью фенилизотио-цианата. Этот метод позволяет последовательно отщеплять Н-концевые аминокислотные остатки в виде фенилтиогидантоинов, к-рые абсорбируют свет в [c.251]

При определении аминокислотной последовательности пептидов находит применение также масс<пектрометрия. Б этом случае используется способность ионизнров. молекул пептидов распадаться по т. наз. аминокислотному типу фрагментации, заключающемуся в разрыве СО—NH или Са—СО связей [c.252]

В-четвертых, химический синтез иногда проводят из экономических соображений. Например, применяемый для терапевтических целей окситоцин в настоящее время по этой причине получается исключительно химическим синтезом. Это же относится и к некоторым другим пептидам, как, например, к АКТГ и секретину. Синтетический секретин в десять раз дешевле природного продукта, изолированного из свиных кишок. Также обстоит дело и со многими другими активными пептидами. Наряду с вопросами стоимости важную роль играет здесь также доступность пептидов, получаемых химическим синтезом, так как некоторые активные пептиды, как уже упоминалось, встречаются в природе только в нанограммовых количествах. В случае же специфических пептидов человека их получение возможно только синтетическим путем. На примере синтезов АКТГ, глю-кагона и секретина можно показать, что синтетические продукты имеют более высокую степень чистоты, чем пептиды, изолированные из природных источников. Полное разделение родственных по аминокислотной последовательности пептидов с противоположным или другого рода действием часто не всегда возможно с помощью применяемых в настоящее время методов изолирования и очистки. [c.94]

Имеется ряд методов, с помощью которых можно определять как N-концевой аминокислотный остаток, так и N-концевую аминокислотную последовательность. К ним относятся деградация по методу Эдмана и ферме ггативный гидролиз аминопептида-зами. Эти методы будут подробно рассмотрены в разделе, посвященном определению аминокислотной последовательности пептидов. [c.38]

Рис. 26. Принцип масс спектрпметриче СКОРО метода определении аминокислотной последовательности пептидов.

Метод пептидных карт на одном листе бумаги сейчас следует рассматривать скорее как аналитический, чем как препаративный. При препаративном разделении пептидов в тех же условиях обычно смесь пептидов последовательно разделяется методами электрофореза и хроматографии в несколько приемов, каждый раз нанося пробу во всю ширину бумаги. После проведения электрофореза вырезают полосы бумаги таким образом, чтобы в середине и по трем краям оставались узкие полоски бумаги. После проявления этих полосок нингидрином вырезанные полосы вставляются обратно, и на них карандашом отмечаются пептидные зоны. Пептиды соответствующих зон с нескольких листов бумаги после смывания объединяются и хроматографируются опять же на полном листе (каждая объединенная зона отдельно). Подобные трудоемкие операции связаны с необходимостью иметь достаточное количество вещества для дальнейшего анализа. Повышение чувствительности методов анализа концевых групп даст возможность определять всю аминокислотную последовательность пептида после получения пептидной карты на одном листе бумаги. Для анализа К-концевых аминокислот уже разработан [8] флуоресцентный метод с 1-диметиламинонафталин-5-сульфонилхлЬри-дом, который в сто раз чувствительнее (достаточно 10 — 10" мкмоль пептида) обычно используемого метода с динитро-фторбензолом [9]. [c.237]

Цитохром с из сердечной мышцы лошади был первым цитохромом, для которого установили полную аминокислотную последовательность. Гидролиз цитохрома с химотрипсином дал тринадцать больших пептидов, которые были разделены хроматографией на ионообменных смолах и очищены далее при помощи электрофореза и хроматографии на бумаге. Аминокислотная последовательность пептидов была установлена при помощи химических и ферментативных методов. Химические методы включали динитрофенилирование по Сэнджеру и деградацию по Эд-ману для идентификации N-концевых аминокислот, ферментативные — гидролиз лейцинаминопептидазой для определения N-концевых и карбоксипептидазой А для определения С-концевых аминокислот оба фермента использовались также для определения коротких аминокислотных последовательностей. [c.160]

Определенное сходство наблюдается между тимопентином и детерминантом гемагглютинина чумы, а также между детерминантом холеротоксина и интерфероном. Можно предполагать, что в результате длительного эволюционного процесса возбудители особо опасных инфекций включили в состав своих антигенных детерминантов (эпитопов) пептидные участки, имитирующие аминокислотные последовательности пептидов иммунной системы человека. [c.52]

Как правило, аминокислотную последовательность пептида, для которого уже установлена определенная регулирующая или модулирующая функция, можно обнаружить в составе одного или нескольких значительно более крупных белков. Этот установленный факт имеет несколько интерпретаций. С одной стороны, существует теория И. П. Ашмарина о непрерывном функциональном спектре РП, которые происходят из общих предшественников (например, проопиомеланокортин и препротахикинин) путем их поэтапного расщепления на более мелкие фрагменты. Сам по себе предшественник никакой специальной активности не проявляет, но его фрагменты выполняют различные регуляторные функции, в том числе нейромедиаторные и ней-рогормональные (Ашмарин, Обухова, 1986 Ашмарин, Каменская, 1988). [c.86]

В этой главе рассматриваются некоторые методики, используемые в настоящее время в автоматическом ЖФ-анализе аминокислотной последовательности пептидов и белков. Рассматриваются правила эксплуатации прибора, методы подготовки образца и способы контроля состояния прибора. Помимо этого, обсуждаются вопросы использования 1юсителей и основные проблемы автоматического определения последовательности. Опубликованы обширные обзоры по каждому из упомянутых вопросов [10, 14, 16]. [c.425]

Большие успехи в применении нерастворимых носителей для твердофазного (ТФ) синтеза пептидов [72] стимулировали разработку метода анализа аминокислотной последовательности пептидов, ковалентно присоединенных к нерастворимым полимерам [61]. Впоследствии метод ТФ-анализа гтоуктуры пептидов удалось автоматизировать [62]. Общая особенность методов синтеза ( сборки ) и анализа аминокислотной последова- [c.437]

Другие модификации включают использование ТФУ и ацетилхлорида вместо уксусного ангидрида [48], для того чтобы реакция проходила главным образом через образование смешанного ангидрида, а не оксазолинона [98]. Кроме того, предполагалось использовать в реакции не тиоцианаты, а саму тиоциановую кислоту [48]. В этих условиях удалось провести успешное определение аминокислотной последовательности пептидов, в том числе имевших С-концевой Pro. Проведение реакции с добавлением трифтороуксуспого ангидрида [96] позволило определить 14 аминокислот папаина и 10 аминокислот рибонуклеазы [97]. [c.502]

Общие принципы масс-спектрометрического опредепения аминокислотной последовательности пептидов и белков [c.520]

Фрагментация перметилированных ацетил пептидов при электронном ударе обусловлена в основном разрывом амидных связей, т. е. связей С—N (рис. 19.3). Образующиеся в результате разрыва этих связей ионы как раз и характеризуют аминокислотную последовательность пептида. Разность масс таких ионов отвечает величинам, характеризующим массы аминокислотных остатков. Сначала находят в масс-спектре ион, характеризующий остаток N-концевой аминокислоты, массовое число т/г которого обычно лежит в интервале 114—257, а затем прибавляют к этому массовому числу массовые числа аминокислотных остатков, которые могут входить в состав пептида, и находят в спектре ионы больших массовых чисел, которые определяют аминокис- [c.523]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология