Диэдрическая симметрия

Атомы цинка расположены на оси симметрии 3-го порядка и связаны с тремя имидазольными кольцами гистидинов В-10. Роль атомов цинка не совсем ясна. Гексамеры легко образуют ромбические кристаллы даже внутри панкреатических клеток, синтезирующих инсулин. Структура инсулина воплощает в себе основные особенности строения олигомерных ферментов, обладающих циклической или диэдрической симметрией. Как и в случае гексамера инсулина, центральные части таких молекул часто открыты и торчащие боковые группы аминокислотных остатков (в случае инсулина имидазольные группы) образуют как бы гнезда , в которые могут входить ионы или молекулы, регулирующие активность белков. Однако функциональная роль цинка при действии инсулина остается пока неизвестной. [c.293]

Молекулы удобно классифицировать но точечным группам симметрии па основании элементов симметрии, которыми они обладают. Если молекулы не имеют никаких элементов симметрии, кроме тривиальной оси (т. е. асимметрические молекулы), то их относят к точечной группе j. Молекулы, которые обладают единственным элементом симметрии — осью С , относят к точечным группам С . Некоторые молекулы, например скошенный мости-ковый дифенильный кетон (Пв) (точечная группа Dj), имеют ось и, помимо этого, га осей С2, перпендикулярных главной оси С . Такое сочетание осей дает диэдрическую симметрию Z) , и молекулы, обладающие только этими осями, принадлежат к точечным группам D . Молекулы, относящиеся к точечным группам С и D , являются хиральными. Большинство хираль-ных молекул принадлежит к точечным группам С (включая i) и D , однако молекулы других точечных групп (Т, О, I) также могут быть хиральными. [c.10]

Молекулы, имеющие только оси (кроме осей n/z, коллинеарных осям Sn), относят к точечным группам S . Обе точечные группы, содержащие молекулы с единственными элементами симметрии — плоскостью симметрии а (5j) или центром симметрии ( 2 = i), обозначают С или (=83) соответственно. Молекулы, обладающие осью наряду с коллинеарной осью Si (т. е. перпендикулярной ст-плоскостью), относят к точечным группам Спь-Молекулы, которые, кроме оси С , имеют также п перпендикулярных осей Si (т. е. п 0-плоскостей, содержащих оси С ), принадлежат к точечным группам ). Молекулы с диэдрической симметрией и осью S , коллинеарной главной оси, относят к точечным группам Ъпн- Молекулы диэдрической симметрии с п осями S , перпендикулярными главной оси, принадлежат к точечным группам [c.10]

РИС. 2.44. Возможные группы точечной симметрии для наборов одинаковых субъединиц. А. Ансамбли субъединиц с аксиальной симметрией. Показано положение осей вращения для структур с симметрией С , Сд и С . Б. Ансамбли с диэдрической симметрией. Показано положение взаимно перпендикулярных осей симметрии для структур с симметрией и В. Ансамбли с кубической симметрией. Показаны некоторые оси симметрии в кубе и в структурах с тетраэдрической (7), октаэдрической (О) и икосаэдрической симметрией. (Рисунки Ирвинга Гейса.) [c.123]

Диэдрическая симметрия. Этот тип симметрии встречается при наличии хотя бы одной оси вращения С , перпендикулярной другой оси вращения и-го порядка. Минимальное число субъединиц в олигомере равно 2я, где и-любое натуральное число. По принятой номенклатуре, эти группы точечной симметрии обозначаются где и-наибольший порядок оси вращения, имеющейся в группе. Другая номенклатура предлагает точное обозначение всех осей симметрии. Например, группе соответствует обозначение 222, поскольку наличие двух взаимно перпендикулярных осей второго порядка автоматически порождает третью, перпендикулярную им ось второго порядка (см. рис. 2.44). Группе присвоено обозначение 32, группе — 422. [c.126]

Существование столь большого числа тождественных субъединиц, необходимых для построения групп кубической симметрии, практически маловероятно. Несколько возможных примеров приведено в табл. 2.9. Однако большинство олигомерных белков, обладающих хоть какой-то симметрией, попадают в классы либо с аксиальной, либо с диэдрической симметрией. Структурный смысл групп точечной симметрии становится более понятным при рассмотрении реальных контактов между поверхностями субъединиц. Существуют два возможных типа контактов между субъединицами симметричный и асимметричный (рис. 2.45). Первый предполагает наличие двух тождественных контактных областей в субъединицах, связанных осью симметрии 2- Асимметричный контакт предполагает, что контактные области в субъединицах различны и, следовательно, эти области для каждой субъединицы остаются доступными для образования олигомеров более высокого порядка. Таким образом, при асимметричных контактах, естественно, образуются ленты и спирали. Если шаг спирали равен нулю и геометрия контакта правильна, последовательные асимметричные контакты создают олигомеры с аксиальной симметрией, порядок которой больше двух. [c.128]

О —терм с = 2 О, Оп/1, Опа — диэдрические точечные группы симметрии [c.5]

Ось С , горизонтальная плоскость сг , перпендикулярная оси, центр симметрии 1 Ось и две вертикальные плоскости ст , проходящие через ось Три взаимно перпендикулярные плоскости ст, пересекающиеся по трем осям второго порядка С2, центр симметрии / Зеркально-поворотная ось 5 , две перпендикулярные к ней оси и две плоскости ст[c.173]

Принятые обозначения неприводимых представлений приведены в первой колонке симметричные по отношению к главной поворотной оси обозначают через Л, а антисимметричные — В. В случае диэдрической группы Оу, символ А присваивают лишь неприводимым представлениям, симметричным по отношению ко всем трем осям Сг. Нижние индексы соответствуют симметрии (индекс 1) или [c.191]

ОСЯМИ симметрии второго порядка, перпендикулярными главной оси, применяют индекс й и обозначение Этот индекс означает диэдрическая в соответствии с альтернативным названием оси симметрии второго порядка. [c.141]

МОНОКЛИННАЯ сингония Диэдрический осевой вид симметрии [c.70]

Диэдрический безосный вид симметрии [c.70]

Индексы V, Н, й, I, 8 указывают на наличие вертикальной плоскости отражения, содержащей ось симметрии, горизонтальной плоскости отражения, перпендикулярной оси, диэдрической плоскости отражения, которая делит пополам угол между двумя осями 2-го порядка, [c.97]

С2 В2 или С2 Диэдрический безосный вид симметрии [c.43]

Молекулы Оп могут иметь также плоскости аа, которые включают главную ось С , но ни одной из перпендикулярных осей Сг. Как уже указывалось, эти диэдрические плоскости аа направлены по биссектрисам углов между двумя осями Сг. Обозначением для молекул ) , содержащих этот элемент симметрии оа, является символ 0 (1- Такая молекула имеет ось ге-го порядка, п осей второго порядка Сг, перпендикулярных С , и, кроме того, п (вертикальных) плоскостей симметрии, рассекающих пополам углы между двумя осями второго порядка и включающими ось С . Примером молекулы, относящейся к точечной группе Ог , является аллен Н2С=С = СНг. Некоторые элементы симметрии этой молекулы показаны на рис. 4-13. Два атома водорода при одном атоме углерода находятся в одной плоскости ст , перпендикулярной другой плоскости а<г, в которой находятся два атома водорода при втором атоме углерода. Там же показаны оси Сг (главная ось обозначена Сг, остальные —Сг и Сг)- Две остальные оси Сг, а именно Сг и Сг. перпендикулярные главной оси Сг, образуют углы по 45° с двумя диэдрическими плоскостями. (Это можно увидеть при внимательном рассмотрении рисунка большую помощь может оказать построение модели.) [c.125]

Например, Ст означает пространственную группу безосного диэдрического класса симметрии моноклинной сингонии с моноклинной решеткой Бравэ типа С. В пространственной группе Ст имеются только зеркальные плоскости симметрии. [c.69]

Если внутри звена цепи возможны дополнительные элементы симметрии, то появляются новые элементы симметрии всей цепи и соответственно новые группы. Рассмотрим одну из них — диэдрическую факторгруппу 0 2яд/р)- В этом случае перпендикулярно оси цепи имеются оси симметрии второго порядка Сг, при поворотах вокруг которых полимерная цепочка совмещается сама с собой. Эта факторгруппа изоморфна точечной группе Ор [3, 12]. Общее число нормальных колебаний для макромолекул, которые описываются этой группой, также равно Зтр — 4, однако правила отбора, а следовательно, и вид спектра несколько изменяются. В табл. 2 приведены характеры, число нормальных колебаний, их активность и поляризация в колебательных спектрах для диэдрической факторгруппы П 2лд/р) [12]- [c.249]

Обычно длинноволновая полоса поглощения комплексов переходных металлов обусловлена электронным переходом магнитно-дипольного типа. Измерены оптические характеристики нескольких комплексов металлов с симметрией более низкой, чем диэдрическая, а также комплексов с тремя бидентатными лигандами, что помогло отнести спектроскопические переходы и определить абсолютную конфигурацию. Теоретически изучены также причины возникновения оптической активности в комплексах металлов. Вклады методов ДОВ и КД в исследования в этой области являются фундаментальными, поскольку знак вращения при одной определенной длине волны нельзя использовать для определения конфигурации различных соединений, так как они имеют несколько полос поглощения. [c.100]

Для выяснения вопроса, к какой группе симметрии относятся колебания цепи полиоксиэтилена, пыл проведен анализ колебаний, основанный на теорпи групп [109], 1687, 18691. По данным рентгенографии нельзя было однозначно решить, относится ли бесконечно вытянутая спираль к циклической фактор-группе С (4я/7) или к диэдрической фактор-группе D(4n/7). Фактор-группа Ь 4я/7) предпочтительней тогда, когда макромолекула имеет две оси второго порядка, перпендикулярные оси спирали. Эти оси проходят через атомы кислорода и через центры связи С—С. Табл, 6.31 характеризует правила отбора для обеих фактор-групп. Если выбрана циклическая группа С (4jt/7), то число параллельно поляризованных ИК-активных колебаний равно 19, а для диэдрической [c.293]

И ОПЯТЬ если поверхности димеров окажутся в достаточной степени комплементарными, то между ними образуются связи (Ьк на рис. 4,9, Б и Ьк и с1 пг рис. 4-9, В). Обе изображенные структуры обладают диэдрической симметрией (Оа) [43]. Из рисунков видно, что, кроме оси второго порядка, перпендикулярной плоскостям обоих колец, есть еще две оси симметрии второго лорядка. Обратите внимание, что и в этом случае взаимодействия оказываются парными, т. е.. каждая пара субъединиц связана двумя контактами типа Ьк и двумя— типа с1. Таким образом, новые контакты также являются изоло-гическими. Всего для каждой комбинации двух субъединиц имеется шесть пар контактов. На рис. 4-9, В все это видно более четко, чем на рис. 4-9, Б, поскольку в последнем случае конфигурация субъединиц в структуре более или менее близка к квадратной. Тем не менее изологические взаимодействия между левой субъединицей верхнего-кольца и правой субъединицей нижнего имеют место они могут носить чисто электростатический характер, если субъединицы находятся друг от друга на некотором расстоянии. [c.281]

Примером тетрамерного фермента, т. е. фермента, состояш,его из четырех субъединиц, с показанной на рис. 4-9, Б ярко выраженной диэдрической симметрией может служить лактатдегидрогеназа (гл. 8, разд. 3.2). Структура же растительного агтютинина конканавалина А. напоминает структуру, изображенную на рис. 4-9, В [44, 45]. [c.281]

Фер.мент глутаминсинтетаза представляет собой двойное кольцо, состоящее из 12 субъединиц. Возможно, верхнее кольцо расположено относительно нижнего таким образом, что образующаяся структура обладает диэдрической симметрией (Дб) с одной осью симметрии 6-го порядка и шестью перпендикулярными к ней осями 2-го порядка. [c.284]

Как мы уже видели, тетрамерные белкн обладают диэдрической симметрией. Таким образом, многие публикуемые в текущей литературе теоретические схемы, яредсказывающие поведение четырех субъединиц исходя из их тетраэдрического расположения, не совсем верны. [c.285]

Как мы уже отмечали, субъединицы оболочек икосаэдрических вирусов и некоторых ферментов могут быть квазиэквивалентньши. Эта особенность ответственна за спирализацию жгутиков бактерий, она же лежит в основе некоторых интересных структурных особенностей вируса табачной мозаики. Белковые субъединицы вируса могут быть уложены либо в спираль с числом субъединиц на один виток, равным 16,3 (рис. 4-7), либо в плоские кольца из 17 субъединиц каждое [36а]. При этом конформационные различия очень малы. Кольца способны диме-ризоваться, однако крупных агрегатов они не образуют. Удивительно, что димерные кольца не обладают диэдрической симметрией. Все субъединицы в них ориентированы одинаково, но находятся в двух разных конформациях. Есть предположение, что такие диски являются промежуточной структурой при сборке вирусной частицы. Согласно рентгеноструктурным данным, внутренние участки нвазиэквивалентных субъединиц диска играют роль своего рода ловушек, ожидающих момента, когда в состав вируса включится РНК. После этого диски меняют конформацию и образуют завиток , инициируя рост спиральных вирусных частиц [36а]. Эти и многие другие интересные данные позволили предположить, что квазиэквивалентность белковых субъединиц в сочетании с их способностью менять свою конформацию лежит в основе многих биологических явлений. [c.295]

Тетраэдрические молекулы ХУ4 (группа 7 ), подобные молекуле СН4, весьма богаты элементами симметрии. Среди них встречаются так называемые диэдрические плоскости, которые включают главную ось С , но не пернендикулярньк к ней оси 2- Еще более богата элементами симметрии точечная группа О ,, к которой относятся октаэдрические молекулы иРб и (рис. 72). Особо важно наличие здесь центра симметрии г и горизонтальной плоскости, которых нет у тетраэдрических молекул Группы и относятся к кубическим точечным группам, для которых характерно присутствие более чем одной оси С , где п>2. Для обозначения Т Эчечных групп здесь использована номенклатура Шенфлиса С означает, что в молекуле есть ось симметрии и-го порядка Д —помимо оси С молекула содержит и осей второго порядка, направленных перпендикулярно оси С , причем все углы между осями второго порядка равны Т—тетраэдрические молекулы, О — октаэдрические молекулы. Символы v,% id указывают на существование вертикальной, горизонтальной и диэдрической плоскостей симметрии соответственно. В крх-ссталлографии используют чаще номенклатуру Германа — Могена. Важной характеристикой симметрии мо- [c.175]

В химии для обозначения групп используют номешслатуру Шенф.таса Заглавные буквы С, О, Г, О обозначают соответственно циклические, диэдрические, тетраэдрические, октаэдрические группы. Нижний индекс указывает главный элемент симметрии. [c.187]

Упаковка четырех субъединиц с образованием структуры типа квадрата может осуществляться за счет как изологическнх, так и гетерологических контактов. В крупных агрегатах могут иметь место оба типа контактов. Например, ассоциация двух гетерологических тримеров типа показанных на рис. 4-6 приводит к образованию гексамера с диэдрической (Дз) симметрией гетерологический квадратный тетрамер может днмеризовагься с образованием диэдрического (Д4) октаме-ра [43]. [c.284]

Несимметричная димеризация белков представляет собой, по-видимому, весьма распространенное явление. Например, ферменты малатдегидрогеназа [53] и глице-ральдегидфосфатдегидрогеназа (рис. 2-10) являются тетрамерами и обладают симметрией, близкой к диэдрической. При установлении структуры кристаллов этих ферментов исходили из предположения о равноценности всех субъединиц. Однако неожиданно выяснилось, что они не совсем симметричны, поскольку связывать кофермент ЫАО+ способна только одна из двух полипептидных цепей малатдегидрогеназы. [c.291]

В растворе инсулин легко димеризуется, причем субъединицы занимают квазиэквивалеитные положения. В определенных условиях три димера образуют гексамер, обладающий симметрией, близкой к диэдрической (Оз) эта структура стабилизируечся двумя ионами цинка. На рис. 4-13, В приведено схематическое изображение гексамера он обладает тремя осями симметрии 3-го порядка и двумя осями симметрии псевд0-2- Г0 лорядка, одна из которых проходит между двумя субъединицами димера, а другая — между соседними димерами. [c.293]

Аспартаткарбамоилтрансфераза (мол. вес=310000)—фермент, выделенный из Е. oli, — может диссоциировать на два тримера, называемых обычно каталитическими субъединицами (мол. вес тримера 100 000), и три димера, называемых регуляторными субъединицами (мол. вес димера 34 000). Молекула этого фермента напоминает по форме треугольную пластинку [58, 59], толщина которой равна 9,2 dzl,0 нм, а длина стороны — 10,5 1,0 нм. Она имеет симметрию 3 2, т. е. это диэдрическая структура с одной осью симметрии 3-го порядка и тремя осями 2-го порядка. Два тримера и находящиеся между ними димерные субъединицы расположены, по-видимому, спиной к спине последние плотно уложены в бороздках, идущих по краям тримеров. Димеры уложены не строго параллельно оси симметрии 3-го порядка чтобы не наталкиваться друг на друга, верхняя и нижняя половины поворачиваются друг относительно друга вокруг оси симметрии 3-го порядка. В центре имеется заполненная водой полость размером - 2,5х5,0Х5,0 нм. Активные центры фермента расположены, по-видимому, внутри этой полости, в которую можно попасть через шесть расположенных по бокам структуры отверстий диаметром 1,5 нм. [c.296]

Система С содержит лишь одну главную ось в С , эта ось является одновременно линией пересечения п плоскостей зеркального отражения. При С й мы имеем плоскость симметрии, перпендикулярную главной оси это вызывает при четном п появление центра симметрии, так что в этом сл Д1ае С = С , при нечетной оси отличается от Группа имеет п осей второго порядка перпендикулярно к л-кратной оси (диэдрические группы О вместо чисто циклических С). При четном Л мы опять имеем [c.41]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология