Домены связывания ДНК

Как функционируют иммуноглобулины Одна из реакций, агглютинация, происходит в результате взаимодействия поливалентного антитела с двумя клетками. Чаще, однако, взаимодействие антитела с антигеном вызьшает другие эффекты. Один из таких эффектов — связывание белка СЦ, входящего в состав комплемента (дополнение 5-Ж). Было установлено, что с белком lq связывается Сн2-домен Рс- [c.384]

Домен связывания гема [c.265]

Хотя активация транскрипции не зависит от наличия конкретной аминокислотной последовательности, по-видимому, для нее более предпочтительны последовательности, которые могут образовывать алифатические а-спирали. В таких спиралях вдоль одной их стороны располагаются отрицательно заряженные остатки, а вдоль другой-гидрофобные, как в лейциновых молниях (разд. 8.6.а). Например, синтетический пептид из 15 аминокислот, способный принять спиральную конфигурацию с описанными свойствами, активирует транскрипцию при слиянии его с соответствующим доменом связывания ДНК в отличие от пептида, состоящего из тех же самых аминокислот, соединенных в произвольном порядке. [c.135]

В принципе возможен систематический анализ любой системы иммуноглобулин — лиганд. Исследование моделей связывания может проводиться систематическим образом, поскольку у млекопитающих, например кроликов или коз, синтез антител может индуцироваться по отношению к любой специально подобранной молекуле (с низкой или высокой молекулярной массой). Используя аффинную хроматографию, получаемые антитела затем очищаются. Как правило, эта процедура приводит к вырожденному иммунному ответу, т. е. к синтезу нескольких видов антител несколькими клонами так называемых клеток плазмы (542]. Эти антитела отличаются константами сродства к лиганду, что проявляется также в химических, спектральных и иммунологических свойствах центров связывания. Последующие анализы аминокислотной последовательности показали, что различия вызваны аминокислотными заменами в гипер-вариабельных областях доменов /ь и Ун [622]. На первый взгляд кажется, что вырожденный ответ должен усложнить пространственную организацию центров связывания. В действительности, однако, в этом случае возможно объединить и взаимно контролировать данные по нескольким центрам связывания, что заметно увеличивает вероятность нахождения правильных моделей. [c.245]

Две модели позволяют сделать два разных прогноза относительно активности мутантных рецепторов. Если ДНК-связывающий домен возникает при взаимодействии с гормоном, то мутантные рецепторы, у которых отсутствует домен связывания гормона, будут неспособны активировать экспрессию AT. Напротив, если при связывании гормона открывается предсуществующий ДНК-связывающий домен, то некоторые мутантные репрессоры смогут конститутивно активировать экспрессию AT (в присутствии или в отсутствие гормона) благодаря делеции той области белка, которая закрывает ДНК-связывающий домен. [c.414]

Хотя для окончательного утверждения необходимо провести более детальные исследования на молекулярном уровне, все же экспериментальные данные подтверждают предположение о том, что предсуществующий домен связывания с ДНК маскируется доменом связывания гормона. Потери аминокислот в случае четырех мутантов с наиболее длинными С-концевыми сегментами (самыми короткими делециями), слишком велики для того, чтобы обеспечить связывание гормона, однако недостаточны для демаскировки ДНК-связывающего домена. У следующих четырех мутантов, которые конститутивно активируют экспрессию AT, ДНК-связывающий домен не закрыт и это не зависит от связывания гормона. Два мутанта с самыми протяженными делециями неактивны, поскольку у них полностью отсутствует домен, взаимодействующий с ДНК. [c.414]

Репрессор фага Я представляет собой димер из двух идентичных субъединиц. Молекула димера связывается с участком ДНК длиной 17 п. и. Субъединицы состоят из двух компактных доменов примерно одинаковых размеров, соединенных короткой перемычкой (всего в мономере репрессора 236 а. о.). Перемычка легко расщепляется протеазами. Гч -концевой домен, полученный после расщепления протеазами (остатки 1—92), способен связываться с ДНК, однако менее прочно, чем интактный репрессор. Кроме того, изолированные. -концевые домены легко диссоциируют до мономеров. Поэтому считается, что в непосредственном контакте с ДНК находится только N-концевой домен, а С-концевой домен стабилизирует связывание с ДНК за счет стабилизации димера. [c.144]

Все NAD-связывающие домены содержат параллельные -структуры с идентичной топологией. Домены гомологичны [91], поскольку для них характерна одна и та же сложная топология -складчатых листов (разд. 9.6). В частности, точно сохраняется расположение 3-структур в области связывания NAD, как схематично показано на рис. 7.7. Это консервативное пространственное расположение выдержало много аминокислотных замен не существует какой-либо заметной гомологии аминокислотных последовательностей двух любых из этих доменов. [c.259]

Невозможно, конечно, учесть любые изменения степени взаимодействия между цепью и растворителями, например, когда цепь имеет тенденцию выдвигаться в окружающую среду, чтобы стать более сольватированной, или сокращаться для удаления элементов цепи из раствора. Поэтому результаты расчетов соответствуют таким условиям ( 0-точка ), при которых полимерная цепь является невозмущенной и тенденции выдвигаться или сокращаться строго сбалансированы. Условия в 6-точке обычно не отвечают условиям, наиболее способствующим проявлению биологических функций молекулы или ее свойств, представляющих технологический интерес. Следует отметить также, что математические методы для расчета энергий взаимодействия внутри цепи все еще весьма неточны, и поэтому их можно успешно применять для предсказания лишь общих тенденций. Однако в этом направлении достигнут некоторый успех [21]. Наиболее интересным общим свойством углеводных цепей в неупорядоченном состоянии является способность связывать воду и ионы, а также включать другие полимерные цепи в свой домен или исключать из него [1]. Связывание воды объясняется тем, что движущая сила этого процесса, конформационная энтропия, делает предпочтительной конформацию ста- [c.290]

Если принять во внимание частоту, с которой встречаются сайты связывания Spl в генах млекопитающих, то относительная избыточность Spl не кажется удивительной. Например, в одной клетке HeLa (часто используемая линия клеток, полученная из опухоли шейки матки человека) содержится от 5000 до 10000 молекул Spl. Благодаря высокой концентрации Spl удается получать этот белок в почти гомогенном виде, а также клонировать кодирующую его ДНК. Размер белковой молекулы, оцененный исходя из нуклеотидной последовательности клонированной ДНК, равен 80 кДа. хотя выделенный белок Spl имеет эффективную мол. массу 90- 100 кДа. Возможно, это связано с гликозилиро-ванием Spl in vivo, хотя для ядерных белков такая модификация не характерна. Мутационный анализ различных участков последовательности, кодирующей Spl, показал, что один из доменов этого белка необходим для присоединения к ДНК, а другие для активации транскрипции (рис. 8.34). Домен связывания ДНК находится вблизи С-конца и имеет три участка. Каждый участок содержит расположенные определенным образом остатки цистеина и гистидина, которые образуют хелатную связь с Zn (так называемые цинковые пальцы разд. 8.7.а). Изме- [c.55]

Связывание гормона нужно как для специфического и эффективного присоединения рецепторов к соответствующим HRE, так и для регуляции транскрипции генов. Необходимым условием связывания гормона с рецептором является целостность области Е, поскольку делеции, вставки или замены оснований в гене белка Е предотвращают связывание. Интересно, что способность рецептора связывать лиганд сохраняется и в отсутствие областей А/В, С и D, вероятно, потому, что Е может связывать лиганд независимо от остальной части молекулы белка. Об этой независимости области Е свидетельствуют также результаты опытов по ее замене у разных рецепторов, аналогичных опытам по замене доменов связывания ДНК (рис. 8.49). Так, если область Е рецептора эстрогенов заменить на область Е рецептора глюкокортикоидов, то химерный рецептор будет активировать транскрипцию экстроген-акцепторных генов в ответ на действие глюкокортикоидов, а не эстрогенов. [c.77]

Изучение факторов транскрипции эукариот еще только начинается. Тем не менее уже определены некоторые структурные домены, создающие пространственный каркас, который обеспечивает специфические взаимодействия аминокислот с парами оснований. В каждом белке имеются два домена, один из которых отвечает за связывание ДНК, а второй-за регуляцию транскрипции. Домены не являются взаимозависимыми можно соединить домен связывания ДНК и регуляторный домен из разных белков и образовать факторы транскрипции со свойствами, характерными для каждого домена. Более того, если связывающаяся с белком последовательность располагается вблизи ТАТА-блока, то такие химерные белки могут присоединяться к ДНК и регулировать транскрипцию у целого ряда эукариот (например, дрожжей. Drosophila, лягушек и млекопитающих). [c.125]

БАК состоит из двух идентичных субъединиц. Каждая субъеди-иица образует два до.мена, но в отличие от репрессора фага л за связывание с ДНК отвечает С-концевой домен., -концевой домен БАК связывается с сАМР и обеспечивает межсубъедиянчные контакты в димере. Как и у репрессора фага л и многих других регуляторов транскрипции, связывание БАК с ДНК осущестатяется за счет пары бнспиральных элементов, погруженных в большие борозд- [c.148]

Под третичной структурой Ь понимают расположение его полипептидной цепи в пространстве. Существ, влияние на формирование третичной структуры оказывают размер, форма и полярность аминокислотных остатков. В молекулах глобулярных Б. большая часть гидрофобных остатков скрыта внутри глобулы, а полярные группировки располагаются на ее пов-сти в гидратированном состоянии. Однако ситуация не всегда настолько проста. Связывание белка с др. молекулами, иапр. фермента с его субстратом или коферментом, почти всегда осуществляется с помощью небольшого гидрофобного участка на пов-сти глобулы. Область контакта мембранных Ь с липидами формируется преим. гидрофобными остатками. Третичная структура многих Ь составляется из иеск. компактных глобул, наз. доменами (рис. 3). Между собой домены обычно бывают связаны тонкими перемычками -вытянутыми полипеп-тидньи и цепями. Пептидные связи, расположенные в этих цепях, расщепляются в первую очередь при обработке Б. [c.249]

С-терминальный домен В, имеющий молекулярную массу около 39000 дальтон, обладает лектиноподобным действием он способен специфически связываться с поверхностным неидентифицированным рецептором животной клетки. Связывание белка с поверхностью клетки приводит к тому, что он, по непонятному пока механизму, внедряется в цитоплазматическую мембрану, и там происходит про-теолитическое расщепление междоменной пептидной связи и одновременное восстановление дисульфидной связи в результате белок распадается на фрагмент А и фрагмент В. N-терминальный фрагмент А, имеющий молекулярную массу 21150 дальтон, проваливается в цитоплазму. Именно этот фрагмент и является ингибитором белкового синтеза в клетке. Он оказался высокоспецифическим ферментом, осуществляющим АДФ-рибозилирование одного аминокислотного остатка в EF-2. После такого АДФ-рибозилирования нормальные функции EF-2 нарушаются. Ввиду каталитического характера действия фрагмента А достаточно одной молекулы токсина, чтобы модифицировать все молекулы EF-2 и убить клетку. [c.215]

В первичную структуру многих Д. входит т. наз. сорбционный домен - фрагмент полипептвдной цепи, определяющий связывание молекулы фермента с поверхностью целлюлозы. У разл. Д. он локализован на С- или на N-конце молекулы и связан переходной областью с каталитич. доменом. Последний, при протеолитич. отщеплении сорбционного домена, способен катализировать гвдролиз производных целлюлозы в р-ре, но не активен по отношению к нерастворимым субсфа-там. [c.335]

Для Э. характерна доменная структтоа. В глубокой щели между малым N-концевым и большим С-концевым доменами располагается активный центр фермента. Для проявления каталитич. активности необходимы ионы Mg, причем без них фермент не только не обладает активностью, но и диссоциирует на субъединицы. Считают, что в молекуле Э. существуют 3 категории участков связывания металлов каталитический, ингибиторный и конформационный . Изменение пространств. структуры фермента при связывании Mg с конформац. участком необходимо для осуществления взаимод. фермента с субстратами и конкурентными ингибиторами. Замена [c.481]

РИС. 7-5. А. Схематическое изображение полипептидной цепи субъединицы дрожжевой гексокиназы В. Место связывания глюкозы обозначено буквой G, а место связывания АМР — буквой А. Места связывания АТР в области между двумя субъединицами в ) азличиых типах кристаллов обозначены буквами lu и Id (по Флеттерику и др. [76]). -5. Изображение молекулы фосфоглицераткиназы. Цилиндры, представляющие а-спи-ральные отрезки цепи, пронумерованы римскими цифрами, начиная с К-конца . Стрелками представлены индивидуальные цепи в р-структуре и их направление. Стрелки обозначены буквами в алфавитном порядке, начиная с N-конца. Домен, связывающий АТР, находится в нижней части рисунка (по Блейку и Эвансу [77]). [c.127]

Некоторые сведения о белках-соседях можно извлечь уже из данных о местах связывания белков на первичной и вторичной структуре рибосомной РНК (см. раздел III, 5). Действительно, если места посадки каких-то белков находятся совсем рядом на РНК, то, очевидно, эти белки являются соседями на рибосоме. Например, в приводившемся выше случае белков S8 и S15 они узнают и связывают соседние участки цепи и соседние шпильки во вторичной структуре 16S РНК очевидно, что белки S8 и S15 —соседи также и топографически. К ним примыкают белки S6 и S18, требующие для своего связывания предварительной посадки белков S8 и S15 и имеющие, как было показано, места узнавания на первичной структуре РНК в том же районе. Другой пример —это соседствование на цепи 16S РНК (в домене I) мест связывания белков S4, S16, S17 и S20. [c.106]

Две из трех петель между Р-струк-турами, которые определяют места связывания антигена в У-доменах иммуиоглобулинов, соответствуют петлям, образующим участки связывания Си и в активном центре [548] [c.221]

В обоих белках лигандсвязывающие центры расположены между доменом Vl легкой цепи и доменом Ун тяжелой цепи (рис. 4.2, в). Таким образом, центр связывания образуют две различные полипептидные цепи. Использование двух цепей может быть решением проблемы образования практически неограниченного числа различных центров связывания, исходя из ограниченного объема генетического материала. Если число различных L- и Н-цепей равно соответственно rii и П2, то имеются /г П2 комбинаций Vl - и Ун-доменов, т. е. П2 различных центров связывания [540]. Величина tii П2 была Оценена в 10 [542], поэтому числа и 2 должны иметь порядок 10 — Ш. [c.244]

Существует шесть гипервариабельных сегментов, каждый из которых содержит от 5 до 10 остатков на центр связывания. Укладка цепей во всех вариабельных доменах иммуноглобулина New и иммуноглобулина МсРС 603, а также в других иммуноглобулинах очень сходна [540, 543, 544]. Структурные различия сосредоточены в основном в так называемых гипервариабельных петлях [619] — трех сегментах, содержащих от 5 до 10 остатков в обоих Vl - и Vh-доменах. Аминокислотные остатки, образующие место связывания, комплементарное данному лиганду, принадлежат этим шести гипер-вариабельным сегментам. [c.244]

Смотреть страницы где упоминается термин Домены связывания ДНК: [c.71] [c.75] [c.75] [c.79] [c.130] [c.133] [c.134] [c.134] [c.135] [c.186] [c.413] [c.490] [c.520] [c.523] [c.254] [c.217] [c.263] [c.565] [c.44] [c.108] [c.139] [c.162] [c.249] [c.291] [c.270] [c.461]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология