Фрагменты структурных формул

Нуклеиновые кислоты, являющиеся основной органической частью ядер клеток, играют главную роль в хранении и передаче генетической информации. Полимерные цепочки нуклеиновых кислот построены из нуклеотидов, которые, состоят из азотистого основания, пентозы и фосфатной группы. Углеводным фрагментом обычно является В-рибоза (в рибонуклеиновых кислотах, сокращенно РНК) или 2-дезокси-В-рибоза (в дезоксирибонуклеиновых кислотах, сокращенно ДНК). Азотистыми основаниями нуклеотидов могут быть производные пурина (соединение 23 в табл. 11) — аденин, гуанин, ксантин и гипоксантин — и производные пиримидина (соединение 30 в табл. И) — урацил, тимин и цитозин. В табл. 60 представлены структурные формулы и нумерация атомов наиболее распространенных пуриновых и пиримидиновых оснований, входящих в состав нуклеотидов. Для краткого обозначения азотистого основания принята система трехбуквенных символов (табл. 60). Эти обозначения, представляющие собой первые три буквы названия соединения, следует употреблять исключительно для обозначения свободных оснований (например, ига — урацил) или их замещенных производных (например, рига — фторурацил). [c.355]

По окончании второго этапа рас шифровки спектра ПМР исследователь располагает некоторым числом выявленных по спектру структурных фрагментов (водородсодержащих радикалов). Задача последующего (завершающего) этапа определения структуры состоит в компоновке этих фрагментов таким образом, чтобы их свободные валентности оказались насыщенными, а окончательная структура полностью соответствовала всей совокупности сведений об исследуемом веществе. При этом надо помнить, что сам по себе спектр ЯМР, вообще говоря, не несет информации о числе содержащихся в молекуле одинаковых фрагментов с магнитными ядрами. Кроме того, надо учитывать, что спектр, полученный для данного изотопа, обычно не дает сведений или дает лишь косвенную и неполную информацию о частях молекулы, не содержащих таких ядер. По указанным причинам даже после исчерпывающего анализа спектра ПМР по всем параметрам может остаться некоторая неопределенность в установлении структурной формулы. Для устранения этой неопределенности, как и при использовании других физических методов, требуется привлечение дополнительной информации, прежде всего брутто-формулы. Во многих случаях большое значение имеют такие легко доступные сведения, как приблизительная моле- [c.16]

Напишите структурную формулу фрагмента молекулы клетчатки и схему ее гидролиза (глюкозу изобразите в виде р- глюкопиранозы). [c.91]

Все исследуемые соединения подразделены на массив обучения , содержащий молекулы с известными свойствами, и прогнозируемую группу молекул. Анализируемый массив обучения по исследуемому свойству разделён на две альтернативные группы ( активные - неактивные ). Созданные модели представляют уравнения логического вида Л = 7 (3 ), где Л - активность, (8) - решающий набор признаков (РНП) - комплекс фрагментов структурных формул и различных их комбинаций, так называемых суб-структурных дескрипторов. Оценка влияния фрагментов и их сочетаний на активность проводится на основании коэффициента информативности, изменяющегося в пределах от минус 1 до плюс 1. Чем выше абсолютное значение информативности, тем выше вероятность влияния данного признака на свойства. Знак плюс характеризует положительное влияние, минус - отрицательное . Р - алгоритм, с помощью которого осуществляется распознавание свойств исследуемых веществ. В процессе прогноза используются два алгоритма - геометрия (I) и голосование (II). Первый из них основан на определении расстояния в евклидовой метрике между исследуемым веществом и расчётным гипотетическим эталоном исследуемого свойства. Второй метод предусматривает анализ числа признаков ( голосов ) в структуре соединений, с положительной и отрицательной информативностью. Процедуры молекулярного дизайна описаны далее в разделе 5. [c.6]

Прежде чем перейти к изложению отдельных операторов алгоритма Р, остановимся иа вопросе о сокращенных обозначениях фрагментов структурной формулы в ее линейной записи. В блочных системах кодирования, как уже отмечалось выше, различные фрагменты структурной формулы, содержащие несколько атомов, могут обозначаться одним символом, например L — бензол. При составлении матрицы типа (1) необходимо расшифровать подобные обозначения, т. е. поставить им в соответствие запись, адекватно отображающую исходный фрагмент структуры. Существует два класса подобных обозначений именной систематический. [c.95]

Анализируя структурные формулы природных ФОС, из общего набора реакций, их формирующих, в первую очередь следует отметить (а следовательно, и выяснить) путь и механизм образования связи углерод-фосфор, поскольку образование всех остальных фрагментов укладывается в выше уже описанные реакции формирования углеродного скелета и функционализации аминокислот, пептидов, углеводов и др. [c.347]

Число фрагментов данного вида находят, исходя из структурной формулы молекулы, а вклад каждого из них вычисляют из опытных данных, имеющихся для отдельных веществ данного ряда. [c.29]

На первый взгляд кажется удивительным, что прогнозировать некоторые свойства вещества можно с помощью таких простых математических моделей, которые были описаны в этом разделе. Однако опыт показывает, что свойства многих химических соединений, молекулы которых имеют схожие структурные фрагменты, оказываются близкими. Это открывает неограниченное поле деятельности для поиска закономерностей между изменениями свойств вещества и различными характеристиками структуры молекул. Среди методов, используемых при решении этой задачи, особое место занимают методы теории графов, так как в них используется наиболее привычный для химиков язык структурных формул. [c.62]

Простейшим способом преобразования структурной формулы в форму, доступную компьютеру, служит использование кодов структурных фрагментов. Примерами таких фрагментов являются ароматические кольца, алифатические радикалы, ОН- или азо-группы (-N=N-). Такие фрагменты нумеруют и заносят в соответствующий список. В более общем случае выбирают некоторый атом в качестве условного центра молекулы и последовательно описывают связанные с ним фрагменты в пределах четырех концентрических сфер от ближайших ко все более удаленным. [c.582]

Для построения структурной формулы молекулы по ее фрагментам служит генератор структур. [c.583]

Если структурные формулы закодированы через составляющие их фрагменты, то возможен предварительный отбор подходящих структур. Сопоставление формул неизвестного и предполагаемого веществ осуществляется после представления их в векторном виде с помощью операции логического И . [c.591]

Введение карборансодержащих фрагментов в полимерные цепи представлялось заманчивым, поскольку карбораны весьма термически устойчивые соединения о-карборан выдерживает нагревание в инертной атмосфере до 475 °С, после чего изомеризуется в более устойчивый л<-карборан [18] при нагревании о-карбо-рана при 700 °С образуется смесь м- и -карборанов [19] при длительном нагревании л -карборана при 615 °С получен п-карборан [20]. Ниже приведены структурные формулы о-,м-к и-карборанов и их схематическое условное изображение [c.251]

Когда в соединении сконденсировано более двух компонентов, то фрагменты, сочлененные с основным компонентом, указывают в алфавитном порядке, а остальные — в том порядке, в котором они соединяются в структурной формуле, например [c.108]

Однако строение молекул алициклических смол обусловливает высокую жесткость образующихся пространственных полимеров, особенно в тех случаях, когда используются ароматические сшивающие агенты или их гидрированные производные. Нил<е приведены структурные формулы фрагментов простран- [c.20]

В стадии эксперимента находятся различные системы прямого (бескодового) ввода в ЭВМ структурных формул. Для этого используют либо оптические считывающие устройства (они требуют стандартного написания структурных формул), либо наборно-пишущие автоматы. Это специальные пишущие машинки, которые автоматически преобразуют фрагменты структурных формул в комбинации пробивок на перфоленте, которые понимает машина [10]. Разрабатывается система автоматического перевода названий в структурные формулы. И, наконец, информацию надо дать в приемлемом для потребителя виде, поэтому необходимо разрабатывать выходные устройства, которые преобразовывают удобную для машины форму информации в структурные формулы. Здесь возможно несколько решений. Есть, в частности, система, в которой формулы воспроизводятся на экране электроннолучевой трубки, с которой, в свою очередь, можно снимать копии на бумагу. [c.139]

Напиште структурную формулу фрагмента амилопектина. [c.92]

Использование весьма мощных поисковых возможностей, предоставляемых этими системами, предъявляет высокие требования к пользователю. Даже если работать со средствами графического построения структур, наиболее естественными для химиков, надо владеть сложными системами команд. Бесспорно, поиск по фрагментам структурных формул обеспечивает наибольшую комфортность диалога и эффективность поиска точно определенных классических органических структур. Однако в существенной доле случаев поиск по номенклатуре, фрагментарному коду и учет элементов брутто-формулы позволяет получить такой же результат с меньшими затратами. Сюда относятся случаи, в которых множество структурных формул, описывающих требуемый класс соединений, слишком велико или размыто. Например, AS Online рекомендует пользоваться фрагментарным кодом в следующих случаях 1) описывается фрагмент структуры, недостаточный для автоматической генерации набора фильтров, обеспечивающего приемлемый уровень отсева 2) класс соединений не может быть эффективно задан в виде одного или нескольких фрагментов структурной формулы (например, требуются только алкильные производные заданной структуры) 3) требуется учесть интегральные либо нетопологические характерист-ики структуры (полимеры, стереохимия и др.). Можно отметить, что графические средства эффективны для большинства (но не для всех) достаточно специфичных запросов на конкретные фрагменты классических органических соединений. [c.57]

Существуют два основных варианта автоматического индексирования структурных формул. Первый вариант сводится к обычному координатному индексированию. Задается некоторый словарь значимых структурных признаков S = Si, Sa,. .., Sk . Далее алгоритм по соответствующей полной записи структурной формулы (например, по матрице связи) ставит в соответствие каждой структуре некоторое подмножество признаков S = == . Зр, St,. .. из этого с.товаря. В этом случае дополнительная запись имеет вид набора чисел, например 17 56 105 264, что означает, что данная структура содержит 17-й, 5б-й, 105-й и 264-й признаки из словаря структурных признаков. При втором варианте задается не словарь признаков, а правило генерации фрагментов структурной формулы. Другими словами, задаются отношения между исходной структурной формулой и некоторым к.лассом фрагментов. [c.118]

Расчеты размеров высокомолекулярных сера органических соединений с известной структурной формулой, исходя из длин углов связей и Вандерваальсовых радиусов атомов, показывают, что они могут изменяться в пределах от 0,5 до 1,0 нм, а для металлпорфиринов от 0,7 до 1,2 нм. Если учесть то, что в нефтяных остатках эти соединения могут входить в состав более сложных молекул с разветвленной структурой или находиться в составе структурных фрагментов смол и асфальтенов, фактические размеры их можно ожидать более высокими, чем расчетные, например, как указанно вьиие, по данным ГПХ остатков. Более точные данные можно было бы получить тем же методом ГПХ при наличии узких фракций концентратов гетероатомных соединений, выделенных препаративно из нефтяных остатков, но таких данных пока не опубликовано. [c.40]

Определение качественного и количественного состава веществ сильно облегчилось благодаря усовершенствованию методов анализа, а в последнее время и благодаря созданию автоматических приборов, выполняющих такие операщш, как элементный анализ, разделение смесей аминокислот и др. Распространение микрометодов позволяет обходиться навесками в несколько миллиграммов вместо преж1п1х 200—300 мг. Определение молекулярной массы с помощью масс-спектромегприи требует тысячных долей миллиграмма и дает, кроме точной молекулярной массы, еще и ценные сведения о фрагментах, на которые распадается молекула. Иногда одних этих данных достаточно для построения структурной формулы. [c.338]

Более тонкая классификация атомов основана на концепции ближайшего окружения п окружения второго илн более высокого порядков, при определеппн которых может быть нсио.льзована геометрическая конфигурация отдельных фрагментов молекул. Аналогичная классификация может быть проведена и для типов связей. Несложно пайти, например, все возможные типы связей для двух атомов углерода, построенных с учетом указанной выше детализации (рис. 1.2,6). На осповапии анализа экспериментальных данных по равновесной геометрии молекул органических соединений были найдены закономерности в изменениях валентных углов, длин связей и углов внутреннего вращения в зависимости от типа связи и характера ближайшего окружения [1]. Эти закономерности дают возможность приближенно оценивать геометрические, энергетические и другие физико-химические свойства молекул по их структурным формулам. Например, в случае связей С—С средние значения длин связей С—С определяются с точностью до [c.15]

Шолль [22] в 1890 г. при действии четырехокиси азота в абсолютном эфире при 0 С на а-форму фенилглиоксима получил фенилфуроксан, который назвал перекись фенилглиоксима , и приписал ему соответствующую структурную формулу 1 с перекисным фрагментом [c.101]

Нехорошев С. А., Контюг В. А. Построение полного набора возможных структурных формул исследуемого соединения по заданному набору фрагментов с помощью ЭВМ (усовершенствованный вариант) Ц Изв. СО АН СССР.— 1975.— № 14.- Сер. хим. наук.- С. 66—71. [c.63]

Хотя структура данных в нашей программе довольно проста, необходимо ввести сравнительно много данных, описывающих общие химические фрагменты. Для облегчения этой задачи мы адаптировали стандартную подпрограмму обработки графического отображения для передачи схематического изображения структурной формулы машине APPLE(TM), которая будет передавать информацию ЭВМ YBER 720 Университета шт. Виргиния. Основной процесс обработки данных осуществляется с помощью локальной версии лисп Университета шт. Техас (версия 5.1). [c.533]

Наша задача состояла в обеспечении простого пути превращения большого количества информации, сконцентрированной химиками в структурных формулах, в детальное численное представление в форматированном виде, необходимом для использования в широко распространенных программах квантовохимических расчетов. Преобразование частичного набора расстояний, полученных из хранимых данных об общих фрагментах, в набор декартовых координат завершается с помошью граф-интерпретатора лисп и примененного нами алгоритма Криппена. Все, что теперь требуется, — это изобразить молекулы на графическом терминале, так чтобы химик мог принять или отвергнуть окончательные конформации. Таким, образом могут быть скорректированы грубые ошибки, допущенные при интерпретации тонкостей стереохимического обозначения. Этот этап будет рассмотрен в нашем полном сообщении. [c.541]

Как показывает последний пример, обсуждаемое здесь явление не ограничивается молекулами с оптически активными атомами углерода. Так, в рассмотренном выше общем случае фрагмент (а) может быть заменен второй СНгК-группой, что приведет к прохиральной ситуации, как, например, в диэтила-цетале ацетальдегида, спектр которого приведен на рис. VI. 7. Итак, во всех случаях, когда заместитель с общей структурной формулой СХгК оказывается по соседству с группой, в которой отсутствует симметрия, окружение заместителей X становится неэквивалентным, или диастереотопным. Группы, окружения которых являются зеркальным изображением, обозначаются как знантиотопные. При этом угол X—С—X между энантиотопными группами X делится пополам плоскостью зеркальной симметрии о [c.219]

Простое перечисление отдельных фрагментов молекулы еще не позволяет приписать ей определенную структурную формулу. Следующим этапом построения структурной формулы является соединение фрагментов друг с другом в определенном порядке. Полученную гипотетическую структуру следует фавнить со всеми возможными структурными формулами атом за атомом. Разумеется, при этом следует рассматривать только те молекулы, которые содержат все перечисленные в коде фрагменты. [c.583]

Часть 0-антигена, обращенная к мембране, представляет собой более короткую полисахаридную цеоочку, строение которой по сравнению с внешней частью характеризуется не столь сильным разнообразием. Однако в ее состав входят два сахара, обнаруживаемые только в стенках бактерий, а именно гептоза, содержащая 7 углеродных атомов, и а-ке-тосахарная кислота кетодезоксиоктонат, содержая 8 углеродных атомов. Структурные формулы этих сахаров приведены на рис. 5-10, а их расположение в липополисахаридах сальмонелл — на рис. 5-11. На последнем рисунке показано также, каким образом 0-антиген соединяется с повторяющейся единицей, состоящей из двух молекул М-аце-тилглюкозамина, связанных между собой р-1,6-связью. Эти дисахаридные фрагменты соединены друг с другом при помощи пирофосфатных [c.391]

Химическое строение нецеллюлозных полисахаридов отражают структурными формулами для фрагментов макромолекулы (части цепи). По аналогии с химией белков для представления структуры индивидуальных полисахаридов применяют символические (сокращенные) формулы, в которых для обозначения звеньев моносахаридов применяют аббревиатуры, состоящие из трех первых букв наименования, например, Глю для глюкозы, Маи для маннозы, Г ал для галактозы, Кси для ксилозы. Ара для арабинозы и т.д. Для уроновых кислот рекомендуется добавлять букву У (например, ГлюУ, ГалУ). Для обозначения пиранозных и фуранозных форм добавляют четвертую соответствующую букву, например. Ара или Аргф. Иногда в аббревиатурах используют латинские буквы. Для указания [c.273]

МОЩЬ В процессе воссоздания структурной формулы по ее масс-спектру оказывают ключевые осколки и типичные разности масс между пиками молекулярных ионов и ника ми фрагментов. В табл. 1.1.4 приведены состав и массовые Ч11сла характеристических ионов, позволяющих определить принадлежность анализируемого соединения к определенному классу. Ценную информацию дают также фрагменты с большими массовыми числами. Здесь находятся, как правило, лишь ники фрагментов [c.47]

Название пептида строится на основе названия С-аминокисло-ты, перед тривиальным названием которой пишутся по порядку, начиная с Л -аминокислоты, названия остальных аминокислот в виде замещающих групп с использованием суффикса ил . В структурной формуле аминокислотные фрагменты записываются в том же порядке, начиная с Л -аминокислоты и заканчивая С-аминокис-лотой, например [c.314]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология