спектры одноцепочечная

Из экспериментов со смешанными спиралями сополимера АУ и полимеров поли-У и поли-А получены новые данные, касающиеся спаривания оснований. Одноцепочечный сополимер АУ представляет собой цепочку, составленную из аденина и урацила, соединенных в случайной последовательности. Были получены образцы сополимера АУ с различными отношениями А У. Во всех случаях при образовании смешанной спирали с поли-А или поли-У минимум поглощения в ультрафиолетовой области спектра наблюдался при одинаковом числе комплементарных оснований в сополимере и гомополимере, но не при равном количестве молекул того и другого компонентов. Таким образом, имеет место соотношение 1 1 между комплементарными основаниями двух полимеров, а не между их молярными содержаниями. Аналогичные результаты были получены для трехцепочечной спирали (АУ-ЬУ-ЬУ). В этом случае число остатков урацила в гомополимере в 2 раза больше числа остатков аденина в сополимере. Очевидно, остающиеся без пары основания (например, урацил в сополимере АУ в последнем примере) должны образовывать петли, выходящие из структуры двух- или трехцепочечной опирали. Анализ модели показывает, что выходящая из спирали петля может быть образована даже всего лишь одним основанием. Считают, что такие петли играют важную роль в структуре РНК. Благодаря им может также сохраняться двойная спиральная структура ДНК при выпадении или включении оснований в одной из цепей. [c.348]

Нри фотосенсибилизированном образовании кислородо-зависимых одноцепочечных разрывов в ДНК в качестве эндогенных сенсибилизаторов могут выступать такие распространенные биохимические компоненты, как НАД Н, 4-тиоуридин и 2-тиоурацил, которые имеют максимумы поглощения в длинноволновой УФ-области спектра (при 340 нм). Установлено, что фотосенсибилизированная этими соединениями инициация разрывов в ДНК осуществляется по фотодинамическому механизму с участием активированных форм кислорода. Нри этом первичной фотогене-рируемой формой кислорода является супероксидный анион-радикал (О ). Однако О обладает сравнительно малой реакционной способностью. Поэтому в качестве непосредственного инициатора разрывов в ДНК выступает его значительно более реакционноспособный продукт — радикал ОН. В соответствии с полученными [c.446]

Правильность выделения специальной группы реовирусов стала очевидной, когда в начале 60-х гг. обнаружили уникальные особенности структуры реовирусной РНК. Сначала заметили, что при окрашивании клеток, зараженных реовирусами, акридиновым оранжевым наблюдается флуоресценция в зеленой области спектра (ортохроматическая), а не в оранжевой (мета-хроматическая), характерной для одноцепочечной РНК. Акридиновый оранжевый обладает высоким сродством к одноцепочечным нуклеиновым кислотам и окрашивает их метахроматически. Поскольку к тому времени уже было известно, что реовирусы содержат РНК, был сделан вывод, что эта РНК двухцепочечная [107]. Дальнейшие исследования показали, что реовирусная РНК состоит из комплементарных цепей, образующих двойную спираль [102, 157]. Для нее характерны высокая температура плавления и малый температурный интервал денатурации, устойчивость к панкреатической рибонуклеазе и иная, чем у одноцепочечной РНК, плавучая плотность. Определение нуклеотидного состава реовирусной РНК показало, что она содержит одинаковое число пуриновых и пиримидиновых оснований. Двухцепочечный характер реовирусной РНК был подтвержден также данными рентгеноструктурного анализа [16, 102]. [c.266]

Индуцируемые длинноволновым УФ-светом повреждения ДНК обусловливают инактивирующий, летальный и мутагенный эффекты при действии этого излучения на трансформирующую ДНК, бактериофаги и микроорганизмы. Сильная зависимость фотобиологических эффектов от О2, а также отсутствие фотореактивации позволяют считать, что основными летальными фотопродуктами являются одноцепочечные разрывы ДНК, а не пиримидиновые димеры, как это имеет место в случае действия коротковолнового УФ-излучения. Роль разрывов в инактивирующих эффектах длинноволнового УФ-света подтверждается данными о совпадении спектров действия фотоинактивации биологических объектов со спектром действия образования разрывов в ДНК. [c.447]

Одноцепочечная нуклеиновая кислота — флуоресценция в красной области спектра при 640 нм. [c.114]

Взаимодействие следующих оснований (т. е. оснований, разделенных ближайшим соседом каждого) не вносит существенного вклада. Зная спектры КД всех пар ближайших соседних оснований (т. е. спектры динуклеозидфосфатов) и частоту ближайших соседей, можно путем простого суммирования рассчитать спектр КД одноцепочечного полинуклеотида. Если бы можно было с помощью вычислительной техники из спектра КД определить частоту ближайших соседей, это представляло бы огромную практическую ценность при определении последовательности оснований. Точность анализа методом КД не превышает обычные ферментативные методы, ио для получения спектра КД требуется несколько часов, а для выполнения ферментативного анализа — около недели при наличии очищенных ферментов. Для двухцепочечных полинуклеотидов разработка теории еще не завершена, хотя прогресс идет быстрыми темпами. Для двухцепочечных ДНК в обычно рассматриваемой области длин волн спектры КД, по-видимому, не зависят от состава оснований, хотя по недавно полученным данным в далеком (вакуумном) ультрафиолете такая зависимость возможна. [c.474]

Общий подход, основанный на использовании уравнения (8.25), может быть распространен на полимерные молекулы ДНК и РНК. При этом необходимо рассмотреть структуры по меньшей мере трех типов. Спектр беспорядочного клубка можно получить простым сложением спектров (с определенными весами) четырех мономеров. Спектр одноцепочечной стопкообразной спирали определяется вкладами от каждого из 16 возможных динуклеотидов, взятыми с весами, которые отвечают частотам их встречаемости. Двухцепочечные спирали рассматриваются аналогичным образом, но учитывается еще 10 возможных двухцепочечных димеров (АрО образует пару с Сри и т. д.). Поскольку такие комплексы слишком нестабильны, чтобы их спектры можно было прямо измерить, их оптические свойства приходится оценивать по данным для двухцепочечных молекул большего размера. Это делается точно таким же способом, как при получении полипептидных базисных спектров из спектров белков. [c.81]

Способность РНК к денатурации (выражающейся, в частности, в увеличении интенсивности полос поглощения X 2600 А), большая компактность клубков ([т]] примерно пропорциональна М 1 ), вид спектров КД свидетельствуют о частично спиральной структуре нативной РНК- Денатурационная стабильность РНК возрастает с содержанием Г + Ц- Доти и сотрудники предложили для РНК структуру морской звезды с лучами , построенными из двуспиральных участков с дефектами (см. [6, 47). Подобная структура позволяет объяснить наблюдаемый высокий процент спиральных участков — до 77% в рРНК и даже до 88% в РНК из ВТМ. Спирин описывает структуру высокомолекулярной РНК с помощью модели, показанной на рис. 8.12 [48]. Структура одноцепочечная, при высокой ионной силе она имеет вид компактного клубка, при низкой — компактного [c.500]

Для того чтобы различить одноцепочечные и двухцепочечные полинуклеотиды in vivo, был использован метод, основанный на более высокой чувствительности к ультрафиолетовому облучению пиримидинов по сравнению с пуриновыми основаниями. Экспериментально было найдено, что спектры ультрафиолетового излучения, вызывающего инактивацию бактериофагов Х-174 (содержит одиотяжную ДНК) и Т2 (содержит двухсииральную ДНК), значительно различаются. В первом случае спектр весьма сходен со спектром ультрафиолетового поглощения смеси дезоксицитидина и тимидина с минимумом при 240 в случае бактериофага Т2 спектр излучения имеет минимум при 230 м[1, как и в спектре поглощения ДНК [302]. Возможное теоретическое объяснение этого явления заключается в том, что в случае двухспиральной структуры перенос поглощенного кванта от пуринов к пиримидинам приводит к примерно равной эффективности всех квантов, независимо от того, поглощены ли они пурином или пиримидином. Благодаря этому спектры излучения, действующего на молекулу, напоминают ультрафиолетовые спектры поглощения [c.601]

Для флуоресценции акридинового оранжевого при 530 нм и при 640 нм — желатиновый фильтр 12 для флуоресценции в зеленой (от двухцепочечной) и красной (от одноцепочечной нуклеиновой кислоты) областях спектра или фильтр 40 только для зеленого, а фильтр 29 — только -для красного света (Kodak Wratten). [c.113]

Условия, необходимые для стэкинга оснований, интенсивно исследовались путем анализа свойств одноцепочечных полинуклеотидов в растворе, особенно полиадениловой кислоты. Наиболее плодотворным оказалось в этом отнощении изучение оптических свойств растворов. На рис. 6.11 сопоставлены спектры поглощения АМР и poly (А) в растворах, содержащих эквивалентное количество нуклеотидных остатков. Интегральное поглощение poly (А) существенно меньще, чем поглощение составляющих ее мономеров, — эффект, известный под названием гипохромизма (см. гл. 7, где обсуждаются оптические явления). Кроме того, длина волны, отвечающая максимуму поглощения poly (А) при нейтральных pH, на 3 нм меньще, чем соответствующая величина для АМР. Однако эта значительная разница в поглощении постепенно уменьщается при повы-щении температуры. [c.304]

Чтобы рассчитать КД такой молекулы, как тРНК, которая содержит как двух-, так и одноцепочечные участки, приходится учитывать до 30 различных вкладов. Столь полное рассмотрение редко удается провести. Можно упростить задачу, объединив все эти вклады в два усредненных спектра, отвечающие одио- и двухцепочечным участкам, однако такой подход оказывается полезным лищь для полуколичественных оценок и недостаточно точен, чтобы с его помощью определить истинное число пар оснований в тРНК. Реальное упрощение возможно при рассмотрении РНК большего размера, поскольку здесь влияние разных сочетаний оснований в значительной степени усредняется. [c.81]

Конформация, принимаемая гомополинуклеотидами, определяется термодинамикой взаимодействий между мономерными звеньями и между мономерами и растворителем. Полидезоксирибонуклеотиды и полирибонуклеотиды различаются только присутствием или отсутствием 2 -гидроксильной группы в сахаре. Это различие, однако, оказывает глубокое влияние на предпочтительную конформацию рибозного кольца, которая в свою очередь влияет на статистические размеры одноцепочечных полинуклеотидов. Оно ответственно также за значительные различия в конформациях двойных спиралей, принимаемых комплементарными двухцепочечными РНК и ДНК. Поэтому не удивительно, что локальная структура различных гомополимеров, выявляемая при исследовании их оптических свойств, также зависит от наличия 2 -гидроксильной группы. Например, спектры КД ро1у(с1С) и ро1у(гС) существенно различаются по интенсивности (рис. 22.2). Поскольку оптические свойства ёС и гС почти одинаковы, можно быть совершенно уверенным, что эти спектральные различия связаны с различиями в структуре. Замена 2 -ОН- группы на 2 -ОМе приводит к образованию полимеров, весьма близких по своим свойствам к обычным полирибонуклеотидам. [c.243]

Несмотря на удобство введения такого рода мутаций в ДНК in vitro, химический мутагенез накладывает ограничения на спектр возникающих мутаций, так как лишь определенные остатки нуклеотидов ДНК претерпевают обязательные изменения. Поэтому многие мутации никогда не могут быть получены с помощью химических мутагенов. Проблему можно частично решить, используя для репарации одноцепочечных брешей ДНК аналоги нуклеотидов, например, N-гидроксицитозинтри-фосфат, который в составе ДНК одинаково хорошо спаривается с А и G, или создавая такие условия, при которых репарирующая ДНК-полимераза начинает ошибочно включать в синтезируемую цепь ДНК некомплементарные матрице нуклеотиды. Все перечисленные выше методы локального мутагенеза, осу- [c.325]

Спектры поглощения ДНК фага 17 в двухцепочечной (/) и одноцепочечной 2) формах, а также после гидролиза до свободных нуклеотидов (5), показывающие понижение оптической плотности (гипо-хромию), которое сопровождает образование более упорядоченной структуры. Спектры получены при одинаковой концентрации. [c.391]

Пример 15-И. Определение числа цепей полинуклеотидов. При связывании с полинуклеотидами наблюдается увеличение квантового выхода О и сдвиг Ямакс флуоресцирующего хромофора акридинового оранжевого (рис. 15-9). Когда добавлены насыщающие количества акридинового оранжевого, значения Лмако значительно отличаются для двухцепочечных (зеленая флуоресценция) и одноцепочечных (красная флуоресценция) полинуклеотидов. Следовательно, таким простым путем можно различить двух-и одноцепочечные структуры. Если в образце содержатся и одно-, и двухцепочечные полинуклеотиды, в спектре флуоресценции будет два пика, соответствующие двум значениям Ямакс- [c.430]

Сплошной линией изображен спектр свобоДЕШго акридинового оранжевого. Отношение числа молекул красителя к числу нуклеотидных остатков может быть низким (а) и высоким (б). Отметим, что ДНК вызывает увеличение флуоресценции, не оказывая влияния на и что это увеличение снижается по мере добавления большого количества красителя. Одноцепочечные полинуклеотиды тушат флуоресценцию и сдвигают спектр в красную область. Это объясняет тот факт, что при добавлении к клетке акридинового оранжевого в высокой концентрации ядерный материал дает зеленую флуоресценцию, в то время как цитоплазма, содержащая РНК, — оранжевую. [c.431]

Для одноцепочечных полинуклеотидов существует приемлемая теория (теория Игнацио Тиноко), связывающая спектры ДОВ и КД со структурой. Недавно эта теория была подтверждена во всех деталях, и в настоящее время она позволяет вычислить с некоторой степенью точности спектр КД исходя из молекулярной структуры. Наиболее важный элемент этой теории заключается в том, что оптическая активность олигонуклеотидов есть ре- [c.473]

Пример 16-3, Структура одноцепочечных полидезоксирибо-нуклеотидов. Обычно полидезоксирибонуклеотиды имеют такие же спектры, как рибоаналоги, за исключением того, что сила вращения намного меньше. Следовательно, эти структуры менее [c.478]

Типичный представитель — вирус деформирующей мозаики гороха. Свойства содержание РИК (одноцепочечной) около 20%, мод. масса РНК приблизительно 1 -Ю , нуклеотидный состав Г = 26, А=24, Ц = 24, У —26. Изометрические частицы с коэффициентом седиментации 115 8, примерно 28 им в диаметре, мол. масса белковых субъединиц приблизительно 21 ООО. Имеются также частицы с коэффициентом седиментации около 90 3. Точка тепловой инактивации 55—60 °С, хранится несколько дней. Концентрация в соке часто 5—25 мг/л. Симптомы — крапчатость и деформация. Узкий спектр хозяев, переиосчик — тля (в организме переносчика сохраняется несколько недель). Передается механически. [c.491]

Типичный представитель — вирус мозаики коровьего гороха (изолят 8В). Основные свойства 3 компонента, все опи имеют изометрические частицы диаметром около 30 нм, с коэффициентами седиментации 115, 95 и 55 3 содернтание РНК (одноцепочечной) соответственно 33, 22 и 0%. РНК-содержащие компоненты являются функциональными, мол.масса РНК в более тяжелом компоненте приблизительно 2 -10 нуклеотидный состав Г — 23, А = 27, Ц = 17, У == 33. Точка тепловой инактивации 60—80 °С, хранится от одной до нескольких недель. Концентрация в соке часто 50— 200 мг/л. Симптомы — мозаика и крапчатость. Довольио узкий спектр хозяев, переиосчики — жуки (сохраияется в организме переносчика несколько [c.491]

Типичный представитель — вирус моааики костра. Основные свойства содержание РНК (одноцепочечной) около 22%, молекулярная масса приблизительно 1,1-10 нуклеотидный состав Г = 28, А = 27, Ц == 21, У = 24. Частицы изометрические диаметром около 25 нм, с 1<оэффициентом седиментации 90 S, состоящие из 180 белковых субъедипип, с мол,массой 20 ООО, другие частицы отсутствуют. Точка тепловой инактивации 70—95 °С, срок хранения in vitro сильно варьирует. Концентрация в соке часто 50— 200 мг/л. Симптомы — крапчатость довольпо узкий спектр хозяев. Передается механическим путем. Данных о существовании серологического родства между отдельными представителями не имеется. [c.492]

Типичный представитель — вирус кустистой карликовости томатов. Основные свойства содержание РНК (одноцепочечной) около 17%, мол.масса примерно 1,5-10 , нуклеотидный состав Г = 28, А = 25, Ц = 22, У = 25. Частицы изометрические диаметром. 30 нм, с коэффициентом седиментации 140 S, белковые субъединицы собраны попарно, дополнительные частицы отсутствуют. Точка тепловой ипактивации 85—90 °С, хранится несколько недель. Концентрация в соке часто 20—200 мг/л. Симптомы — часто крапчатость и деформация впирокий спектр хозяев. Передается механическим путем. Меягду отдельными представителями имеется серологическое род ство. [c.492]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология