Трипсина модель

Рис. 12.4. Модель активного центра эндопептидаз типа трипсина

Пространственную структуру белка можно проиллюстрировать несколькими способами. Рассмотрим, например, необычно маленький белок - основной ингибитор трипсина поджелудочной железы, который содержит 58 аминокислотных остатков, упакованных в один домен Этот белок можно представить в виде стереопары, показывающей все его неводородные атомы (рис. 3-31, А), или в виде тщательно выполненной трехмерной модели, где опущены многие детали (рис. 3-31, Б). Белок можно изобразить и более схематично, без боковых групп и атомов, чтобы сфокусировать внимание на последовательности основной полипептидной цепи (рис. 3-31, В, Г и Д). Такие схематические представления очень важны для выявления структуры белков, которые обычно крупнее, чем основной ингибитор трипсина, так как они дают возможность проследить за нерегулярным расположением полипептидной цепи внутри каждого домена (рис. 3-32). [c.143]

Упомянутый выше случай автокаталитической реакции, хотя и редко встречается на практике, завершит наше качественное описание изменений скорости химической реакции. Биохимическая реакция превращения трипсиногепа в трипсин катализируется своим продуктом — трипсином. Она хорошо описывается моделью [c.72]

Последующие исследования Б. в общем подтвердили правильность теоретич. положений Полинга, одиако во многих случаях стенень спирали-зации полипептидной цепи оказалась далекой от возможной. Если в миоглобине и гемоглобине степень я-снирализации достигает 75%, то в лизоциме она равняется 40%, а в химо-трипсине 3%. Это объясняется деформирующим действием остатков пролииа, а также значительным взаимодействием боковых групп остатков аминокислот между собой. Последнее обстоятельство пе учитывалось в идеализированной модели Полиига. Таким образом, по [c.125]

После превращения катионных и анионных носителей в полимерные соли диазония или ацилазиды к полимерам присоединялись трипсин, химотрипсин, субтилизин Ново, субтилизин Карлсберга и папаин. Р1ммобилизация всех ферментов повлекла за собой сдвиг оптимума pH в щелочную область, однако эти сдвиги были на самом деле одинаковыми и для анионных и для катионных носителей и не зависели от ионной силы среды. Для объяснения полученных данных недостаточно электростатической модели и следует принять в рассмотрение другие влияния, главны.м образом присутствие субстрата. [c.430]

Универсальность автоматического устройства для обработки проб АС 60 возросла после разработки двух приспособлений для сопряжения его с рядом спектрофотометров фирмы "Руе Uni am". Одно приспособление позволяет соединять АС 60 со спектрофотометрами SP 500 и SP 600, а другое выполняет сходную функцию по отношению к моделям SP 1800 и SP 8000. В литературе описаны некоторые из этих конструкций. На их основе разработаны методы фармацевтических испытаний активности трипсина, химотрипсина тетрациклина [4] и пенициллина [5]. В последнем случае коэффициент вариации составляет всего 1,5%. Доведен до совершенства метод автоматического определения промежуточных глико.1Штических соединений в пищевых продуктах [6]. Предлагаются также методики определения алюминия, магния и кремния в мягких и углеродистых сталях [7] при этом коэффициенты вариации почти такие же, как в ручных методиках. [c.117]

Несмотря на то что общая форма октамера теперь определена достаточно точно (хотя на рисунке этого не видно), индивидуальные гистоны изображены на рисунке в виде аморфных шариков, поскольку мы не располагаем данными об их структуре. Распределение аминокислот на N-конце, несущем большой заряд, одинаково у всех гистонов. Остальная часть молекулы содержит гидрофобные аминокислоты, которые, вероятно, образуют глобулярную структуру и участвуют в белок-белковых взаимодействиях. По этой причине гистоны иногда воспринимаются как глобулярные белки с заряженными N-концевыми хвостами . Можно было бы думать, что у хвостов преобладает ДНК-связывающая активность, тогда как глобулярные области входят внутрь сердцевины. Однако против этой модели свидетельствуют данные о том, что N-концевые области можно отщепить (обработав трипсином) от гистонов сердцевины, не вызывая при этом сколько-нибудь существенных нарушений структуры нуклеосомы. Кроме того, гистоны без N-koh-цевых хвостов могут участвовать в сборке нуклеосомы in vitro. В настоящий момент мы не можем приписать индивидуальных функций определенным участкам гистоновых молекул. [c.369]

Рис. 3-31. Пространственная конформация малого белка основного ингибитора трипсина поджелудочной железы в пяти обычно использующихся вариантах изображения. А. Стереопара, показывающая положение всех неводородных атомов. Основная цепь выделена жирной линией, а боковые цепи - тонкими. В. Пространственная модель, показывающая вандерваальсовы радиусы всех атомов (см. схему 3-1). В. Скелетная проволочная модель, составленная из отрезков, соединяющих все атомы а-углерода вдоль полипептидного скелета. Г. Ленточная модель, которая представляет все участки регулярных водородных связей либо в виде спиралей (а-спирали), либо в виде набора стрелок (Р-слои), указывающих на карбоксил-терминальный конец цепи в этой модели также показаны водородные связи. Д. Сосисочная модель, которая демонстрирует расположение полипептидной цепи без всяких деталей. Следует иметь в виду, что сердцевина всех глобулярных белков плотно заполнена атомами, и впечатление пустого пространства вызвано только характером моделей В, Г и Д. (Би В с любезного разрешения Ri hard J. Feldmann АиГ- с любезного

С. Дикинсон, Ф. Бейли) [24, 43], инсулина (Д. Кроуфут) [44, 45], химо-трипсина и метгемоглобина (Дж. Бернал, И. Фанкухен, М. Перутц) [46], лактоглобулина (Д. Кроуфут, Р. Райли) [47]. В результате стали известны ориентировочные размеры, форма, симметрия и молекулярная масса белков, размеры элементарных ячеек кристаллов, а также вероятное количество молекул в ячейке. На основе рентгенограмм инсулина, лактоглобулина и метгемоглобина были построены паттерсоновские проекции межатомных векторов. Д. Ринч предприняла попытку связать особенности паттерсоновских проекций со структурой белков [48, 49]. Она предположила несколько гипотетических моделей, в которых пептидные цепи белков свернуты таким образом, что образуют замкнутые правильные многогранники различных размеров с определенным целым числом аминокислотных остатков. Многогранники могут представлять собой призмы, октаэдры и т.д., в предельном случае вырождаться в плоскую сетку с замкнутыми полипептидными цепями. Циклольная гипотеза Ринч была скептически встречена отчасти в силу ее искусственности, а главным образом потому, что имеющиеся в то время данные по рентгеновскому рассеянию кристаллов глобулярных белков еще не могли быть надежно связаны с молекулярной структурой. Для этого прежде всего необходимо было решить проблему фаз рентгеновских рефлексов. При известных фазах и интенсивностях рефлексов могли быть построены проекции распределения электронной плотности и выяснены детали атомной организации структуры. Но это было делом будущего. [c.17]

Замена одной аминокислоты В 1956 г Ингрэм работал в Кэмбридже, в той лаборатории, где до этого Перутц исследовал кристаллографию белков, Сэнгер определил аминокислотную последовательность инсулина, а Крик и Уотсон предложили свою модель структуры ДНК Ингрэму удалось точно определить, чем нормальный гемоглобин отличается от серповидноклеточного [1138] При гидролизе молекулы глобина трипсином, расщепляющим белки, образуется около 60 пептидов, которые были разделены в двумерной системе на бумаге в одном направлении с помощью электрофореза, а в другом-с помощью хроматографии Этим методом (его называют методом отпечатков пальцев ) удалось показать, что гемоглобин серповидных эритроцитов отличается от нормального по подвижности единственного пептида При дальнейшем анализе этого пептида выяснилось, что гемоглобин серповидных эритроцитов отличается от нормального только по одной аминокислоте, глутамино- [c.71]

РИС. 13.39. Карты электронной плотности белка при различном разрешении. Карты рассчитаны по измеренным интенсивностям и вычисленным фазам. Исследуемый белок — диизопропилфторфос-фатное производное трипсина быка. Вид вдоль оси у активного центра. На каждой карте повторяется скелетная модель наилучшей окончательной структуры обратите внимание на фосфат внизу справа и на гистидин активного центра, расположенный ниже центра карты над ними располагается ди-сульфидная связь 5—5. А. Карта при разрешении 6 А изображены контуры электронной плотности, начинс1я с 0,05 е А с шагом меж11у последовательными контурами 0,05 е Б. Разрешение 4,5 А контур минимальной электронной плотности 0,10е А , межконтурный шаг [c.394]

Такие же доводы можно привести и в случае семейства глобиновых генов, которое описано ниже. У растений в генах леггемоглобина имеются три интрона, два из которых расположены так же, как интроны в генах гемоглобина позвоночных. Положение интронов в глобиновых генах иллюстрирует еще одну общую закономерность экзоны часто кодируют определенные структурные и функциональные домены белков. Все эти факты свидетельствуют о том, что интроны присутствовали уже в самых первых генах. Однако наличие интронов на ранних этапах эволюции не означает, что они не могли внедряться в уже существующие кодирующие области. Возможно, именно таков механизм появления некоторых интронов в генах семейства сери-новых протеаз (например, тромбина, трипсина и химотрипсина). Недавние эксперименты позволили построить модели встраивания интронов. Так, интроны I и II групп внедряются в сайты-мишени с помощью генной конверсии или обратного самосплайсинга. Конверсия генов I группы зависит от белков, которые кодируются интроном. [c.162]

Рис. 1.15. Схематическое изображение участка связывания уходящей группы в химотрипсиие, получеииое с помощью подгоики модели ингибитора панкреатического трипсина к структуре фермента [65].

А. Первичная структура белка-ингибитора панкреатического трипсина-из клеток быка. Б. Трехмерная структура белка (ленточная диаграмма). Видны локальные области вторичной структуры (например, спиральные участки с 47-го остатка по 56-й), а также изгибы цепи с образованием третичной структуры, стабилизируемой взаимодействиями между аминокислотами, которые не являются ближайшими соседями вдоль поли-пептидной цепи. Эти взаимодействия осуществляются между остатками цистеина (цветные шарики) с помощью дисульфидных связей. S. Молекулярная модель белка. Ленточная диаграмма на рис. Б представляет собой вид на эту модель снизу. [С любезного разрешения Т.Е. reighton, J. Mol. Biol., 95 (1975), p. 167.] [c.34]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология