Рибонуклеотиды, разделение

РНКаза поджелудочной железы гидролизует фосфодиэфирные связи внутри молекулы одноцепочечной высокополимерной РНК. В результате образуется смесь олиго-, ди- и мононуклеотидов, которые могут быть отделены от фермента и субстрата — высокополимерной РНК — гель-хроматографией на колонке. Разделение рибонуклеотидов, различающихся по числу нуклеотидных звеньев, может быть проведено методом ионообменной хроматографии. [c.176]

Анионообменное разделение рибонуклеотидов [1506]. [c.294]

Существует ряд методик электрофоретического разделения рибонуклеотидов без применения ССЦ, обладающего токсичностью. Например, электрофорез рибонуклеотидов можно проводить в 0,05—0,07 М ацетатно-аммониевом буфере pH 3,5 при градиенте напряжения 15—18 в на 1 сж [1]. [c.98]

Рибонуклеотиды представляют собой слабые кислоты, поэтому для разделения их на ионообменных смолах берут сильные. аниониты. Наиболее удачными оказались методики [c.98]

Фиг. 4. Разделение сложной смеси рибонуклеотидов с помощью двумерной тонкослойной хроматографии на ПЭИ-целлюлозе (схема).

Рис. 247. Разделение смеси рибонуклеотидов на анионите дауэкс-2.

Находит применение также вытеснительная хроматография нуклеотидов на катионообменных смолах. Две подходящие системы для разделения смесей 2 - и З -рибонуклеотидов и 5 -де- [c.165]

Авторы пробовали уменьшить огромный набор признаков, что не улучшило качества обучения, а снижение числа рассматриваемых нуклеотидов до 51 делало разделение обучающей выборки невозможным. Кажется сомнительным влияние столь удаленных оснований на инициацию трансляции, и причину неудач следует объяснить неадекватным выбором признаков. В частности, следует учитывать вторичную структуру РЖ и вариабельность расстояния между блоками существенных рибонуклеотидов. [c.139]

До самого последнего времени расшифровка нуклеотидных последовательностей ДНК представляла почти неразрешимую проблему не только из-за большого размера молекул, но также из-за отсутствия подходящих нуклеаз. Часто прибегали к транскрибированию участков ДНК с образованием РНК или же каким-либо образом встраивали определенные рибонуклеотиды в ДНК, чтобы использовать имеющиеся рибонуклеазы для частичного расщепления ДНК. Однако за последние несколько лет было открыто большое число высокоспецифичных рестриктаз. Они расщепляют двухцепочечную ДНК в определенных последовательностях, состоящих из четырех-шести оснований, и позволяют расчленить длинные молекулы на фрагменты, поддающиеся анализу. Для определения последовательностей в таких рестрикционных фрагментах бьши разработаны новые, очень мощные методы. Ключевым моментом в этих методах является возможность разделения (с помощью электрофореза) фрагментов ДНК, которые различаются по длине на один нуклеотид, в то время как сами фрагменты содержат до нескольких сотен звеньев это позволяет точно локализовать места химических или ферментативных расщеплений просто измерением длины получающихся фрагментов ДНК. Эти новые методы столь эффективны, что они за короткое время дали возможность получить информацию о последовательностях ДНК, превосходящую по объему все накопленные за десятилетия данные о последовательностях белков и РНК. [c.158]

Интересные результаты дало использование пористых полимерных сорбентов (порапаков Q, R, порапака R, обработанного FFAP, хромосорба 101, полисорба-1) для разделения и идентификации изомерных нитрилов — С5 [200], а-аминокислот [201] в форме нитрильных производных, для определения ацетальдегида в ледяной уксусной кислоте [202], для изучения летучих продуктов пиролиза рибонуклеозидов, рибонуклеотидов и динуклеотидов [203], для определения газообразных и летучих продуктов пиролиза и термолиза целлюлозы и других углеводов [204], для изучения продуктов пиролиза циклопентадиеновых смол [205], продуктов лазерного пиролиза нефтей [2061, [c.137]

Хорошие результаты, по нашим данным, дает электрофорез рибонуклеотидов в 0,04 М цитратном буфере pH 3,5 без применения ССи. Используемый при этом прибор горизонтального электрофореза должен иметь расстояние между резервуарами с буферным раствором не менее 40 см. Хроматографическую бумагу натягивают на специгальную пластмассовую рамку толщиной 5 мм и подвижной стенкой или раскладывают на редко натянутые тонкие нити типа жилки. Это делается для того, чтобы в процессе разделения нуклеотиды находились во влажной камере, а хроматографическая бумага не касалась дна прибора. [c.98]

Гель фильтрация в тонком слое применяется преимущественно при исследовании белков и гораздо реже в других областях биохимии. Гроссман и Вагнер [23] использовали тонкослойную гель-фильтрацию на сефадексе 0-25 для идентификации компонентов нитросинего тетразолийхлорида, применяющегося обычно для гистохимических целей. Стикланд [24] тонкослойной хроматографией на дауэксе-1 и сефадексе 0-25 удалял из образцов полисахариды и флуоресцирующие примеси, которые обычно интерферируют при фракционировании 5-рибонуклеотидов в тонком слое ОЕАЕ-целлюлозы. Возможность разделения низкомолекулярных соединений в тонком слое сефадекса 0-10 и 0-15 вообще почти не исследовалась. Зюдвиг и сотр. [68] показали, что разделение различных антибиотиков на сефадексе 0-15 зависит от их адсорбции на геле. Не сделано никаких попыток использовать в тонкослойной хроматографии менее гидрофильные гели, например сефадекс ЬН-20. [c.263]

Рис. 8. Разделение рибонуклеотидов (26) с помощью ионообменной хроматографии на анионите Дауэкс 2 (С1 ), колонка — 2,5Х 0,94 см , элюирующий раствор — 0,003 М НС1, скорость элю-1ЩИ — 0,8 мл/мип.

Рис. 8. Разделение рибонуклеотидов (2 ) с помощью ионообменной хроматографии на анионите Дауэкс 2 ( 1 ), колонка — 2,5X0,94 см , элюирующий раствор — 0,003 М НС1, скорость элюции — 0,8 мл мин.

Коффи и Ньюбург [45] изучали влияние изменения содержания сульфата кальция в качестве связующего в слоях ОЕАЕ-целлюлозы и обнаружили, что величины Rf (табл. 24.1) почти всех исследованных соединений сильно меняются, если в качестве растворителя используется соляная кислота. Наилучшее общее разделение рибонуклеотидов авторы работы [45] получили со смесью изомасляная кислота—раствор гидроксида амо-ния (уд. масса 0,90)—вода (33 1 16), однако лучшее разрешение зон 2 -фосфата и изомерного ему З -фосфата они достигли при элюировании пробы 0,005 н. соляной кислотой на слое ОЕАЕ-целлюлозы, закрепленной 10 % сульфата кальция. Поскольку гуаниловая кислота при рН<10 проявляет сильную тенденцию к образованию прожилок, монорибонуклеотиды растворяли в 0,1 н. растворе гидроксида аммония. Наилучшие условия для разделения дезоксирибонуклеотидов — сочетание ОЕАЕ-целлюлозы с 10 % сульфата кальция в качестве связующего и того же растворителя, что и для разделения рибонуклеотидов. Добавляя сульфат кальция к адсорбенту, удается отделить 2-дезоксицитидин-5 -фосфат от 2-дезоксиаденозин-5 -фос-фата при хроматографировании на слое без связующего зоны этих соединений перекрываются. Для разделения смесей, содержащих как рибо-, так и дезоксирибонуклеозиды, наилучшим оказалось сочетание разбавленной 0,005 н. соляной кислоты со слоями ОЕАЕ-целлюлозы без добавки связующего. При использовании связующего (сульфата кальция) величины Rf уридина и тимидина возрастали настолько, что их пятна перекрывались с пятнами цитидина и 2-дезоксицитидина. Нуклеозиды наносили на пластинку из раствора в нейтральном растворителе. Свободные основания в виде раствора в 0,1 н. соляной кислоте лучше всего разделялись растворителем Рандерата [42] на адсорбционных слоях ОЕАЕ-целлюлозы, не содержавших сульфата кальция. [c.123]

Разделение мононуклеотидов. Четыре основных рибо- или дезокси-рибонуклеотида разделяются при pH 3,5, например, в 0,05 М аммоиии-формиатном буфере, за счет различий л значениях р1С NH2-гpyпн. (табл. 3). кислот. Нри этом значении pH разделяются 2 - и З -изомеры Гф. [c.53]

Простые нуклеотиды являются эфирами фосфорной кислоты и пуриновых или пиримидиновых нуклеозидов, и поэтому им присущи амфотерные свойства. Существует несколько изомерных форм нуклеотидов 2 -, 3 - и 5 -нуклеозидмонофосфаты и 2, 3 - и 3, 5 -нуклеозидциклофосфаты [19]. Фосфатная группа нуклеотидов является своего рода анионной рукой молекулы, которая и обеспечивает разделение этих соединений на ионообменных колонках. Последовательность элюирования нуклеотидов определяется как неионными взаимодействиями этих молекул с сорбентом, так и величиной pH раствора. Кон и Волкин [20] осуществили разделение 2 -, 3 - и 5 -рибонуклеотидов на колонке с дауэксом 1 (в НСОО -форме) путем ступенчатого элюирования растворами с возрастающей концентрацией му- [c.164]

Высоковольтный электрофорез на бумаге в аммоний-форми-атном буфере (pH 3,5) широко использовался для разделения рибонуклеотидов в одном направлении [30]. Однако с помощью этого метода, как правило, не удается разделить 2 - и З -изоме-ры одного и того же рибонуклеозидфосфата (исключение составляют соответствующие изомеры Ор). [c.167]

Достижения в области изучения первичной структуры нуклеиновых кислот непосредственно связаны с развитием методов фракционирования олигонуклеотидов. Ускорению этих исследований способствовало наличие очищенных препаратов РНК и рибонуклеаз, специфически расщепляющих одноцепочечную молекулу РНК. К настоящему времени установлена полная нуклеотидная последовательность многих РНК, в том числе многочисленных тРНК, 5S- и 5,8S-PHK, информационных и рибосомальных РНК. Работы по определению первичной структуры ДНК начались несколько позднее, однако благодаря использованию электрофоретических методов, позволяющих быстро анализировать смеси, они вскоре достигли того же уровня, что и исследования РНК. Стратегия установления первичной структуры нуклеиновых кислот описана во многих превосходных обзорах [5, 121—123]. В настоящем разделе особое внимание уделено методам электрофореза на бумаге и в геле, используемым для разделения рибонуклеотидов и дезоксирибонуклеотидов. [c.188]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология