Конформация определение

Конформация. Определенная геометрия молекулы. Конформации одного соединения отличаются степенью поворота вокруг одной или более о-связей. [c.116]

Как показывает изучение моделей, чтобы шесть сахарных колец субстрата были прочно связаны ферментом, кольцо, содержащее тот атом углерода, у которого происходит замещение, должно быть выведено из своего нормального состояния, соответствующего конформации кресла , и перейти в форму полукресла , необходимую для реализации механизма с участием карбоний-иона [15, 16]. Таким образом, в результате связывания полисахаридной цепи субстрата на шести различных центрах фермента происходит искажение конформации определенного цикла и возникает новая конформация, подобная конформации переходного состояния. Это, возможно, и является наиболее характерным аспектом ферментативного катализа. [c.99]

Конформация — определенная геометрия молекулы, обусловленная внутренним вращением атомов или фупп атомов вокруг простых связей. Конформация одного соединения отличается степенью поворота вокруг одной (или более) ст-связи. [c.163]

Для вычисления равновесной длины закрепленного участка цепи, как и для сегментальной модели, необходимо определить коэффициент ф(г, л), который, согласно уравнению (7), равен отношению числа конформаций закрепленной цепи к числу конформаций свободной цепи. Следует учитывать, что в число конформаций, определенное по формуле (26), входят и неосуществимые конформации, в которых за сегментом, расположенным в положительном направлении (+х), следует сегмент в обратном направлении (—х). Поэтому при определении числа конформаций свободной цепи следует допустить возможность нахождения двух соседних сегментов в одном и том же месте решетки. С учетом этого вместо уравнения (25) следует пользоваться соотношением [c.23]

Для того чтобы установить, какие группы протонов взаимодействуют между собой, можно воспользоваться методами двойного резонанса, такими, как методы подавления спин-спинового взаимодействия [2]. Изучая характер каждого мультиплета, можно определить, насколько близко друг к другу расположены в молекуле соответствующие группы. И хотя абсолютная величина конст ан-ты взаимодействия в данном случае не имеет большого значения, ее всегда следует сравнивать с величинами констант, полученными для аналогичных групп [2, 5]. В то же время величина константы взаимодействия очень важна в стереохимических исследованиях, так как с ее помощью удается различать цис- и т/занс-изомеры и определять конформацию определенных производных циклогексана [8]. [c.298]

Имеющая определенную конформацию (определенную вторичную структуру) цепь может далее складываться с созданием третичной структуры. Например, на рис. 35 изображена третичная структура фермента рибонуклеазы, представляющей собой полипептид, построенный из 124 аминокислотных остатков. [c.428]

Связь конформационной подвижности с переносом электрона (модель). Каким образом стохастический характер конформационной подвижности связан с функциональной активностью белка Речь идет об известной (см. 1 гл. X) зависимости скорости переноса электрона от конформации определенных фрагментов цепи, т. е. от конформационной координаты. Эта зависимость может быть обусловлена (как было показано в 7 этой главы) необходимостью выполнения определенных стерических условий для туннелирования электрона и выражается в виде резкой зависимости константы скорости переноса от конформационной координаты. В сущности, причина этого состоит в формировании и разрушении контактных активных состояний между донорно-акцепторными группами и соответственно в образовании и разрушении акцептирующей моды при спонтанных перемещениях реагирующих групп. [c.408]

Рассмотрим семейство протеолитических (расщепляющих) ферментов, сериновые протеиназы, включающие в себя пищеварительные ферменты химотрипсин, трипсин и эластазу, а также многие из факторов свертывания - протеиназ, контролирующих процесс свертывания крови. При сравнении любых двух ферментов этого семейства оказывается, что примерно 40% положений в полипептидной цепи занимают одни и те же аминокислоты (рис. 3-34). Еще более поразительное сходство выявляется при сравнении их конформаций, определенных методом рентгеноструктурного анализа большинство поворотов и изгибов полипептидных цепей длиной в несколько сот аминокислот оказываются идентичными (рис. 3-35). [c.147]

Если установлено, что молекулы данного полисахарида в растворе имеют частично или полностью упорядоченную конформацию, то следующим шагом является возможно более детальное определение их геометрии. Все имеющиеся в настоящее время подходы к решению этой проблемы основаны на сравнении с базисными конформациями, определенными рентгеноструктурным анализом в твердом состоянии. Сравнение некоторых основных особенностей конформаций молекул может быть сделано на основании анализа стехиометрии при переходе порядок — беспорядок так, можно выяснить, из скольких тяжей составлена упорядоченная коиформа-Ция молекулы. Так, изучение концентрационной зависимости указанного перехода показало, что ксантан упорядочен внутримолекулярно [19], тогда как 1-каррагинан образует упорядоченный димер [29], что и ожидалось для обоих случаев по аналогии с твердым состоянием. Для полиглюкуроната стехиометрия связывания ионов кальция, как было показано, может соответствовать только двухтяжевой укладке его молекулы [30]. Такая двухтяжевая ассоциация полисахаридных цепей в нескольких независимых областях связывания может приводить к возникновению незавершенной трехмерной сетчатой структуры, т. е. к гелеобразованию введение в Молекулу полисахарида короткоцепных сегментов, имеющих только одну область связывания, может подавить процесс образования сетчатой структуры за счет конкурентного ингибирования ассоциа-Дии цепей. Такое явление может быть использовано для получения Данных, подтверждающих двухтяжевый характер ассоциата, как о было сделано для 1-каррагинана и полигулуроната [31]. [c.295]

Предполагалось, что 1,1-дизамещенные бутадиены вступают в реакцию только после предварительной изомеризации в 1,3-дизамещенные диены [602]. Недавно, однако, было показано, что очень активные диенофилы могут присоединяться непосредственно к 1,1-дизамещенным бутадиенам [603]. Снижение скоростей присоединения трех изомерных 1,4-диацетоксибутадиенов к джуглону [604] подтверждает их транс-транс-, цис-транс- и цис-г мс-конформации, определенные на основании инфракрасных и ультрафиолетовых спектров. [c.561]

Трейлору принадлежит также идея о связи стереохимии оксимеркурирования со степенью напряженности олефина, причем играет роль как напряженность двойной связи в основном и переходном состоянии, так и торзионное напряжение, связанное с наличием заслоненных конформаций - Определенную роль, возможно, играет и стерическое ингибирование зн о-атаки, например, в системе бицикло[2,2,1]гептана , а также природа растворителя. [c.234]

Итак, цепные молекулы полимера являются гибкими образованиями, способными осуществлять широкий набор конформаций. Определенные значения какой-либо физической величины, например расстояния между концами цепной молекулы, реализуются различными конформациями. Существует значение этой физической величины, которому соответствует наибольшее количество конформаций. В этом случае энтропив такого состояния цепной молекулы максимальна. Изменение значений параметра (т. е. значений упомянутой физической величины) приводит к уменьшению энтропии. Поскольку различные конформации отличаются друг от друга энергетически, то изменения энтропии сопровождаются изменениями внутренней энергии. В связи с неизбежным взаимодействием гибкость цепных молекул определяется не только самой молекулой, но и ее ближайшими соседями. Таковы общие представления о свойствах линейных цепных молекул полимера. [c.18]

Необходимым условием взаимодействия фермента с субстратом является стерическая комплементарностъ их структур, т. е. соответствие между структурой и конформацией молекулы субстрата и конформацией определенного участка молекулы фермента. Это требование обусловлено [c.218]